78 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Apar_1225 on replicon NC_013203
Organism: Atopobium parvulum DSM 20469



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013203  Apar_1225  hypothetical protein  100 
 
 		 459 aa  942    Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  0.438073 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3777  restriction endonuclease S subunits-like protein  30.34 
 
 		 419 aa  122  9.999999999999999e-27  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3850  restriction endonuclease S subunits-like protein  30.34 
 
 		 419 aa  122  9.999999999999999e-27  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.554786  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1897  restriction modification system DNA specificity subunit  36.48 
 
 		 611 aa  98.6  2e-19  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00184495 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2093  restriction modification system DNA specificity subunit  24.6 
 
 		 477 aa  98.2  3e-19  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2875  restriction modification system DNA specificity domain protein  38.15 
 
 		 390 aa  97.1  7e-19  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4714  restriction modification system DNA specificity domain  35.94 
 
 		 380 aa  95.9  1e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.232226  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2862  restriction modification system DNA specificity subunit  34.18 
 
 		 589 aa  95.5  2e-18  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1414  restriction modification system DNA specificity domain  25.62 
 
 		 447 aa  92.8  1e-17  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  decreased coverage  0.00014984  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2976  restriction modification system DNA specificity domain protein  31.77 
 
 		 238 aa  91.3  3e-17  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1991  restriction modification system DNA specificity domain  28.95 
 
 		 490 aa  91.3  4e-17  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.120232  normal  0.112136 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1160  restriction modification system DNA specificity subunit  35 
 
 		 407 aa  89.7  1e-16  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4611  restriction modification system DNA specificity subunit  32.09 
 
 		 561 aa  86.3  0.000000000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.483614  hitchhiker  0.0000795371 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1492  restriction modification system DNA specificity subunit  31.25 
 
 		 479 aa  85.1  0.000000000000002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0390  restriction modification system DNA specificity domain protein  28.67 
 
 		 642 aa  84  0.000000000000005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000219621 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1204  restriction modification system DNA specificity subunit  30.97 
 
 		 547 aa  80.5  0.00000000000006  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.340549  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0854  restriction modification system DNA specificity subunit  36.57 
 
 		 595 aa  78.2  0.0000000000003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.221182  normal  0.0643125 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4761  type I restriction modification DNA specificity domain-containing protein  27.13 
 
 		 428 aa  77.4  0.0000000000005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0198  restriction modification system DNA specificity domain protein  36.36 
 
 		 386 aa  73.2  0.000000000009  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.719886  decreased coverage  0.000218103 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0900  restriction modification system DNA specificity domain protein  22.83 
 
 		 471 aa  70.1  0.00000000007  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.963501 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4012  restriction modification system DNA specificity subunit  24.53 
 
 		 436 aa  65.5  0.000000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.848484  normal  0.567977 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3649  restriction modification system DNA specificity domain protein  30.11 
 
 		 464 aa  63.2  0.000000009  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3089  restriction modification system DNA specificity domain protein  26.17 
 
 		 520 aa  63.2  0.00000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.497517  normal  0.376247 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3120  hypothetical protein  31.34 
 
 		 233 aa  62  0.00000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.239583  normal  1 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0842  hypothetical protein  33.04 
 
 		 446 aa  59.3  0.0000001  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.229597  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0735  restriction modification system DNA specificity subunit  22.34 
 
 		 392 aa  58.2  0.0000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.142305 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0030  restriction modification system DNA specificity subunit  26.13 
 
 		 435 aa  56.2  0.000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.534213  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2688  restriction endonuclease S subunits-like  28.45 
 
 		 487 aa  56.2  0.000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.165356  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3793  restriction modification system DNA specificity subunit  20.81 
 
 		 425 aa  55.5  0.000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3719  restriction modification system DNA specificity subunit  25 
 
 		 585 aa  54.7  0.000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3985  restriction modification system DNA specificity subunit  27.89 
 
 		 401 aa  55.1  0.000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1643  restriction modification system DNA specificity domain protein  25.87 
 
 		 428 aa  54.3  0.000004  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1671  restriction modification system DNA specificity subunit  23.9 
 
 		 442 aa  53.9  0.000005  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.517259  hitchhiker  0.00037426 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_13680  hypothetical protein  23.36 
 
 		 354 aa  53.9  0.000006  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.247083  normal  0.424884 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5008  Restriction endonuclease S subunits-like protein  22.12 
 
 		 465 aa  53.5  0.000007  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.441656 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0804  restriction modification system DNA specificity subunit  25.44 
 
 		 368 aa  53.5  0.000008  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.526121  normal  0.427419 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5859  putative type I restriction-modification system, S subunit  25 
 
