More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swoo_2402 on replicon NC_010506
Organism: Shewanella woodyi ATCC 51908



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010506  Swoo_2402  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
278 aa  562  1.0000000000000001e-159  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.000000841338  hitchhiker  0.00141318 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01992  short chain dehydrogenase  29.92 
 
 
276 aa  144  1e-33  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.00000620206  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0115  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.37 
 
 
278 aa  138  1e-31  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6766  putative short-chain dehydrogenase  34.67 
 
 
279 aa  135  9.999999999999999e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.353478  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4339  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.63 
 
 
588 aa  133  3e-30  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21640  short chain dehydrogenase  35.83 
 
 
270 aa  129  6e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4106  short chain dehydrogenase  33.21 
 
 
295 aa  127  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.779242  normal  0.448814 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1745  short chain dehydrogenase  34.85 
 
 
269 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8731  short chain dehydrogenase  32.08 
 
 
590 aa  127  2.0000000000000002e-28  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.199229  normal  0.347677 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21050  short chain dehydrogenase  32.47 
 
 
592 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1844  short chain dehydrogenase  34.5 
 
 
270 aa  125  6e-28  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1627  oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family  33.2 
 
 
271 aa  125  7e-28  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0861444  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1295  short chain dehydrogenase  34.94 
 
 
602 aa  125  1e-27  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.101432  normal  0.699766 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3969  short chain dehydrogenase  34.85 
 
 
269 aa  124  1e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.246181 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1337  short chain dehydrogenase  34.48 
 
 
269 aa  124  2e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.950533 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3753  short chain dehydrogenase  32.05 
 
 
294 aa  124  2e-27  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.0637159 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1475  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.5 
 
 
269 aa  124  2e-27  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1295  short chain dehydrogenase  34.47 
 
 
271 aa  124  2e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.657463  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1643  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.62 
 
 
286 aa  124  2e-27  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1796  short chain dehydrogenase  32.57 
 
 
590 aa  123  3e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.425571  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2049  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  36.87 
 
 
230 aa  123  4e-27  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5364  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.48 
 
 
267 aa  123  4e-27  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.676071  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0709  short chain dehydrogenase  31.92 
 
 
595 aa  123  4e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.944679  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2186  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  33.5 
 
 
241 aa  122  4e-27  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1359  short chain dehydrogenase  34.54 
 
 
602 aa  122  5e-27  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1244  short chain dehydrogenase  32.7 
 
 
270 aa  122  6e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.542872  normal  0.404553 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2089  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.6 
 
 
246 aa  122  6e-27  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0163129  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3649  short chain dehydrogenase  32.31 
 
 
595 aa  122  9e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.236438  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3398  short chain dehydrogenase  31.92 
 
 
595 aa  122  9e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4969  short chain dehydrogenase  31.92 
 
 
595 aa  122  9e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.300188  normal  0.358584 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12242  short chain dehydrogenase  30.53 
 
 
592 aa  121  9.999999999999999e-27  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.0208017  normal  0.29752 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5317  short chain dehydrogenase  31.92 
 
 
595 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.247804  normal  0.120372 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2174  short chain dehydrogenase  32.57 
 
 
596 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.828892  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0820  short chain dehydrogenase  32.57 
 
 
596 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0913  short chain dehydrogenase  32.57 
 
 
596 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.427766  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13074  short chain dehydrogenase  30.77 
 
 
287 aa  121  9.999999999999999e-27  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.486367 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4109  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.03 
 
 
269 aa  121  1.9999999999999998e-26  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00421935 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2215  short chain dehydrogenase  27.92 
 
 
276 aa  120  1.9999999999999998e-26  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1808  short chain dehydrogenase  32.57 
 
 
596 aa  120  3e-26  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.67175  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2823  short chain dehydrogenase  26.07 
 
 
292 aa  119  3.9999999999999996e-26  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00207351  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4313  short chain dehydrogenase  30 
 
 
290 aa  119  3.9999999999999996e-26  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3515  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.84 
 
 
285 aa  119  3.9999999999999996e-26  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2306  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.32 
 
 
286 aa  119  6e-26  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.930868  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1826  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.14 
 
 
239 aa  119  7e-26  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2044  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.14 
 
 
242 aa  118  7.999999999999999e-26  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.252391  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1819  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.14 
 
 
242 aa  118  7.999999999999999e-26  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2065  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.14 
 
 
239 aa  118  7.999999999999999e-26  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000861938  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1793  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.14 
 
 
242 aa  118  7.999999999999999e-26  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.512815  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1775  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.14 
 
 
242 aa  118  7.999999999999999e-26  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1964  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.14 
 
 
239 aa  118  7.999999999999999e-26  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.130885  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1995  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.14 
 
