More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Apar_0839 on replicon NC_013203
Organism: Atopobium parvulum DSM 20469



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013203  Apar_0839  pseudouridine synthase, RluA family  100 
 
 
336 aa  689    Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00962928 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1559  pseudouridine synthase, RluA family  52.85 
 
 
344 aa  333  3e-90  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.627219  hitchhiker  0.0055148 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_06360  pseudouridine synthase, RluA family  53.89 
 
 
347 aa  323  4e-87  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.465588  normal  0.220334 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_10900  pseudouridine synthase, RluA family  50.47 
 
 
320 aa  295  8e-79  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.631494  unclonable  0.00000000285325 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1911  pseudouridine synthase, RluA family  42.9 
 
 
304 aa  228  1e-58  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1041  pseudouridine synthase, RluA family  41.99 
 
 
304 aa  227  2e-58  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.0000000000866742  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1112  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  43.41 
 
 
313 aa  225  1e-57  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.0997976  normal  0.952064 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2924  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  40.71 
 
 
312 aa  221  1.9999999999999999e-56  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.459608  normal  0.0830361 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0610  pseudouridine synthase, RluA family  40.32 
 
 
304 aa  218  8.999999999999998e-56  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0358231  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3944  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  38.91 
 
 
302 aa  218  1e-55  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000328194  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3937  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  38.91 
 
 
302 aa  217  2e-55  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.000000762664  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3743  RNA pseudouridylate synthase  38.91 
 
 
302 aa  217  2e-55  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00315275  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3651  pseudouridylate synthase (pseudouridine synthase)  38.91 
 
 
302 aa  217  2e-55  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000000169242  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3906  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  38.91 
 
 
302 aa  217  2e-55  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000340417 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4642  pseudouridine synthase, RluA family  41.47 
 
 
313 aa  218  2e-55  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.0000189125  normal  0.973939 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3993  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  38.91 
 
 
302 aa  217  2.9999999999999998e-55  Bacillus cereus B4264  Bacteria  decreased coverage  0.000288046  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3634  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  38.91 
 
 
302 aa  216  4e-55  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0043574  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1673  RluA family pseudouridine synthase  42.58 
 
 
306 aa  216  4e-55  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.529944  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3490  pseudouridine synthase, RluA family  41.06 
 
 
329 aa  216  5e-55  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.788611  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0929  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  44.24 
 
 
303 aa  216  5e-55  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3719  RluA family pseudouridine synthase  38.59 
 
 
302 aa  216  5.9999999999999996e-55  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00132143  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3536  ribosomal large subunit pseudouridine synthase RluD subfamily  41.52 
 
 
342 aa  216  5.9999999999999996e-55  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.618363  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4031  ribosomal large subunit pseudouridine synthase  38.59 
 
 
302 aa  215  9.999999999999999e-55  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00039208  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1248  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  39.93 
 
 
302 aa  213  2.9999999999999995e-54  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.000362529  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3086  pseudouridine synthase, RluA family  42.25 
 
 
341 aa  212  5.999999999999999e-54  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.226558 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0949  RluA family pseudouridine synthase  43.42 
 
 
309 aa  212  5.999999999999999e-54  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2613  RluA family pseudouridine synthase  42.9 
 
 
343 aa  212  9e-54  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1082  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  42.32 
 
 
301 aa  209  5e-53  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.463864  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2541  RluA family pseudouridine synthase  39.26 
 
 
302 aa  208  9e-53  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.15335  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0763  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  40.6 
 
 
305 aa  208  1e-52  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1651  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  40.66 
 
 
347 aa  208  1e-52  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1849  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  41.02 
 
 
316 aa  208  1e-52  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.97184  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1515  pseudouridine synthase, RluA family  40.84 
 
 
306 aa  208  1e-52  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0647442 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1598  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  40.73 
 
 
334 aa  206  3e-52  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.8835  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1102  RluA family pseudouridine synthase  36.91 
 
 
314 aa  207  3e-52  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1256  RluA family pseudouridine synthase  40.92 
 
 
305 aa  206  4e-52  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0348  RluA family pseudouridine synthase  40.88 
 
 
346 aa  206  4e-52  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1281  RluA family pseudouridine synthase  40.92 
 
 
305 aa  206  4e-52  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.71357  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1365  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  42.47 
 
 
296 aa  206  5e-52  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  hitchhiker  0.00766831  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2950  suppressor of ftsH mutation  40.37 
 
 
326 aa  206  6e-52  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0869  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  40.84 
 
 
306 aa  206  6e-52  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09330  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  37.78 
 
 
308 aa  205  7e-52  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00125155  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0908  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  37.86 
 
 
303 aa  204  2e-51  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00261324  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2363  pseudouridine synthase, RluA family  42.28 
 
 
305 aa  204  2e-51  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0989  RluA family pseudouridine synthase  37.9 
 
 
306 aa  203  3e-51  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  decreased coverage  0.00899774  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3343  pseudouridine synthase, RluA family  41.34 
 
 
341 aa  203  3e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0105982 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1604  pseudouridine synthase, RluA family  41.21 
 
 
331 aa  203  3e-51  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.357256  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0749  pseudouridine synthase, RluA family  41.4 
 
 
318 aa  203  4e-51  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1813  pseudouridine synthase, RluA family  38.61 
 
