More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sbal223_1705 on replicon NC_011663
Organism: Shewanella baltica OS223



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012791  Vapar_2950  DNA ligase, NAD-dependent  54.26 
 
 
694 aa  714  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.191754  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1816  DNA ligase, NAD-dependent  51.36 
 
 
707 aa  688  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.633094  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2083  DNA ligase, NAD-dependent  51.07 
 
 
731 aa  672  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0521924  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2062  DNA ligase, NAD-dependent  53.63 
 
 
691 aa  706  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.631088  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4463  DNA ligase, NAD-dependent  52.21 
 
 
693 aa  683  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0518609  normal  0.98115 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1878  DNA ligase, NAD-dependent  49.01 
 
 
711 aa  652  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2190  DNA ligase, NAD-dependent  54.57 
 
 
693 aa  670  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0728062  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3249  DNA ligase, NAD-dependent  53.63 
 
 
691 aa  706  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2442  DNA ligase, NAD-dependent  53.63 
 
 
691 aa  706  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.414068  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2499  DNA ligase, NAD-dependent  53.63 
 
 
691 aa  706  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1334  DNA ligase, NAD-dependent  53.63 
 
 
691 aa  706  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.538237  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2377  DNA ligase, NAD-dependent  78.55 
 
 
669 aa  1080  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.000760862  unclonable  2.01736e-06 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3642  NAD-dependent DNA ligase LigA  60.71 
 
 
671 aa  834  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  4.02344e-05  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1455  DNA ligase, NAD-dependent  53.66 
 
 
671 aa  711  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2353  NAD-dependent DNA ligase LigA  62.56 
 
 
669 aa  868  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2939  NAD-dependent DNA ligase LigA  59.31 
 
 
671 aa  819  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  1.92646e-05  normal  0.0623801 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2841  DNA ligase, NAD-dependent  49.86 
 
 
732 aa  675  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1167  DNA ligase, NAD-dependent  58 
 
 
678 aa  788  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.140803  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1705  DNA ligase, NAD-dependent  100 
 
 
685 aa  1403  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000114947  decreased coverage  2.04337e-10 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30290  NAD-dependent DNA ligase LigA  54.53 
 
 
784 aa  636  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.301541  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6053  DNA ligase, NAD-dependent  54.6 
 
 
746 aa  723  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.255704  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1672  DNA ligase, NAD-dependent  50.93 
 
 
740 aa  670  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.672303  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1776  DNA ligase, NAD-dependent  63.34 
 
 
677 aa  882  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.19429  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2024  DNA ligase (NAD(+))  59.52 
 
 
675 aa  792  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  decreased coverage  0.00334946  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0377  NAD-dependent DNA ligase LigA  59.31 
 
 
673 aa  821  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1508  DNA ligase, NAD-dependent  89.07 
 
 
690 aa  1256  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000647513  hitchhiker  1.19836e-07 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1575  DNA ligase, NAD-dependent  89.21 
 
 
690 aa  1262  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0209027  unclonable  4.29666e-05 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0681  DNA ligase, NAD-dependent  56.43 
 
 
673 aa  735  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.295891  normal  0.841285 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2461  DNA ligase, NAD-dependent  77 
 
 
670 aa  1070  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.360751  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2057  DNA ligase, NAD-dependent  54.3 
 
 
691 aa  719  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.258192  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2024  DNA ligase, NAD-dependent  54.6 
 
 
691 aa  723  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1569  DNA ligase, NAD-dependent  89.4 
 
 
691 aa  1268  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0515781  unclonable  1.91104e-10 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0757  DNA ligase, NAD-dependent  49.62 
 
 
671 aa  639  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1516  DNA ligase (NAD(+))  77.38 
 
 
681 aa  1058  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  6.78531e-05  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2364  DNA ligase, NAD-dependent  94.3 
 
 
685 aa  1328  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0084265  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2746  NAD-dependent DNA ligase LigA  55.18 
 
 
786 aa  648  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0339353  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0903  DNA ligase, NAD-dependent  49.62 
 
 
671 aa  639  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.226398  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2505  DNA ligase, NAD-dependent  51.2 
 
 
768 aa  641  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000421321 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2461  DNA ligase, NAD-dependent  55.39 
 
 
688 aa  719  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0455112  hitchhiker  0.000280706 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2758  DNA ligase, NAD-dependent  99.42 
 
 
685 aa  1396  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00554758  hitchhiker  0.000696981 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3592  DNA ligase, NAD-dependent  51.47 
 
 
703 aa  686  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0307521  normal  0.0769861 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1343  DNA ligase, NAD-dependent  55.14 
 
 
683 aa  713  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.584756  normal  0.20338 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1252  DNA ligase, NAD-dependent  54.45 
 
 
691 aa  725  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0258025  normal 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0655  DNA ligase, NAD-dependent  51.71 
 
 
670 aa  715  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2744  NAD-dependent DNA ligase LigA  60.36 
 
 
670 aa  825  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  1.48607e-07  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1432  NAD-dependent DNA ligase LigA  60.36 
 
 
670 aa  825  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  2.69504e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1267  NAD-dependent DNA ligase LigA  60.71 
 
 
671 aa  834  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  3.09607e-06  decreased coverage  3.72126e-05 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1926  DNA ligase, NAD-dependent  54.6 
 
