More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Apar_0273 on replicon NC_013203
Organism: Atopobium parvulum DSM 20469



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013203  Apar_0273  ABC transporter related  100 
 
 
566 aa  1154    Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2303  ABC transporter related protein  50.91 
 
 
552 aa  556  1e-157  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.347808  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1721  ABC transporter, CydDC cysteine exporter (CydDC- E) family, permease/ATP-binding protein CydC  50.72 
 
 
993 aa  546  1e-154  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.489544 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_10350  cysteine export CydDC family ABC transporter permease subunit/ATP-binding protein CydC  46.93 
 
 
1205 aa  501  1e-140  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.247589  normal 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0216  ABC transporter, ATP-binding/permease protein  41.95 
 
 
562 aa  446  1.0000000000000001e-124  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0217  ABC transporter, permease/ATP-binding protein  41.59 
 
 
562 aa  443  1e-123  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2558  ABC transporter, ATP-binding/permease protein  40.81 
 
 
552 aa  436  1e-121  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1010  multidrug ABC transporter ATPase/permease  38.85 
 
 
1353 aa  370  1e-101  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0041  ABC transporter, transmembrane region, type 1  31.97 
 
 
594 aa  305  2.0000000000000002e-81  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0341  ABC transporter related  31.69 
 
 
592 aa  279  8e-74  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0191  ABC transporter related  30.56 
 
 
579 aa  268  2e-70  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.059505  normal  0.523004 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2511  ABC transporter, ATP-binding/permease protein  31.85 
 
 
555 aa  262  1e-68  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  decreased coverage  0.000220967  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0189  ABC transporter related  31.96 
 
 
576 aa  249  7e-65  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.087717  normal  0.574947 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1313  ABC transporter, CydDC cysteine exporter (CydDC-E) family, permease/ATP-binding protein CydC  30.24 
 
 
573 aa  248  3e-64  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000888271  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1787  ABC transporter, CydDC cysteine exporter (CydDC-E) family, permease/ATP-binding protein CydC  30.41 
 
 
582 aa  245  1.9999999999999999e-63  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.134057  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2098  ABC transporter related  30.87 
 
 
609 aa  243  5e-63  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1293  ABC transporter, CydDC cysteine exporter (CydDC-E) family, permease/ATP-binding protein CydC  30.58 
 
 
562 aa  236  8e-61  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.408226  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0194  ABC transporter, CydDC cysteine exporter (CydDC- E) family, permease/ATP-binding protein CydC  31.88 
 
 
567 aa  236  9e-61  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.505034  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4595  ABC transporter CydDC cysteine exporter (CydDC-E) family permease/ATP-binding protein CydC  30.98 
 
 
547 aa  236  9e-61  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0821  ABC transporter, CydDC cysteine exporter (CydDC-E) family, permease/ATP-binding protein CydC  29.86 
 
 
574 aa  236  1.0000000000000001e-60  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.17374  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1390  ABC transporter, CydDC cysteine exporter (CydDC-E) family, permease/ATP-binding protein CydC  28.93 
 
 
585 aa  233  5e-60  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3493  ABC transporter related  29.96 
 
 
1179 aa  233  5e-60  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1110  ABC transporter, CydDC cysteine exporter (CydDC-E) family, permease/ATP-binding protein CydC  28.93 
 
 
585 aa  233  5e-60  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0354  ABC transporter related  28.57 
 
 
585 aa  233  6e-60  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.667911  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1962  ABC efflux pump, fused ATPase and inner membrane subunits  30.02 
 
 
1201 aa  233  9e-60  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.072256  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4285  ABC transporter related  30.45 
 
 
1179 aa  231  3e-59  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0661  ABC transporter, CydDC cysteine exporter (CydDC-E) family, permease/ATP-binding protein CydC  30.62 
 
 
573 aa  231  3e-59  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.177717  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4081  ABC transporter, transmembrane region, type 1  30.45 
 
