More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_3851 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007954  Sden_0609  TonB-dependent siderophore receptor  82.84 
 
 		 710 aa  1252    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0049  TonB-dependent siderophore receptor  47.21 
 
 		 703 aa  668    Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.627674  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3851  TonB-dependent siderophore receptor  100 
 
 		 711 aa  1457    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001068  vibrioferrin receptor PvuA  49.93 
 
 		 712 aa  707    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3142  TonB-dependent siderophore receptor  45.58 
 
 		 688 aa  632  1e-180  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1280  TonB-dependent siderophore receptor  46.76 
 
 		 731 aa  618  1e-175  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0800812  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3090  ferric vibrioferrin receptor  43.24 
 
 		 690 aa  566  1e-160  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0290295  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01932  TonB-dependent outer membrane Receptor  40.75 
 
 		 713 aa  541  9.999999999999999e-153  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_09350  TonB-dependent siderophore receptor  40.14 
 
 		 704 aa  540  9.999999999999999e-153  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0722  TonB-dependent siderophore receptor  39.11 
 
 		 675 aa  500  1e-140  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.534189 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4787  TonB-dependent siderophore receptor  37.1 
 
 		 696 aa  482  1e-134  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3231  TonB-dependent siderophore receptor  31.38 
 
 		 687 aa  299  1e-79  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.854124  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4868  iron(III) dicitrate transport protein FecA  28.35 
 
 		 774 aa  275  2.0000000000000002e-72  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04157  ferric citrate outer membrane transporter  28.35 
 
 		 774 aa  275  3e-72  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3709  TonB-dependent siderophore receptor  28.35 
 
 		 774 aa  274  3e-72  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0483354  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04120  hypothetical protein  28.35 
 
 		 774 aa  275  3e-72  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0743  TonB-dependent siderophore receptor  28.35 
 
 		 774 aa  274  4.0000000000000004e-72  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.689224  normal  0.515767 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4646  TonB-dependent siderophore receptor  29.03 
 
 		 708 aa  271  4e-71  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5806  ferric citrate outer membrane transporter  29.34 
 
 		 731 aa  266  1e-69  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_13430  Fe(III) dicitrate transport protein FecA  29.14 
 
 		 784 aa  265  2e-69  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0923  TonB-dependent siderophore receptor  28.67 
 
 		 777 aa  264  4.999999999999999e-69  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5169  TonB-dependent siderophore receptor  30.26 
 
 		 723 aa  263  6e-69  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1204  Fe(III) dicitrate transport protein FecA  29 
 
 		 784 aa  262  2e-68  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.814963  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4613  outer membrane iron(III) dicitrate receptor  28.96 
 
 		 774 aa  259  9e-68  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1853  TonB-dependent receptor  28.93 
 
 		 721 aa  258  2e-67  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.80471  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2453  TonB-dependent siderophore receptor  28.94 
 
 		 720 aa  257  4e-67  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.591762  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4596  TonB-dependent siderophore receptor  29 
 
 		 774 aa  257  7e-67  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1038  TonB-dependent siderophore receptor  28.92 
 
 		 782 aa  256  7e-67  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.85232 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5807  ferric citrate outer membrane transporter  28.24 
 
 		 717 aa  257  7e-67  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1207  iron(III) dicitrate transport protein fecA  28.45 
 
 		 782 aa  256  8e-67  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21730  putative TonB-dependent receptor  28.24 
 
 		 721 aa  248  3e-64  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2308  TonB-dependent siderophore receptor  29.28 
 
 		 693 aa  246  9.999999999999999e-64  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  decreased coverage  0.00270239  normal  0.034674 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47190  Fe(III) dicitrate transport protein FecA  28.67 
 
 		 784 aa  242  1e-62  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3784  TonB-dependent siderophore receptor  28.71 
 
 		 807 aa  233  8.000000000000001e-60  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.894959 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0867  FecA-like outer membrane receptor  27.27 
 
