More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbd_1772 on replicon NC_007404
Organism: Thiobacillus denitrificans ATCC 25259



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007404  Tbd_1772  hypothetical protein  100 
 
 		 238 aa  469  1.0000000000000001e-131  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.884699 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1663  integral membrane protein  46.12 
 
 		 220 aa  173  2.9999999999999996e-42  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.771185  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1609  rhomboid family protein  45.63 
 
 		 220 aa  171  9e-42  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1130  integral membrane protein  50.25 
 
 		 196 aa  166  2.9999999999999998e-40  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.283045  normal  0.0126937 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_05680  peptidase, S54 (rhomboid) family, putative  44.34 
 
 		 232 aa  162  4.0000000000000004e-39  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.811656  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1220  Rhomboid family protein  42.33 
 
 		 228 aa  159  4e-38  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.231981 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0276  Rhomboid family protein  47.78 
 
 		 220 aa  158  7e-38  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.285023  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2879  Rhomboid family protein  47.29 
 
 		 224 aa  155  5.0000000000000005e-37  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2078  rhomboid family protein  42.65 
 
 		 226 aa  155  6e-37  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.347543  normal  0.269308 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5920  rhomboid family protein  43.81 
 
 		 197 aa  153  2e-36  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.144977  normal  0.337945 
 
 
-
 
NC_003296  RS02331  hypothetical protein  48.97 
 
 		 197 aa  151  1e-35  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00930848 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0665  rhomboid family protein  43.72 
 
 		 200 aa  151  1e-35  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1299  serine protease  44.62 
 
 		 234 aa  142  5e-33  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.342347  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2019  rhomboid family protein  41.9 
 
 		 226 aa  142  5e-33  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.334479  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2277  Rhomboid family protein  41.97 
 
 		 283 aa  140  1.9999999999999998e-32  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0043  hypothetical protein  42.33 
 
 		 264 aa  137  1e-31  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0498442  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5548  Rhomboid family protein  41.99 
 
 		 198 aa  137  2e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0778424  normal  0.596503 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1572  S54 family peptidase  41.75 
 
 		 260 aa  132  5e-30  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.013038  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1485  S54 family peptidase  41.75 
 
 		 260 aa  132  6e-30  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0631033  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0073  peptidase  41.75 
 
 		 229 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.104712  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2536  Rhomboid family protein  38.81 
 
 		 273 aa  129  5.0000000000000004e-29  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.237379  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2907  Rhomboid family protein  38.92 
 
 		 273 aa  128  8.000000000000001e-29  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_2124  hypothetical protein  39.39 
 
 		 273 aa  128  1.0000000000000001e-28  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1039  serine protease  43.55 
 
 		 202 aa  125  5e-28  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.224714  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0021  S54 family peptidase  43.55 
 
 		 202 aa  125  5e-28  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0391  S54 family peptidase  43.55 
 
 		 202 aa  125  5e-28  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1192  S54 family peptidase  43.55 
 
 		 202 aa  125  5e-28  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.970208  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4542  Rhomboid family protein  46.7 
 
 		 197 aa  124  1e-27  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00483276 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4409  Rhomboid family protein  46.7 
 
 		 197 aa  124  1e-27  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.824835 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2516  Rhomboid family protein  40 
 
 		 276 aa  122  6e-27  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.258607  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2735  rhomboid family protein  36.32 
 
 		 278 aa  114  2.0000000000000002e-24  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.77359  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1155  rhomboid-like protein  48.82 
 
 		 155 aa  107  2e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0482  Rhomboid family protein  31.72 
 
 		 241 aa  99.4  4e-20  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0124  rhomboid family protein  39.16 
 
 		 209 aa  99  5e-20  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0267  rhomboid family protein  33.04 
 
 		 231 aa  98.6  7e-20  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  0.0342264 
 
 
-
 
NC_002950  PG1404  rhomboid family protein  42.04 
 
 		 238 aa  98.2  9e-20  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.334243 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0210  rhomboid family protein  29.03 
 
 		 249 aa  93.2  3e-18  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_07075  rhomboid family protein  27.24 
 
 		 247 aa  91.3  1e-17  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0228  Rhomboid family protein  35.38 
 
 		 237 aa  90.9  2e-17  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.844894  normal  0.611688 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1249  rhomboid family protein  33.94 
 
 		 231 aa  89  5e-17  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4665  rhomboid-like protein  33.01 
 
 		 285 aa  89  6e-17  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.545556 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0199  rhomboid family protein  33.33 
 
 		 232 aa  87.8  1e-16  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.0957331  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0787  Rhomboid family protein  31.03 
 
 		 291 aa  86.3  4e-16  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.565548  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2337  rhomboid family protein  33.66 
 
 		 238 aa  85.9  5e-16  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.218198  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0892  Rhomboid family protein  38.78 
 
 		 211 aa  82.8  0.000000000000004  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.736144  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2900  rhomboid family protein  35.92 
 
 		 215 aa  82.8  0.000000000000004  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.28632  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_2146  Rhomboid family protein  26.38 
 
 		 258 aa  82.4  0.000000000000005  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  hitchhiker  0.000095331  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0686  rhomboid family protein  29.91 
 
 		 231 aa  82.4  0.000000000000006  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    hitchhiker  0.0078809 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3526  Rhomboid family protein  38.61 
 
 		 232 aa  82  0.000000000000007  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2713  Rhomboid family protein  36.02 
 
