137 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_9054 on replicon NC_011984
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007963  Csal_0226  HipA-like protein  82.37 
 
 		 415 aa  695    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7391  hypothetical protein  89.59 
 
 		 415 aa  758    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9054  hypothetical protein  100 
 
 		 414 aa  837    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0477  HipA domain-containing protein  69.32 
 
 		 415 aa  598  1e-170  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5344  HipA domain-containing protein  68.84 
 
 		 415 aa  591  1e-168  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.71584 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0237  HipA domain protein  61.74 
 
 		 415 aa  498  1e-140  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2735  HipA protein  45.13 
 
 		 418 aa  314  1.9999999999999998e-84  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0949  HipA domain protein  39.07 
 
 		 414 aa  256  7e-67  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2057  HipA domain protein  40.55 
 
 		 421 aa  255  1.0000000000000001e-66  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0266  HipA domain protein  38.38 
 
 		 414 aa  253  5.000000000000001e-66  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.506615  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4942  HipA domain-containing protein  39.15 
 
 		 434 aa  242  7e-63  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5437  HipA domain-containing protein  39.19 
 
 		 423 aa  241  1e-62  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6228  uncharacterized protein related to capsule biosynthesis enzyme-like  39.07 
 
 		 441 aa  236  7e-61  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.707965  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2229  hypothetical protein  36.63 
 
 		 433 aa  221  9.999999999999999e-57  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1557  HipA domain protein  38.21 
 
 		 435 aa  221  1.9999999999999999e-56  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3419  HipA domain protein  34.3 
 
 		 425 aa  217  2.9999999999999998e-55  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010815  Glov_3690  HipA domain protein  40.37 
 
 		 414 aa  215  9.999999999999999e-55  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.325167  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1974  hypothetical protein  34.44 
 
 		 410 aa  210  4e-53  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2079  hypothetical protein  35.22 
 
 		 410 aa  209  9e-53  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009795  CCC13826_0620  HipA domain-containing protein  31.92 
 
 		 390 aa  203  5e-51  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  hitchhiker  0.00496781  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1056  hypothetical protein  37.26 
 
 		 405 aa  184  3e-45  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5216  HipA domain-containing protein  33.88 
 
 		 420 aa  179  5.999999999999999e-44  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.939418  normal  0.517526 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6144  hypothetical protein  33.42 
 
 		 412 aa  175  9.999999999999999e-43  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0864  HipA domain-containing protein  34.2 
 
 		 435 aa  174  1.9999999999999998e-42  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4338  HipA domain-containing protein  31.45 
 
 		 460 aa  172  1e-41  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.850917 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4200  hypothetical protein  34.16 
 
 		 414 aa  171  2e-41  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.250516 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2093  HipA domain-containing protein  32.56 
 
 		 412 aa  162  1e-38  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.244247  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4145  HipA-like  33.25 
 
 		 407 aa  160  4e-38  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.713937  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2365  HipA domain-containing protein  31.23 
 
 		 411 aa  155  2e-36  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0940993  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2868  hypothetical protein  30.66 
 
 		 430 aa  152  1e-35  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3717  HipA domain protein  31.68 
 
 		 435 aa  149  9e-35  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.880345  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1983  HipA domain-containing protein  33.77 
 
 		 420 aa  145  2e-33  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.435879  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1246  hypothetical protein  32.41 
 
 		 387 aa  142  9e-33  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0896  HipA domain-containing protein  35.04 
 
 		 409 aa  141  3e-32  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2931  hypothetical protein  33.87 
 
 		 419 aa  139  7e-32  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.431501  n/a   
 
 
-
 
NC_008741  Dvul_2958  HipA domain-containing protein  31.03 
 
 		 431 aa  137  4e-31  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7006  HipA domain protein  30.81 
 
 		 440 aa  137  5e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2399  hypothetical protein  30.64 
 
 		 387 aa  136  8e-31  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0263  HipA domain-containing protein  30 
 
 		 430 aa  135  1.9999999999999998e-30  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0325  HipA domain protein  30.69 
 
 		 430 aa  134  1.9999999999999998e-30  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4463  HipA domain-containing protein  33.65 
 
 		 440 aa  133  5e-30  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2039  amidophosphoribosyl transferase  28.46 
 
 		 404 aa  132  9e-30  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00079  Amidophosphoribosyl transferase  28.99 
 
 		 330 aa  126  6e-28  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3279  HipA domain protein  32.33 
 
 		 420 aa  122  9.999999999999999e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.153165  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0522  hypothetical protein  28.13 
 
 		 408 aa  112  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008759  Pnap_4918  HipA domain-containing protein  29.85 
 
 		 429 aa  110  3e-23  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.53112 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0226  HipA domain protein  29.77 
 
 		 417 aa  107  6e-22  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4035  HipA-like  30.89 
 
 		 419 aa  96.7  7e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.190145  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4331  HipA domain-containing protein  30.89 
 
 		 419 aa  96.7  7e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.842416  normal  0.577395 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4128  HipA domain-containing protein  30.24 
 
