More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_5485 on replicon NC_011988
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011988  Avi_5485  transcriptional regulator LysR family  100 
 
 		 318 aa  653    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.781611  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4833  LysR family transcriptional regulator  48.06 
 
 		 308 aa  297  1e-79  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.939705 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1932  LysR family transcriptional regulator  43.92 
 
 		 302 aa  257  2e-67  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.795465  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3148  LysR family transcriptional regulator  41.75 
 
 		 309 aa  256  5e-67  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.774562  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3057  LysR family transcriptional regulator  43.89 
 
 		 303 aa  244  9.999999999999999e-64  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.061728 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1227  LysR family transcriptional regulator  37.42 
 
 		 302 aa  199  3.9999999999999996e-50  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.268765  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6227  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  36.04 
 
 		 334 aa  198  1.0000000000000001e-49  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0896126  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0163  LysR family transcriptional regulator  35.88 
 
 		 303 aa  191  2e-47  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0866  LysR family transcriptional regulator  36.42 
 
 		 299 aa  190  2.9999999999999997e-47  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3434  LysR family transcriptional regulator  37.25 
 
 		 333 aa  184  1.0000000000000001e-45  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1535  LysR family transcriptional regulator  34.33 
 
 		 301 aa  181  1e-44  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.418397  hitchhiker  0.00238453 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3833  LysR family transcriptional regulator  35.62 
 
 		 308 aa  181  2e-44  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3196  nodulation protein d1  33.67 
 
 		 312 aa  178  1e-43  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.763305  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0853  LysR family transcriptional regulator  30.67 
 
 		 302 aa  173  2.9999999999999996e-42  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.255595  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2305  LysR family transcriptional regulator  34.08 
 
 		 316 aa  171  2e-41  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0089985 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4024  transcriptional regulator, LysR family  32.46 
 
 		 308 aa  169  4e-41  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.715762  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4915  transcriptional regulator, LysR family  32.56 
 
 		 315 aa  164  2.0000000000000002e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3538  transcriptional regulator, LysR family  34.97 
 
 		 337 aa  163  3e-39  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6212  LysR family transcriptional regulator  32.89 
 
 		 319 aa  163  4.0000000000000004e-39  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3423  LysR family transcriptional regulator  32.71 
 
 		 319 aa  158  1e-37  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0556291  normal  0.102163 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6183  LysR family transcriptional regulator  32.13 
 
 		 311 aa  157  3e-37  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.543426  normal  1 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7723  LysR family transcriptional regulator  33.77 
 
 		 304 aa  155  1e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.262185  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0846  LysR family transcriptional regulator  32.89 
 
 		 303 aa  150  3e-35  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5941  LysR family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 308 aa  145  6e-34  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.122613 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5932  putative transcriptional regulator  32.34 
 
 		 302 aa  142  6e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2046  LysR family transcriptional regulator  33 
 
 		 307 aa  140  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.663633  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0912  LysR family transcriptional regulator  31.63 
 
 		 311 aa  141  1.9999999999999998e-32  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00635337  normal  0.114981 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3150  LysR family transcriptional regulator  31.88 
 
 		 299 aa  140  3.9999999999999997e-32  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.266522  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68550  LysR family transcriptional regulator  32.34 
 
 		 302 aa  140  3.9999999999999997e-32  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.505107 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0378  LysR family transcriptional regulator  32.2 
 
 		 298 aa  139  6e-32  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3695  LysR family transcriptional regulator  32.67 
 
 		 326 aa  139  7.999999999999999e-32  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5035  transcriptional regulator, LysR family  31.6 
 
 		 310 aa  138  1e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.776496  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4311  transcriptional regulator, LysR family  29.33 
 
 		 309 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.386764  normal  0.967846 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3445  LysR family transcriptional regulator  31.74 
 
 		 322 aa  137  3.0000000000000003e-31  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000626744  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0642  LysR family transcriptional regulator  29.33 
 
 		 309 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.915851  normal  0.108834 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3446  LysR family transcriptional regulator  31.27 
 
 		 312 aa  136  4e-31  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000932924  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5026  transcriptional regulator, LysR family  30.46 
 
 		 327 aa  135  8e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3550  transcriptional regulator, LysR family  32.19 
 
 		 325 aa  135  9e-31  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1214  LysR family transcriptional regulator  27.15 
 
 		 314 aa  135  9e-31  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.134847  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3138  transcriptional regulator, LysR family protein  27.07 
 
 		 316 aa  135  9e-31  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.27318  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6228  LysR family transcriptional regulator  28.86 
 
 		 345 aa  134  9.999999999999999e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.196745  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6630  LysR family transcriptional regulator  28.86 
 
 		 320 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.466638  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6397  LysR family transcriptional regulator  28.86 
 
 		 320 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2352  transcriptional regulator, LysR family protein  29.26 
 
 		 314 aa  133  3.9999999999999996e-30  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000117377  decreased coverage  0.00000015924 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0352  transcriptional regulator, LysR family  28.87 
 
 		 299 aa  132  5e-30  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3336  transcriptional regulator, LysR family  31.1 
 
 		 306 aa  132  6e-30  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.347566 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4455  LysR family transcriptional regulator  29.97 
 
 		 307 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.326178 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2241  LysR, substrate-binding  29.07 
 
 		 309 aa  131  1.0000000000000001e-29  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4889  LysR family transcriptional regulator  28.81 
 
 		 309 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0044  LysR family transcriptional regulator  30.93 
 