 		 809 aa  227  6e-58  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.272294  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0897  TonB-dependent siderophore receptor  27.13 
 
 		 809 aa  227  7e-58  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.448435  normal  0.28892 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0911  TonB-dependent siderophore receptor  27.13 
 
 		 809 aa  226  9e-58  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.11228 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4311  TonB-dependent siderophore receptor  27.13 
 
 		 809 aa  224  3e-57  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0939329 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1512  TonB-dependent receptor  27.75 
 
 		 782 aa  197  6e-49  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.116652 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02035  outer membrane iron(III) dicitrate receptor  27.18 
 
 		 705 aa  144  7e-33  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3787  TonB-dependent receptor  25.03 
 
 		 751 aa  132  3e-29  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000153626  decreased coverage  0.00000099878 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0865  TonB-dependent receptor  25.65 
 
 		 700 aa  129  3e-28  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0848071  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0818  TonB-dependent receptor, plug  30.36 
 
 		 518 aa  126  1e-27  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  unclonable  0.0000000136965  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0312  iron(III) dicitrate transport protein, outer membrane receptor  23.47 
 
 		 807 aa  125  2e-27  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.670307  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0630  TonB-dependent receptor  24.71 
 
 		 727 aa  126  2e-27  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0349605  normal  0.294722 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3888  TonB-dependent receptor  24.4 
 
 		 730 aa  125  3e-27  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.000154411  decreased coverage  0.00438264 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0445  TonB-dependent receptor  24.53 
 
 		 734 aa  124  5e-27  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  decreased coverage  0.000342866  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3399  TonB-dependent receptor  24.58 
 
 		 727 aa  123  9.999999999999999e-27  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.186836  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0713  TonB-dependent receptor  24.03 
 
 		 729 aa  122  1.9999999999999998e-26  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000508975  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3037  TonB-dependent receptor  22.71 
 
 		 736 aa  117  6.9999999999999995e-25  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.117014 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4532  TonB-dependent receptor  22.52 
 
 		 813 aa  117  1.0000000000000001e-24  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.885203  normal  0.799433 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1760  TonB-dependent heme receptor  23.52 
 
 		 664 aa  116  2.0000000000000002e-24  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3109  TonB-dependent receptor  23.04 
 
 		 738 aa  114  5e-24  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0242785  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0899  bifunctional enterobactin receptor/adhesin protein  23.9 
 
 		 696 aa  114  6e-24  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1357  bifunctional enterobactin receptor/adhesin protein  23.9 
 
 		 696 aa  114  6e-24  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0456407  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3128  bifunctional enterobactin receptor/adhesin protein  24.17 
 
 		 695 aa  113  1.0000000000000001e-23  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013732  Slin_6883  TonB-dependent receptor  22.65 
 
 		 821 aa  111  6e-23  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0590  putative TonB-dependent receptor protein  24.34 
 
 		 737 aa  109  2e-22  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.0000188689  decreased coverage  0.000190482 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2990  TonB-dependent receptor  23.8 
 
 		 656 aa  108  4e-22  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.235083  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4665  TonB-dependent receptor  23.5 
 
 		 739 aa  107  6e-22  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.785854 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0651  tonB-dependent receptor  23.34 
 
 		 656 aa  107  1e-21  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.0646495  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0663  TonB-dependent receptor  23.78 
 
 		 652 aa  106  2e-21  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.136044  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00148  hypothetical protein  22.4 
 
 		 745 aa  105  4e-21  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.140481  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1473  TonB-dependent receptor  24.05 
 
 		 669 aa  104  6e-21  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00220648 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0023  TonB-dependent receptor  23.72 
 
 		 747 aa  104  6e-21  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3503  enterobactin receptor protein  23.27 
 
 		 666 aa  103  1e-20  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.00217636  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2728  TonB-dependent receptor  24.83 
 
