85 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Strop_0420 on replicon NC_009380
Organism: Salinispora tropica CNB-440



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009380  Strop_0420  2'-5' RNA ligase  100 
 
 		 192 aa  376  1e-104  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.451277 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0508  2'-5' RNA ligase  71.35 
 
 		 192 aa  221  6e-57  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.170013  hitchhiker  0.00665931 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5848  2'-5' RNA ligase  43.24 
 
 		 176 aa  91.7  6e-18  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8791  2'-5' RNA ligase  28.96 
 
 		 215 aa  72  0.000000000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.825967 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0273  2'-5' RNA ligase  37.5 
 
 		 188 aa  72  0.000000000006  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4176  2'-5' RNA ligase  32.99 
 
 		 196 aa  71.2  0.000000000008  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.15981  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0111  2'-5' RNA ligase  32.66 
 
 		 190 aa  71.2  0.000000000009  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8886  2'-5' RNA ligase  36.08 
 
 		 190 aa  70.9  0.00000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.979447  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7219  2'-5' RNA ligase  33.03 
 
 		 224 aa  70.1  0.00000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.179856  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_17160  2'-5' RNA ligase  35.55 
 
 		 196 aa  68.6  0.00000000005  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0177806  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0821  2'-5' RNA ligase  32.81 
 
 		 188 aa  68.6  0.00000000005  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2529  2'-5' RNA ligase  29.83 
 
 		 190 aa  67  0.0000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0243  2',5' RNA ligase  33.51 
 
 		 182 aa  65.5  0.0000000004  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.938124  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3287  2'-5' RNA ligase  35.42 
 
 		 184 aa  63.9  0.000000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.246816 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3617  2'-5' RNA ligase  34.24 
 
 		 189 aa  60.5  0.00000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.000624511  normal  1 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1785  2'-5' RNA ligase  27.66 
 
 		 180 aa  59.7  0.00000002  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2113  2'-5' RNA ligase  34.62 
 
 		 168 aa  57.8  0.0000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0440288  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3960  2',5' RNA ligase  37.7 
 
 		 194 aa  56.6  0.0000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.250579  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0159  2'-5' RNA ligase  34.51 
 
 		 184 aa  56.2  0.0000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1962  2'-5' RNA ligase  26.74 
 
 		 186 aa  56.2  0.0000003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000000287299  normal  0.896193 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2521  2'-5' RNA ligase  34.03 
 
 		 186 aa  55.8  0.0000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000915911  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2011  2'-5' RNA ligase  24.23 
 
 		 194 aa  56.2  0.0000003  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2404  2'-5' RNA ligase  30.46 
 
 		 192 aa  55.8  0.0000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0231  2'-5' RNA ligase  33.8 
 
 		 185 aa  55.1  0.0000007  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1078  2',5' RNA ligase  33.1 
 
 		 185 aa  54.7  0.0000008  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5313  2',5' RNA ligase  27.6 
 
 		 193 aa  54.7  0.0000008  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.421801  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_19240  2'-5' RNA ligase  30.07 
 
 		 174 aa  54.3  0.000001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.0390929 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2163  2'-5' RNA ligase  29.05 
 
 		 178 aa  53.5  0.000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.705282  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4103  2'-5' RNA ligase  39.34 
 
 		 194 aa  52.8  0.000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4070  2'-5' RNA ligase  38.8 
 
 		 194 aa  52.8  0.000004  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0826  2'-5' RNA ligase  30.35 
 
 		 187 aa  52.4  0.000004  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0088  2'-5' RNA ligase  29.55 
 
 		 184 aa  51.6  0.000006  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000385137 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0369  2'-5' RNA ligase  27.04 
 
 		 187 aa  50.8  0.00001  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.863227  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1320  2'-5' RNA ligase  33.1 
 
 		 216 aa  50.4  0.00002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.167347  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0107  2'-5' RNA ligase  29.28 
 
 		 184 aa  49.7  0.00003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4534  2'-5' RNA ligase  25.5 
 
 		 181 aa  49.7  0.00003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1002  2'-5' RNA ligase  32.41 
 
 		 185 aa  49.7  0.00003  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1628  2'-5' RNA ligase  30.1 
 
 		 222 aa  49.3  0.00003  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.709746 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1825  2'-5' RNA ligase  28.87 
 
 		 187 aa  49.7  0.00003  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0035  2',5' RNA ligase, putative  32.68 
 
 		 179 aa  48.9  0.00004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3040  2'-5' RNA ligase  25.47 
 
 		 189 aa  48.5  0.00006  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.308422 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2055  2'-5' RNA ligase  29.84 
 