 
1179 aa  231  3e-59  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3442  cysteine ABC transporter permease/ATP-binding protein  30.6 
 
 
1179 aa  230  5e-59  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.507362  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0697  ABC transporter, transmembrane region, type 1  30.29 
 
 
574 aa  229  7e-59  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0189  ABC transporter, transmembrane region  31.77 
 
 
593 aa  223  7e-57  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0152  ABC transporter related  30.85 
 
 
613 aa  221  1.9999999999999999e-56  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.273872  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3025  ABC transporter related  30.95 
 
 
582 aa  222  1.9999999999999999e-56  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0879  ABC transporter related  28.05 
 
 
592 aa  220  7e-56  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  unclonable  0.00000000788557  decreased coverage  0.000000000312557 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1642  ABC transporter, transmembrane region, type 1  27.48 
 
 
573 aa  216  8e-55  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2617  ABC multidrug efflux pump, fused ATPase and inner membrane subunits  28.46 
 
 
611 aa  215  1.9999999999999998e-54  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  decreased coverage  0.00654185  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1666  ABC transporter, CydDC cysteine exporter (CydDC-E) family, permease/ATP-binding protein CydC  28.42 
 
 
576 aa  214  2.9999999999999995e-54  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.0000461828  normal  0.671696 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1337  ABC transporter, ATP-binding protein MsbA  29.49 
 
 
599 aa  214  2.9999999999999995e-54  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.870575 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_11901  multidrug ABC transporter  30.2 
 
 
590 aa  213  7.999999999999999e-54  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01535  lipid transporter ATP-binding/permease protein  29.93 
 
 
583 aa  211  2e-53  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0472  ATPase  29.36 
 
 
578 aa  211  4e-53  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1954  ABC transporter related  28.94 
 
 
578 aa  209  8e-53  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1920  ABC transporter related  28.94 
 
 
578 aa  209  8e-53  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0394  ABC transporter related  27.76 
 
 
610 aa  209  8e-53  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.156666 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2109  ATPase  30.66 
 
 
591 aa  209  9e-53  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.265654  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0506  ABC transporter, ATP-binding protein/permease  27.08 
 
 
612 aa  209  9e-53  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.740474 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0274  ABC transporter, ATP-binding/permease protein  28.12 
 
 
597 aa  209  1e-52  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  unclonable  0.00000298465  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1259  ATP-binding transport protein; multicopy suppressor of HtrB  27.76 
 
 
579 aa  209  1e-52  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0190  ABC transporter related  30.58 
 
 
608 aa  209  1e-52  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0603074  normal  0.304644 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2584  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  29.37 
 
 
600 aa  209  1e-52  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.544743  normal  0.120897 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2422  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  29.69 
 
 
601 aa  209  2e-52  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.81174 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2492  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  29.69 
 
 
601 aa  209  2e-52  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.677361  normal  0.121232 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2703  ABC transporter-related protein  27.64 
 
 
611 aa  208  2e-52  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0717  ATPase  29.37 
 
 
583 aa  208  3e-52  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.000641338  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0340  ABC transporter related  29.26 
 
 
580 aa  207  3e-52  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2798  ABC transporter related  27.44 
 
 
611 aa  206  6e-52  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3267  ABC transporter related protein  28.02 
 
 
579 aa  206  7e-52  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00000188194  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2802  ABC transporter, ATP-binding protein MsbA  29.69 
 
 
601 aa  206  1e-51  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2584  ABC transporter related  29.15 
 
 
611 aa  205  2e-51  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.784039  normal  0.174103 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1641  ABC transporter, transmembrane region, type 1  29.32 
 
 
574 aa  205  2e-51  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_00710  ABC-type multidrug transport system, ATPase and permease component  28.06 
 
 
593 aa  205  2e-51  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.22824  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0326  ABC transporter related  29.66 
 
 
595 aa  204  2e-51  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2454  ABC transporter related  26.31 
 
 
577 aa  204  3e-51  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_25700  ABC-type multidrug transport system, ATPase and permease component  28.46 
 
