More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TDE0440 on replicon NC_002967
Organism: Treponema denticola ATCC 35405



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002967  TDE0440  DNA-binding protein  100 
 
 		 91 aa  186  1e-46  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  unclonable  0.000000000374773  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2435  transcriptional regulator, XRE family  42.19 
 
 		 105 aa  58.9  0.00000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0275  cupin 2 domain-containing protein  45.71 
 
 		 188 aa  58.5  0.00000003  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000353927  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0273  XRE family transcriptional regulator  45.71 
 
 		 176 aa  58.2  0.00000004  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.0000144131  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0020  transcriptional regulator  40.3 
 
 		 70 aa  56.6  0.0000001  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  0.555038 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1668  transcriptional regulator, XRE family  37.8 
 
 		 256 aa  55.8  0.0000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000231765  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1806  transcriptional regulator, XRE family  45.31 
 
 		 181 aa  55.1  0.0000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0371  XRE family transcriptional regulator  39.39 
 
 		 91 aa  55.1  0.0000004  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.340091  normal  0.26916 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2148  DNA-binding protein, putative  45.31 
 
 		 181 aa  55.1  0.0000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1827  XRE family transcriptional regulator  43.33 
 
 		 252 aa  53.5  0.000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0400601  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0284  XRE family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 101 aa  52.8  0.000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.214235  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0885  XRE family transcriptional regulator  35 
 
 		 218 aa  52  0.000003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4529  transcriptional regulator, XRE family  42.65 
 
 		 120 aa  51.2  0.000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0887  XRE family transcriptional regulator  37.29 
 
 		 218 aa  51.2  0.000004  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1158  XRE family transcriptional regulator  38.03 
 
 		 179 aa  51.2  0.000004  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  decreased coverage  0.00000119717  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1180  helix-turn-helix domain-containing protein  38.03 
 
 		 179 aa  51.2  0.000004  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  unclonable  0.000000150819  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1301  XRE family transcriptional regulator  42.19 
 
 		 96 aa  51.6  0.000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.405872  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1887  XRE family transcriptional regulator  35.38 
 
 		 104 aa  51.2  0.000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.603654  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2129  transcriptional regulator, XRE family  46.15 
 
 		 264 aa  50.4  0.000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.862241  normal  0.041856 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0127  DNA-binding protein  43.08 
 
 		 104 aa  50.4  0.000008  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.797375  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1170  helix-turn-helix domain-containing protein  45.16 
 
 		 196 aa  50.4  0.000009  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1144  transcriptional regulator, XRE family  48.98 
 
 		 266 aa  50.1  0.00001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2487  XRE family transcriptional regulator  41.27 
 
 		 189 aa  49.7  0.00001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1627  XRE family transcriptional regulator  38.57 
 
 		 300 aa  49.7  0.00001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000332957  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0551  transcriptional regulator, XRE family  43.28 
 
 		 198 aa  50.1  0.00001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1032  DNA-binding protein  38.81 
 
 		 69 aa  49.7  0.00001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0899  transcriptional regulator  38.81 
 
 		 69 aa  49.7  0.00001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0252882  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0455  helix-turn-helix domain-containing protein  40.32 
 
 		 84 aa  49.7  0.00001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.846585  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1840  putative phage repressor  43.28 
 
 		 270 aa  49.3  0.00002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.100687  hitchhiker  0.0000604594 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3482  XRE family transcriptional regulator  33.85 
 
 		 104 aa  49.3  0.00002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.411907  normal  0.584278 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3411  transcriptional regulator, XRE family  42.86 
 
 		 183 aa  49.3  0.00002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2483  transcriptional regulator, XRE family  36.11 
 
 		 143 aa  49.3  0.00002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2505  XRE family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 220 aa  49.3  0.00002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1750  putative prophage repressor  48.21 
 
 		 230 aa  49.3  0.00002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.141014  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1816  XRE family transcriptional regulator  46.55 
 
 		 191 aa  48.5  0.00003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00473491  hitchhiker  0.000617218 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1522  transcriptional regulator, XRE family  43.86 
 
 		 68 aa  48.5  0.00003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.379498  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0888  XRE family transcriptional regulator  38.81 
 
 		 67 aa  48.5  0.00003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0710  putative prophage repressor  37.93 
 
 		 245 aa  48.9  0.00003  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1427  transcriptional regulator, XRE family  43.86 
 
 		 68 aa  48.5  0.00003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2195  XRE family transcriptional regulator  42.19 
 
 		 83 aa  48.5  0.00003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2562  XRE family transcriptional regulator  46 
 
 		 281 aa  48.5  0.00003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.964133 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2436  XRE family transcriptional regulator  43.86 
 
 		 68 aa  48.5  0.00003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.109963  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1555  DNA-binding protein  43.86 
 
 		 72 aa  48.1  0.00004  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  decreased coverage  0.00000236293  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1453  transcriptional regulator, XRE family  30.77 
 
 		 171 aa  48.1  0.00004  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0152  XRE family transcriptional regulator  42.65 
 
 		 93 aa  48.1  0.00004  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0155  XRE family transcriptional regulator  36.92 
 
 		 115 aa  48.1  0.00004  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0875  XRE family transcriptional regulator  35.38 
 
 		 77 aa  48.1  0.00005  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000023095  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1338  XRE family transcriptional regulator  32.94 
 
 		 198 aa  47.8  0.00005  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0586  XRE family transcriptional regulator  39.68 
 