 
303 aa  202  7e-51  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2141  pseudouridine synthase, RluD  41.88 
 
 
339 aa  202  7e-51  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3146  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  39.76 
 
 
343 aa  202  7e-51  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.19664  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_02111  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  40.13 
 
 
319 aa  201  9.999999999999999e-51  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.496147  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1237  RluA family pseudouridine synthase  40.43 
 
 
334 aa  201  9.999999999999999e-51  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.289539  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_28001  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  41.83 
 
 
324 aa  201  1.9999999999999998e-50  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0778  pseudouridine synthase, RluA family  41.08 
 
 
318 aa  201  1.9999999999999998e-50  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1286  pseudouridylate synthase  40.53 
 
 
305 aa  201  1.9999999999999998e-50  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.00677773  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0554  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  41.94 
 
 
296 aa  201  1.9999999999999998e-50  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.0069072  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0008  pseudouridine synthase, RluA family  38.46 
 
 
323 aa  200  3e-50  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002936  DET1375  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  40.32 
 
 
300 aa  199  3.9999999999999996e-50  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.00000447138  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0195  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  40.13 
 
 
319 aa  199  6e-50  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.0799995  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0473  pseudouridine synthase, RluA family  39.33 
 
 
322 aa  199  7e-50  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000500273 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1372  pseudouridine synthase, RluA family  37.29 
 
 
300 aa  197  2.0000000000000003e-49  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0473  RluA family pseudouridine synthase  38.8 
 
 
311 aa  197  2.0000000000000003e-49  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0458  RluA family pseudouridine synthase  38.46 
 
 
311 aa  197  2.0000000000000003e-49  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4022  pseudouridine synthase, RluA family  41.26 
 
 
334 aa  197  2.0000000000000003e-49  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000767359  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1821  RluA family pseudouridine synthase  39.6 
 
 
305 aa  197  2.0000000000000003e-49  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2406  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  39.1 
 
 
335 aa  197  2.0000000000000003e-49  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0234677  normal 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_02131  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  39.8 
 
 
319 aa  197  3e-49  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1079  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  38.82 
 
 
304 aa  196  4.0000000000000005e-49  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1111  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  38.84 
 
 
343 aa  196  5.000000000000001e-49  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.522532  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2356  RluA family pseudouridine synthase  36.62 
 
 
313 aa  196  5.000000000000001e-49  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.105918  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0372  pseudouridine synthase, RluA family  40.48 
 
 
334 aa  196  5.000000000000001e-49  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.544933  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1373  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  40.78 
 
 
312 aa  195  9e-49  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_02221  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  39.8 
 
 
320 aa  194  2e-48  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.135305  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2457  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  40.72 
 
 
333 aa  194  2e-48  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2164  RluA family pseudouridine synthase  40.17 
 
 
482 aa  194  2e-48  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.317837  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0984  pseudouridine synthase, RluA family  39.07 
 
 
320 aa  192  5e-48  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.0148654  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0288  RluA family pseudouridine synthase  39.87 
 
 
336 aa  192  6e-48  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2289  pseudouridine synthase, RluA family  42.17 
 
 
310 aa  192  7e-48  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.677026 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3657  RluA family pseudouridine synthase  39.2 
 
 
344 aa  191  1e-47  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0134519  normal 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_02111  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  39.42 
 
 
327 aa  191  2e-47  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0395  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  33.85 
 
 
322 aa  190  2e-47  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  0.134097  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0359  pseudouridine synthase RluD  39.94 
 
 
426 aa  191  2e-47  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000104546 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1742  pseudouridine synthase, RluD  36.73 
 
 
376 aa  191  2e-47  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.0441246 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_02691  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  38.8 
 
 
326 aa  190  2.9999999999999997e-47  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.88343  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0061  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  38.78 
 
 
321 aa  190  2.9999999999999997e-47  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.102185  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0454  pseudouridine synthase RluD  40.44 
 
 
324 aa  190  4e-47  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.256268 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3518  pseudouridine synthase, RluA family  40.58 
 
 
299 aa  190  4e-47  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2467  pseudouridine synthase, RluA family  38.99 
 
 
322 aa  189  5e-47  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.373438  normal  0.235173 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1560  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  38.46 
 
 
326 aa  189  5.999999999999999e-47  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1985  RluA family pseudouridine synthase  38.64 
 
 
377 aa  189  5.999999999999999e-47  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.122684  normal  0.0341634 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1573  RluA family pseudouridine synthase  38.46 
 
 
349 aa  189  5.999999999999999e-47  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0105453  normal  0.522178 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2719  RluA family pseudouridine synthase  40.13 
 
 
332 aa  189  5.999999999999999e-47  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.344852  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5026  RluA family pseudouridine synthase  37.85 
 
 
356 aa  189  5.999999999999999e-47  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.257508  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2409  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  38.91 
 
 
349 aa  189  7e-47  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3056  pseudouridine synthase, RluA family  36.16 
 
 
305 aa  189  7e-47  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6759  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  40.12 
 
 
326 aa  189  8e-47  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1072  RluA family pseudouridine synthase  39.08 
 
 
349 aa  189  8e-47  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0863187  normal  0.714428 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1156  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluD subfamily  39.67 
 
 
302 aa  187  1e-46  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0116106  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1324  pseudouridine synthase, RluA family  37.78 
 
 
328 aa  187  2e-46  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>