More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_3410 on replicon NC_008391
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008391  Bamb_3410  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 		 238 aa  485  1e-136  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.460296  normal  0.201929 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3917  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  95.8 
 
 		 238 aa  464  9.999999999999999e-131  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.162448  normal  0.562749 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4004  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  85.36 
 
 		 239 aa  409  1e-113  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.819367  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4362  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  85.36 
 
 		 239 aa  409  1e-113  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2084  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  84.87 
 
 		 238 aa  404  1.0000000000000001e-112  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0860576  normal  0.320515 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3519  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  85.36 
 
 		 239 aa  407  1.0000000000000001e-112  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.12179  normal  0.661706 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3529  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  72.93 
 
 		 237 aa  335  5e-91  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1888  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  60.92 
 
 		 234 aa  291  5e-78  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.58345  normal  0.358477 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0400  putative short-chain dehydrogenase, oxidoreductase  59.66 
 
 		 234 aa  288  6e-77  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0465203  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1568  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  61.64 
 
 		 231 aa  274  8e-73  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.798961  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2641  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  59.56 
 
 		 233 aa  270  1e-71  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1119  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.91 
 
 		 228 aa  167  2e-40  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0232972  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3702  short chain dehydrogenase  42.11 
 
 		 227 aa  158  7e-38  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2157  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.56 
 
 		 228 aa  157  1e-37  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.506179 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0784  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.71 
 
 		 228 aa  155  6e-37  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0722078 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_11130  short chain dehydrogenase  36.56 
 
 		 229 aa  150  2e-35  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0860  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.13 
 
 		 228 aa  149  5e-35  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.122274  normal  0.0405726 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0819  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.67 
 
 		 228 aa  145  5e-34  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.176111  normal  0.198058 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3390  short chain dehydrogenase  35.84 
 
 		 226 aa  145  6e-34  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.47762 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3129  short chain dehydrogenase  35.84 
 
 		 226 aa  145  6e-34  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3270  short chain dehydrogenase  35.4 
 
 		 226 aa  142  5e-33  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0670  short chain dehydrogenase  35.84 
 
 		 241 aa  140  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.620328  normal  0.485565 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0766  oxidoreductase, short-chain dehydrogenase/reductase family  34.96 
 
 		 241 aa  134  9e-31  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0676  short chain dehydrogenase  34.51 
 
 		 231 aa  132  6e-30  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000931099  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0632  short chain dehydrogenase  34.33 
 
 		 228 aa  131  9e-30  Pseudomonas putida F1  Bacteria  unclonable  0.0000000000159867  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0592  short chain dehydrogenase  34.33 
 
 		 228 aa  130  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.23035  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2239  short chain dehydrogenase  33.77 
 
 		 231 aa  131  1.0000000000000001e-29  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1022  short chain dehydrogenase  32.16 
 
 		 229 aa  130  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0637  short chain dehydrogenase  33.62 
 
 		 228 aa  128  7.000000000000001e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000253756 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1267  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.43 
 
 		 232 aa  128  8.000000000000001e-29  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.139748 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2100  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.91 
 
 		 231 aa  128  9.000000000000001e-29  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.115059  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0979  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  34.93 
 
 		 232 aa  127  2.0000000000000002e-28  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4571  short chain dehydrogenase  35.4 
 
 		 228 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas putida W619  Bacteria  unclonable  0.000000000728936  hitchhiker  0.00656486 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1598  putative oxidoreductase protein  32.6 
 
 		 229 aa  126  3e-28  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.299801  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1086  short chain dehydrogenase  34.5 
 
 		 232 aa  125  7e-28  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2386  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.58 
 
 		 231 aa  125  7e-28  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.927324 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0277  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.58 
 
 		 166 aa  123  2e-27  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2459  csgA protein  33.48 
 
 		 231 aa  123  3e-27  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.54228  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2690  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.91 
 
 		 232 aa  122  4e-27  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.608582  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2437  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.31 
 
 		 231 aa  122  4e-27  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.0036356  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2018  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.24 
 
 		 224 aa  121  9.999999999999999e-27  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002919  short chain dehydrogenase  30.74 
 
 		 229 aa  120  1.9999999999999998e-26  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0229  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.74 
 
 		 231 aa  120  1.9999999999999998e-26  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0107  short chain dehydrogenase  34.47 
 
 		 226 aa  119  3e-26  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.950091 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2008  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.44 
 
 		 231 aa  118  9e-26  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.110275 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0139  short chain dehydrogenase  33.62 
 
 		 226 aa  117  1.9999999999999998e-25  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0658  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.9 
 
 		 233 aa  115  5e-25  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0460  short chain dehydrogenase  36.19 
 
 		 225 aa  114  1.0000000000000001e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.790746 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4256  short chain dehydrogenase  34.36 
 
 		 225 aa  113  2.0000000000000002e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.55035  normal  0.209111 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2840  short chain dehydrogenase  32.19 
 
