69 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bcenmc03_2006 on replicon NC_010508
Organism: Burkholderia cenocepacia MC0-3



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010508  Bcenmc03_2006  2'-5' RNA ligase  100 
 
 		 207 aa  417  1e-116  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1982  2'-5' RNA ligase  95.65 
 
 		 207 aa  398  9.999999999999999e-111  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6095  2',5' RNA ligase  95.17 
 
 		 207 aa  396  1e-109  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0652023  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1443  putative ligase protein  49.24 
 
 		 198 aa  173  1.9999999999999998e-42  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1384  2'-5' RNA ligase  46.63 
 
 		 222 aa  168  6e-41  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.605515  normal  0.876718 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1290  2'-5' RNA ligase  51.31 
 
 		 195 aa  163  1.0000000000000001e-39  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.334257 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1320  2'-5' RNA ligase  47.67 
 
 		 222 aa  162  4.0000000000000004e-39  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0321525  normal  0.761807 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2442  2',5' RNA ligase  39.27 
 
 		 196 aa  129  3e-29  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.900073 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01767  2'-5' RNA ligase  39.77 
 
 		 200 aa  123  2e-27  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.680529  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2482  2'-5' RNA ligase  42.11 
 
 		 189 aa  122  3e-27  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.097083  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1918  putative ligase  39.39 
 
 		 201 aa  119  3e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.102106  normal  0.252687 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2222  hypothetical protein  39.22 
 
 		 205 aa  115  3.9999999999999997e-25  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.19028  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2337  Phosphoesterase HXTX  37.63 
 
 		 201 aa  115  6e-25  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.714494 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1426  2',5' RNA ligase  38.58 
 
 		 201 aa  100  1e-20  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0723245  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2421  2',5' RNA ligase  38.58 
 
 		 201 aa  100  2e-20  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0368864  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2787  2'-5' RNA ligase  34.33 
 
 		 206 aa  85.9  3e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.320306  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4293  2',5' RNA ligase  30.86 
 
 		 197 aa  85.1  6e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.775847 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2212  2'-5' RNA ligase  32.02 
 
 		 186 aa  78.6  0.00000000000007  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3202  hypothetical protein  32.43 
 
 		 183 aa  75.1  0.0000000000006  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.59985  normal  0.950309 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1350  2'-5' RNA ligase-like protein  33 
 
 		 217 aa  74.7  0.0000000000008  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4557  2',5' RNA ligase  30.11 
 
 		 199 aa  73.6  0.000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0162437  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2923  2',5' RNA ligase  32.96 
 
 		 194 aa  68.2  0.00000000007  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0916331  normal  0.627654 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1034  2'-5' RNA ligase  28.73 
 
 		 177 aa  63.5  0.000000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.427005  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2817  2'-5' RNA ligase  28.33 
 
 		 176 aa  61.2  0.000000009  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.433451  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0512  2'-5' RNA ligase  33.91 
 
 		 182 aa  58.9  0.00000005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.504657 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3126  2'-5' RNA ligase  26.4 
 
 		 176 aa  57.4  0.0000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0151301 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3466  2'-5' RNA ligase  28.81 
 
 		 191 aa  57  0.0000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1002  2'-5' RNA ligase  28.81 
 
 		 191 aa  56.6  0.0000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.018778  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3336  2'-5' RNA ligase  28.81 
 
 		 191 aa  57  0.0000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00058753  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0222  2'-5' RNA ligase  30.11 
 
 		 176 aa  56.2  0.0000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.367161  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0220  2'-5' RNA ligase  30.11 
 
 		 176 aa  56.2  0.0000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0204  2'-5' RNA ligase  30.11 
 
 		 176 aa  56.2  0.0000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0205  2'-5' RNA ligase  29.55 
 
 		 176 aa  54.3  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3983  2'-5' RNA ligase  28.09 
 
 		 180 aa  54.3  0.000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000701591  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0216  2'-5' RNA ligase  29.55 
 
 		 176 aa  54.7  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0923  2',5' RNA ligase  28.89 
 
 		 177 aa  53.5  0.000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1005  2',5' RNA ligase  31.15 
 
 		 183 aa  53.9  0.000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0968272  normal  0.0378462 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0687  2'-5' RNA ligase  29.78 
 
 		 184 aa  53.1  0.000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00185494  normal  0.60336 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2125  2',5' RNA ligase  26.52 
 
 		 195 aa  52.8  0.000004  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3112  2'-5' RNA ligase  27.68 
 
 		 176 aa  52.4  0.000005  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.128685  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2064  2'-5' RNA ligase  28.02 
 
 		 181 aa  52  0.000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1166  2'-5' RNA ligase  27.12 
 
 		 176 aa  51.2  0.00001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.280308  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1286  2'-5' RNA ligase  29.61 
 
 		 188 aa  50.1  0.00002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.757621  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1975  2',5' RNA ligase  30.29 
 
 		 193 aa  49.7  0.00003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.414685 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0386  2'-5' RNA ligase, putative  27.61 
 
 		 190 aa  48.5  0.00008  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2424  2'-5' RNA ligase  27.17 
 
 		 181 aa  47.8  0.0001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00146  2'-5' RNA ligase  28.33 
 
 		 176 aa  47  0.0002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00154345  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0158  2'-5' RNA ligase  27.78 
 
 		 176 aa  46.6  0.0002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0758236  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2974  putative 2'-5' RNA ligase  25.81 
 
 		 175 aa  47  0.0002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2521  2'-5' RNA ligase  29.22 
 
 		 186 aa  47  0.0002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000915911  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00145  hypothetical protein  28.33 
 
 		 176 aa  47  0.0002  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00128631  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0814  2',5' RNA ligase  29.46 
 
 		 204 aa  45.8  0.0004  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0429947  hitchhiker  0.00104301 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3240  2',5' RNA ligase  29.48 
 
 		 174 aa  45.1  0.0007  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3271  2'-5' RNA ligase  27.17 
 
 		 181 aa  45.1  0.0007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5313  2',5' RNA ligase  27.32 
 
 		 193 aa  45.1  0.0009  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.421801  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02479  3'-5' RNA ligase  22.5 
 
 		 173 aa  44.7  0.001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0150  2'-5' RNA ligase  26.97 
 
 		 176 aa  44.7  0.001  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000345552  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0151  2'-5' RNA ligase  26.97 
 
 		 176 aa  44.7  0.001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000646366  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3455  2'-5' RNA ligase  26.97 
 
 		 176 aa  44.7  0.001  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00917798  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3075  2'-5' RNA ligase  28.49 
 
 		 181 aa  43.9  0.002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0156  2'-5' RNA ligase  26.97 
 
 		 176 aa  43.9  0.002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.177994  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2754  2'-5' RNA ligase  27.74 
 
 		 184 aa  43.5  0.002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2139  2',5' RNA ligase  30.3 
 
 		 190 aa  42.7  0.003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.207746  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3512  2'-5' RNA ligase  26.97 
 
 		 176 aa  43.1  0.003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0807667  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0138  2'-5' RNA ligase  26.55 
 
 		 176 aa  42.7  0.003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0169609  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2116  2',5' RNA ligase  27.12 
 
 		 179 aa  42  0.006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.529013  normal  0.178928 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4053  2'-5' RNA ligase  31.63 
 
 		 197 aa  42  0.007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3617  2'-5' RNA ligase  29.61 
 
 		 189 aa  42  0.007  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.000624511  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3730  2'-5' RNA ligase  31.63 
 
 		 197 aa  42  0.007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.651671  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>