297 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RoseRS_2024 on replicon NC_009523
Organism: Roseiflexus sp. RS-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009523  RoseRS_2024  cobalamin B12-binding domain-containing protein  100 
 
 
134 aa  266  5e-71  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000794891 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2998  cobalamin B12-binding domain-containing protein  94.78 
 
 
134 aa  254  2e-67  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.651513  normal  0.0337584 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0587  cobalamin B12-binding domain protein  84.25 
 
 
135 aa  216  1e-55  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.901029 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3987  cobalamin B12-binding domain-containing protein  79.69 
 
 
137 aa  212  1.9999999999999998e-54  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0195294  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1673  cobalamin B12-binding domain protein  72.87 
 
 
153 aa  187  2.9999999999999997e-47  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1854  cobalamin B12-binding domain-containing protein  67.94 
 
 
137 aa  177  2.9999999999999997e-44  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1715  cobalamin B12-binding domain protein  66.17 
 
 
139 aa  172  9e-43  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1432  methylmalonyl-CoA mutase  66.67 
 
 
140 aa  172  9.999999999999999e-43  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.329321 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2028  cobalamin B12-binding domain protein  63.16 
 
 
140 aa  172  9.999999999999999e-43  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.655901  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2098  cobalamin B12-binding domain protein  63.16 
 
 
140 aa  172  1.9999999999999998e-42  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1832  methylmalonyl-CoA mutase  62.41 
 
 
140 aa  171  2.9999999999999996e-42  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.436511  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1574  cobalamin B12-binding domain-containing protein  66.17 
 
 
137 aa  170  7.999999999999999e-42  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.0630027 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1989  cobalamin B12-binding domain-containing protein  61.65 
 
 
139 aa  169  2e-41  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4240  cobalamin B12-binding domain protein  59.38 
 
 
139 aa  164  2.9999999999999998e-40  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0457  cobalamin B12-binding domain-containing protein  57.89 
 
 
133 aa  164  4e-40  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.364165 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4204  cobalamin B12-binding domain-containing protein  61.54 
 
 
134 aa  164  5e-40  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00605014 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1574  methylmalonyl-CoA mutase-like  59.09 
 
 
134 aa  163  6.9999999999999995e-40  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000332572  normal  0.305791 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2026  cobalamin B12-binding domain-containing protein  60.61 
 
 
134 aa  163  8e-40  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000113125  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0241  cobalamin B12-binding domain protein  59.85 
 
 
139 aa  162  1.0000000000000001e-39  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3814  cobalamin B12-binding domain-containing protein  60.77 
 
 
134 aa  162  2.0000000000000002e-39  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2369  methylmalonyl-CoA mutase-like protein  60.94 
 
 
133 aa  162  2.0000000000000002e-39  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.308524  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1578  B12-binding protein  56.82 
 
 
134 aa  160  5.0000000000000005e-39  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.432317  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0388  cobalamin B12-binding domain-containing protein  60.15 
 
 
134 aa  160  5.0000000000000005e-39  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.000031654  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1541  methylmalonyl-CoA mutase, alpha subunit  64.29 
 
 
151 aa  159  8.000000000000001e-39  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0770461  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2692  cobalamin B12-binding domain protein  58.14 
 
 
140 aa  159  2e-38  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0059  cobalamin B12-binding domain protein  60.32 
 
 
136 aa  159  2e-38  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000107152 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2691  cobalamin B12-binding domain protein  60.94 
 
 
134 aa  156  7e-38  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0118523  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3482  cobalamin B12-binding domain-containing protein  58.33 
 
 
134 aa  156  9e-38  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1487  cobalamin B12-binding domain protein  56.92 
 
 
135 aa  155  1e-37  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.40083  normal  0.12756 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0582  cobalamin B12-binding domain-containing protein  60.94 
 
 
133 aa  155  2e-37  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0081  cobalamin B12-binding domain protein  56.59 
 
 
141 aa  154  3e-37  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1548  cobalamin B12-binding domain protein  60.16 
 
 
134 aa  155  3e-37  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000166361 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1322  cobalamin B12-binding domain-containing protein  63.71 
 
