More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shel_19980 on replicon NC_013165
Organism: Slackia heliotrinireducens DSM 20476



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013204  Elen_2523  RNA binding S1 domain protein  86.51 
 
 		 405 aa  654    Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.270612  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_19980  SSU ribosomal protein S1P  100 
 
 		 407 aa  805    Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_05300  SSU ribosomal protein S1P  85.07 
 
 		 403 aa  624  1e-177  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.467971  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0962  RNA binding S1 domain protein  74.26 
 
 		 418 aa  563  1.0000000000000001e-159  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.331059  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_25930  30S ribosomal protein S1  62.63 
 
 		 495 aa  462  1e-129  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5522  30S ribosomal protein S1  63.16 
 
 		 495 aa  461  9.999999999999999e-129  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3198  RNA binding S1 domain protein  65 
 
 		 488 aa  451  1.0000000000000001e-126  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.565242  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2872  RNA binding S1 domain protein  65.59 
 
 		 487 aa  451  1.0000000000000001e-126  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_14990  30S ribosomal protein S1  63.06 
 
 		 493 aa  452  1.0000000000000001e-126  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0409109  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3020  30S ribosomal protein S1  65 
 
 		 479 aa  449  1e-125  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.156856  normal  0.0844361 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5672  30S ribosomal protein S1  60.8 
 
 		 493 aa  449  1e-125  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.457368 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3005  30S ribosomal protein S1  65 
 
 		 479 aa  449  1e-125  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3561  30S ribosomal protein S1  63.9 
 
 		 481 aa  450  1e-125  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0469219  normal  0.360425 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3051  30S ribosomal protein S1  65 
 
 		 479 aa  449  1e-125  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3356  30S ribosomal protein S1  63.9 
 
 		 481 aa  450  1e-125  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0698685  normal  0.453235 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1477  RNA binding S1 domain-containing protein  62.15 
 
 		 480 aa  446  1.0000000000000001e-124  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.22973  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1515  RNA binding S1 domain protein  63.51 
 
 		 490 aa  446  1.0000000000000001e-124  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.906108  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11646  30S ribosomal protein S1  64.41 
 
 		 481 aa  446  1.0000000000000001e-124  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.75465 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1960  RNA binding S1 domain protein  64.41 
 
 		 492 aa  444  1e-123  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1229  30S ribosomal protein S1  63.22 
 
 		 488 aa  444  1e-123  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.964467  normal  0.190984 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_20190  SSU ribosomal protein S1P  61.43 
 
 		 496 aa  441  1e-123  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.287124 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1057  30S ribosomal protein S1  62.46 
 
 		 492 aa  444  1e-123  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.960366 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2435  RNA binding S1 domain protein  64.64 
 
 		 499 aa  444  1e-123  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_11140  30S ribosomal protein S1  62.47 
 
 		 485 aa  444  1e-123  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.28152  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_12990  30S ribosomal protein S1  63.04 
 
 		 492 aa  441  1e-123  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.927286 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2193  30S ribosomal protein S1  64.41 
 
 		 488 aa  443  1e-123  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.210966  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1089  30S ribosomal protein S1  64.08 
 
 		 515 aa  444  1e-123  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0119116  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5494  30S ribosomal protein S1  63.82 
 
 		 493 aa  442  1e-123  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.117184  normal  0.159849 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2989  30S ribosomal protein S1  65 
 
 		 490 aa  444  1e-123  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0790572  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1804  30S ribosomal protein S1  61.16 
 
 		 491 aa  441  9.999999999999999e-123  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.0000000000000161597 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2968  Ribosomal protein S1-like protein  61.69 
 
 		 500 aa  439  9.999999999999999e-123  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3034  30S ribosomal protein S1  61.93 
 
 		 485 aa  441  9.999999999999999e-123  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000095518  hitchhiker  0.00573325 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2065  30S ribosomal protein S1  61.16 
 
 		 491 aa  441  9.999999999999999e-123  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  decreased coverage  0.00632138  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2850  RNA binding S1 domain protein  61.39 
 
 		 487 aa  438  9.999999999999999e-123  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000968936  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0745  30S ribosomal protein S1  62.64 
 
