More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RS05480 on replicon NC_003296
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_003295  RSc3430  putative VGR-related protein  62.62 
 
 
921 aa  935    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5025  Rhs element Vgr protein  56.23 
 
 
706 aa  835    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.118599 
 
 
-
 
NC_003296  RS05480  Vgr-related protein  100 
 
 
760 aa  1576    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.103681 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5259  type VI secretion system Vgr family protein  57.12 
 
 
706 aa  832    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0646  Rhs element Vgr protein  57.79 
 
 
700 aa  768    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0177013  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4953  type VI secretion system Vgr family protein  58.36 
 
 
706 aa  853    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.836014 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3342  Rhs element Vgr protein  56.23 
 
 
706 aa  835    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6212  type VI secretion system Vgr family protein  56.97 
 
 
716 aa  758    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3035  type VI secretion system Vgr family protein  33.77 
 
 
683 aa  370  1e-101  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0163  hypothetical protein  36.55 
 
 
646 aa  365  2e-99  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.766784  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3960  hypothetical protein  33.43 
 
 
689 aa  364  4e-99  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1216  type VI secretion system Vgr family protein  34.82 
 
 
683 aa  362  2e-98  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29390  hypothetical protein  33.19 
 
 
689 aa  362  2e-98  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0169  hypothetical protein  33.88 
 
 
741 aa  358  1.9999999999999998e-97  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01110  hypothetical protein  36.27 
 
 
643 aa  357  5e-97  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.124023  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2332  Rhs element Vgr protein  34.6 
 
 
741 aa  356  6.999999999999999e-97  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00996193  normal  0.0126654 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01160  hypothetical protein  33.73 
 
 
741 aa  355  1e-96  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.73633  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2568  Rhs element Vgr protein  32.4 
 
 
661 aa  346  1e-93  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0511  Rhs element Vgr protein  32.1 
 
 
661 aa  345  2e-93  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1320  Rhs element Vgr protein  32.25 
 
 
661 aa  345  2e-93  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.249702  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1269  Rhs element Vgr protein  32.1 
 
 
661 aa  345  2e-93  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0412192  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1057  Rhs element Vgr protein  32.1 
 
 
661 aa  345  2e-93  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.517121  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0240  Rhs element Vgr protein  32.1 
 
 
661 aa  345  2e-93  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1401  Rhs element Vgr protein  32.1 
 
 
661 aa  344  2.9999999999999997e-93  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.764688  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1436  Rhs element Vgr protein  32.55 
 
 
661 aa  343  5e-93  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.064161  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2357  type VI secretion system Vgr family protein  32.63 
 
 
619 aa  337  5.999999999999999e-91  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.116837 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7557  vgrG protein  35.3 
 
 
653 aa  333  1e-89  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1191  Rhs element Vgr protein  33.97 
 
 
703 aa  332  1e-89  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3392  vgrG protein  33.19 
 
 
695 aa  332  2e-89  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.92482  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2758  vgrG protein  35.55 
 
 
774 aa  329  1.0000000000000001e-88  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1646  vgrG protein  36.25 
 
 
800 aa  329  1.0000000000000001e-88  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2517  type VI secretion system Vgr family protein  32.47 
 
 
616 aa  322  1.9999999999999998e-86  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7056  vgrG protein  34.62 
 
 
741 aa  319  1e-85  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0833871  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3106  hypothetical protein  31.08 
 
 
618 aa  315  1.9999999999999998e-84  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.166384  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00004  Rhs element Vgr protein, putative  29.78 
 
 
748 aa  312  2e-83  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3489  hypothetical protein  34.95 
 
 
767 aa  310  8e-83  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.159566  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3133  Rhs element Vgr protein  34.79 
 
 
767 aa  308  3e-82  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.054847  normal  0.114782 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2760  type VI secretion system Vgr family protein  32.98 
 
 
613 aa  307  4.0000000000000004e-82  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.68949 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2618  Rhs element Vgr protein  31.9 
 
 
618 aa  305  2.0000000000000002e-81  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.576781 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3415  Rhs element Vgr protein  34.2 
 
 
669 aa  304  4.0000000000000003e-81  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.960838  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4983  Rhs element Vgr protein  29.5 
 
 
614 aa  302  2e-80  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_33960  hypothetical protein  33.28 
 
 
668 aa  301  3e-80  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000148732  normal  0.101757 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3254  vgrG protein  33.39 
 
 
710 aa  300  6e-80  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2888  hypothetical protein  34.39 
 
 
668 aa  298  2e-79  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.882104  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01965  hypothetical protein  32.35 
 
 
771 aa  296  7e-79  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50870  Rhs element Vgr protein  34.77 
 
 
668 aa  295  2e-78  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1581  Rhs element Vgr protein  31.51 
 
 
757 aa  295  2e-78  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.206829 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2865  type VI secretion system Vgr family protein  31.28 
 
 
780 aa  293  8e-78  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0201  type VI secretion system Vgr family protein  31.53 
 
 
777 aa  293  9e-78  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05870  hypothetical protein  29.96 
 
 
692 aa  291  2e-77  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4429  Rhs element Vgr protein  29.39 
 
