More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RoseRS_2316 on replicon NC_009523
Organism: Roseiflexus sp. RS-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009767  Rcas_3151  secretion protein HlyD family protein  88.74 
 
 		 533 aa  910    Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2316  secretion protein HlyD family protein  100 
 
 		 533 aa  1040    Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4357  H+transporting two-sector ATPase delta/epsilon subunit  36.35 
 
 		 514 aa  231  2e-59  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.155847  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0177  secretion protein HlyD family protein  36.04 
 
 		 514 aa  230  5e-59  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.624945  normal  0.250507 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0460  hypothetical protein  34.71 
 
 		 513 aa  207  6e-52  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.761759  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4231  hypothetical protein  32.73 
 
 		 514 aa  180  5.999999999999999e-44  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00442876 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0275  efflux transporter, RND family, MFP subunit  33.67 
 
 		 381 aa  147  5e-34  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0790  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.08 
 
 		 521 aa  141  3e-32  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1203  RND family efflux transporter MFP subunit  27.23 
 
 		 621 aa  112  2.0000000000000002e-23  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0267  RND family efflux transporter MFP subunit  28.93 
 
 		 586 aa  106  1e-21  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00117926 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0268  RND family efflux transporter MFP subunit  29.23 
 
 		 587 aa  102  2e-20  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.0795166 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4169  secretion protein HlyD family protein  34 
 
 		 477 aa  96.3  1e-18  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  hitchhiker  0.00575947  hitchhiker  0.00428587 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1675  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.05 
 
 		 608 aa  95.1  3e-18  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4302  secretion protein HlyD family protein  34.4 
 
 		 477 aa  88.6  2e-16  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.358477  normal  0.503977 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4067  RND family efflux transporter MFP subunit  26.24 
 
 		 621 aa  87.8  4e-16  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3213  multidrug resistance efflux pump-like protein  28.69 
 
 		 502 aa  85.5  0.000000000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.108943 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05040  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.18 
 
 		 509 aa  83.6  0.000000000000009  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00959096  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1938  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.18 
 
 		 462 aa  83.2  0.00000000000001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000755017  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1602  RND family efflux transporter MFP subunit  22.52 
 
 		 641 aa  81.3  0.00000000000004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2709  multidrug resistance efflux pump-like protein  28.25 
 
 		 501 aa  81.3  0.00000000000005  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.64951  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0212  secretion protein HlyD family protein  23.69 
 
 		 536 aa  77.8  0.0000000000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2456  hypothetical protein  27.05 
 
 		 431 aa  72.8  0.00000000002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2322  secretion protein HlyD  27.57 
 
 		 399 aa  71.6  0.00000000003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.000000756014  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2438  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.01 
 
 		 586 aa  72  0.00000000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.0017106  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1762  RND family efflux transporter MFP subunit  23.67 
 
 		 421 aa  71.6  0.00000000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0464275  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1571  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.19 
 
 		 435 aa  71.2  0.00000000004  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.334008  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2956  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.19 
 
 		 430 aa  70.9  0.00000000006  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.232515 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2104  secretion protein HlyD family protein  28.77 
 
 		 541 aa  68.9  0.0000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0795  RND family efflux transporter MFP subunit  28.43 
 
 		 411 aa  69.3  0.0000000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0635  RND family efflux transporter MFP subunit  27.72 
 
 		 406 aa  67  0.0000000007  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.320707  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3274  putative multidrug efflux system transmembrane protein  31.52 
 
 		 225 aa  66.2  0.000000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.668414  normal  0.104011 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1765  secretion protein HlyD family protein  29.79 
 
 		 541 aa  66.6  0.000000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.186436  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3351  RND family efflux transporter MFP subunit  36.11 
 
 		 367 aa  65.9  0.000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0607  RND family efflux transporter MFP subunit  27.39 
 
 		 406 aa  65.5  0.000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0621  RND family efflux transporter MFP subunit  28.73 
 
 		 311 aa  66.2  0.000000002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  decreased coverage  0.0000387759  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0769  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.83 
 
 		 322 aa  64.7  0.000000004  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.100875  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2611  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.2 
 
 		 549 aa  63.9  0.000000006  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0725  HlyD family secretion protein  30.54 
 
 		 397 aa  63.9  0.000000006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.897812  normal  0.118835 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0830  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.09 
 
 		 390 aa  63.5  0.000000009  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3832  RND family efflux transporter MFP subunit  26.09 
 
 		 374 aa  63.2  0.00000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2347  RND family efflux transporter MFP subunit  26.09 
 
 		 374 aa  63.2  0.00000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.161325  hitchhiker  0.00157605 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1759  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.53 
 
 		 457 aa  62.8  0.00000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2879  hypothetical protein  27.89 
 
 		 355 aa  62  0.00000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0916  efflux transporter  28.92 
 
 		 396 aa  62.8  0.00000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.987196  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3531  secretion protein HlyD  25.51 
 
 		 400 aa  62.4  0.00000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.445744  normal  1 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1080  MacA  26.5 
 
 		 394 aa  62.8  0.00000002  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3456  RND family efflux transporter MFP subunit  27.39 
 
 		 409 aa  62.4  0.00000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.00000285815  normal  0.0164702 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0838  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.53 
 
 		 432 aa  62.4  0.00000002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0582  RND family efflux transporter MFP subunit  23.68 
 
