More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bcen2424_4132 on replicon NC_008543
Organism: Burkholderia cenocepacia HI2424



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010515  Bcenmc03_3387  RpoD family RNA polymerase sigma factor  96.69 
 
 
511 aa  920    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.366647 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1902  RNA polymerase, sigma 38 subunit, RpoS  88.91 
 
 
511 aa  842    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0398059  normal  0.510287 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4024  RpoD family RNA polymerase sigma factor  85.66 
 
 
520 aa  818    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.2717 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4234  RNA polymerase, sigma 38 subunit, RpoS  100 
 
 
514 aa  1004    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3543  RNA polymerase, sigma 38 subunit, RpoS  86.85 
 
 
516 aa  845    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.582452  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4132  RNA polymerase, sigma 38 subunit, RpoS  100 
 
 
514 aa  1004    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.341891 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4460  RpoD family RNA polymerase sigma factor  80.76 
 
 
525 aa  724    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.217948  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2310  RNA polymerase sigma factor rpoD (sigma-70)  32.41 
 
 
621 aa  302  1e-80  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2283  RNA polymerase sigma factor rpoD (sigma-70)  32.41 
 
 
621 aa  301  1e-80  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0088  RNA polymerase sigma factor RpoD  60.8 
 
 
483 aa  296  5e-79  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.000283507  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0325  RNA polymerase sigma factor  56.55 
 
 
482 aa  295  9e-79  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00531206  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0135  RNA polymerase sigma factor RpoD  56.21 
 
 
482 aa  295  1e-78  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2252  putative RNA polymerase sigma factor RpoD  55.86 
 
 
482 aa  293  4e-78  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.192844  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2303  RNA polymerase sigma factor  55.86 
 
 
482 aa  293  4e-78  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2326  RNA polymerase sigma factor RpoD  55.86 
 
 
482 aa  293  4e-78  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0119  RNA polymerase sigma factor RpoD  55.86 
 
 
482 aa  293  4e-78  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.181545  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0118  RNA polymerase sigma factor RpoD, putative  55.86 
 
 
482 aa  293  5e-78  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.185057  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2833  putative RNA polymerase sigma factor RpoD  55.86 
 
 
482 aa  293  5e-78  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.00565056  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2516  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  33.96 
 
 
598 aa  291  3e-77  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.329688 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0623  RNA polymerase sigma factor RpoD  32.85 
 
 
623 aa  288  2e-76  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.185828  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0703  RNA polymerase sigma factor RpoD  32.69 
 
 
623 aa  286  4e-76  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2491  putative RNA polymerase sigma(sigma-70) factor transcription regulator protein  31.16 
 
 
746 aa  283  5.000000000000001e-75  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.046137  normal  0.87444 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6393  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  32.08 
 
 
697 aa  281  1e-74  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47000  RNA polymerase sigma factor RpoD  33.6 
 
 
620 aa  281  3e-74  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2562  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  31.16 
 
 
754 aa  280  4e-74  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0018126 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0337  sigma 70 (RpoD)  32.67 
 
 
647 aa  271  2e-71  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.590547  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2058  RpoD family RNA polymerase sigma factor  30.77 
 
 
635 aa  270  5.9999999999999995e-71  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.704789  normal  0.0381419 
 
 
-
 
NC_002620  TC0905  RNA polymerase sigma factor  31.56 
 
 
571 aa  259  1e-67  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3572  RNA polymerase sigma factor RpoD  43.52 
 
 
618 aa  259  1e-67  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00998328  normal  0.692055 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04069  RNA polymerase sigma factor RpoD  42.52 
 
 
624 aa  256  6e-67  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.41319  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0461  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  48.57 
 
 
608 aa  253  6e-66  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1626  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD family  30.13 
 
 
688 aa  253  9.000000000000001e-66  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2606  RNA polymerase sigma factor RpoD  47.18 
 
 
855 aa  251  2e-65  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.10712  normal  0.319028 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4595  RpoD family RNA polymerase sigma factor  31.28 
 