 
691 aa  724  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.55791  normal  0.279266 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2566  NAD-dependent DNA ligase LigA  60.57 
 
 
671 aa  833  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000140501  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3600  NAD-dependent DNA ligase LigA  55.13 
 
 
776 aa  639  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.278075  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2847  DNA ligase, NAD-dependent  75.53 
 
 
670 aa  1056  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  8.73668e-05  hitchhiker  4.38605e-07 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2044  DNA ligase, NAD-dependent  54.6 
 
 
691 aa  721  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1689  DNA ligase, NAD-dependent  75.84 
 
 
668 aa  1043  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000649064  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3444  NAD-dependent DNA ligase LigA  59.94 
 
 
673 aa  836  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000441921  hitchhiker  0.000209829 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1738  DNA ligase (NAD(+))  77.79 
 
 
670 aa  1073  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000265236  hitchhiker  3.08694e-09 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2792  NAD-dependent DNA ligase LigA  60.27 
 
 
671 aa  826  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.755122  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0492  NAD-dependent DNA ligase LigA  64.97 
 
 
669 aa  897  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  2.42454e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2571  NAD-dependent DNA ligase LigA  60.27 
 
 
671 aa  825  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  1.61057e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01851  DNA ligase, NAD-dependent  64.79 
 
 
517 aa  684  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.197167  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0473  DNA ligase, NAD-dependent  49.85 
 
 
686 aa  649  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2662  NAD-dependent DNA ligase LigA  60.12 
 
 
671 aa  821  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0516763  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2686  NAD-dependent DNA ligase LigA  60.27 
 
 
671 aa  827  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.595672  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3405  DNA ligase, NAD-dependent  55.97 
 
 
672 aa  748  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.558724  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2679  DNA ligase, NAD-dependent  99.27 
 
 
685 aa  1394  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  1.8832e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2620  NAD-dependent DNA ligase LigA  60.27 
 
 
671 aa  825  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.936148  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1321  NAD-dependent DNA ligase LigA  60.36 
 
 
670 aa  825  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  1.53003e-13  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1522  NAD-dependent DNA ligase  52.01 
 
 
673 aa  719  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01312  NAD-dependent DNA ligase LigA  63.83 
 
 
670 aa  897  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2546  NAD-dependent DNA ligase LigA  60.71 
 
 
671 aa  834  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  6.01558e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2698  NAD-dependent DNA ligase LigA  60.71 
 
 
671 aa  835  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  1.06098e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0503  DNA ligase, NAD-dependent  52.77 
 
 
671 aa  691  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.720163  normal  0.76832 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5334  DNA ligase (NAD+)  54.6 
 
 
691 aa  719  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.373441  normal  0.204139 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02272  hypothetical protein  60.71 
 
 
671 aa  834  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  4.50383e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0987  DNA ligase  54.46 
 
 
673 aa  724  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1020  DNA ligase  54.31 
 
 
673 aa  721  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1560  DNA ligase, NAD-dependent  53.63 
 
 
691 aa  706  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.436833  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0835  NAD-dependent DNA ligase LigA  58.17 
 
 
684 aa  791  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2896  DNA ligase, NAD-dependent  89.68 
 
 
689 aa  1271  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2201  DNA ligase, NAD-dependent  52.38 
 
 
690 aa  697  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.378461  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3562  NAD-dependent DNA ligase LigA  59.91 
 
 
681 aa  820  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3466  DNA ligase, NAD-dependent  61.99 
 
 
689 aa  828  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.184307  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0320  NAD dependent DNA ligase  51.2 
 
 
691 aa  666  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.250656  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0801  NAD-dependent DNA ligase LigA  57.95 
 
 
682 aa  805  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1693  DNA ligase (NAD+)  55.81 
 
 
675 aa  735  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  decreased coverage  0.000392244  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2588  DNA ligase, NAD-dependent  53.63 
 
 
691 aa  706  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.245296  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1239  DNA ligase, NAD-dependent  51.51 
 
 
672 aa  704  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00267622  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0624  NAD-dependent DNA ligase  54.46 
 
 
686 aa  689  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.182096  normal  0.661335 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1886  NAD-dependent DNA ligase  54.99 
 
 
711 aa  742  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0136067  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0647  DNA ligase, NAD-dependent  52.12 
 
 
707 aa  697  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.407599  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3403  NAD-dependent DNA ligase LigA  60.3 
 
 
681 aa  822  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1734  NAD-dependent DNA ligase  54.79 
 
 
683 aa  716  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.39998  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2022  DNA ligase, NAD-dependent  53.33 
 
 
691 aa  706  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0163  DNA ligase, NAD-dependent  56.04 
 
 
685 aa  703  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0316123  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1403  DNA ligase, NAD-dependent  51.17 
 
 
693 aa  687  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.655941  normal  0.448551 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2514  DNA ligase, NAD-dependent  77.78 
 
 
670 aa  1063  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00116351  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0703  DNA ligase, NAD-dependent  57.68 
 
 
691 aa  778  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1676  NAD-dependent DNA ligase  55.24 
 
 
688 aa  719  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.194979  normal  0.0666248 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1250  DNA ligase, NAD-dependent  60.71 
 
 
671 aa  834  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  2.62994e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0351  DNA ligase, NAD-dependent  50.9 
 
 
691 aa  662  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2592  DNA ligase, NAD-dependent  52.91 
 
 
706 aa  714  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.457213 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>