 		 227 aa  82  0.000000000000007  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5753  rhomboid family protein  32.08 
 
 		 290 aa  82  0.000000000000008  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0172846 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0742  Rhomboid family protein  38.22 
 
 		 260 aa  81.6  0.000000000000009  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1000  rhomboid family protein  35.44 
 
 		 247 aa  80.9  0.00000000000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0762405 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2531  rhomboid family protein  35.98 
 
 		 263 aa  81.3  0.00000000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.751924 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1885  rhomboid family protein  35.44 
 
 		 246 aa  80.9  0.00000000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0593974  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0851  rhomboid family protein  37.01 
 
 		 241 aa  80.9  0.00000000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1263  Rhomboid family protein  37.5 
 
 		 245 aa  80.5  0.00000000000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2108  rhomboid-like protein  38.78 
 
 		 239 aa  80.9  0.00000000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.813228  normal  0.21449 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1730  rhomboid family protein  31.31 
 
 		 222 aa  79.7  0.00000000000004  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0105821  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3032  rhomboid-like protein  33.03 
 
 		 237 aa  79.7  0.00000000000004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.646386  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2942  rhomboid family protein  34.74 
 
 		 231 aa  78.6  0.00000000000007  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00611341 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0568  rhomboid family protein  38.06 
 
 		 249 aa  78.2  0.00000000000009  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0857  rhomboid-like protein  37.14 
 
 		 279 aa  77.8  0.0000000000001  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.00124204  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0205  rhomboid protein  33.81 
 
 		 207 aa  76.6  0.0000000000003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0326633  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1446  rhomboid family protein  34.15 
 
 		 248 aa  76.6  0.0000000000004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.154997  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0331  rhomboid family protein  35.29 
 
 		 227 aa  76.3  0.0000000000004  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4331  rhomboid family protein  36.36 
 
 		 232 aa  76.3  0.0000000000004  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1579  rhomboid family protein  37.42 
 
 		 252 aa  76.3  0.0000000000004  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.279558  hitchhiker  0.00570549 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2298  Rhomboid family protein  33.65 
 
 		 230 aa  74.7  0.000000000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1151  rhomboid-like protein  33.49 
 
 		 240 aa  74.3  0.000000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000385696  normal  0.159732 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1502  rhomboid family protein  36.11 
 
 		 237 aa  73.9  0.000000000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.175521  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0042  rhomboid family protein  30.7 
 
 		 396 aa  74.3  0.000000000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0740017  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1335  Rhomboid family protein  33.02 
 
 		 224 aa  74.3  0.000000000002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.931204  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1658  rhomboid family protein  33 
 
 		 444 aa  73.9  0.000000000002  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.598011  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1970  rhomboid family protein  35.98 
 
 		 246 aa  74.3  0.000000000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0326  Rhomboid family protein  30.43 
 
 		 218 aa  73.2  0.000000000003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4278  Rhomboid family protein  36.36 
 
 		 234 aa  73.6  0.000000000003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0736  hypothetical protein  31.28 
 
 		 362 aa  73.2  0.000000000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1200  rhomboid family protein  34.87 
 
 		 258 aa  73.2  0.000000000004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.302256  normal  0.536903 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5597  Rhomboid family protein  34.52 
 
 		 371 aa  72.8  0.000000000004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1657  rhomboid family protein  29.91 
 
 		 222 aa  73.2  0.000000000004  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  unclonable  0.000000000107341  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2049  uncharacterized membrane protein  30.73 
 
 		 222 aa  72.4  0.000000000006  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3096  rhomboid family protein  32.09 
 
 		 231 aa  72.4  0.000000000006  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.654608 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1071  rhomboid family protein  31.51 
 
 		 279 aa  72  0.000000000007  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.254711 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1526  Rhomboid family protein  32.11 
 
 		 221 aa  72  0.000000000007  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1300  Rhomboid family protein  32.38 
 
 		 239 aa  72  0.000000000008  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0950  rhomboid family protein  32.49 
 
 		 360 aa  71.6  0.000000000009  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3513  rhomboid family protein  27.94 
 
 		 286 aa  71.6  0.000000000009  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0774  rhomboid family protein  31.66 
 
 		 360 aa  71.6  0.000000000009  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0941  Rhomboid family protein  32.49 
 
 		 360 aa  71.6  0.000000000009  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2616  rhomboid family protein  36.99 
 
 		 253 aa  71.6  0.00000000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4172  Rhomboid family protein  31.13 
 
 		 236 aa  71.6  0.00000000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3255  rhomboid-like protein  36.18 
 
 		 284 aa  71.6  0.00000000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.709043  normal  0.549561 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1165  rhomboid family protein  30.14 
 
 		 228 aa  71.2  0.00000000001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  decreased coverage  0.00020927  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1771  rhomboid-like protein  37.33 
 
 		 223 aa  70.5  0.00000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.604427  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3565  rhomboid-like protein  36 
 
 		 252 aa  70.5  0.00000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0953  Rhomboid family protein  30.69 
 
 		 218 aa  70.1  0.00000000003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  0.00030487  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_21960  uncharacterized membrane protein  31.38 
 
 		 267 aa  70.1  0.00000000003  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.00559972  decreased coverage  0.002494 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2160  rhomboid family protein  32.02 
 
 		 243 aa  69.7  0.00000000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.251589  normal  0.196437 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1050  Rhomboid family protein  33.99 
 
 		 220 aa  69.7  0.00000000004  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>