 		 134 aa  47.8  0.00005  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4811  XRE family transcriptional regulator  37.04 
 
 		 201 aa  47.8  0.00005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00213383 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4285  transcriptional regulator, XRE family  36.36 
 
 		 182 aa  47.8  0.00006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1444  helix-turn-helix domain-containing protein  43.86 
 
 		 68 aa  47.4  0.00006  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.557197  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4371  XRE family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 182 aa  47.8  0.00006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2054  transcriptional regulator, XRE family  34.21 
 
 		 186 aa  47.4  0.00006  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.388224 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4256  transcriptional regulator, XRE family  36.36 
 
 		 182 aa  47.8  0.00006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.949593  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5702  transcriptional regulator, XRE family  45.28 
 
 		 124 aa  47.8  0.00006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4437  XRE family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 182 aa  47.8  0.00006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0777  XRE family transcriptional regulator  46.55 
 
 		 83 aa  47.8  0.00006  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.000000109093  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4325  XRE family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 182 aa  47.8  0.00006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.735671  normal  0.293625 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_11150  putative transcriptional regulator  37.1 
 
 		 68 aa  47.4  0.00006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00242881  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1912  putative prophage repressor  34.25 
 
 		 196 aa  47.8  0.00006  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1128  Cro/CI family transcriptional regulator  39.06 
 
 		 65 aa  47.4  0.00007  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  decreased coverage  0.000913081  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4079  XRE family transcriptional regulator  35.06 
 
 		 182 aa  47.4  0.00007  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0936  XRE family transcriptional regulator  33.87 
 
 		 84 aa  47.4  0.00007  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.0000000000155637  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0267  XRE family transcriptional regulator  32.91 
 
 		 118 aa  47.4  0.00007  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.257195  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0678  transcriptional regulator, XRE family  44 
 
 		 188 aa  47.4  0.00007  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0538  XRE family transcriptional regulator  56.1 
 
 		 202 aa  47.4  0.00007  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1459  helix-turn-helix domain protein  39.66 
 
 		 182 aa  47  0.00008  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5469  XRE family transcriptional regulator  42.59 
 
 		 271 aa  47.4  0.00008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1248  helix-turn-helix domain protein  30.95 
 
 		 109 aa  47  0.00008  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000139831  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5326  transcriptional regulator, XRE family  37.29 
 
 		 68 aa  47  0.00009  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.134062 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3931  transcriptional regulator, XRE family  43.64 
 
 		 253 aa  47  0.00009  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.183179  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1184  transcriptional regulator, XRE family  32.88 
 
 		 73 aa  46.2  0.0001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.410956  normal  0.167059 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_67  hypothetical protein  40.68 
 
 		 72 aa  47  0.0001  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1344  XRE family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 258 aa  46.2  0.0001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.388374  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0662  XRE family transcriptional regulator  38.81 
 
 		 259 aa  46.6  0.0001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1025  putative transcriptional regulator  31.82 
 
 		 68 aa  46.6  0.0001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0512  XRE family transcriptional regulator  51.02 
 
 		 185 aa  46.2  0.0001  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0311  XRE family transcriptional regulator  46.34 
 
 		 280 aa  47  0.0001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.679895  normal  0.664954 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1574  XRE family transcriptional regulator  51.02 
 
 		 184 aa  46.6  0.0001  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.844747  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1228  XRE family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 85 aa  46.2  0.0001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2256  Cro/CI family transcriptional regulator  32.31 
 
 		 104 aa  45.8  0.0002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.033693 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2775  transcriptional regulator, XRE family  52.08 
 
 		 180 aa  46.2  0.0002  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.31723  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3356  XRE family transcriptional regulator  36.07 
 
 		 267 aa  46.2  0.0002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3869  XRE family transcriptional regulator  37.97 
 
 		 183 aa  45.4  0.0002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1040  transcriptional regulator, XRE family  40.98 
 
 		 137 aa  45.8  0.0002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.119087 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_15000  predicted transcriptional regulator  38.18 
 
 		 184 aa  45.8  0.0002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.904149  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1139  transcriptional regulator  36.36 
 
 		 232 aa  45.8  0.0002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.483755  normal  0.0958639 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0118  transcriptional regulator, XRE family  33.77 
 
 		 81 aa  46.2  0.0002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1604  XRE family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 175 aa  46.2  0.0002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000175154  normal  1 
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6747  XRE family transcriptional regulator  39.34 
 
 		 115 aa  45.8  0.0002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1135  XRE family transcriptional regulator  40.98 
 
 		 99 aa  45.8  0.0002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0544  XRE family transcriptional regulator  39.34 
 
 		 203 aa  45.8  0.0002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3011  XRE family transcriptional regulator  40.98 
 
 		 183 aa  45.8  0.0002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2786  XRE family transcriptional regulator  41.18 
 
 		 271 aa  45.8  0.0002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.842285  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2377  XRE family transcriptional regulator  40.98 
 
 		 183 aa  45.8  0.0002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2985  XRE family transcriptional regulator  40.98 
 
 		 183 aa  45.8  0.0002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0889  XRE family transcriptional regulator  38.98 
 
 		 210 aa  45.4  0.0002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3038  XRE family transcriptional regulator  40.98 
 
 		 183 aa  45.8  0.0002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2991  XRE family transcriptional regulator  40.98 
 
 		 183 aa  45.8  0.0002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>