 
640 aa  251  3e-65  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.5682  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1806  sigma 70 (RpoD)  48.43 
 
 
594 aa  249  6e-65  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000803488  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0263  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  41.69 
 
 
629 aa  249  1e-64  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.262087 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5892  RpoD family RNA polymerase sigma factor  34.67 
 
 
621 aa  248  3e-64  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3035  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  44.29 
 
 
619 aa  246  4.9999999999999997e-64  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1101  RpoD family RNA polymerase sigma factor  43.75 
 
 
602 aa  246  4.9999999999999997e-64  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.248126  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0888  RNA polymerase sigma factor RpoD  45.1 
 
 
783 aa  246  6.999999999999999e-64  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0718  RNA polymerase sigma factor RpoD  39.78 
 
 
617 aa  246  9.999999999999999e-64  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07520  RNA polymerase sigma factor RpoD  39.78 
 
 
617 aa  245  9.999999999999999e-64  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0627024  normal  0.302038 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2420  RNA polymerase sigma factor RpoD  46.18 
 
 
829 aa  244  1.9999999999999999e-63  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.814829  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2057  RNA polymerase sigma factor RpoD  47.18 
 
 
707 aa  245  1.9999999999999999e-63  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  decreased coverage  0.00133668  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2027  RNA polymerase sigma factor RpoD  46.18 
 
 
821 aa  244  1.9999999999999999e-63  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2994  RNA polymerase sigma-70 factor  44.29 
 
 
599 aa  244  3e-63  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2215  RNA polymerase sigma factor RpoD  46.18 
 
 
755 aa  244  3e-63  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1235  RNA polymerase sigma factor RpoD  46.06 
 
 
595 aa  243  5e-63  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4028  RNA polymerase sigma factor RpoD  39.94 
 
 
615 aa  242  1e-62  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.8019  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3783  RNA polymerase sigma factor RpoD  46.75 
 
 
805 aa  242  1e-62  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.058561 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1041  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  44.64 
 
 
612 aa  242  1e-62  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.28445  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1238  RNA polymerase sigma factor RpoD  41.08 
 
 
666 aa  242  1e-62  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.894999 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6159  RNA polymerase, sigma 28 subunit  34.06 
 
 
617 aa  242  1e-62  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4813  RNA polymerase sigma factor RpoD  46.75 
 
 
804 aa  241  2e-62  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2204  RNA polymerase sigma factor RpoD  46.75 
 
 
808 aa  241  2e-62  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6774  RNA polymerase sigma factor RpoD  46.75 
 
 
681 aa  241  2e-62  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.669833  normal  0.0681029 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6775  RNA polymerase sigma factor RpoD  42.11 
 
 
702 aa  241  2e-62  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.493714  normal  0.364288 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2235  RNA polymerase sigma factor RpoD  42.07 
 
 
667 aa  241  2e-62  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3941  RNA polymerase sigma factor RpoD  46.75 
 
 
685 aa  241  2e-62  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3097  sigma 70 (RpoD)  44.98 
 
 
784 aa  241  2e-62  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.884131  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2820  RNA polymerase sigma factor RpoD  46.94 
 
 
680 aa  241  2e-62  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3972  RNA polymerase sigma factor RpoD  44.88 
 
 
711 aa  241  2e-62  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.379149  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4480  RNA polymerase sigma factor RpoD  46.75 
 
 
805 aa  241  2e-62  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.793179  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1481  RNA polymerase sigma factor RpoD  44.88 
 
 
698 aa  241  2e-62  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3257  RNA polymerase sigma factor RpoD  46.75 
 
 
805 aa  242  2e-62  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0133032  normal  0.0284743 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3886  RNA polymerase sigma factor RpoD  46.75 
 
 
805 aa  241  2e-62  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.673998  normal  0.56553 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2525  RNA polymerase sigma factor RpoD  46.75 
 
 
736 aa  241  2.9999999999999997e-62  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2384  RNA polymerase sigma factor RpoD  46.75 
 
 
736 aa  241  2.9999999999999997e-62  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1520  RNA polymerase sigma factor RpoD  46.75 
 