 		 491 aa  437  1e-121  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.146171  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1191  30S ribosomal protein S1  61.16 
 
 		 485 aa  429  1e-119  Thermobifida fusca YX  Bacteria  decreased coverage  0.00406916  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0961  RNA binding S1 domain protein  60.88 
 
 		 496 aa  429  1e-119  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3369  30S ribosomal protein S1  66.57 
 
 		 493 aa  425  1e-118  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.412554  normal  0.0109188 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3140  30S ribosomal protein S1  66.57 
 
 		 493 aa  425  1e-118  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1079  RNA binding S1 domain protein  59.5 
 
 		 427 aa  422  1e-117  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2872  RNA binding S1 domain protein  59.83 
 
 		 529 aa  419  1e-116  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.569342  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2948  30S ribosomal protein S1  63.95 
 
 		 505 aa  421  1e-116  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.188906 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0601  30S ribosomal protein S1  61.89 
 
 		 500 aa  418  9.999999999999999e-116  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3767  RNA binding S1 domain-containing protein  64.91 
 
 		 507 aa  406  1.0000000000000001e-112  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0768989  normal  0.0130256 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2024  SSU ribosomal protein S1P  62.69 
 
 		 411 aa  370  1e-101  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1154  4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase/S1 RNA-binding domain protein  50.14 
 
 		 672 aa  345  7e-94  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.225673  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1329  4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase/S1 RNA-binding domain protein  45.62 
 
 		 736 aa  341  1e-92  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000119457  normal  0.0289615 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1178  4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase/S1 RNA-binding domain protein  49.7 
 
 		 677 aa  331  1e-89  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.426785  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_10450  4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase  45.41 
 
 		 678 aa  328  1.0000000000000001e-88  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000887819  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2102  4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase/S1 RNA-binding domain protein  49.85 
 
 		 676 aa  328  1.0000000000000001e-88  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.573374 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1146  4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase/S1 RNA-binding domain protein  48.47 
 
 		 654 aa  325  8.000000000000001e-88  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.778055  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3385  4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase/S1 RNA-binding domain protein  45.51 
 
 		 661 aa  301  2e-80  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000070499  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1198  30S ribosomal protein S1  46.59 
 
 		 557 aa  300  4e-80  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0098  30S ribosomal protein S1  43.43 
 
 		 566 aa  297  2e-79  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02860  30S ribosomal protein S1  46.31 
 
 		 556 aa  296  5e-79  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1882  30S ribosomal protein S1  43.18 
 
 		 573 aa  296  5e-79  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  6.48438e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003020  SSU ribosomal protein S1p  46.31 
 
 		 556 aa  295  7e-79  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000113511  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1620  ribosomal protein S1  45.81 
 
 		 597 aa  295  1e-78  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1437  RNA binding S1 domain protein  42.86 
 
 		 400 aa  295  1e-78  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.245145  normal  0.159598 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2220  30S ribosomal protein S1  46.02 
 
 		 557 aa  294  2e-78  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  0.000298041  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1330  ribosomal protein S1  46.41 
 
 		 560 aa  293  3e-78  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  decreased coverage  0.000364638  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1391  30S ribosomal protein S1  43.94 
 
 		 561 aa  292  8e-78  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  decreased coverage  0.00553115  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1505  30S ribosomal protein S1  45.13 
 
 		 556 aa  291  2e-77  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  0.000000000000598437  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2469  30S ribosomal protein S1  43.67 
 
 		 561 aa  291  2e-77  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.327946  normal  0.369216 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2169  30S ribosomal protein S1  47.32 
 
 		 387 aa  291  2e-77  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.000000000104963  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1413  30S ribosomal protein S1  45.7 
 
 		 555 aa  290  3e-77  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0578612  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2073  30S ribosomal protein S1  43.79 
 
 		 555 aa  290  3e-77  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.0000000721785  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1292  ribosomal protein S1  43.59 
 
 		 720 aa  290  3e-77  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1566  30S ribosomal protein S1  43.63 
 
 		 566 aa  288  1e-76  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1954  30S ribosomal protein S1  43.5 
 
