143 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sden_1931 on replicon NC_007954
Organism: Shewanella denitrificans OS217



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007954  Sden_1931  helix-turn-helix, AraC type  100 
 
 		 274 aa  571  1.0000000000000001e-162  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6750  transcriptional regulator, AraC family  30.57 
 
 		 327 aa  95.9  7e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1190  AraC family transcriptional regulator  27.59 
 
 		 271 aa  85.5  8e-16  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000000541539 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0749  hypothetical protein  29.52 
 
 		 271 aa  78.2  0.0000000000001  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1962  transcriptional regulator, AraC family  28.91 
 
 		 271 aa  78.6  0.0000000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.17826 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2715  putative regulatory protein  24.29 
 
 		 272 aa  77.4  0.0000000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.241271  normal  0.389731 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1479  helix-turn-helix domain-containing protein  25.72 
 
 		 299 aa  76.6  0.0000000000004  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0993365  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1886  transcriptional regulator, AraC family  29.85 
 
 		 280 aa  72.8  0.000000000005  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.979359  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1643  transcriptional regulator, AraC family  27.56 
 
 		 259 aa  71.2  0.00000000002  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011885  Cyan7425_0099  transcriptional regulator, AraC family  24.12 
 
 		 287 aa  67  0.0000000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0310  transcriptional regulator, AraC family  42.5 
 
 		 268 aa  66.6  0.0000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1384  transcriptional regulator, AraC family  25.48 
 
 		 269 aa  64.7  0.000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.976076 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1425  AraC family transcriptional regulator  24.64 
 
 		 271 aa  64.3  0.000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.333229  normal  0.212879 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3571  transcriptional regulator, AraC family  39.24 
 
 		 269 aa  63.9  0.000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0312904  normal  0.0352472 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1224  Helix-turn-helix, AraC domain protein  26.46 
 
 		 289 aa  64.7  0.000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.276562  normal  0.797309 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1550  transcriptional regulator, AraC family  35 
 
 		 272 aa  62.4  0.000000007  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1925  transcriptional regulator  23.79 
 
 		 252 aa  62  0.00000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.291819 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3282  transcriptional regulator, AraC family  36.25 
 
 		 271 aa  60.1  0.00000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0185565 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1833  helix-turn-helix domain-containing protein  27.75 
 
 		 274 aa  59.3  0.00000006  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0887778  normal  0.832681 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7200  AraC family transcriptional regulator  26.8 
 
 		 297 aa  59.3  0.00000006  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1649  transcriptional regulator, AraC family  39.77 
 
 		 271 aa  59.3  0.00000007  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2483  AraC family transcriptional regulator  40 
 
 		 273 aa  58.5  0.0000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1375  transcriptional regulator, AraC family  40 
 
 		 275 aa  58.2  0.0000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.372829  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2824  helix-turn-helix domain-containing protein  24.38 
 
 		 251 aa  57.8  0.0000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0253929  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2830  AraC family transcriptional regulator  24.14 
 
 		 264 aa  57.4  0.0000003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6191  transcriptional regulator, AraC family  24.71 
 
 		 282 aa  55.5  0.000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.343343  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2289  transcriptional regulator, AraC family  38.67 
 
 		 278 aa  54.3  0.000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2970  transcriptional regulator, AraC family  29.91 
 
 		 276 aa  54.3  0.000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.3117 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6692  transcriptional regulator, AraC family  41.67 
 
 		 260 aa  54.3  0.000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5306  transcriptional regulator, AraC family  40.26 
 
 		 244 aa  53.9  0.000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1097  AraC family transcriptional regulator  33.06 
 
 		 261 aa  53.5  0.000003  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1287  helix-turn-helix domain-containing protein  37.84 
 
 		 272 aa  53.5  0.000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1713  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 286 aa  53.5  0.000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5387  transcriptional regulator, AraC family  34.18 
 
 		 279 aa  53.1  0.000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1310  transcriptional regulator, AraC family  23.55 
 
 		 244 aa  53.1  0.000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.497978 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2325  Helix-turn-helix, AraC domain protein  28.65 
 
 		 249 aa  52.4  0.000008  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0165435  normal  0.523007 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1733  helix-turn-helix domain-containing protein  25.35 
 
 		 305 aa  52.4  0.000008  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0271524  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4542  Helix-turn-helix, AraC domain protein  25.48 
 
 		 265 aa  52.4  0.000008  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0509  Helix-turn-helix, AraC domain protein  24.58 
 
 		 265 aa  52.4  0.000009  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.591495 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0484  transcriptional regulator  31.73 
 
 		 356 aa  52  0.00001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2569  transcriptional regulator, AraC family  32.47 
 
 		 309 aa  51.2  0.00002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.639508  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3305  transcriptional regulator, AraC family  26.97 
 
 		 271 aa  50.8  0.00002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00000908006 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7339  AraC family transcriptional regulator  28.31 
 
 		 278 aa  50.4  0.00003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.725809  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0979  transcriptional regulator, AraC family  27.61 
 
 		 279 aa  50.4  0.00003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.560002  normal  0.0613388 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3635  helix-turn-helix domain-containing protein  23.67 
 
 		 249 aa  50.8  0.00003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000440298 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2318  AraC family transcriptional regulator  35.9 
 
 		 278 aa  50.8  0.00003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1278  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  25.3 
 
 		 252 aa  50.1  0.00004  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.711886  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5120  transcriptional regulator, AraC family  30.77 
 
 		 275 aa  50.1  0.00004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.282168 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8583  transcriptional regulator, AraC family  29.11 
 
