More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tcr_1888 on replicon NC_007520
Organism: Thiomicrospira crunogena XCL-2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007520  Tcr_1888  diguanylate phosphodiesterase  100 
 
 		 400 aa  820    Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.61283  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0322  putative signal transduction protein  34.74 
 
 		 403 aa  254  1.0000000000000001e-66  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0122  diguanylate phosphodiesterase  35.41 
 
 		 400 aa  250  3e-65  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000715595  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2312  diguanylate phosphodiesterase  31.99 
 
 		 423 aa  223  4.9999999999999996e-57  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0828  diguanylate phosphodiesterase  32.18 
 
 		 413 aa  220  3e-56  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.81779  normal  0.35188 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0920  diguanylate phosphodiesterase  33.16 
 
 		 416 aa  215  9.999999999999999e-55  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.135015  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1462  diguanylate phosphodiesterase  34.62 
 
 		 405 aa  208  2e-52  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0860  diguanylate phosphodiesterase  31.36 
 
 		 397 aa  202  8e-51  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3130  diguanylate phosphodiesterase  30.23 
 
 		 413 aa  201  1.9999999999999998e-50  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3129  diguanylate phosphodiesterase  31.17 
 
 		 415 aa  200  3.9999999999999996e-50  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03533  EAL domain protein  30.98 
 
 		 408 aa  196  7e-49  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0111496  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3594  diguanylate phosphodiesterase  31.1 
 
 		 402 aa  191  2.9999999999999997e-47  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00249356  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003840  predicted signal transduction protein  29.18 
 
 		 404 aa  189  5e-47  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000123266  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3736  diguanylate phosphodiesterase  30.1 
 
 		 406 aa  189  5e-47  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000203381 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3947  diguanylate phosphodiesterase  32.14 
 
 		 413 aa  189  7e-47  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.103414  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2383  hypothetical protein  28.26 
 
 		 408 aa  188  1e-46  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002124  predicted signal transduction protein  29.53 
 
 		 407 aa  183  4.0000000000000006e-45  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1442  hypothetical protein  30.48 
 
 		 404 aa  183  5.0000000000000004e-45  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000750338  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00298  signal transduction protein  28.26 
 
 		 407 aa  182  1e-44  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1998  diguanylate phosphodiesterase  27.48 
 
 		 404 aa  180  4e-44  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1937  putative signaling protein  30.48 
 
 		 400 aa  179  5.999999999999999e-44  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0413  diguanylate phosphodiesterase  29.83 
 
 		 397 aa  177  2e-43  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000029399  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2174  diguanylate phosphodiesterase  30.24 
 
 		 408 aa  177  3e-43  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.120475  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3464  EAL domain-containing protein  27.75 
 
 		 406 aa  172  7.999999999999999e-42  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.126352  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0127  hypothetical protein  30.19 
 
 		 402 aa  172  1e-41  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03534  diguanylate phosphodiesterase  28.85 
 
 		 411 aa  168  2e-40  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0852439  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2615  diguanylate phosphodiesterase  28.02 
 
 		 411 aa  166  5e-40  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2930  putative signaling protein  27.87 
 
 		 406 aa  165  1.0000000000000001e-39  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0339  signal transduction protein  29.44 
 
 		 409 aa  164  3e-39  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0012225  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1938  diguanylate phosphodiesterase  29.82 
 
 		 422 aa  159  6e-38  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.509602  normal  0.818289 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0347  diguanylate phosphodiesterase  30.29 
 
 		 400 aa  159  6e-38  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.145586  normal  0.218991 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1598  diguanylate phosphodiesterase  27.47 
 
 		 411 aa  159  8e-38  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1814  diguanylate phosphodiesterase  27.11 
 
 		 405 aa  159  8e-38  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.877922  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3785  diguanylate phosphodiesterase  28.82 
 
 		 444 aa  159  8e-38  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.942548  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2780  diguanylate phosphodiesterase  28.27 
 
 		 411 aa  159  9e-38  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.948032  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2451  diguanylate phosphodiesterase  29.33 
 
 		 423 aa  159  1e-37  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.694346  normal  0.603659 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1652  diguanylate phosphodiesterase  28.39 
 
 		 406 aa  158  2e-37  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2417  diguanylate phosphodiesterase  26.29 
 
 		 411 aa  157  3e-37  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000004717  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2098  diguanylate phosphodiesterase  26.75 
 
 		 405 aa  157  3e-37  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2343  diguanylate phosphodiesterase  25.38 
 
 		 431 aa  157  4e-37  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00856181  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2981  diguanylate phosphodiesterase  25.86 
 
 		 412 aa  157  4e-37  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0150403  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1729  diguanylate phosphodiesterase  27.2 
 
 		 419 aa  155  1e-36  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1990  diguanylate phosphodiesterase  27.32 
 
 		 414 aa  153  5.9999999999999996e-36  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.973618  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3300  EAL  28.38 
 
 		 417 aa  151  1e-35  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.220663 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2937  diguanylate phosphodiesterase  28.46 
 
 		 411 aa  152  1e-35  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.64133  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2912  diguanylate phosphodiesterase  29.61 
 
 		 447 aa  152  1e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.776236 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1720  diguanylate phosphodiesterase  27.45 
 
 		 412 aa  151  2e-35  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1352  hypothetical protein  28.16 
 
 		 411 aa  150  3e-35  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1149  EAL domain-containing protein  26.24 
 
 		 411 aa  146  6e-34  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1316  diguanylate phosphodiesterase  27.03 
 