 		 555 aa  288  1e-76  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.00000214666  unclonable  0.00000523034 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1736  30S ribosomal protein S1  43.5 
 
 		 555 aa  288  1e-76  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.000000968358  hitchhiker  0.000799802 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0103  30S ribosomal protein S1  42.3 
 
 		 569 aa  288  2e-76  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.924927 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0117  RNA binding S1 domain protein  44.01 
 
 		 598 aa  287  2e-76  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2311  30S ribosomal protein S1  42.94 
 
 		 555 aa  287  2.9999999999999996e-76  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.0000015623  hitchhiker  0.000000568585 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3285  30S ribosomal protein S1  42.55 
 
 		 561 aa  286  4e-76  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  decreased coverage  0.00279338  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0110  RNA binding S1 domain-containing protein  43.98 
 
 		 558 aa  286  7e-76  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  decreased coverage  0.000000433742  normal  0.284586 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0180  30S ribosomal protein S1  45.18 
 
 		 561 aa  285  8e-76  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  decreased coverage  0.0000762655  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0964  30S ribosomal protein S1  43.13 
 
 		 562 aa  285  1.0000000000000001e-75  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0931  30S ribosomal protein S1  45.4 
 
 		 561 aa  285  1.0000000000000001e-75  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2402  30S ribosomal protein S1  44.94 
 
 		 555 aa  284  2.0000000000000002e-75  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6076  30S ribosomal protein S1  42.51 
 
 		 569 aa  284  2.0000000000000002e-75  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00847969 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1520  30S ribosomal protein S1  45.07 
 
 		 568 aa  284  2.0000000000000002e-75  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.446628  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1789  30S ribosomal protein S1  40.16 
 
 		 561 aa  284  2.0000000000000002e-75  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00123989 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2435  30S ribosomal protein S1  45.07 
 
 		 568 aa  284  2.0000000000000002e-75  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.411435  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2015  RNA-binding S1 domain-containing protein  41.89 
 
 		 411 aa  284  2.0000000000000002e-75  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0652883  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2347  30S ribosomal protein S1  45.07 
 
 		 568 aa  284  2.0000000000000002e-75  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.139373  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1924  30S ribosomal protein S1  44.94 
 
 		 555 aa  284  2.0000000000000002e-75  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.000000191049  unclonable  0.0000000000752303 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2054  30S ribosomal protein S1  44.94 
 
 		 555 aa  284  2.0000000000000002e-75  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.0000199699  unclonable  0.0000339472 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2118  ribosomal protein S1  41.19 
 
 		 596 aa  284  2.0000000000000002e-75  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.000596679  unclonable  0.0000131367 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1977  30S ribosomal protein S1  44.94 
 
 		 555 aa  284  2.0000000000000002e-75  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.000000796646  unclonable  0.000000000124259 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0207  30S ribosomal protein S1  43.11 
 
 		 570 aa  283  3.0000000000000004e-75  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.271501  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6612  30S ribosomal protein S1  42.51 
 
 		 569 aa  283  3.0000000000000004e-75  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.328912  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0293  30S ribosomal protein S1  41.85 
 
 		 573 aa  283  3.0000000000000004e-75  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1344  4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase/S1 RNA-binding domain protein  41.69 
 
 		 687 aa  283  3.0000000000000004e-75  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0642692  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2070  30S ribosomal protein S1  44.64 
 
 		 555 aa  283  4.0000000000000003e-75  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00000132225  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3124  30S ribosomal protein S1  42.28 
 
 		 562 aa  283  4.0000000000000003e-75  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  decreased coverage  0.00164205  normal  0.0119703 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2066  30S ribosomal protein S1  44.64 
 
 		 555 aa  283  4.0000000000000003e-75  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.0000000984925  unclonable  0.00000000000376809 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1322  30S ribosomal protein S1  41.39 
 
 		 566 aa  283  4.0000000000000003e-75  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.85252  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2279  30S ribosomal protein S1  44.64 
 
 		 555 aa  283  4.0000000000000003e-75  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.00000000133831  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4724  30S ribosomal protein S1  42.28 
 
 		 561 aa  283  4.0000000000000003e-75  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.271218  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>