More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_3254 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011989  Avi_3254  vgrG protein  100 
 
 		 710 aa  1462    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7557  vgrG protein  66.51 
 
 		 653 aa  880    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7056  vgrG protein  57.22 
 
 		 741 aa  869    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0833871  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3392  vgrG protein  63.52 
 
 		 695 aa  929    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.92482  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1646  vgrG protein  55.67 
 
 		 800 aa  862    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3020  Rhs element Vgr protein  45.53 
 
 		 738 aa  639    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.988422  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2758  vgrG protein  57.63 
 
 		 774 aa  884    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01160  hypothetical protein  32.2 
 
 		 741 aa  350  5e-95  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.73633  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0169  hypothetical protein  32.24 
 
 		 741 aa  350  6e-95  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2332  Rhs element Vgr protein  31.64 
 
 		 741 aa  341  2.9999999999999998e-92  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00996193  normal  0.0126654 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3960  hypothetical protein  31.88 
 
 		 689 aa  333  7.000000000000001e-90  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29390  hypothetical protein  30.93 
 
 		 689 aa  327  4.0000000000000003e-88  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0163  hypothetical protein  34.74 
 
 		 646 aa  318  2e-85  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.766784  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01110  hypothetical protein  34.1 
 
 		 643 aa  315  1.9999999999999998e-84  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.124023  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2127  Rhs element Vgr protein  30.63 
 
 		 748 aa  313  4.999999999999999e-84  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.519632 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3486  Rhs element Vgr protein  30.93 
 
 		 774 aa  313  6.999999999999999e-84  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.740933  normal  0.610265 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1155  type VI secretion system Vgr family protein  29.68 
 
 		 706 aa  313  7.999999999999999e-84  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0542625  normal  0.843476 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3035  type VI secretion system Vgr family protein  30.51 
 
 		 683 aa  311  2e-83  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2360  Rhs element Vgr protein  30.53 
 
 		 618 aa  312  2e-83  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1216  type VI secretion system Vgr family protein  31.02 
 
 		 683 aa  311  2.9999999999999997e-83  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3133  Rhs element Vgr protein  29.66 
 
 		 767 aa  308  2.0000000000000002e-82  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.054847  normal  0.114782 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3489  hypothetical protein  29.4 
 
 		 767 aa  307  4.0000000000000004e-82  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.159566  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4483  type VI secretion system Vgr family protein  31.63 
 
 		 778 aa  302  1e-80  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1191  Rhs element Vgr protein  29.31 
 
 		 703 aa  300  5e-80  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3752  Rhs element Vgr protein  29.64 
 
 		 755 aa  299  1e-79  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.617325 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0286  Rhs element Vgr protein:Gp5-like  30.92 
 
 		 709 aa  297  4e-79  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.856224 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2735  Rhs element Vgr protein  30.33 
 
 		 788 aa  297  5e-79  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0298298  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4009  Rhs element Vgr protein  29.27 
 
 		 756 aa  296  7e-79  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0849352  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4080  type VI secretion system Vgr family protein  27.9 
 
 		 771 aa  296  1e-78  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000279673 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1436  Rhs element Vgr protein  31.85 
 
 		 661 aa  296  1e-78  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.064161  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2357  type VI secretion system Vgr family protein  32.14 
 
 		 619 aa  295  2e-78  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.116837 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2953  Rhs element Vgr protein  29.01 
 
 		 734 aa  295  2e-78  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.527761  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0241  Rhs element Vgr protein  28.54 
 
 		 907 aa  295  2e-78  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0410  Rhs element Vgr protein  29.01 
 
 		 734 aa  294  3e-78  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.447319  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1790  Rhs element Vgr protein  29.01 
 
 		 734 aa  294  3e-78  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.129982  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0265  Rhs element Vgr protein  28.86 
 
 		 731 aa  294  3e-78  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0460  Rhs element Vgr protein  29.01 
 
 		 734 aa  294  3e-78  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.141236  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1607  Rhs element Vgr protein  29.01 
 
 		 734 aa  294  3e-78  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2828  Rhs element Vgr protein  29.01 
 
 		 734 aa  294  3e-78  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2568  Rhs element Vgr protein  31.74 
 
 		 661 aa  294  4e-78  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1401  Rhs element Vgr protein  31.57 
 
 		 661 aa  294  4e-78  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.764688  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1320  Rhs element Vgr protein  31.57 
 
 		 661 aa  294  5e-78  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.249702  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000448  VgrG protein  31.02 
 
 		 692 aa  293  8e-78  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.000000107078  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0240  Rhs element Vgr protein  31.57 
 
 		 661 aa  293  9e-78  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1269  Rhs element Vgr protein  31.57 
 
 		 661 aa  293  9e-78  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0412192  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0698  type VI secretion system Vgr family protein  28.72 
 
 		 792 aa  293  9e-78  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1057  Rhs element Vgr protein  31.57 
 
 		 661 aa  293  9e-78  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.517121  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0511  Rhs element Vgr protein  31.57 
 
 		 661 aa  293  9e-78  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2439  type VI secretion system Vgr family protein  28.91 
 
 		 712 aa  292  1e-77  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1193  Rhs element Vgr protein  28.96 
 
 		 731 aa  292  2e-77  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.598361  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05870  hypothetical protein  31 
 
