More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene STER_0165 on replicon NC_008532
Organism: Streptococcus thermophilus LMD-9



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008532  STER_0165  tRNA pseudouridine synthase A  100 
 
 
248 aa  516  1.0000000000000001e-145  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0100  tRNA pseudouridine synthase A  76.61 
 
 
258 aa  412  1e-114  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0491  tRNA pseudouridine synthase A  60.64 
 
 
253 aa  309  2.9999999999999997e-83  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1452  tRNA pseudouridine synthase A  49 
 
 
256 aa  238  8e-62  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00000000896278  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0321  tRNA pseudouridine synthase A  48.18 
 
 
264 aa  234  8e-61  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000566898  hitchhiker  1.98611e-17 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0139  tRNA pseudouridine synthase A  44.9 
 
 
258 aa  221  9.999999999999999e-57  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0143  tRNA pseudouridine synthase A  42.68 
 
 
248 aa  220  1.9999999999999999e-56  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.0000000000160558  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0136  tRNA pseudouridine synthase A  44.53 
 
 
247 aa  214  8e-55  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.0000000296429  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0163  tRNA pseudouridine synthase A  43.72 
 
 
252 aa  213  1.9999999999999998e-54  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000189836  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5163  tRNA pseudouridine synthase A  43.72 
 
 
252 aa  211  5.999999999999999e-54  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0000000176686  hitchhiker  0.0000000000431811 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0142  tRNA pseudouridine synthase A  42.91 
 
 
247 aa  211  7.999999999999999e-54  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.0000000629315  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0155  tRNA pseudouridine synthase A  42.91 
 
 
252 aa  211  1e-53  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.18067e-36 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0142  tRNA pseudouridine synthase A  42.91 
 
 
247 aa  211  1e-53  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00000419417  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0137  tRNA pseudouridine synthase A  42.91 
 
 
247 aa  211  1e-53  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000139661  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0135  tRNA pseudouridine synthase A  42.91 
 
 
247 aa  211  1e-53  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000154872  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0142  tRNA pseudouridine synthase A  42.91 
 
 
247 aa  211  1e-53  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000000771013  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0173  tRNA pseudouridine synthase A  42.51 
 
 
252 aa  211  1e-53  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000175513  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0137  tRNA pseudouridine synthase A  42.51 
 
 
252 aa  209  3e-53  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00000239358  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0228  tRNA pseudouridine synthase A  42.91 
 
 
255 aa  204  1e-51  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0626  tRNA pseudouridine synthase A  42.4 
 
 
252 aa  199  3.9999999999999996e-50  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.133889  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2098  tRNA pseudouridine synthase A  38.46 
 
 
270 aa  189  5e-47  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.831526 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0900  tRNA pseudouridine synthase A  40.42 
 
 
244 aa  182  3e-45  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000000106944  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3352  pseudouridylate synthase  38 
 
 
278 aa  178  7e-44  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1494  tRNA pseudouridine synthase A  40.89 
 
 
259 aa  178  7e-44  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.643957  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0319  tRNA pseudouridine synthase A  40.65 
 
 
250 aa  176  2e-43  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.000000352927  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0793  tRNA pseudouridine synthase A  41.7 
 
 
245 aa  177  2e-43  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00000229391  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1666  tRNA pseudouridine synthase A  40.65 
 
 
261 aa  177  2e-43  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.0056205  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2299  pseudouridylate synthase  39.27 
 
 
249 aa  176  3e-43  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  0.0000000390138  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1150  tRNA pseudouridine synthase A  38.15 
 
 
251 aa  175  8e-43  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.00189497  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0255  tRNA pseudouridine synthase A  42.4 
 
 
247 aa  174  9e-43  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.0000000251416  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2939  tRNA pseudouridine synthase A  38.87 
 
 
244 aa  174  9.999999999999999e-43  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2071  tRNA pseudouridine synthase A  38.37 
 
 
271 aa  174  1.9999999999999998e-42  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.179151  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0228  tRNA pseudouridine synthase A  38.74 
 