 
136 aa  152  1e-36  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3774  cobalamin B12-binding domain protein  54.96 
 
 
157 aa  152  2e-36  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.137195  normal  0.13274 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1242  methylmalonyl-CoA mutase  58.14 
 
 
135 aa  152  2e-36  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00778509 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1910  cobalamin B12-binding domain protein  54.14 
 
 
134 aa  152  2e-36  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.374857  normal  0.0962097 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7994  cobalamin B12-binding domain protein  59.68 
 
 
135 aa  151  2.9999999999999998e-36  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0550  cobalamin B12-binding domain-containing protein  61.72 
 
 
133 aa  150  7e-36  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0377  methylmalonyl-CoA mutase-like  55.64 
 
 
158 aa  150  7e-36  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.99713  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4641  cobalamin B12-binding domain protein  61.83 
 
 
143 aa  149  1e-35  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.123677 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4360  cobalamin B12-binding domain protein  56.92 
 
 
138 aa  148  2e-35  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.36975  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0289  cobalamin B12-binding domain protein  55.47 
 
 
140 aa  148  2e-35  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0510  cobalamin B12-binding domain protein  55.64 
 
 
139 aa  148  3e-35  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.736031  normal  0.90311 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1769  cobalamin B12-binding domain-containing protein  53.79 
 
 
134 aa  146  8e-35  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.00734137  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_2055  cobalamin B12-binding domain-containing protein  54.89 
 
 
155 aa  146  9e-35  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2805  cobalamin B12-binding domain protein  54.62 
 
 
142 aa  146  1.0000000000000001e-34  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.069341  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6220  cobalamin B12-binding domain-containing protein  59.09 
 
 
134 aa  145  1.0000000000000001e-34  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2472  cobalamin B12-binding domain protein  55.3 
 
 
152 aa  145  2.0000000000000003e-34  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0900  cobalamin B12-binding domain protein  56.15 
 
 
138 aa  145  2.0000000000000003e-34  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3591  cobalamin B12-binding domain-containing protein  62.1 
 
 
143 aa  144  3e-34  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0318  cobalamin B12-binding domain protein  55.22 
 
 
162 aa  142  2e-33  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1359  cobalamin B12-binding domain protein  60.17 
 
 
128 aa  138  1.9999999999999998e-32  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  hitchhiker  0.000000000160657  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3654  cobalamin B12-binding domain-containing protein  58.04 
 
 
135 aa  135  2e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.136466 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5018  cobalamin B12-binding domain-containing protein  51.13 
 
 
135 aa  135  3.0000000000000003e-31  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.622944  normal 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3836  cobalamin B12-binding domain protein  50.76 
 
 
138 aa  134  5e-31  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.692162  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1263  cobalamin B12-binding domain protein  61.98 
 
 
149 aa  132  9.999999999999999e-31  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.728671  normal  0.8637 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0538  methylmalonyl-CoA mutase C-terminal domain-containing protein  56.88 
 
 
136 aa  131  3e-30  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000893241 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2388  cobalamin B12-binding domain-containing protein  58.2 
 
 
133 aa  130  3.9999999999999996e-30  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.698998  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4260  cobalamin B12-binding domain-containing protein  58.33 
 
 
133 aa  129  1.0000000000000001e-29  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.480541 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4309  cobalamin B12-binding domain-containing protein  53.44 
 
 
133 aa  126  1.0000000000000001e-28  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.734858 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3825  methylmalonyl-CoA mutase C-terminal domain-containing protein  54.4 
 
 
132 aa  124  4.0000000000000003e-28  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.438631  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3899  cobalamin B12-binding domain-containing protein  54.4 
 
 
132 aa  124  4.0000000000000003e-28  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3811  cobalamin B12-binding domain-containing protein  54.4 
 
 
132 aa  124  4.0000000000000003e-28  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0469463  normal  0.0948206 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5088  cobalamin B12-binding domain-containing protein  61.62 
 
 
153 aa  123  7e-28  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0958  cobalamin B12-binding domain-containing protein  50.4 
 
 
140 aa  123  1e-27  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    hitchhiker  0.0044288 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2128  cobalamin B12-binding domain-containing protein  48.84 
 