 		 184 aa  48.1  0.00008  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.180735  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0461  2'-5' RNA ligase  32.63 
 
 		 195 aa  47.8  0.00009  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1655  2'-5' RNA ligase  27.08 
 
 		 194 aa  47.8  0.00009  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1002  2'-5' RNA ligase  21.71 
 
 		 176 aa  47  0.0001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000000523375  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3539  2'-5' RNA ligase  29.79 
 
 		 201 aa  47  0.0002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.146255 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1388  2',5' RNA ligase  25.65 
 
 		 183 aa  47  0.0002  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.482192  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1636  2'-5' RNA ligase  24.49 
 
 		 195 aa  46.2  0.0003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4838  putative 2'-5' RNA ligase family protein  24.87 
 
 		 181 aa  45.8  0.0003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.305277  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2754  2'-5' RNA ligase  28.17 
 
 		 184 aa  45.8  0.0004  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4845  2'-5' RNA ligase  24.35 
 
 		 181 aa  45.4  0.0005  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5967  phosphoesterase HXTX  39.29 
 
 		 176 aa  45.1  0.0006  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.290387 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1117  2'-5' RNA ligase  27.4 
 
 		 181 aa  45.1  0.0006  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1234  2 -5 RNA ligase  23.94 
 
 		 193 aa  44.7  0.0007  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  decreased coverage  0.00152481  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0184  2',5' RNA ligase  26.22 
 
 		 185 aa  44.7  0.0008  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2391  2'-5' RNA ligase  28.3 
 
 		 184 aa  44.7  0.0008  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1238  2'-5' RNA ligase  30.56 
 
 		 186 aa  44.7  0.0008  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3055  2',5' RNA ligase  29.89 
 
 		 180 aa  44.7  0.0008  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0760  2'-5' RNA ligase  35.92 
 
 		 182 aa  44.3  0.001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1266  2'-5' RNA ligase  23.2 
 
 		 193 aa  43.9  0.001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0332104  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0222  2'-5' RNA ligase  35.71 
 
 		 176 aa  43.5  0.002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.367161  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3530  2',5' RNA ligase  30.28 
 
 		 184 aa  43.5  0.002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0804998  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1462  2'-5' RNA ligase  25.53 
 
 		 194 aa  43.5  0.002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.982086  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1055  2'-5' RNA ligase  27.67 
 
 		 184 aa  43.5  0.002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.2761  normal  0.204579 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0220  2'-5' RNA ligase  35.71 
 
 		 176 aa  43.5  0.002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET1456  2'-5' RNA ligase family protein  23.94 
 
 		 193 aa  42.7  0.003  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.000000758334  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_14670  2'-5' RNA ligase  27.84 
 
 		 176 aa  42.7  0.003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.346276  normal  0.71286 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4598  2'-5' RNA ligase family protein  23.49 
 
 		 181 aa  42.7  0.003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4820  putative 2'-5' RNA ligase family protein  23.49 
 
 		 181 aa  42.7  0.003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4815  putative 2'-5' RNA ligase family protein  22.73 
 
 		 181 aa  43.1  0.003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.797227  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0204  2'-5' RNA ligase  35.71 
 
 		 176 aa  43.1  0.003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0216  2'-5' RNA ligase  35.71 
 
 		 176 aa  42.7  0.003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0205  2'-5' RNA ligase  35.71 
 
 		 176 aa  42.7  0.003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4955  2'-5' RNA ligase family protein  23.49 
 
 		 181 aa  42.7  0.003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4435  2'-5' RNA ligase  23.49 
 
 		 181 aa  42.4  0.004  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3716  2'-5' RNA ligase  26.74 
 
 		 200 aa  42.7  0.004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.784361  hitchhiker  0.00258994 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1790  2'-5' RNA ligase  30.73 
 
 		 182 aa  42.4  0.004  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0674  2'-5' RNA ligase  28.5 
 
 		 177 aa  42.4  0.004  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5825  2'-5' RNA ligase  27.47 
 
 		 153 aa  42  0.005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0503  2'-5' RNA ligase  24.48 
 
 		 183 aa  42.4  0.005  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000000000682832  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_11900  2'-5' RNA ligase  20.96 
 
 		 189 aa  42  0.005  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  5.56695e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0408  2'-5' RNA ligase  19.58 
 
 		 189 aa  42  0.006  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2125  2',5' RNA ligase  26.55 
 
 		 195 aa  41.2  0.009  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3512  2'-5' RNA ligase  32.99 
 
 		 176 aa  41.2  0.009  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0807667  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4453  2'-5' RNA ligase  24.5 
 
 		 181 aa  41.2  0.01  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>