More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_3788 on replicon NC_007974
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007974  Rmet_3788  acyl-CoA synthetase  100 
 
 		 523 aa  1071    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2625  acyl-CoA synthetase  46.78 
 
 		 521 aa  452  1.0000000000000001e-126  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.425719  normal  0.937702 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2662  acyl-CoA synthetase  47.59 
 
 		 521 aa  449  1e-125  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0929684  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2990  acyl-CoA synthetase  47.18 
 
 		 521 aa  444  1e-123  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.475631  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0972  acyl-CoA synthetase  46.09 
 
 		 502 aa  445  1e-123  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.534904 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2819  acyl-CoA synthetase  44.62 
 
 		 529 aa  432  1e-120  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.427573  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4178  acyl-CoA synthetase  43.75 
 
 		 520 aa  432  1e-120  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2862  acyl-CoA synthetase  45.82 
 
 		 528 aa  427  1e-118  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4949  acyl-CoA synthetase  44.62 
 
 		 521 aa  424  1e-117  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.131807  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2729  acyl-CoA synthetase  46.06 
 
 		 559 aa  423  1e-117  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.181341  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1869  acyl-CoA synthetase  43.76 
 
 		 520 aa  421  1e-116  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.895381  normal  0.153581 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3976  AMP-dependent synthetase and ligase  43.93 
 
 		 546 aa  420  1e-116  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4674  acyl-CoA synthetase  44.92 
 
 		 531 aa  418  9.999999999999999e-116  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10561  acyl-CoA synthetase  44.8 
 
 		 571 aa  401  9.999999999999999e-111  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.0256349 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0015  acyl-CoA synthetase  43.45 
 
 		 547 aa  390  1e-107  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.268165  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0733  acyl-CoA synthetase  43.82 
 
 		 532 aa  392  1e-107  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.747882  normal  0.385866 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0739  acyl-CoA synthetase  43.63 
 
 		 532 aa  390  1e-107  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0953  acyl-CoA synthetase  43.87 
 
 		 532 aa  389  1e-107  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0753  acyl-CoA synthetase  43.63 
 
 		 532 aa  390  1e-107  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.627426  normal  0.23017 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1909  acyl-CoA synthetase  43.03 
 
 		 521 aa  388  1e-106  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5309  AMP-dependent synthetase and ligase  39.03 
 
 		 517 aa  327  4.0000000000000003e-88  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6394  AMP-dependent synthetase and ligase  36.82 
 
 		 517 aa  325  1e-87  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.178832  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0177  putative ligase  40.5 
 
 		 514 aa  320  3.9999999999999996e-86  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.709782 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1837  AMP-dependent synthetase and ligase  36.68 
 
 		 518 aa  317  3e-85  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.963932  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2745  AMP-dependent synthetase and ligase  36.59 
 
 		 519 aa  306  7e-82  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000193004  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5034  AMP-dependent synthetase and ligase  35.2 
 
 		 517 aa  304  3.0000000000000004e-81  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5826  AMP-dependent synthetase and ligase  35.2 
 
 		 517 aa  304  3.0000000000000004e-81  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4353  AMP-dependent synthetase and ligase  35.59 
 
 		 517 aa  303  5.000000000000001e-81  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3890  AMP-dependent synthetase and ligase  34.79 
 
 		 517 aa  300  4e-80  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0529507  normal  0.227811 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5134  acyl-CoA synthetase / AMP-dependent synthetase and ligase  38.83 
 
 		 517 aa  300  4e-80  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.93936 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2485  AMP-dependent synthetase and ligase  34.52 
 
 		 534 aa  295  1e-78  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2438  AMP-dependent synthetase and ligase  37.02 
 
 		 512 aa  294  2e-78  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2245  AMP-dependent synthetase and ligase  36.9 
 
 		 519 aa  293  6e-78  Frankia sp. CcI3  Bacteria  decreased coverage  0.00923204  normal  0.0183444 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5942  AMP-dependent synthetase and ligase  35.93 
 