 
581 aa  204  3e-51  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0417  ABC transporter related  30.41 
 
 
660 aa  204  3e-51  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.899046 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1602  ATPase  28.49 
 
 
584 aa  204  3e-51  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.504525  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2502  ABC transporter related  26.31 
 
 
577 aa  204  3e-51  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.718734  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1469  lipid transporter ATP-binding/permease protein  29.51 
 
 
582 aa  204  4e-51  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2187  ABC transporter related  28.79 
 
 
595 aa  204  4e-51  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0115  ABC transporter, transmembrane region  29.84 
 
 
625 aa  204  4e-51  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0415  cytochrome bd biosynthesis ABC-type transporter, ATPase and permease component  25.98 
 
 
570 aa  204  4e-51  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.762356  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1403  ABC transporter, permease/ATP-binding protein  29 
 
 
578 aa  204  5e-51  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2674  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  29.04 
 
 
602 aa  204  5e-51  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0832532  normal  0.0804565 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1668  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  29.04 
 
 
602 aa  203  5e-51  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1705  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  29.04 
 
 
602 aa  203  5e-51  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.433379  normal  0.881057 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1683  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  29.04 
 
 
602 aa  203  5e-51  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2007  ABC transporter, ATP-binding/permease protein  27.14 
 
 
580 aa  203  6e-51  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.261515  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2826  ABC transporter, ATP-binding protein MsbA  28.3 
 
 
604 aa  203  6e-51  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.070781 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003987  lipid A export ATP-binding/permease protein MsbA  29.46 
 
 
582 aa  203  7e-51  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_12061  multidrug ABC transporter  29.61 
 
 
590 aa  203  7e-51  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_12051  multidrug ABC transporter  29.4 
 
 
590 aa  203  9e-51  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2041  lipid transporter ATP-binding/permease protein  29.04 
 
 
582 aa  202  9e-51  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0900  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  28.7 
 
 
583 aa  203  9e-51  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0510675  normal  0.909726 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0897  ABC transporter, ATP-binding/permease protein  30.7 
 
 
581 aa  202  9.999999999999999e-51  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2510  ABC transporter, ATP-binding/permease protein  28.93 
 
 
577 aa  202  9.999999999999999e-51  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  decreased coverage  0.00122809  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4426  ABC transporter related  30.82 
 
 
603 aa  202  1.9999999999999998e-50  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.368028  normal  0.0987215 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4432  ABC transporter related  31.57 
 
 
601 aa  201  1.9999999999999998e-50  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3231  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  27.68 
 
 
572 aa  201  3e-50  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.659501  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1492  ABC transporter related  29.13 
 
 
592 aa  200  3.9999999999999996e-50  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.753485  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1557  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  28.35 
 
 
602 aa  201  3.9999999999999996e-50  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0774  ABC transporter related  29.08 
 
 
589 aa  200  5e-50  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2388  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  28.1 
 
 
600 aa  200  5e-50  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.496768  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0627  ABC transporter related  30.66 
 
 
627 aa  200  6e-50  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0939  ABC transporter-related protein  31.58 
 
 
590 aa  200  7e-50  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2656  ABC transporter related  28.85 
 
 
611 aa  199  7.999999999999999e-50  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0207415  normal 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0916  ABC transporter, ATP-binding/permease protein  27.9 
 
 
581 aa  199  1.0000000000000001e-49  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.953809  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0475  ABC transporter related  28.06 
 
 
584 aa  199  1.0000000000000001e-49  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00181463  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1110  ATPase  27.08 
 
 
590 aa  199  1.0000000000000001e-49  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.551514  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0975  ABC transporter related  28.02 
 
 
585 aa  199  1.0000000000000001e-49  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.685046  hitchhiker  0.000181513 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1061  ABC-type multidrug transport system, ATPase and permease component  29.39 
 
 
494 aa  199  1.0000000000000001e-49  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.0756836  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>