111 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ajs_3289 on replicon NC_008782
Organism: Acidovorax sp. JS42



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008782  Ajs_3289    100 
 
 		 1020 bp  2022    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2642  pseudouridine synthase, RluA family  99.21 
 
 		 1020 bp  1951    Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.704369  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5281  RluA family pseudouridine synthase  84.89 
 
 		 1089 bp  519  1.0000000000000001e-145  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0773013  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1174  RluA family pseudouridine synthase  81.86 
 
 		 1200 bp  480  1e-133  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.539633  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4787  RluA family pseudouridine synthase  81.46 
 
 		 1005 bp  387  1e-105  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.495822 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1379  pseudouridine synthase, RluA family  83.92 
 
 		 1113 bp  220  5.9999999999999996e-55  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0591  RluA family pseudouridine synthase  82.3 
 
 		 969 bp  186  8.000000000000001e-45  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0464018 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0657  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  84.55 
 
 		 963 bp  176  7.999999999999999e-42  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.422678 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1063  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  84.13 
 
 		 972 bp  137  6.999999999999999e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0781222  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3659  pseudouridine synthase, RluD  94.19 
 
 		 1137 bp  131  4.0000000000000003e-28  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3085  RluA family pseudouridine synthase  89.11 
 
 		 1197 bp  113  1e-22  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.780286  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0521  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  83.67 
 
 		 1008 bp  101  4e-19  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.107606  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2917  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  83.67 
 
 		 1434 bp  101  4e-19  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00370322  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1708  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  83.67 
 
 		 1434 bp  101  4e-19  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.127697  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2490  RluA family pseudouridine synthase  83.67 
 
 		 1008 bp  101  4e-19  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  decreased coverage  0.00000151813  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2792  RluA family pseudouridine synthase  83.67 
 
 		 1008 bp  101  4e-19  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.000449267  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2801  RluA family pseudouridine synthase  83.67 
 
 		 1008 bp  101  4e-19  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.000617612  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2862  RluA family pseudouridine synthase  83.67 
 
 		 1008 bp  101  4e-19  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0569131  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1813  RluA family pseudouridine synthase  83.67 
 
 		 1008 bp  101  4e-19  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0797823  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1041  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C protein  81.44 
 
 		 996 bp  85.7  0.00000000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.017285  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2921  pseudouridine synthase, RluA family  80.42 
 
 		 1026 bp  81.8  0.0000000000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  decreased coverage  0.000000900564  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2192  RluA family pseudouridine synthase  82.22 
 
 		 951 bp  77.8  0.000000000006  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.677227  normal  0.0743981 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1482  RluA family pseudouridine synthase  91.38 
 
 		 1002 bp  75.8  0.00000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.00286389  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0819  RluA family pseudouridine synthase  83.33 
 
 		 1062 bp  75.8  0.00000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0956515  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0988  RluA family pseudouridine synthase  82.17 
 
 		 1005 bp  73.8  0.00000000009  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0992  RluA family pseudouridine synthase  82.17 
 
 		 951 bp  73.8  0.00000000009  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2435  pseudouridine synthase, RluA family  87.67 
 
 		 960 bp  73.8  0.00000000009  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.267395  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1639  pseudouridine synthase, RluD  88.89 
 
 		 957 bp  69.9  0.000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.289887 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0632  pseudouridine synthase, RluD  83.67 
 
 		 1005 bp  67.9  0.000000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.00978655  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1112  RluA family pseudouridine synthase  83.67 
 
 		 1005 bp  67.9  0.000000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.594641  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1070  RluA family pseudouridine synthase  83.67 
 
 		 951 bp  67.9  0.000000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0527141  normal  0.0360601 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0971  pseudouridine synthase, RluA family  81.97 
 
 		 1035 bp  67.9  0.000000005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.158596 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4224  pseudouridine synthase, RluD  85.71 
 
 		 1005 bp  65.9  0.00000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.613812  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2274  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  81.9 
 
 		 1059 bp  63.9  0.00000008  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2186  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  93.18 
 
 		 957 bp  63.9  0.00000008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0268386  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01518  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  86.11 
 
 		 942 bp  63.9  0.00000008  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1906    87.93 
 
 		 957 bp  60  0.000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  unclonable  0.000000324884 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1344  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  100 
 
 		 1212 bp  60  0.000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1865  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  97.06 
 
 		 726 bp  60  0.000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3808  RluA family pseudouridine synthase  87.93 
 
 		 1002 bp  60  0.000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0127606  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0212  RluA family pseudouridine synthase  97.06 
 
 		 897 bp  60  0.000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.935896  normal  0.204158 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0906  pseudouridine synthase, RluA family  97.06 
 
 		 1035 bp  60  0.000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.447686  normal  0.0333397 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1995  pseudouridine synthase  97.06 
 
 		 726 bp  60  0.000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2080  pseudouridine synthase  97.06 
 
 		 726 bp  60  0.000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2401  pseudouridine synthase, RluA family  86.15 
 
 		 930 bp  58  0.000005  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.556381 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1479  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  89.58 
 
 		 951 bp  56  0.00002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0352781  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5094  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  96.88 
 
 		 1209 bp  56  0.00002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.760184 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25580  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  90.91 
 
 		 957 bp  56  0.00002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.050794  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1843  pseudouridine synthase  94.44 
 
