89 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_3741 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_3741  transcriptional regulator PpsR  100 
 
 		 440 aa  876    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000829732 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1308  putative PAS/PAC sensor protein  72.46 
 
 		 468 aa  646    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.464609 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3986  Fis family transcriptional regulator  87.39 
 
 		 453 aa  778    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.994596  normal  0.222002 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1725  transcriptional regulator, Fis family  71.33 
 
 		 464 aa  625  1e-178  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.671099  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6427  transcriptional regulator PpsR2  58.14 
 
 		 456 aa  501  1e-140  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1718  transcriptional regulator, Fis family  36.32 
 
 		 477 aa  251  2e-65  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.57996  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1301  putative PAS/PAC sensor protein  34.79 
 
 		 475 aa  248  2e-64  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3748  transcriptional regulator PpsR  36.88 
 
 		 477 aa  244  1.9999999999999999e-63  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00176941 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6421  Fis family transcriptional regulator  34.73 
 
 		 475 aa  242  1e-62  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.180645  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3715  Fis family transcriptional regulator  36.53 
 
 		 469 aa  240  2.9999999999999997e-62  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.234615  hitchhiker  0.000579689 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3993  Fis family transcriptional regulator  35.1 
 
 		 477 aa  240  4e-62  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0929591 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0626  Fis family transcriptional regulator  34.85 
 
 		 472 aa  234  3e-60  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1851  Fis family transcriptional regulator  35.42 
 
 		 481 aa  230  4e-59  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000460761 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5364  transcriptional regulator, Fis family  34.02 
 
 		 479 aa  225  1e-57  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.266103 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2045  transcriptional regulator PspR, Fis family  33.33 
 
 		 480 aa  224  3e-57  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.124174 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5286  transcriptional regulator PspR, Fis family  32.33 
 
 		 480 aa  214  1.9999999999999998e-54  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0115697  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4819  transcriptional regulator PpsR  32.56 
 
 		 486 aa  214  2.9999999999999995e-54  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0232279 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1925  Fis family transcriptional regulator  30.28 
 
 		 464 aa  175  9.999999999999999e-43  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.178133  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0282  transcriptional regulator PpsR  30.28 
 
 		 464 aa  175  9.999999999999999e-43  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1013  Fis family transcriptional regulator  29.71 
 
 		 471 aa  171  2e-41  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.188495  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3531  transcriptional regulator PpsR  30.29 
 
 		 476 aa  164  2.0000000000000002e-39  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.421406 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0164  putative PAS/PAC sensor protein  31.84 
 
 		 482 aa  157  3e-37  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1639  Fis family transcriptional regulator  45.59 
 
 		 210 aa  60.8  0.00000004  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2510  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  42.62 
 
 		 472 aa  50.1  0.00008  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0791346  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0808  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  37.88 
 
 		 591 aa  49.7  0.0001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000794554 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2330  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  39.66 
 
 		 466 aa  49.3  0.0001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1993  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  46.67 
 
 		 486 aa  48.9  0.0002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_06720  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  47.17 
 
 		 581 aa  47.8  0.0004  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2525  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  50 
 
 		 444 aa  47.8  0.0004  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.368497  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2649  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  32.33 
 
 		 460 aa  47.8  0.0004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0286  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  35.64 
 
 		 488 aa  47.8  0.0004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.525369 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3572  two component, sigma-54 specific, Fis family transcriptional regulator  32.95 
 
 		 457 aa  47  0.0006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3789  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  36.14 
 
 		 452 aa  47  0.0007  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.146089 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3902  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  36.14 
 
 		 452 aa  47  0.0007  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0458  C4-dicarboxylate transport transcriptional response regulator DctD  33.72 
 
 		 451 aa  47  0.0008  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0642  C4-dicarboxylate transport transcriptional regulatory protein  33.72 
 
 		 451 aa  47  0.0008  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3226  C4-dicarboxylate transport transcriptional regulatory protein  33.72 
 
 		 451 aa  47  0.0008  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1392  C4-dicarboxylate transport transcriptional regulatory protein  33.72 
 
 		 451 aa  47  0.0008  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2818  C4-dicarboxylate transport transcriptional regulatory protein  33.72 
 
 		 451 aa  47  0.0008  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.896177  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0201  C4-dicarboxylate transport transcriptional regulatory protein  33.72 
 
 		 451 aa  47  0.0008  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0478  C4-dicarboxylate transport transcriptional response regulator DctD  33.72 
 
 		 451 aa  47  0.0008  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2853  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  57.5 
 