 		 584 aa  53.5  0.000008  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1221  restriction modification system DNA specificity subunit  23.67 
 
 		 463 aa  53.1  0.000009  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1144  restriction modification system DNA specificity subunit  24.73 
 
 		 473 aa  52.8  0.00001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2409  restriction modification system DNA specificity subunit  23.39 
 
 		 442 aa  52.8  0.00001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.39474  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03610  type I site-specific deoxyribonuclease  21.24 
 
 		 360 aa  52  0.00002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0387  restriction modification system DNA specificity domain  29.37 
 
 		 435 aa  51.2  0.00004  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0681662  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2226  restriction modification system DNA specificity subunit  22.42 
 
 		 451 aa  50.8  0.00004  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.890862  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2214  restriction modification system DNA specificity domain protein  29 
 
 		 457 aa  50.8  0.00005  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1357  restriction modification system DNA specificity domain  23.18 
 
 		 425 aa  50.4  0.00006  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0971497  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3272  type I restriction-modification system specificity subunit  22.11 
 
 		 492 aa  50.8  0.00006  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.425878  normal  0.243207 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1858  restriction modification system DNA specificity subunit  28.99 
 
 		 456 aa  50.4  0.00006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3180  restriction modification system DNA specificity domain protein  23.51 
 
 		 390 aa  50.1  0.00009  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_03130  hypothetical protein  26 
 
 		 208 aa  49.7  0.0001  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.0551237  hitchhiker  0.00000000000000986658 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2682  putative restriction endonuclease S subunit  28.83 
 
 		 400 aa  48.1  0.0003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.845062  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1095  restriction modification system DNA specificity subunit  24.34 
 
 		 450 aa  48.1  0.0003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1674  restriction modification system DNA specificity domain protein  28.15 
 
 		 477 aa  47.4  0.0005  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04061  type I restriction-modification system methyltransferase subunit  24.18 
 
 		 703 aa  47.4  0.0005  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1071  restriction modification system DNA specificity subunit  25.54 
 
 		 429 aa  47.4  0.0006  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4083  restriction modification system DNA specificity subunit  29.22 
 
 		 409 aa  47  0.0007  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2200  type I restriction-modification system specificity subunit  21.84 
 
 		 461 aa  47  0.0007  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.844306  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0086  restriction modification system DNA specificity protein  24.85 
 
 		 538 aa  46.2  0.001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1237  restriction modification system DNA specificity subunit  27.27 
 
 		 633 aa  46.2  0.001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0610  restriction modification system DNA specificity subunit  24.26 
 
 		 730 aa  46.2  0.001  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2496  subunit S of type I restriction-modification system  30 
 
 		 565 aa  46.2  0.001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00268922  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1015  restriction modification system DNA specificity subunit  20.85 
 
 		 575 aa  46.6  0.001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3199  restriction modification system DNA specificity subunit  28.21 
 
 		 400 aa  46.2  0.001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.365834  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1526  restriction endonuclease S subunits-like  25.85 
 
 		 386 aa  46.6  0.001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0287  type I restriction modification DNA specificity domain-containing protein  23.98 
 
 		 471 aa  46.2  0.001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3499  restriction modification system DNA specificity subunit  24.14 
 
 		 405 aa  46.6  0.001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.082109 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_03180  hypothetical protein  28.68 
 
 		 159 aa  45.8  0.002  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000950219 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4139  restriction modification system DNA specificity domain protein  23.7 
 
 		 238 aa  45.8  0.002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4240  Restriction endonuclease S subunits-like protein  29.03 
 
 		 436 aa  45.4  0.002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0605  restriction modification system DNA specificity subunit  28.48 
 
 		 453 aa  44.3  0.004  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05614  type I restriction-modification system S subunit  27.75 
 
 		 432 aa  44.3  0.005  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1783  restriction modification system DNA specificity subunit  33.71 
 
 		 448 aa  43.9  0.006  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.311566 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_22810  hypothetical protein  23.33 
 
 		 418 aa  43.9  0.006  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.2219 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1496  restriction modification system DNA specificity domain protein  33.73 
 
 		 427 aa  43.5  0.007  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.136919  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3607  restriction modification system, type I  30.21 
 
 		 396 aa  43.5  0.007  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2009  restriction modification system DNA specificity domain  25.66 
 
 		 423 aa  43.9  0.007  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.999718  normal  0.91224 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2378  type I restriction-modification system, S subunit  25.66 
 
 		 383 aa  43.5  0.008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3173  restriction modification system, type I  26.19 
 
 		 394 aa  43.5  0.008  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000000000252983 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0515  type I restriction-modification system (specificity subunit)  26.88 
 
 		 263 aa  43.1  0.009  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>