 		 335 aa  62  0.00000003  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3171  RND family efflux transporter MFP subunit  26.96 
 
 		 416 aa  61.6  0.00000004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.000000224755  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0758  macrolide-specific efflux protein MacA  28.37 
 
 		 394 aa  61.6  0.00000004  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.0225012  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3461  secretion protein HlyD  31.67 
 
 		 384 aa  60.8  0.00000005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0748  putative PAS/PAC sensor protein  22.86 
 
 		 607 aa  60.8  0.00000006  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1943  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.19 
 
 		 450 aa  60.5  0.00000008  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8877  Membrane-fusion protein-like protein  33.66 
 
 		 598 aa  60.5  0.00000008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0841399  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3483  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.63 
 
 		 598 aa  60.1  0.0000001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.807091  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0319  RND family efflux transporter MFP subunit  24 
 
 		 417 aa  60.1  0.0000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0336  secretion protein HlyD  28.12 
 
 		 324 aa  59.7  0.0000001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0816826  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1184  secretion protein HlyD  29.5 
 
 		 396 aa  59.7  0.0000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0832  RND family efflux transporter MFP subunit  27.23 
 
 		 416 aa  59.3  0.0000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000487508  normal  0.99457 
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3711  RND family efflux transporter MFP subunit  31.36 
 
 		 389 aa  59.7  0.0000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1908  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.97 
 
 		 407 aa  59.7  0.0000001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0567  RND family efflux transporter MFP subunit  23.16 
 
 		 335 aa  59.3  0.0000002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1340  secretion protein HlyD  24.25 
 
 		 424 aa  59.3  0.0000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1576  hypothetical protein  24.34 
 
 		 538 aa  59.3  0.0000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.000000469738  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0800  RND family efflux transporter MFP subunit  27.23 
 
 		 416 aa  59.3  0.0000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.00000000642362  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1783  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.03 
 
 		 354 aa  59.3  0.0000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2949  RND family efflux transporter MFP subunit  23.89 
 
 		 376 aa  58.5  0.0000003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0825  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.23 
 
 		 410 aa  58.5  0.0000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.000000019827  hitchhiker  0.00000000236896 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0031  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.71 
 
 		 392 aa  58.2  0.0000003  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.0000323168  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1267  RND family efflux transporter MFP subunit  26.72 
 
 		 355 aa  58.5  0.0000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3536  RND family efflux transporter MFP subunit  26.42 
 
 		 416 aa  58.5  0.0000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.00000000721535  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2825  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.93 
 
 		 476 aa  58.5  0.0000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.292175  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1144  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.09 
 
 		 321 aa  57.8  0.0000004  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.000342468  normal  0.524577 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0820  HlyD family secretion protein  27.39 
 
 		 405 aa  58.2  0.0000004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2603  secretion protein HlyD  30.69 
 
 		 389 aa  57.8  0.0000006  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.22725  normal  0.133946 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5333  RND family efflux transporter MFP subunit  28.87 
 
 		 397 aa  57.4  0.0000007  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.037024 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4163  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.9 
 
 		 350 aa  57.4  0.0000007  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.000250075  normal  0.807389 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0308  secretion protein HlyD  28.45 
 
 		 421 aa  57.4  0.0000007  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.742688 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3415  secretion protein HlyD  28.87 
 
 		 397 aa  57.4  0.0000007  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.89814  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1550  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.95 
 
 		 413 aa  57.4  0.0000007  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0505882  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4953  RND family efflux transporter MFP subunit  28.87 
 
 		 397 aa  57.4  0.0000007  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.162755  normal  0.0662922 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3561  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.71 
 
 		 420 aa  57  0.0000008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.306068  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1673  secretion protein HlyD  26.58 
 
 		 396 aa  57  0.0000009  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.801945 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1544  secretion protein HlyD family protein  25.15 
 
 		 504 aa  56.6  0.000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_02540  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.58 
 
 		 481 aa  56.6  0.000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0229793  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1940  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.58 
 
 		 377 aa  55.5  0.000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.69897  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1123  secretion protein HlyD  26.97 
 
 		 401 aa  55.5  0.000002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.18847  normal  0.38508 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3301  RND family efflux transporter MFP subunit  29.19 
 
 		 381 aa  55.5  0.000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.446472 
 
 
-
 
NC_002950  PG0680  RND family efflux transporter MFP subunit  23.31 
 
 		 417 aa  55.1  0.000003  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.0364598 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1985  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.7 
 
 		 429 aa  55.1  0.000003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0225  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.93 
 
 		 347 aa  54.7  0.000004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.175978  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5231  HlyD family secretion protein  27.19 
 
 		 426 aa  54.7  0.000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0177  hypothetical protein  33.89 
 
 		 509 aa  54.7  0.000004  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2116  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.42 
 
 		 393 aa  54.3  0.000005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.419105  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0270  putative MacA-like membrane transport protein  27.43 
 
 		 417 aa  54.3  0.000005  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0023  RND family efflux transporter MFP subunit  29.83 
 
 		 488 aa  54.7  0.000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2282  secretion protein HlyD  41.38 
 
 		 467 aa  54.3  0.000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0021  RND family efflux transporter MFP subunit  29.83 
 
 		 488 aa  54.7  0.000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.561063  hitchhiker  0.00444957 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2938  RND family efflux transporter MFP subunit  28.57 
 
 		 444 aa  54.3  0.000005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>