 
172 aa  122  1e-27  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1772  methylmalonyl-CoA mutase  54.95 
 
 
680 aa  115  1.9999999999999998e-25  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.292142  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4193  methylmalonyl-CoA mutase, large subunit  54.78 
 
 
670 aa  114  3e-25  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.669168  normal  0.90036 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1173  methylmalonyl-CoA mutase, large subunit  49.58 
 
 
1106 aa  113  7.999999999999999e-25  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00593374 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1197  methylmalonyl-CoA mutase, large subunit  54.87 
 
 
657 aa  112  2.0000000000000002e-24  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.282186  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1034  methylmalonyl-CoA mutase, large subunit  53.98 
 
 
666 aa  112  2.0000000000000002e-24  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.488774  normal  0.762762 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3062  methylmalonyl-CoA mutase  49.57 
 
 
671 aa  111  3e-24  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1223  methylmalonyl-CoA mutase  50.88 
 
 
712 aa  111  4.0000000000000004e-24  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1164  methylmalonyl-CoA mutase  49.58 
 
 
713 aa  111  4.0000000000000004e-24  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.197015  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1167  methylmalonyl-CoA mutase  45.38 
 
 
712 aa  110  7.000000000000001e-24  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.169366  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4003  methylmalonyl-CoA mutase, large subunit  50.45 
 
 
685 aa  110  9e-24  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.446619  hitchhiker  0.000372138 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2855  methylmalonyl-CoA mutase  46.96 
 
 
657 aa  108  3e-23  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3621  methylmalonyl-CoA mutase, large subunit  50.45 
 
 
668 aa  108  3e-23  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1625  methylmalonyl-CoA mutase, large subunit  46.09 
 
 
667 aa  107  4.0000000000000004e-23  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1292  methylmalonyl-CoA mutase  48.25 
 
 
714 aa  108  4.0000000000000004e-23  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.816153 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6511  methylmalonyl-CoA mutase  42.34 
 
 
712 aa  107  5e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2169  methylmalonyl-CoA mutase  47.83 
 
 
692 aa  107  7.000000000000001e-23  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.485789  normal  0.751366 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3106  methylmalonyl-CoA mutase  42.96 
 
 
661 aa  106  9.000000000000001e-23  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4213  methylmalonyl-CoA mutase  46.72 
 
 
714 aa  106  9.000000000000001e-23  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR1190  methylmalonyl-CoA mutase  43.2 
 
 
712 aa  106  1e-22  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.942727  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4128  methylmalonyl-CoA mutase, large subunit  54.05 
 
 
667 aa  106  1e-22  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0868  methylmalonyl-CoA mutase  48.25 
 
 
715 aa  106  1e-22  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1226  methylmalonyl-CoA mutase, large subunit  51.3 
 
 
672 aa  106  1e-22  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.6728  normal  0.0673448 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0223  methylmalonyl-CoA mutase, large subunit  54.46 
 
 
647 aa  105  2e-22  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.784456  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0388  methylmalonyl-CoA mutase  48.28 
 
 
714 aa  105  2e-22  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6098  methylmalonyl-CoA mutase  42.22 
 
 
712 aa  105  2e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.23929  normal  0.554736 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02748  methylmalonyl-CoA mutase  45.9 
 
 
714 aa  103  5e-22  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0776  methylmalonyl-CoA mutase, large subunit  45.9 
 
 
714 aa  104  5e-22  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0014  methylmalonyl-CoA mutase  44.54 
 
 
711 aa  104  5e-22  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.185174  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0793  methylmalonyl-CoA mutase  45.9 
 
 
714 aa  103  5e-22  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02711  hypothetical protein  45.9 
 
 
714 aa  103  5e-22  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3875  methylmalonyl-CoA mutase, large subunit  47.83 
 
 
688 aa  103  5e-22  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3244  methylmalonyl-CoA mutase  45.9 
 
 
714 aa  103  6e-22  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.98625  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3053  methylmalonyl-CoA mutase  45.9 
 
 
714 aa  103  6e-22  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1221  methylmalonyl-CoA mutase  44.63 
 
 
715 aa  103  7e-22  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.584735  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>