 
253 aa  173  1.9999999999999998e-42  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000401865  normal  0.634585 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1729  tRNA pseudouridine synthase A  38.37 
 
 
271 aa  174  1.9999999999999998e-42  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0992895  hitchhiker  0.00555362 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4238  tRNA pseudouridine synthase A  38.55 
 
 
250 aa  172  2.9999999999999996e-42  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00146243 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0255  tRNA pseudouridine synthase A  40.39 
 
 
250 aa  172  2.9999999999999996e-42  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00104612  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1161  tRNA pseudouridine synthase A  37.5 
 
 
271 aa  173  2.9999999999999996e-42  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0226119  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0405  tRNA pseudouridine synthase A  37.1 
 
 
245 aa  172  5.999999999999999e-42  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00300726  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0473  tRNA pseudouridine synthase A  37.1 
 
 
245 aa  171  6.999999999999999e-42  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0401  tRNA pseudouridine synthase A  37.1 
 
 
245 aa  171  9e-42  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0462  tRNA pseudouridine synthase A  37.1 
 
 
245 aa  171  1e-41  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0487  tRNA pseudouridine synthase A  37.1 
 
 
245 aa  171  1e-41  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0407  tRNA pseudouridine synthase A  37.5 
 
 
245 aa  171  1e-41  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2139  tRNA pseudouridine synthase A  38.49 
 
 
274 aa  170  2e-41  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.357252  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0543  tRNA pseudouridine synthase A  36.69 
 
 
245 aa  170  2e-41  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000330857  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0421  tRNA pseudouridine synthase A  37.5 
 
 
260 aa  170  2e-41  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000000417493  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1604  tRNA pseudouridine synthase A  36.59 
 
 
263 aa  170  2e-41  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2681  tRNA pseudouridine synthase A  40 
 
 
262 aa  169  3e-41  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0556679  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1985  tRNA pseudouridine synthase A  37.7 
 
 
274 aa  169  4e-41  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.0661846 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6844  tRNA pseudouridine synthase A  36.84 
 
 
270 aa  169  4e-41  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.000523123  normal  0.307747 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0447  tRNA pseudouridine synthase A  38.15 
 
 
249 aa  169  4e-41  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.801238 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0543  tRNA pseudouridine synthase A  36.69 
 
 
245 aa  169  5e-41  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.432297  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0868  tRNA pseudouridine synthase A  36.69 
 
 
262 aa  169  5e-41  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00469579  hitchhiker  0.00315924 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2883  tRNA pseudouridine synthase A  36.84 
 
 
270 aa  169  5e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0101662  normal  0.88579 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2306  tRNA pseudouridine synthase A  36.44 
 
 
261 aa  168  6e-41  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0438465  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2224  tRNA pseudouridine synthase A  40.4 
 
 
255 aa  168  7e-41  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0737509  normal  0.881162 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0571  tRNA pseudouridine synthase A  40.4 
 
 
255 aa  168  8e-41  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.217469  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2150  tRNA pseudouridine synthase A  37.25 
 
 
261 aa  168  9e-41  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00702762  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3634  tRNA pseudouridine synthase A  38.46 
 
 
245 aa  167  1e-40  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.13903  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5141  tRNA pseudouridine synthase A  37.45 
 
 
264 aa  167  1e-40  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.11531  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4830  tRNA pseudouridine synthase A  36.29 
 
 
245 aa  167  1e-40  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0152439  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0492  tRNA pseudouridine synthase A  36.29 
 
 
245 aa  167  1e-40  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.138657  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1258  tRNA pseudouridine synthase A  35.83 
 
 
269 aa  167  1e-40  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1652  tRNA pseudouridine synthase A  35.63 
 
 
261 aa  166  2e-40  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0120499  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1700  tRNA pseudouridine synthase A  37.9 
 
 
261 aa  167  2e-40  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.125972 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1617  tRNA pseudouridine synthase A  35.22 
 
 
261 aa  166  2e-40  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0232986  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1815  tRNA pseudouridine synthase A  38.1 
 
 
274 aa  166  4e-40  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0994252  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_02450  pseudouridylate synthase I  40.57 
 