 		 225 aa  110  3e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.703441  normal  0.858614 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2977  short chain dehydrogenase  32.19 
 
 		 225 aa  109  5e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1945  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.32 
 
 		 227 aa  108  6e-23  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0377  short chain dehydrogenase  31.76 
 
 		 225 aa  107  1e-22  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.773672 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2928  short chain dehydrogenase  31.76 
 
 		 225 aa  107  2e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6853  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.09 
 
 		 223 aa  107  2e-22  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.0933933 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0735  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.59 
 
 		 233 aa  107  2e-22  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.965519  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2943  short chain dehydrogenase  31.76 
 
 		 225 aa  107  2e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.885555 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2314  short chain dehydrogenase  31.76 
 
 		 225 aa  107  2e-22  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0177  short chain dehydrogenase  32.19 
 
 		 225 aa  107  2e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3635  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.86 
 
 		 223 aa  104  2e-21  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6271  short chain dehydrogenase  32.03 
 
 		 225 aa  103  2e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0125  short chain dehydrogenase  30.96 
 
 		 237 aa  103  3e-21  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.330397  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0133  short chain dehydrogenase  30.13 
 
 		 237 aa  101  1e-20  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03037  hypothetical protein  32.12 
 
 		 193 aa  100  2e-20  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02810  hypothetical protein  29 
 
 		 247 aa  99.4  4e-20  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1893  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.04 
 
 		 231 aa  98.6  8e-20  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.909495 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0124  short chain dehydrogenase family protein  31.72 
 
 		 219 aa  97.1  2e-19  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.635136  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5986  short chain dehydrogenase  31.42 
 
 		 220 aa  95.5  6e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0076717 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0343  short chain dehydrogenase  32.19 
 
 		 225 aa  95.1  8e-19  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1469  short-chain dehydrogenase/reductase  31.03 
 
 		 234 aa  94.4  1e-18  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0275  short chain dehydrogenase  30.49 
 
 		 236 aa  94  2e-18  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0287555  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4186  short chain dehydrogenase  32.89 
 
 		 222 aa  94.4  2e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1645  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.33 
 
 		 233 aa  94  2e-18  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.138611  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2097  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.83 
 
 		 235 aa  94  2e-18  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0578  short chain dehydrogenase  31.76 
 
 		 225 aa  90.1  3e-17  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0395  short chain dehydrogenase  31.76 
 
 		 225 aa  90.1  3e-17  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0416  short chain dehydrogenase  31.33 
 
 		 225 aa  88.2  9e-17  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2011  short chain dehydrogenase  31.76 
 
 		 227 aa  87.4  2e-16  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2276  short chain dehydrogenase  31.76 
 
 		 227 aa  87.4  2e-16  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3084  short chain dehydrogenase  31.76 
 
 		 227 aa  87.4  2e-16  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.628833  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0097  short chain dehydrogenase  31.33 
 
 		 227 aa  86.3  4e-16  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.138998  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_08791  short-chain dehydrogenase/reductase  26.55 
 
 		 221 aa  86.3  4e-16  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1671  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.62 
 
 		 223 aa  85.1  8e-16  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2766  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.31 
 
 		 228 aa  83.6  0.000000000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.707447  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3775  short chain dehydrogenase  33.33 
 
 		 222 aa  83.6  0.000000000000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3053  short chain dehydrogenase  34.62 
 
 		 222 aa  82.8  0.000000000000005  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1032  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.54 
 
 		 234 aa  82  0.000000000000008  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00144491  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4308  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  30.34 
 
 		 230 aa  80.9  0.00000000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4367  short chain dehydrogenase  32.02 
 
 		 228 aa  79.3  0.00000000000005  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2144  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.3 
 
 		 223 aa  78.6  0.00000000000008  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.85459  normal  0.0309227 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2058  short chain dehydrogenase / reductase  30.29 
 
 		 221 aa  76.6  0.0000000000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.252145 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0828  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  23.64 
 
 		 256 aa  75.9  0.0000000000005  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00155018 
 
 
-
 
NC_009361  OSTLU_35363  predicted protein  31.82 
 
 		 253 aa  75.1  0.000000000001  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.267844  normal  0.139954 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2315  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.54 
 
 		 213 aa  74.3  0.000000000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3970  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  24.03 
 
 		 256 aa  72.8  0.000000000004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000000119913  decreased coverage  0.00103281 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_07551  short-chain dehydrogenase/reductase  23.89 
 
 		 221 aa  72.8  0.000000000004  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2584  short chain dehydrogenase  27.39 
 
 		 254 aa  72.4  0.000000000005  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.567266 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3528  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.39 
 
 		 228 aa  72.4  0.000000000006  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.97281  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0199  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.99 
 
 		 237 aa  72  0.000000000007  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.735027 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_07591  Short-chain dehydrogenase/reductase (SDR) superfamily protein  28.95 
 
 		 221 aa  72  0.000000000007  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.122507 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>