 		 331 aa  50.1  0.00004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.834372  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2672  transcriptional regulator, AraC family  34.33 
 
 		 273 aa  50.1  0.00004  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3512  AraC family transcriptional regulator  37.18 
 
 		 292 aa  49.7  0.00005  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.0827399 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0047  transcriptional regulator, AraC family  22.39 
 
 		 254 aa  49.7  0.00005  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.230347  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3797  AraC family transcriptional regulator  34.67 
 
 		 257 aa  49.7  0.00005  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.101891 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0676  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  37.5 
 
 		 260 aa  49.7  0.00005  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.425757  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4151  transcriptional regulator, AraC family  25.9 
 
 		 252 aa  49.7  0.00005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0354643  normal  0.109267 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4832  transcriptional regulator  31.07 
 
 		 393 aa  49.3  0.00007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.304205  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4548  AraC family transcriptional regulator  29.81 
 
 		 357 aa  49.3  0.00007  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5071  AraC family transcriptional regulator  29.81 
 
 		 357 aa  49.3  0.00007  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.509382  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4652  transcriptional regulator, AraC family  36.62 
 
 		 272 aa  49.3  0.00007  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.629583  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2409  AraC family transcriptional regulator  21.12 
 
 		 285 aa  48.9  0.00008  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0462  helix-turn-helix domain-containing protein  32.56 
 
 		 277 aa  48.9  0.00008  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4039  transcriptional regulator, AraC family  28.97 
 
 		 280 aa  48.9  0.00008  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0024992  normal  0.0177037 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3504  transcriptional regulator, AraC family  26.74 
 
 		 281 aa  48.9  0.00009  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3242  transcriptional regulator, AraC family  35.71 
 
 		 274 aa  48.9  0.00009  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0994  AraC family transcriptional regulator  29.81 
 
 		 462 aa  48.5  0.0001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1220  AraC family transcriptional regulator  29.13 
 
 		 267 aa  48.5  0.0001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.21436  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3214  AraC family transcriptional regulator  29.81 
 
 		 360 aa  48.5  0.0001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5153  AraC family transcriptional regulator  29.81 
 
 		 360 aa  48.5  0.0001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4318  transcriptional regulator, AraC family  24 
 
 		 267 aa  48.1  0.0001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.642666  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3448  transcriptional regulator, AraC family  37.66 
 
 		 281 aa  48.1  0.0001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.327362  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3502  AraC family transcriptional regulator  29.81 
 
 		 355 aa  48.1  0.0001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5126  AraC family transcriptional regulator  29.81 
 
 		 357 aa  48.5  0.0001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3335  AraC family transcriptional regulator  29.81 
 
 		 361 aa  48.5  0.0001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.519645 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0145  transcriptional regulator, AraC family  25.81 
 
 		 255 aa  48.5  0.0001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.818844  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0433  transcriptional regulator, AraC family  36.59 
 
 		 274 aa  48.1  0.0001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0825  AraC family transcriptional regulator  22.54 
 
 		 289 aa  47.8  0.0002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0397  AraC/XylS family transcription factor  29.81 
 
 		 396 aa  47.8  0.0002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1684  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  31.33 
 
 		 288 aa  47.8  0.0002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.465215  normal  0.801994 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0678  AraC family transcriptional regulator  33.8 
 
 		 295 aa  47.4  0.0002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.364827 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1956  transcriptional regulator  29.81 
 
 		 396 aa  47.8  0.0002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.976768  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1864  AraC family transcriptional regulator  29.81 
 
 		 410 aa  47.8  0.0002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.191613  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6449  AraC family transcriptional regulator  22.18 
 
 		 239 aa  47.8  0.0002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.0160185 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6610  AraC family transcriptional regulator  25.1 
 
 		 277 aa  48.1  0.0002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3318  AraC family transcriptional regulator  24.27 
 
 		 345 aa  47.8  0.0002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3275  transcriptional regulator, AraC family  31.82 
 
 		 229 aa  47.8  0.0002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.672112  normal  0.145248 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2202  transcriptional regulator, AraC family  25.16 
 
 		 287 aa  47.8  0.0002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1098  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  29.81 
 
 		 360 aa  47  0.0003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.265022 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0974  AraC family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 313 aa  47  0.0003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.323377  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0664  AraC family transcriptional regulator  31.9 
 
 		 422 aa  47.4  0.0003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2463  helix-turn-helix domain-containing protein  21.12 
 
 		 257 aa  47.4  0.0003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1304  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  37.1 
 
 		 255 aa  47  0.0003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.407333  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0106  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  32.08 
 
 		 325 aa  47.4  0.0003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0383824  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2746  transcriptional regulator, AraC family  33.33 
 
 		 264 aa  47  0.0004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.902284  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2690  AraC family transcriptional regulator  28.18 
 
 		 351 aa  46.6  0.0004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.671467 
 
 
-
 
NC_003296  RS02019  transcription regulator protein  27.72 
 
 		 387 aa  46.2  0.0005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1076  transcriptional regulator, AraC family  24.69 
 
 		 231 aa  46.2  0.0006  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0577  AraC family transcriptional regulator  29.35 
 
 		 313 aa  45.8  0.0007  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5221  AraC family transcriptional regulator  27.36 
 
 		 297 aa  45.8  0.0008  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.343965  normal  0.936054 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2505  transcriptional regulator, AraC family  27.89 
 
 		 277 aa  45.4  0.001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.470919  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1607  histidine kinase  28 
 
 		 1366 aa  45.4  0.001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.89561 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>