 		 516 aa  290  3e-77  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.050377 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2532  AMP-dependent synthetase and ligase  34.67 
 
 		 521 aa  289  8e-77  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3611  AMP-dependent synthetase and ligase  35.02 
 
 		 532 aa  289  9e-77  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0778531  normal  0.0346233 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4080  AMP-dependent synthetase and ligase  36.52 
 
 		 518 aa  288  2e-76  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.656205  normal  0.161644 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3499  AMP-dependent synthetase and ligase  37.08 
 
 		 715 aa  286  5e-76  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.0487317 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3158  AMP-dependent synthetase and ligase  34.56 
 
 		 515 aa  286  5e-76  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1095  AMP-dependent synthetase and ligase  35.36 
 
 		 518 aa  286  5e-76  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.997125 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1730  AMP-dependent synthetase and ligase  35.69 
 
 		 516 aa  285  2.0000000000000002e-75  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0353  AMP-dependent synthetase and ligase  34.49 
 
 		 534 aa  285  2.0000000000000002e-75  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.55948  normal  0.800046 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1595  AMP-dependent synthetase and ligase  34.9 
 
 		 519 aa  283  4.0000000000000003e-75  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0789  AMP-dependent synthetase and ligase  35.12 
 
 		 519 aa  283  6.000000000000001e-75  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2207  AMP-dependent synthetase and ligase  34.36 
 
 		 512 aa  282  1e-74  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.77359  normal  0.4337 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3816  AMP-dependent synthetase and ligase  35.67 
 
 		 518 aa  279  7e-74  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0163789  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1724  AMP-dependent synthetase and ligase  33.59 
 
 		 515 aa  279  9e-74  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0701995  normal  0.167784 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3720  AMP-dependent synthetase and ligase  36.38 
 
 		 518 aa  279  9e-74  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.189603  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4882  AMP-dependent synthetase and ligase  36.61 
 
 		 521 aa  277  3e-73  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4826  AMP-dependent synthetase and ligase  36.49 
 
 		 520 aa  277  3e-73  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0178748  normal  0.551416 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2871  AMP-dependent synthetase and ligase  35.87 
 
 		 521 aa  277  4e-73  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.565408  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3708  AMP-dependent synthetase and ligase  36.36 
 
 		 551 aa  276  5e-73  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1196  AMP-dependent synthetase and ligase  34.9 
 
 		 515 aa  275  1.0000000000000001e-72  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.952184  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1133  AMP-dependent synthetase and ligase  35.55 
 
 		 518 aa  275  1.0000000000000001e-72  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.508244  normal  0.50206 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4121  AMP-dependent synthetase and ligase  38.84 
 
 		 505 aa  271  1e-71  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.396047  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5438  AMP-dependent synthetase and ligase  33.59 
 
 		 515 aa  269  1e-70  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.427259  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0798  AMP-dependent synthetase and ligase  33.6 
 
 		 499 aa  268  1e-70  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3993  AMP-dependent synthetase and ligase  34.16 
 
 		 524 aa  268  1e-70  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.968795  normal  0.880097 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5381  AMP-dependent synthetase and ligase  33.13 
 
 		 510 aa  268  2e-70  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5827  AMP-dependent synthetase and ligase  35.24 
 
 		 518 aa  267  4e-70  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.671788  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0353  AMP-dependent synthetase and ligase  33.59 
 
 		 520 aa  266  7e-70  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.504179  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2038  long-chain-fatty-acid--CoA ligase, putative  33.52 
 
 		 565 aa  266  1e-69  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3975  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.9 
 
 		 530 aa  265  1e-69  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.251646  normal  0.301159 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3704  AMP-dependent synthetase and ligase  33.33 
 
 		 515 aa  264  3e-69  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0990866  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4822  AMP-dependent synthetase and ligase  33.78 
 
 		 504 aa  263  4e-69  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1605  AMP-dependent synthetase and ligase  31.24 
 