 		 476 aa  46.2  0.001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2998  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  42.37 
 
 		 460 aa  46.2  0.001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.605804 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2055  transcriptional regulator  35.14 
 
 		 600 aa  45.1  0.002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.0000658727  hitchhiker  0.000375363 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02106  hypothetical protein  45.83 
 
 		 461 aa  45.8  0.002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2369  acetoacetate metabolism regulatory protein AtoC  45.83 
 
 		 461 aa  45.8  0.002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0790211  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0023  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  44.44 
 
 		 319 aa  45.4  0.002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6322  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  43.75 
 
 		 458 aa  45.1  0.002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.385665 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1438  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  45.83 
 
 		 461 aa  45.8  0.002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.445705  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3285  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  37.93 
 
 		 609 aa  45.4  0.002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0944  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  39.22 
 
 		 480 aa  45.4  0.002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1438  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  40.91 
 
 		 592 aa  45.4  0.002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02147  fused response regulator of ato operon, in two-component system with AtoS: response regulator/sigma54 interaction protein  45.83 
 
 		 461 aa  45.8  0.002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3075  sigma-54 dependent transcriptional regulator  31.58 
 
 		 481 aa  45.1  0.002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.353406  normal  0.633528 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6499  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  43.75 
 
 		 458 aa  45.1  0.002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6734  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  43.75 
 
 		 458 aa  45.1  0.002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.321079  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1430  acetoacetate metabolism regulatory protein AtoC  45.83 
 
 		 461 aa  45.8  0.002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.324678  hitchhiker  0.00137179 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2361  acetoacetate metabolism regulatory protein AtoC  45.83 
 
 		 461 aa  45.8  0.002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.18992  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2366  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  46.51 
 
 		 385 aa  45.1  0.002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.0000342445  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0306  hypothetical protein  34.85 
 
 		 582 aa  45.1  0.002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1555  multi-sensor hybrid histidine kinase  25.48 
 
 		 1172 aa  45.1  0.003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.0698206 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1456  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  38.46 
 
 		 623 aa  45.1  0.003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.80149  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0172  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  43.75 
 
 		 458 aa  45.1  0.003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.833234  hitchhiker  0.00415361 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2075  sigma-54 dependent transcriptional regulator  34.72 
 
 		 455 aa  45.1  0.003  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.850958  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0792  hypothetical protein  42.86 
 
 		 662 aa  44.7  0.004  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1055  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  37.35 
 
 		 508 aa  44.3  0.004  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00334907 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2310  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  35.38 
 
 		 469 aa  44.3  0.004  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.294968  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2280  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  39.13 
 
 		 453 aa  44.7  0.004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.620123 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3424  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  40 
 
 		 466 aa  44.3  0.004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.25481 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2398  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  35.38 
 
 		 469 aa  44.3  0.004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.313034  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2816  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  36.36 
 
 		 591 aa  44.3  0.004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0432  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  40.68 
 
 		 450 aa  44.3  0.005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0079  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  42.86 
 
 		 564 aa  43.9  0.005  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0925  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  25.71 
 
 		 484 aa  43.9  0.005  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.815173  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1555  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  40.38 
 
 		 467 aa  43.9  0.005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.21045  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1639  sigma-54 factor interaction domain-containing protein  41.67 
 
 		 473 aa  43.9  0.006  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.701414  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1016  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  45.83 
 
 		 455 aa  43.9  0.006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.963955  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1312  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  41.18 
 
 		 455 aa  43.9  0.006  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.502008  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2741  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  30.77 
 
 		 471 aa  43.5  0.007  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0396  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  44.9 
 
 		 453 aa  43.5  0.007  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.262789 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0456  hypothetical protein  35.71 
 
 		 586 aa  43.5  0.007  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0551  two component Fis family transcriptional regulator  35 
 
 		 476 aa  43.9  0.007  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.02302  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2057  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  52.27 
 
 		 448 aa  43.5  0.008  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03965  two-component system regulatory protein  39.62 
 
 		 448 aa  43.1  0.009  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2258  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  32.31 
 
 		 468 aa  43.1  0.009  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.428008  normal  0.0222917 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4689  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  28.97 
 
 		 447 aa  43.1  0.009  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.338732 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1243  Fis family transcriptional regulator  34.62 
 
 		 342 aa  43.1  0.01  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0162374  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1212  Fis family transcriptional regulator  34.62 
 
 		 311 aa  43.1  0.01  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00268591  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2226  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  54.05 
 
 		 569 aa  43.1  0.01  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.977744  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>