 		 431 aa  96.7  7e-19  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.871834  normal  0.173226 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03320  hypothetical protein  29.05 
 
 		 407 aa  96.3  8e-19  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.79257  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0495  HipA domain-containing protein  27.72 
 
 		 411 aa  94.7  3e-18  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3753  HipA domain-containing protein  30.28 
 
 		 419 aa  93.2  7e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4226  hypothetical protein  82.35 
 
 		 141 aa  92.4  1e-17  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2924  hypothetical protein  30.55 
 
 		 431 aa  92  2e-17  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.000413391  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4227  HipA domain-containing protein  29.66 
 
 		 419 aa  90.5  5e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1474  HipA domain protein  27.79 
 
 		 426 aa  89.7  9e-17  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.738708  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1137  hypothetical protein  29.38 
 
 		 418 aa  89.4  1e-16  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.185234  normal  0.0419305 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1566  HipA-like  25.46 
 
 		 405 aa  88.2  3e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0261  HipA domain protein  30.92 
 
 		 152 aa  83.6  0.000000000000007  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2229  HipA domain protein  25.3 
 
 		 429 aa  80.9  0.00000000000004  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3781  hypothetical protein  26.71 
 
 		 430 aa  80.5  0.00000000000006  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.42028 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4376  HipA domain-containing protein  25.42 
 
 		 429 aa  79.7  0.00000000000008  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0338797  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2599  HipA domain-containing protein  30.64 
 
 		 444 aa  79.3  0.0000000000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4363  HipA domain-containing protein  26.17 
 
 		 449 aa  79  0.0000000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0212485  normal  0.0590338 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0159  HipA domain protein  28.86 
 
 		 380 aa  77.8  0.0000000000003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2426  HipA-like protein  26.75 
 
 		 430 aa  76.6  0.0000000000006  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.833222 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04069  HipA domain protein  26.28 
 
 		 424 aa  76.6  0.0000000000008  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0101  hypothetical protein  25.18 
 
 		 433 aa  74.7  0.000000000003  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.292641  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2264  HipA domain-containing protein  24.4 
 
 		 435 aa  72.4  0.00000000001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4311  HipA domain-containing protein  27.65 
 
 		 418 aa  72.8  0.00000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.340239  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0628  HipA domain-containing protein  25.71 
 
 		 392 aa  71.6  0.00000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000875188 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0465  HipA domain-containing protein  30.6 
 
 		 419 aa  72  0.00000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0092  hypothetical protein  27.05 
 
 		 432 aa  71.2  0.00000000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4190  hypothetical protein  37.1 
 
 		 295 aa  70.1  0.00000000007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.196944 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3588  HipA domain-containing protein  28.57 
 
 		 391 aa  68.2  0.0000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.252568  normal  0.492905 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0727  hypothetical protein  32.53 
 
 		 443 aa  68.2  0.0000000003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.13683  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0247  HipA domain-containing protein  28.26 
 
 		 318 aa  67.8  0.0000000003  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0109  HipA domain protein  24.24 
 
 		 435 aa  68.2  0.0000000003  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2664  hypothetical protein  26.39 
 
 		 439 aa  66.6  0.0000000007  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.309565  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1315  hypothetical protein  25.26 
 
 		 434 aa  66.6  0.0000000007  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0210  HipA domain protein  28.26 
 
 		 318 aa  67  0.0000000007  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1467  HipA domain protein  26.35 
 
 		 433 aa  66.2  0.000000001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00227623  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1299  HipA domain protein  27.84 
 
 		 395 aa  65.5  0.000000002  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0859  hypothetical protein  28.89 
 
 		 312 aa  62.4  0.00000002  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000274467 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2166  HipA domain protein  29.19 
 
 		 317 aa  62  0.00000002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0895292  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0494  hypothetical protein  22.93 
 
 		 318 aa  59.7  0.00000008  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4800  HipA N-terminal domain protein  30.43 
 
 		 453 aa  59.3  0.0000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2649  HipA-like  28.72 
 
 		 447 aa  58.9  0.0000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.354329  normal  1 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5419  HipA-like  26.03 
 
 		 448 aa  57.4  0.0000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2637  HipA domain-containing protein  26.78 
 
 		 433 aa  57  0.0000006  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000320909  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0153  HipA domain protein  30.08 
 
 		 305 aa  56.6  0.0000008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0903  hypothetical protein  27.08 
 
 		 462 aa  55.8  0.000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2281  protein related to capsule biosynthesis enzymes, HipA-like  26.95 
 
 		 430 aa  53.1  0.00001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.207014 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1252  HipA-like  26.03 
 
 		 434 aa  52.8  0.00001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6580  HipA domain-containing protein  26.03 
 
 		 434 aa  52.8  0.00001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0292  HipA N-terminal domain protein  28.57 
 
 		 414 aa  52.8  0.00001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30640  HipA protein  27.9 
 
 		 433 aa  52.8  0.00001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2955  HipA N-terminal domain protein  24.51 
 
 		 432 aa  52.8  0.00001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2292  hypothetical protein  26 
 
 		 312 aa  52  0.00002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>