 
239 aa  118  7.999999999999999e-26  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  5.591310000000001e-44 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1958  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.14 
 
 
242 aa  118  7.999999999999999e-26  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3364  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.14 
 
 
239 aa  118  7.999999999999999e-26  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.115947  hitchhiker  0.00000000000000894376 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10868  short chain dehydrogenase  31.62 
 
 
275 aa  117  1.9999999999999998e-25  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00362326 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2203  short chain dehydrogenase  30.74 
 
 
273 aa  117  1.9999999999999998e-25  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.000419362  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3206  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.3 
 
 
284 aa  117  3e-25  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3197  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.3 
 
 
284 aa  117  3e-25  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1917  short chain dehydrogenase  29.62 
 
 
275 aa  116  3e-25  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3259  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.3 
 
 
284 aa  117  3e-25  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1494  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.14 
 
 
239 aa  117  3e-25  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000128809  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4391  short chain dehydrogenase  31.15 
 
 
618 aa  116  3.9999999999999997e-25  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.21601 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3322  short chain dehydrogenase  30.38 
 
 
588 aa  115  5e-25  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.178301 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3311  short chain dehydrogenase  30.38 
 
 
588 aa  115  5e-25  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.768628  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3373  short chain dehydrogenase  30.38 
 
 
588 aa  115  5e-25  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.855673  normal  0.12205 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3576  short chain dehydrogenase  31.92 
 
 
538 aa  116  5e-25  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.129186  normal  0.037556 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1565  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.04 
 
 
286 aa  115  7.999999999999999e-25  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1337  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.2 
 
 
238 aa  114  1.0000000000000001e-24  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.541378  normal 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1303  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.47 
 
 
258 aa  115  1.0000000000000001e-24  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2238  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.5 
 
 
317 aa  115  1.0000000000000001e-24  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2937  short chain dehydrogenase  31.15 
 
 
543 aa  114  2.0000000000000002e-24  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4910  short chain dehydrogenase  30.77 
 
 
595 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3101  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28 
 
 
280 aa  114  2.0000000000000002e-24  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.300242  normal  0.231356 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0175  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  33.84 
 
 
247 aa  114  2.0000000000000002e-24  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_33830  short chain dehydrogenase  33.46 
 
 
568 aa  113  4.0000000000000004e-24  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4348  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.75 
 
 
274 aa  112  5e-24  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.201544 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4117  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.75 
 
 
274 aa  112  5e-24  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0106138  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4192  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.75 
 
 
274 aa  112  5e-24  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.879856  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_44570  putative short-chain dehydrogenase  30.5 
 
 
295 aa  112  6e-24  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.30545 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2505  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.42 
 
 
231 aa  112  7.000000000000001e-24  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2448  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.37 
 
 
257 aa  112  7.000000000000001e-24  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2555  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.42 
 
 
231 aa  112  7.000000000000001e-24  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.459049  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2194  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.53 
 
 
280 aa  112  8.000000000000001e-24  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0155651  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2231  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.91 
 
 
263 aa  112  9e-24  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.19807  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4735  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.79 
 
 
262 aa  112  9e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2231  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.07 
 
 
257 aa  111  1.0000000000000001e-23  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000702714  hitchhiker  0.00000000852913 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1266  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.63 
 
 
278 aa  111  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.343225  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3865  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.02 
 
 
247 aa  111  2.0000000000000002e-23  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.269971  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0676  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.82 
 
 
254 aa  111  2.0000000000000002e-23  Frankia sp. CcI3  Bacteria  hitchhiker  0.00917144  normal  0.0792915 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5847  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.52 
 
 
281 aa  110  2.0000000000000002e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2492  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  32.11 
 
 
245 aa  110  2.0000000000000002e-23  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2884  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.11 
 
 
273 aa  110  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2430  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.31 
 
 
285 aa  110  2.0000000000000002e-23  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4642  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.09 
 
 
264 aa  109  4.0000000000000004e-23  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000179752 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3579  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.49 
 
 
258 aa  109  4.0000000000000004e-23  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.392131  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1603  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.36 
 
 
277 aa  109  4.0000000000000004e-23  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0180  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  34.02 
 
 
245 aa  110  4.0000000000000004e-23  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.00307059  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2186  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.04 
 
 
248 aa  110  4.0000000000000004e-23  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.0361624 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0520  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.81 
 
 
602 aa  109  5e-23  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_18580  short-chain dehydrogenase of unknown substrate specificity  35.22 
 
 
258 aa  109  5e-23  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.489964  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2034  short chain dehydrogenase  28.52 
 
 
290 aa  109  5e-23  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.304907  normal  0.959562 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>