 		 688 aa  103  2e-20  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.811385  normal  0.575129 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4241  enterobactin receptor protein  22.93 
 
 		 666 aa  102  3e-20  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0112255  hitchhiker  0.000515179 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1006  TonB-dependent siderophore receptor  23.91 
 
 		 726 aa  101  6e-20  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0217  enterobactin receptor protein  22.79 
 
 		 666 aa  100  8e-20  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000171736  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1527  TonB-dependent siderophore receptor  23.99 
 
 		 714 aa  100  9e-20  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.698269  normal  0.163231 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00149  ferrichrome outer membrane transporter  22.34 
 
 		 747 aa  100  1e-19  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.145506  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0219  enterobactin receptor protein  22.79 
 
 		 666 aa  100  1e-19  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0246836  normal  0.0975103 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0160  ferrichrome outer membrane transporter  22.34 
 
 		 747 aa  99.4  2e-19  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3509  ferrichrome outer membrane transporter  22.34 
 
 		 747 aa  99  2e-19  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0167136  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0582  TonB-dependent receptor plug  22.87 
 
 		 664 aa  99.4  2e-19  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  decreased coverage  0.000848459  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4120  enterobactin receptor protein  22.65 
 
 		 666 aa  98.6  3e-19  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000897059  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2678  enterobactin receptor protein  23.23 
 
 		 653 aa  98.2  5e-19  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2748  putative outer membrane receptor  22.81 
 
 		 665 aa  96.7  1e-18  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3280  TonB-dependent siderophore receptor  24.73 
 
 		 707 aa  95.1  3e-18  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0713327  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2439  TonB-dependent siderophore receptor  23.68 
 
 		 860 aa  94.4  7e-18  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000275089 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4624  TonB-dependent siderophore receptor  21.84 
 
 		 797 aa  93.6  1e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.185618  decreased coverage  0.0000000123032 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0628  TonB-dependent receptor  23.1 
 
 		 688 aa  93.2  1e-17  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013731  Slin_6744  TonB-dependent receptor  23.02 
 
 		 731 aa  93.6  1e-17  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.468719 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3452  TonB-dependent siderophore receptor  22.21 
 
 		 747 aa  92.8  2e-17  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.380409  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3559  TonB-dependent receptor  23.47 
 
 		 665 aa  92.8  2e-17  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00145171  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3585  ferrichrome receptor precursor protein  23.77 
 
 		 718 aa  92.8  2e-17  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.885271  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0155  ferrichrome outer membrane transporter  22.21 
 
 		 747 aa  92.8  2e-17  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0224  ferrichrome outer membrane transporter  21.97 
 
 		 747 aa  92.8  2e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.969953  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0227  ferrichrome outer membrane transporter  21.84 
 
 		 747 aa  92  3e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.71013  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_08506  outer membrane receptor protein  22.9 
 
 		 846 aa  92  3e-17  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2060  TonB-dependent siderophore receptor  23.81 
 
 		 708 aa  92  3e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.267326  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4761  TonB-dependent siderophore receptor  21.58 
 
 		 797 aa  91.7  5e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2926  TonB-dependent receptor  24.9 
 
 		 715 aa  90.9  8e-17  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.0000000198793  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2140  ferrichrome receptor precursor protein  23.98 
 
 		 740 aa  90.1  1e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.262117  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4755  TonB-dependent siderophore receptor  21.52 
 
 		 797 aa  90.1  1e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.251254  hitchhiker  0.00353592 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2729  putative ferrichrome-iron receptor protein  22.16 
 
 		 689 aa  90.1  1e-16  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2861  ferrichrome-iron receptor  23.44 
 
 		 808 aa  89.7  2e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.331625  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3576  TonB-dependent receptor  22.57 
 
 		 653 aa  88.6  4e-16  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.313951  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0878  TonB-dependent receptor  21.86 
 
 		 773 aa  87.8  6e-16  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>