 		 307 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1481  LysR family transcriptional regulator  30.93 
 
 		 308 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1550  LysR family transcriptional regulator  30.93 
 
 		 307 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0054  LysR family transcriptional regulator  30.93 
 
 		 307 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1198  LysR family transcriptional regulator  30.93 
 
 		 307 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.601339  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0052  LysR family transcriptional regulator  30.93 
 
 		 307 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1762  transcriptional regulator, LysR family  32.88 
 
 		 321 aa  130  3e-29  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0044  LysR family transcriptional regulator  31.19 
 
 		 307 aa  130  3e-29  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2042  LysR family transcriptional regulator  27.18 
 
 		 314 aa  130  4.0000000000000003e-29  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.557762  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0065  LysR family transcriptional regulator  30.93 
 
 		 307 aa  130  4.0000000000000003e-29  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.363781  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0144  transcription regulator protein  30.58 
 
 		 321 aa  129  5.0000000000000004e-29  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1231  LysR family transcriptional regulator  28.39 
 
 		 315 aa  128  1.0000000000000001e-28  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.864061  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1626  LysR family transcriptional regulator  27.59 
 
 		 329 aa  128  1.0000000000000001e-28  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.11884 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2490  LysR family transcriptional regulator  31.29 
 
 		 318 aa  128  1.0000000000000001e-28  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.234951  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1859  LysR family transcriptional regulator  27.59 
 
 		 329 aa  128  1.0000000000000001e-28  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.0738691 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1799  putative transcriptional regulator  29.33 
 
 		 304 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1767  LysR family transcriptional regulator  28.38 
 
 		 336 aa  127  3e-28  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.406374  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1036  transcriptional regulator, LysR family  29.07 
 
 		 320 aa  127  3e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2165  LysR family transcriptional regulator  32.03 
 
 		 310 aa  126  4.0000000000000003e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0776573  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001651  transcriptional regulator LysR family  27.21 
 
 		 319 aa  126  6e-28  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0693  LysR family transcriptional regulator  29.33 
 
 		 300 aa  125  9e-28  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1092  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  28.9 
 
 		 300 aa  125  1e-27  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0902  transcriptional regulator, LysR family  28.72 
 
 		 321 aa  125  1e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6632  LysR family transcriptional regulator  32.11 
 
 		 310 aa  124  3e-27  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.946509  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2666  LysR family transcriptional regulator  29.93 
 
 		 304 aa  123  3e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.380766 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5030  transcriptional regulator, LysR family  27.89 
 
 		 316 aa  123  3e-27  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.381817  normal  0.43412 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21080  LysR family transcriptional activator  29 
 
 		 304 aa  123  5e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1962  LysR family transcriptional regulator  30.85 
 
 		 307 aa  122  6e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00823  leucine transcriptional activator  26.19 
 
 		 319 aa  121  9.999999999999999e-27  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01325  transcriptional regulator, LysR family protein  25.64 
 
 		 314 aa  122  9.999999999999999e-27  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0111496  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2956  LysR family transcriptional regulator  30.61 
 
 		 304 aa  122  9.999999999999999e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.801513 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3088  LysR family transcriptional regulator  29.45 
 
 		 301 aa  122  9.999999999999999e-27  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.991899 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2387  LysR family transcriptional regulator  29.79 
 
 		 303 aa  121  1.9999999999999998e-26  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1157  LysR family transcriptional regulator  31.4 
 
 		 320 aa  121  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0192755  normal  0.578291 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2535  transcriptional regulator, LysR family  28.33 
 
 		 307 aa  121  1.9999999999999998e-26  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.799798 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3385  LysR family transcriptional regulator  26.67 
 
 		 316 aa  121  1.9999999999999998e-26  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.521059  normal  0.192926 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0969  LysR family transcriptional regulator  29.19 
 
 		 313 aa  120  1.9999999999999998e-26  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.233069  normal  0.0392284 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1755  LysR family transcriptional regulator  26.33 
 
 		 317 aa  120  3e-26  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0702  transcriptional regulator, LysR family  28 
 
 		 310 aa  120  3e-26  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5101  LysR family transcriptional regulator  30.82 
 
 		 315 aa  120  3e-26  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.428224  normal  0.402017 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01749  Transcriptional Regulator, LysR family protein  26.49 
 
 		 300 aa  120  3e-26  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.122215  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2436  LysR family transcriptional regulator  25.72 
 
 		 308 aa  120  3.9999999999999996e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2863  LysR family transcriptional regulator  29.93 
 
 		 304 aa  120  3.9999999999999996e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4518  LysR substrate-binding  27.07 
 
 		 319 aa  120  3.9999999999999996e-26  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4978  transcriptional regulator, LysR family  27.07 
 
 		 319 aa  120  3.9999999999999996e-26  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  decreased coverage  0.00475669  normal  0.0695462 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2826  transcriptional regulator MexT  29.93 
 
 		 304 aa  119  6e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.663633  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2746  transcriptional regulator MexT  31.06 
 
 		 304 aa  119  9e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1973  LysR family transcriptional regulator  27.95 
 
 		 308 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32410  transcriptional regulator MexT  31.06 
 
 		 304 aa  119  9.999999999999999e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.282605  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1003  LysR family transcriptional regulator  28.86 
 
 		 315 aa  117  1.9999999999999998e-25  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1974  LysR family transcriptional regulator  27.53 
 
 		 317 aa  117  1.9999999999999998e-25  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>