 		 717 bp  56  0.00002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5183  pseudouridine synthase  96.88 
 
 		 963 bp  56  0.00002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.521194  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_22700  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  96.88 
 
 		 936 bp  56  0.00002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.17143 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1354  pseudouridine synthase, RluA family  94.44 
 
 		 972 bp  56  0.00002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.281487  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6830  pseudouridine synthase, RluA family  96.88 
 
 		 912 bp  56  0.00002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_13500  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  96.88 
 
 		 963 bp  56  0.00002  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5735  pseudouridine synthase, RluA family  96.88 
 
 		 939 bp  56  0.00002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3379  pseudouridine synthase, RluD  96.77 
 
 		 903 bp  54  0.00008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1072  RluA family pseudouridine synthase  96.77 
 
 		 1050 bp  54  0.00008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0863187  normal  0.714428 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2877  23S rRNA pseudouridine synthase D  96.77 
 
 		 981 bp  54  0.00008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.673786 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2879  23S rRNA pseudouridine synthase D  96.77 
 
 		 981 bp  54  0.00008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.206538 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2858  23S rRNA pseudouridine synthase D  96.77 
 
 		 981 bp  54  0.00008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.0524542 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2774  23S rRNA pseudouridine synthase D  96.77 
 
 		 981 bp  54  0.00008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00023272  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2991  23S rRNA pseudouridine synthase D  96.77 
 
 		 981 bp  54  0.00008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14830  Pseudouridine synthase, RluC  85.71 
 
 		 837 bp  54  0.00008  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.300608  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1426  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  92.11 
 
 		 942 bp  52  0.0003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.128873  normal  0.0393122 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1721  pseudouridine synthase, RluD  82.56 
 
 		 1041 bp  52  0.0003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1593  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  100 
 
 		 948 bp  52  0.0003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.102826  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6286  pseudouridine synthase, RluD  96.67 
 
 		 1209 bp  52  0.0003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1731  RluA family pseudouridine synthase  96.67 
 
 		 1218 bp  52  0.0003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.895388  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1793  RluA family pseudouridine synthase  96.67 
 
 		 1209 bp  52  0.0003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2235  RluA family pseudouridine synthase  96.67 
 
 		 942 bp  52  0.0003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.894524  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1620  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  92.11 
 
 		 999 bp  52  0.0003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00181118  normal  0.877955 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1420  pseudouridine synthase, RluA family  96.67 
 
 		 933 bp  52  0.0003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.276517 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0949  RluA family pseudouridine synthase  96.67 
 
 		 930 bp  52  0.0003  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1817  RluA family pseudouridine synthase  96.67 
 
 		 1083 bp  52  0.0003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.294999 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1704  RluA family pseudouridine synthase  96.67 
 
 		 1224 bp  52  0.0003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.225391  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0207  pseudouridine synthase, RluA family  94.12 
 
 		 909 bp  52  0.0003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.604096  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0218  pseudouridine synthase, RluA family  94.12 
 
 		 906 bp  52  0.0003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.805878  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7584  pseudouridine synthase, RluA family  94.12 
 
 		 1014 bp  52  0.0003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0816319  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5332  pseudouridine synthase  94.12 
 
 		 909 bp  52  0.0003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.776192  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_16460  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  96.67 
 
 		 930 bp  52  0.0003  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.448971  normal  0.0163428 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_10900  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  92.11 
 
 		 927 bp  52  0.0003  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.295076  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2911  pseudouridine synthase, RluA family  91.89 
 
 		 930 bp  50.1  0.001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.000000259384  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2253  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  96.55 
 
 		 1176 bp  50.1  0.001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.00391915  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0056  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  93.94 
 
 		 1020 bp  50.1  0.001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0195  pseudouridine synthase, RluD  96.55 
 
 		 900 bp  50.1  0.001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0653986  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1612  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  96.55 
 
 		 1071 bp  50.1  0.001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000933226 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1429  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  90.24 
 
 		 984 bp  50.1  0.001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.550632 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0345  RluA family pseudouridine synthase  91.89 
 
 		 1056 bp  50.1  0.001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0061  pseudouridine synthase, RluA family  93.94 
 
 		 1020 bp  50.1  0.001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1476  pseudouridine synthase  96.55 
 
 		 1083 bp  50.1  0.001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0073  pseudouridine synthase, RluA family  93.94 
 
 		 1020 bp  50.1  0.001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1893  pseudouridine synthase, RluA family  93.94 
 
 		 1038 bp  50.1  0.001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1901  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  93.75 
 
 		 1062 bp  48.1  0.005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0554937  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2439  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  93.75 
 
 		 1017 bp  48.1  0.005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.122309  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3345  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  88.64 
 
 		 1002 bp  48.1  0.005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2552  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  93.75 
 
 		 942 bp  48.1  0.005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0920144  normal  0.0397584 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60210  pseudouridine synthase  93.75 
 
 		 963 bp  48.1  0.005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000135219 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3188  pseudouridine synthase, RluA family  96.43 
 
 		 924 bp  48.1  0.005  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.337422 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1237  RluA family pseudouridine synthase  93.75 
 
 		 1005 bp  48.1  0.005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.289539  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0059  RluA family pseudouridine synthase  91.67 
 
 		 1020 bp  48.1  0.005  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.14313 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>