 
736 aa  241  2.9999999999999997e-62  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0339  RNA polymerase sigma factor RpoD  46.75 
 
 
680 aa  241  2.9999999999999997e-62  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0373  RNA polymerase sigma factor RpoD  46.75 
 
 
680 aa  241  2.9999999999999997e-62  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2440  RNA polymerase sigma factor RpoD  44.88 
 
 
717 aa  241  2.9999999999999997e-62  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  decreased coverage  0.00995293  normal  0.135691 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0833  RNA polymerase sigma factor RpoD  46.75 
 
 
800 aa  241  2.9999999999999997e-62  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0621  RNA polymerase sigma factor RpoD  46.75 
 
 
800 aa  241  2.9999999999999997e-62  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4131  RNA polymerase sigma factor RpoD  44.88 
 
 
714 aa  241  2.9999999999999997e-62  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.138863  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3641  RNA polymerase sigma factor RpoD  46.75 
 
 
683 aa  241  2.9999999999999997e-62  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1713  RNA polymerase sigma factor RpoD  46.75 
 
 
680 aa  241  2.9999999999999997e-62  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.089433  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3049  RpoD family RNA polymerase sigma factor  45 
 
 
582 aa  240  4e-62  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000323778  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4047  RpoD family RNA polymerase sigma factor  44.23 
 
 
586 aa  240  4e-62  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.000000898252  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0971  RNA polymerase sigma factor RpoD  44.88 
 
 
702 aa  240  4e-62  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0743249  hitchhiker  0.00275822 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2866  RNA polymerase sigma factor RpoD  44.88 
 
 
717 aa  240  4e-62  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  hitchhiker  0.00102705  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0762  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  41.53 
 
 
819 aa  240  4e-62  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.023937  normal  0.967295 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3789  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  45.38 
 
 
584 aa  240  4e-62  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00848  RNA polymerase sigma factor RpoD  43.33 
 
 
620 aa  240  5e-62  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0621  RNA polymerase sigma factor RpoD  44.88 
 
 
666 aa  240  5e-62  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.06387 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4641  RNA polymerase sigma factor RpoD  43.11 
 
 
616 aa  240  5e-62  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.594079 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0586  RNA polymerase sigma factor RpoD  44.88 
 
 
667 aa  240  5e-62  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.418628  normal  0.0214442 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3694  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD family  45.38 
 
 
584 aa  240  5e-62  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0610  RNA polymerase sigma factor RpoD  44.88 
 
 
718 aa  239  5.999999999999999e-62  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.112929 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0537  RNA polymerase sigma-70 factor  43.11 
 
 
616 aa  240  5.999999999999999e-62  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001624  RNA polymerase sigma factor RpoD  43.33 
 
 
620 aa  240  5.999999999999999e-62  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.294566  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2317  RNA polymerase sigma factor RpoD  44.23 
 
 
656 aa  240  5.999999999999999e-62  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.1091  normal  0.0115511 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1762  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  43.53 
 
 
754 aa  239  6.999999999999999e-62  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.578035  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0257  RpoD family RNA polymerase sigma factor  33.4 
 
 
541 aa  239  6.999999999999999e-62  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.201917 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4265  RNA polymerase sigma factor RpoD  44.31 
 
 
649 aa  239  9e-62  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.914604  normal  0.695759 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0616  RNA polymerase, sigma 70 factor  47.18 
 
 
612 aa  239  9e-62  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.840508  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1189  RNA polymerase sigma factor RpoD  46.59 
 
 
666 aa  239  9e-62  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.920411  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2388  carbamoyl-phosphate synthase L chain, ATP-binding  45.82 
 
 
656 aa  239  1e-61  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.415567 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3299  RNA polymerase sigma factor RpoD  44.49 
 
 
685 aa  238  1e-61  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.269398  normal  0.821458 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2322  sigma 70 (RpoD)  45.28 
 
 
644 aa  238  1e-61  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.000000648058  hitchhiker  0.00289182 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>