 		 419 aa  146  7.0000000000000006e-34  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1073  diguanylate phosphodiesterase  26.62 
 
 		 428 aa  145  1e-33  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1965  diguanylate phosphodiesterase  27.18 
 
 		 413 aa  145  2e-33  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.616321  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1612  diguanylate phosphodiesterase  28 
 
 		 410 aa  143  4e-33  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0416985  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3234  diguanylate phosphodiesterase  26.83 
 
 		 408 aa  142  7e-33  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.114779 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4244  diguanylate phosphodiesterase  28.12 
 
 		 428 aa  143  7e-33  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1268  diguanylate phosphodiesterase  25.9 
 
 		 407 aa  140  6e-32  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.15473  normal  0.0747469 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1776  diguanylate phosphodiesterase  30.11 
 
 		 448 aa  139  7e-32  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.265098  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2840  diguanylate phosphodiesterase  25.86 
 
 		 403 aa  139  7e-32  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1571  diguanylate phosphodiesterase  29.02 
 
 		 445 aa  139  7.999999999999999e-32  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.256124  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1332  diguanylate phosphodiesterase  26.93 
 
 		 424 aa  137  3.0000000000000003e-31  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0010  diguanylate phosphodiesterase  24.59 
 
 		 487 aa  137  4e-31  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0508854 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1779  diguanylate phosphodiesterase  28.2 
 
 		 450 aa  137  4e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0990  diguanylate phosphodiesterase  26.29 
 
 		 431 aa  134  3.9999999999999996e-30  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5114  diguanylate phosphodiesterase  24.63 
 
 		 464 aa  133  5e-30  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.488167 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0905  diguanylate phosphodiesterase  26.29 
 
 		 431 aa  132  6.999999999999999e-30  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5115  diguanylate phosphodiesterase  25.43 
 
 		 429 aa  131  2.0000000000000002e-29  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.959026 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0906  diguanylate phosphodiesterase  24.5 
 
 		 423 aa  130  5.0000000000000004e-29  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.3977  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0991  diguanylate phosphodiesterase  24.57 
 
 		 423 aa  129  8.000000000000001e-29  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3084  putative signal transduction protein  23.47 
 
 		 419 aa  128  2.0000000000000002e-28  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1693  EAL domain protein  26.38 
 
 		 410 aa  124  3e-27  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0573  hypothetical protein  25.94 
 
 		 379 aa  124  4e-27  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0592  hypothetical protein  25.94 
 
 		 379 aa  122  9.999999999999999e-27  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1497  putative signal transduction protein  27.97 
 
 		 414 aa  119  6e-26  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1852  diguanylate phosphodiesterase  27.27 
 
 		 412 aa  118  9.999999999999999e-26  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.12834  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1315  diguanylate phosphodiesterase  25.13 
 
 		 449 aa  117  3e-25  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1719  diguanylate phosphodiesterase  24 
 
 		 448 aa  112  8.000000000000001e-24  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.189633  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2915  diguanylate phosphodiesterase  27.53 
 
 		 458 aa  109  7.000000000000001e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.555808 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1476  putative signal transduction protein  22.6 
 
 		 403 aa  108  2e-22  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000542008  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0056  signal transduction protein  28.1 
 
 		 444 aa  107  3e-22  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.680301  normal  0.542378 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1568  diguanylate phosphodiesterase  27.14 
 
 		 460 aa  103  7e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2907  signal transduction protein  26.79 
 
 		 439 aa  102  9e-21  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0386149  normal  0.411691 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2882  putative signal transduction protein  22.42 
 
 		 397 aa  100  5e-20  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.567941  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2159  signal transduction protein  24.82 
 
 		 480 aa  98.6  2e-19  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.140137  normal  0.149553 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2212  putative signal transduction protein  22.37 
 
 		 394 aa  90.5  4e-17  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.566783 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1384  putative signal transduction protein  22.66 
 
 		 463 aa  90.1  7e-17  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4213  EAL  24.06 
 
 		 402 aa  88.6  2e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_31360  predicted signal transduction protein containing EAL and modified HD-GYP domains  22.92 
 
 		 418 aa  82  0.00000000000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.041924 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1201  putative signal transduction protein  26.36 
 
 		 406 aa  79.7  0.00000000000008  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3725  putative signal transduction protein  24.07 
 
 		 378 aa  75.5  0.000000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2226  diguanylate phosphodiesterase  25.96 
 
 		 242 aa  74.7  0.000000000003  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0863855  hitchhiker  0.00537893 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3112  putative signal transduction protein  28.98 
 
 		 413 aa  73.9  0.000000000004  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3839  putative signal transduction protein  28.98 
 
 		 403 aa  73.9  0.000000000004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3062  signal transduction protein  23.67 
 
 		 403 aa  72.8  0.00000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0202013  normal  0.558987 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4432  putative signal transduction protein  29.09 
 
 		 409 aa  71.6  0.00000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2723  putative signal transduction protein  23.81 
 
 		 399 aa  70.9  0.00000000004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000022717 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4155  putative signal transduction protein  24.1 
 
 		 438 aa  69.7  0.0000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.78127  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2943  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.17 
 
 		 816 aa  65.1  0.000000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA3081  sensory box protein/response regulator  38.02 
 
 		 710 aa  64.3  0.000000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.789878  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3032  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.46 
 
 		 593 aa  62.8  0.00000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.648207  hitchhiker  0.0000529243 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0894  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.14 
 
 		 605 aa  62.4  0.00000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.396651  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>