40 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_1906 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_1906    100 
 
 
957 bp  1897    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  unclonable  0.000000324884 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1517  RluA family pseudouridine synthase  88.15 
 
 
1002 bp  985    Pseudomonas putida W619  Bacteria  decreased coverage  0.0000147946  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1482  RluA family pseudouridine synthase  92.32 
 
 
1002 bp  1304    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.00286389  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3808  RluA family pseudouridine synthase  97.18 
 
 
1002 bp  1683    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0127606  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1620  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  83.31 
 
 
999 bp  589  1e-166  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00181118  normal  0.877955 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3840  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  81.01 
 
 
957 bp  396  1e-108  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.283554  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1639  pseudouridine synthase, RluD  80.79 
 
 
957 bp  383  1e-104  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.289887 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4165  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  80.12 
 
 
963 bp  335  1e-89  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0336491  normal  0.921895 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2186  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  80.05 
 
 
957 bp  323  5e-86  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0268386  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25580  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  79 
 
 
957 bp  228  2e-57  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.050794  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14830  Pseudouridine synthase, RluC  79.26 
 
 
837 bp  218  1.9999999999999998e-54  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.300608  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0657  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  81.65 
 
 
963 bp  83.8  0.00000000000009  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.422678 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0591  RluA family pseudouridine synthase  86.3 
 
 
969 bp  65.9  0.00000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0464018 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1813  RluA family pseudouridine synthase  93.18 
 
 
1008 bp  63.9  0.00000008  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0797823  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2862  RluA family pseudouridine synthase  93.18 
 
 
1008 bp  63.9  0.00000008  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0569131  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2801  RluA family pseudouridine synthase  93.18 
 
 
1008 bp  63.9  0.00000008  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.000617612  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2792  RluA family pseudouridine synthase  93.18 
 
 
1008 bp  63.9  0.00000008  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.000449267  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2490  RluA family pseudouridine synthase  93.18 
 
 
1008 bp  63.9  0.00000008  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  decreased coverage  0.00000151813  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0521  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  93.18 
 
 
1008 bp  63.9  0.00000008  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.107606  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1593  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  100 
 
 
948 bp  63.9  0.00000008  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.102826  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2917  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  93.18 
 
 
1434 bp  63.9  0.00000008  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00370322  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0971  pseudouridine synthase, RluA family  86.57 
 
 
1035 bp  61.9  0.0000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.158596 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3289    87.93 
 
 
1020 bp  60  0.000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2642  pseudouridine synthase, RluA family  87.93 
 
 
1020 bp  60  0.000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.704369  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1708  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  94.59 
 
 
1434 bp  58  0.000005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.127697  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04873  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  96.77 
 
 
1002 bp  54  0.00008  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3159  pseudouridine synthase, RluA family  96.77 
 
 
990 bp  54  0.00008  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0992  RluA family pseudouridine synthase  94.29 
 
 
951 bp  54  0.00008  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1322  pseudouridine synthase, RluD  86.44 
 
 
981 bp  54  0.00008  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000381101  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2192  RluA family pseudouridine synthase  90.7 
 
 
951 bp  54  0.00008  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.677227  normal  0.0743981 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1899  23S rRNA pseudouridylate synthase C  87.27 
 
 
963 bp  54  0.00008  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000000584108  hitchhiker  0.0000501686 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3659  pseudouridine synthase, RluD  87.27 
 
 
1137 bp  54  0.00008  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0988  RluA family pseudouridine synthase  94.29 
 
 
1005 bp  54  0.00008  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4185  pseudouridine synthase  96.67 
 
 
726 bp  52  0.0003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1616  pseudouridine synthase, RluA family  90.24 
 
 
963 bp  50.1  0.001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.0000133866  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1574  RluA family pseudouridine synthase  91.89 
 
 
993 bp  50.1  0.001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00553384  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0906  pseudouridine synthase, RluA family  84.38 
 
 
1035 bp  48.1  0.005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.447686  normal  0.0333397 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1658  RluA family pseudouridine synthase  91.67 
 
 
990 bp  48.1  0.005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.615207  normal  0.0770781 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1174  RluA family pseudouridine synthase  91.67 
 
 
1200 bp  48.1  0.005  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.539633  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4787  RluA family pseudouridine synthase  91.67 
 
 
1005 bp  48.1  0.005  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.495822 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>