 
724 aa  290  6e-77  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.868556 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4080  type VI secretion system Vgr family protein  32.02 
 
 
771 aa  289  1e-76  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000279673 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0339  putative VgrG protein  29.51 
 
 
732 aa  289  1e-76  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000448  VgrG protein  29.85 
 
 
692 aa  289  1e-76  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.000000107078  n/a   
 
 
-
 
NC_011311  VSAL_p840_36  VgrG protein, VgrG-2  31.49 
 
 
754 aa  288  2e-76  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2808  Rhs element Vgr protein  32.67 
 
 
734 aa  286  7e-76  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1173  Rhs element Vgr protein  30.37 
 
 
734 aa  286  9e-76  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2744  type VI secretion system Vgr family protein  32.55 
 
 
851 aa  283  7.000000000000001e-75  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4080  Rhs element Vgr protein  32.68 
 
 
853 aa  282  1e-74  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2953  Rhs element Vgr protein  29.33 
 
 
734 aa  282  2e-74  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.527761  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0460  Rhs element Vgr protein  29.33 
 
 
734 aa  281  3e-74  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.141236  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0410  Rhs element Vgr protein  29.33 
 
 
734 aa  281  3e-74  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.447319  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1790  Rhs element Vgr protein  29.33 
 
 
734 aa  281  3e-74  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.129982  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2828  Rhs element Vgr protein  29.33 
 
 
734 aa  281  3e-74  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1607  Rhs element Vgr protein  29.33 
 
 
734 aa  281  3e-74  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1193  Rhs element Vgr protein  29.4 
 
 
731 aa  281  4e-74  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.598361  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3778  type VI secretion system Vgr family protein  31.09 
 
 
796 aa  280  6e-74  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.938556  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0265  Rhs element Vgr protein  28.71 
 
 
731 aa  279  2e-73  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1358  VgrG preotein, VgrG-2  30.19 
 
 
754 aa  278  2e-73  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2094  Rhs element Vgr protein  34.03 
 
 
646 aa  275  3e-72  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.730907  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4009  Rhs element Vgr protein  30.52 
 
 
756 aa  273  6e-72  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0849352  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0322  Rhs-family protein  32.87 
 
 
730 aa  273  8.000000000000001e-72  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.0393811 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2360  Rhs element Vgr protein  29.66 
 
 
618 aa  273  9e-72  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0796  Rhs element Vgr protein  32.28 
 
 
763 aa  273  1e-71  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3486  Rhs element Vgr protein  31.14 
 
 
774 aa  273  1e-71  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.740933  normal  0.610265 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2081  Rhs element Vgr protein  32.28 
 
 
763 aa  273  1e-71  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1036  Rhs element Vgr protein  32.52 
 
 
748 aa  272  2e-71  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.288355  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0445  Rhs element Vgr protein  32.52 
 
 
748 aa  272  2e-71  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0707  Rhs element Vgr protein  32.28 
 
 
763 aa  272  2e-71  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2735  Rhs element Vgr protein  30.29 
 
 
788 aa  271  2e-71  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0298298  normal 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2010  Rhs element Vgr protein  32.52 
 
 
748 aa  272  2e-71  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0741  Rhs element Vgr protein  32.52 
 
 
748 aa  272  2e-71  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0310  Rhs family protein  32.35 
 
 
729 aa  271  2.9999999999999997e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.261642  normal  0.473286 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0241  Rhs element Vgr protein  30.9 
 
 
907 aa  271  2.9999999999999997e-71  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2127  Rhs element Vgr protein  30.38 
 
 
748 aa  270  5e-71  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.519632 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1894  Rhs element Vgr protein  31.72 
 
 
763 aa  270  5e-71  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4187  Rhs element Vgr protein  31.84 
 
 
769 aa  271  5e-71  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0286  Rhs element Vgr protein:Gp5-like  30.98 
 
 
709 aa  270  8e-71  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.856224 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1162  type VI secretion system Vgr family protein  33.81 
 
 
617 aa  269  1e-70  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.754803  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0319  Rhs family protein  32.17 
 
 
729 aa  268  2e-70  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.946115  normal  0.027027 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0329  Rhs family protein  32.26 
 
 
743 aa  268  2.9999999999999995e-70  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.312709  normal  0.985789 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0401  type VI secretion system Vgr family protein  31.64 
 
 
740 aa  268  2.9999999999999995e-70  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1155  type VI secretion system Vgr family protein  31.73 
 
 
706 aa  268  2.9999999999999995e-70  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0542625  normal  0.843476 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00256  Rhs-family protein  31.09 
 
 
645 aa  268  4e-70  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_26600  Rhs element Vgr protein  32.89 
 
 
687 aa  267  4e-70  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.417964  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0328  Rhs element Vgr protein  31.64 
 
 
740 aa  267  4e-70  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3015  Rhs element Vgr protein  32.26 
 
 
645 aa  267  5e-70  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3752  Rhs element Vgr protein  30.09 
 
 
755 aa  267  5.999999999999999e-70  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.617325 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1726  Rhs element Vgr protein  31.15 
 
 
642 aa  266  7e-70  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2439  type VI secretion system Vgr family protein  31.99 
 
 
712 aa  266  1e-69  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>