 		 692 aa  291  2e-77  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0300  type VI secretion system Vgr family protein  31.06 
 
 		 794 aa  291  3e-77  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0696  putative VgrG protein  29.78 
 
 		 741 aa  285  1.0000000000000001e-75  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3868  type VI secretion system Vgr family protein  28.14 
 
 		 730 aa  286  1.0000000000000001e-75  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0373872  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2808  Rhs element Vgr protein  28.08 
 
 		 734 aa  286  1.0000000000000001e-75  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011311  VSAL_p840_36  VgrG protein, VgrG-2  30 
 
 		 754 aa  285  2.0000000000000002e-75  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2455  Rhs element Vgr protein  29.11 
 
 		 783 aa  284  4.0000000000000003e-75  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0279877  normal  0.549341 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0764  type VI secretion system Vgr family protein  29.62 
 
 		 741 aa  284  5.000000000000001e-75  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00256  Rhs-family protein  30.33 
 
 		 645 aa  283  8.000000000000001e-75  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05480  Vgr-related protein  33.39 
 
 		 760 aa  283  1e-74  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.103681 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2047  Rhs element Vgr protein  32.59 
 
 		 572 aa  282  2e-74  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3430  putative VGR-related protein  32.84 
 
 		 921 aa  281  3e-74  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3415  Rhs element Vgr protein  34.64 
 
 		 669 aa  281  4e-74  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.960838  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1173  Rhs element Vgr protein  27.8 
 
 		 734 aa  280  5e-74  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1607  type VI secretion system Vgr family protein  31.79 
 
 		 616 aa  280  7e-74  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2696  type VI secretion system Vgr family protein  32.18 
 
 		 615 aa  280  8e-74  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.187576  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2559  type VI secretion system Vgr family protein  31.85 
 
 		 618 aa  278  3e-73  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3783  Rhs element Vgr protein  28.29 
 
 		 785 aa  276  8e-73  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.757692  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0648  type VI secretion system Vgr family protein  31.62 
 
 		 609 aa  276  9e-73  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5985  type VI secretion system Vgr family protein  31.05 
 
 		 641 aa  276  1.0000000000000001e-72  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1358  VgrG preotein, VgrG-2  29.51 
 
 		 754 aa  275  2.0000000000000002e-72  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2517  type VI secretion system Vgr family protein  31.38 
 
 		 616 aa  275  3e-72  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5436  Rhs element Vgr protein  33.27 
 
 		 680 aa  274  4.0000000000000004e-72  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1502  type VI secretion system Vgr family protein  31.66 
 
 		 617 aa  273  7e-72  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2188  type VI secretion system Vgr family protein  31.25 
 
 		 656 aa  273  8.000000000000001e-72  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.33539  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3238  type VI secretion system Vgr family protein  30.28 
 
 		 678 aa  273  1e-71  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_26600  Rhs element Vgr protein  30.62 
 
 		 687 aa  273  1e-71  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.417964  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1162  type VI secretion system Vgr family protein  32.08 
 
 		 617 aa  272  1e-71  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.754803  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5415  Rhs element Vgr protein  33.16 
 
 		 678 aa  271  2e-71  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_33960  hypothetical protein  31.58 
 
 		 668 aa  271  2e-71  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000148732  normal  0.101757 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0418  type VI secretion system Vgr family protein  31.66 
 
 		 617 aa  271  2.9999999999999997e-71  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6212  type VI secretion system Vgr family protein  33.71 
 
 		 716 aa  270  5e-71  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0401  type VI secretion system Vgr family protein  29.16 
 
 		 740 aa  270  7e-71  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0345  type VI secretion system Vgr family protein  31.71 
 
 		 619 aa  270  8e-71  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0646  Rhs element Vgr protein  34.14 
 
 		 700 aa  270  8.999999999999999e-71  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0177013  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0328  Rhs element Vgr protein  29.16 
 
 		 740 aa  270  8.999999999999999e-71  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0107  Rhs element Vgr protein  33.65 
 
 		 693 aa  268  4e-70  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4488  Rhs element Vgr protein  32.33 
 
 		 702 aa  267  5e-70  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5259  type VI secretion system Vgr family protein  33.45 
 
 		 706 aa  266  7e-70  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3342  Rhs element Vgr protein  33.45 
 
 		 706 aa  266  7e-70  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5025  Rhs element Vgr protein  33.45 
 
 		 706 aa  266  7e-70  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.118599 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2044  Rhs element Vgr protein  33.01 
 
 		 680 aa  266  8e-70  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.909849  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1581  Rhs element Vgr protein  27.41 
 
 		 757 aa  266  8e-70  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.206829 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3019  type VI secretion system Vgr family protein  30.34 
 
 		 1048 aa  265  2e-69  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.103132  normal  1 
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6682  type VI secretion system Vgr family protein  28.51 
 
 		 1057 aa  265  2e-69  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5574  Rhs element Vgr protein  32.45 
 
 		 741 aa  265  2e-69  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.151496 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3015  Rhs element Vgr protein  30.11 
 
 		 645 aa  265  3e-69  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_18985  hypothetical protein  30.52 
 
 		 808 aa  265  3e-69  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000000261066  normal  0.267032 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3454  type VI secretion system Vgr family protein  30.76 
 
 		 655 aa  264  4e-69  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01965  hypothetical protein  29.44 
 
 		 771 aa  264  4e-69  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>