 		 526 aa  261  2e-68  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0943  AMP-dependent synthetase and ligase  34.9 
 
 		 511 aa  260  5.0000000000000005e-68  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.193061  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1515  AMP-dependent synthetase and ligase  37.16 
 
 		 515 aa  259  1e-67  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  decreased coverage  0.00288915  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1660  AMP-dependent synthetase and ligase  34.36 
 
 		 523 aa  258  1e-67  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.104845  normal  0.559317 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1538  AMP-dependent synthetase and ligase  37.16 
 
 		 515 aa  259  1e-67  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0102  AMP-dependent synthetase and ligase  34.76 
 
 		 520 aa  255  1.0000000000000001e-66  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4698  AMP-dependent synthetase and ligase  35.37 
 
 		 498 aa  256  1.0000000000000001e-66  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.796454  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2246  AMP-dependent synthetase and ligase  33.08 
 
 		 517 aa  255  1.0000000000000001e-66  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000334479  hitchhiker  6.92492e-16 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0154  AMP-dependent synthetase and ligase  35.13 
 
 		 520 aa  256  1.0000000000000001e-66  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4758  AMP-dependent synthetase and ligase  34.74 
 
 		 518 aa  254  2.0000000000000002e-66  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3514  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.57 
 
 		 525 aa  254  3e-66  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.270509  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2525  AMP-dependent synthetase and ligase  35.62 
 
 		 516 aa  254  3e-66  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.695888 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2447  AMP-dependent synthetase and ligase  35.09 
 
 		 505 aa  251  2e-65  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4691  AMP-dependent synthetase and ligase  35.28 
 
 		 502 aa  251  2e-65  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2032  AMP-dependent synthetase and ligase  35.93 
 
 		 551 aa  250  4e-65  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.367958 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1367  AMP-dependent synthetase and ligase  35.53 
 
 		 502 aa  250  4e-65  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.439129  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1763  AMP-dependent synthetase and ligase  34.49 
 
 		 521 aa  249  8e-65  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.494407 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1472  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.68 
 
 		 514 aa  249  1e-64  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4902  AMP-dependent synthetase and ligase  35.74 
 
 		 501 aa  248  2e-64  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0285071  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1676  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.1 
 
 		 526 aa  247  3e-64  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.591328  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1868  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.57 
 
 		 525 aa  246  4.9999999999999997e-64  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.205754 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0027  AMP-dependent synthetase and ligase  33.46 
 
 		 509 aa  246  6e-64  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.141316  normal  0.236103 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3565  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.2 
 
 		 526 aa  246  9e-64  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.011282  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3600  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.97 
 
 		 525 aa  246  9e-64  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.887287  normal  0.975846 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1964  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.78 
 
 		 525 aa  244  1.9999999999999999e-63  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.132088  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3747  AMP-dependent synthetase and ligase  35.38 
 
 		 514 aa  244  3.9999999999999997e-63  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2434  AMP-dependent synthetase and ligase  31.65 
 
 		 534 aa  243  6e-63  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.097494  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_26720  acyl-CoA synthetase (AMP-forming)/AMP-acid ligase II  33.6 
 
 		 503 aa  243  7.999999999999999e-63  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.371331  normal  0.219754 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3798  AMP-dependent synthetase and ligase  33.4 
 
 		 499 aa  241  2e-62  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6878  AMP-dependent synthetase and ligase  31.77 
 
 		 509 aa  241  2e-62  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.615245  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2867  AMP-dependent synthetase and ligase  33.33 
 
 		 552 aa  241  2.9999999999999997e-62  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.533017  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1865  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.37 
 
 		 519 aa  241  2.9999999999999997e-62  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.975513  normal  0.637576 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2924  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  30.74 
 
 		 526 aa  240  5e-62  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.42655 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3261  AMP-dependent synthetase and ligase  32.23 
 
 		 534 aa  239  8e-62  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0656  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.6 
 
 		 512 aa  239  8e-62  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0055881  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>