 
246 aa  165  5e-40  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000000086341  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01500  pseudouridylate synthase I  40.57 
 
 
246 aa  165  5e-40  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  decreased coverage  8.6087e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0502  tRNA pseudouridine synthase A  40.8 
 
 
257 aa  165  5.9999999999999996e-40  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.317383  normal  0.200286 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1486  tRNA pseudouridine synthase A  35.63 
 
 
261 aa  165  5.9999999999999996e-40  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0039876  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4372  tRNA pseudouridine synthase A  36.03 
 
 
267 aa  165  6.9999999999999995e-40  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1856  tRNA pseudouridine synthase A  36.29 
 
 
271 aa  164  9e-40  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0227794  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0527  tRNA pseudouridine synthase A  36.29 
 
 
271 aa  164  9e-40  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1237  tRNA pseudouridine synthase ACD  36.69 
 
 
245 aa  164  1.0000000000000001e-39  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0714167  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0956  tRNA pseudouridine synthase A  39.52 
 
 
261 aa  164  1.0000000000000001e-39  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0850507  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2984  tRNA pseudouridine synthase A  35.63 
 
 
261 aa  164  1.0000000000000001e-39  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000426991  normal  0.427567 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1055  tRNA pseudouridine synthase A  39.52 
 
 
261 aa  164  1.0000000000000001e-39  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.859222  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0391  tRNA pseudouridine synthase A  39.04 
 
 
247 aa  164  1.0000000000000001e-39  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.16094  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2426  tRNA pseudouridine synthase A  39.76 
 
 
246 aa  163  2.0000000000000002e-39  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000220887  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4747  tRNA pseudouridine synthase A  37.5 
 
 
254 aa  163  2.0000000000000002e-39  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.771886  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1251  tRNA pseudouridine synthase A  37.2 
 
 
259 aa  163  2.0000000000000002e-39  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.124214  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2867  tRNA pseudouridine synthase A  36.1 
 
 
270 aa  162  3e-39  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.42429 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0466  tRNA pseudouridine synthase A  37.55 
 
 
252 aa  163  3e-39  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000184743  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2717  tRNA pseudouridine synthase A  37.1 
 
 
287 aa  162  4.0000000000000004e-39  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.0374382 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2251  tRNA pseudouridine synthase A  36.69 
 
 
246 aa  162  4.0000000000000004e-39  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.218051  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2309  tRNA pseudouridine synthase A  36.03 
 
 
270 aa  162  5.0000000000000005e-39  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0622933  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1723  tRNA pseudouridine synthase A  36.03 
 
 
270 aa  162  5.0000000000000005e-39  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1647  tRNA pseudouridine synthase A  36.03 
 
 
270 aa  162  5.0000000000000005e-39  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0771  tRNA pseudouridine synthase A  36.03 
 
 
270 aa  162  5.0000000000000005e-39  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2447  tRNA pseudouridine synthase A  36.03 
 
 
270 aa  162  5.0000000000000005e-39  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.808323  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3064  tRNA pseudouridine synthase A  36.29 
 
 
265 aa  162  5.0000000000000005e-39  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1395  tRNA pseudouridine synthase A  36.84 
 
 
261 aa  162  5.0000000000000005e-39  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2287  tRNA pseudouridine synthase A  36.48 
 
 
267 aa  161  8.000000000000001e-39  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.0252642  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2246  tRNA pseudouridine synthase A  36.48 
 
 
267 aa  161  8.000000000000001e-39  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  unclonable  0.0000000374145  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0677  tRNA pseudouridine synthase A  36.03 
 
 
270 aa  161  1e-38  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.873291  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1685  tRNA pseudouridine synthase A  35.54 
 
 
244 aa  160  1e-38  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2487  tRNA pseudouridine synthase A  39.11 
 
 
252 aa  161  1e-38  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1218  tRNA pseudouridine synthase ACD  36.29 
 
 
245 aa  160  2e-38  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000567145  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3303  tRNA pseudouridine synthase A  36.95 
 
 
245 aa  160  2e-38  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0316618  normal  0.649703 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>