More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_4662 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007925  RPC_4662  putative PAS/PAC sensor protein  100 
 
 
168 aa  352  2e-96  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.193201 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4683  putative PAS/PAC sensor protein  80.24 
 
 
173 aa  295  2e-79  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1393  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  79.64 
 
 
182 aa  294  3e-79  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.959449 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1413  putative PAS/PAC sensor protein  80.24 
 
 
185 aa  293  8e-79  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.026067  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4977  putative PAS/PAC sensor protein  66.67 
 
 
177 aa  248  2e-65  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.13761  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4975  putative PAS/PAC sensor protein  64.29 
 
 
178 aa  240  6e-63  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.161434  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1071  putative PAS/PAC sensor protein  62.5 
 
 
178 aa  236  8e-62  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1312  putative PAS/PAC sensor protein  57.49 
 
 
174 aa  216  1e-55  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.723682  normal  0.171791 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2378  transcriptional regulator  57.49 
 
 
174 aa  212  1.9999999999999998e-54  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4792  putative PAS/PAC sensor protein  56.29 
 
 
174 aa  206  1e-52  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3908  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  54.49 
 
 
174 aa  202  2e-51  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3464  transcriptional regulator  48.81 
 
 
174 aa  186  2e-46  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4009  PAS  49.1 
 
 
172 aa  180  1e-44  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0920  putative PAS/PAC sensor protein  48.21 
 
 
170 aa  176  2e-43  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1204  methyl-accepting chemotaxis protein  46.63 
 
 
165 aa  173  8e-43  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1323  methyl-accepting chemotaxis protein  46.63 
 
 
165 aa  173  8e-43  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1325  methyl-accepting chemotaxis protein  48.47 
 
 
164 aa  171  5e-42  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.0735034  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1206  methyl-accepting chemotaxis protein  47.24 
 
 
164 aa  169  1e-41  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1233  methyl-accepting chemotaxis protein  47.62 
 
 
166 aa  168  3e-41  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0964  putative PAS domain signal transduction sensor protein  47.85 
 
 
163 aa  168  3e-41  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.695373  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0540  methyl-accepting chemotaxis protein  45.73 
 
 
166 aa  167  7e-41  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0044  putative PAS/PAC sensor protein  46.5 
 
 
162 aa  166  1e-40  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1962  methyl-accepting chemotaxis protein  47.62 
 
 
166 aa  165  2.9999999999999998e-40  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3403  PAS sensor protein  43.71 
 
 
189 aa  164  5e-40  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.263742  normal  0.531721 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0158  PAS sensor protein  46.63 
 
 
170 aa  162  1.0000000000000001e-39  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00559927  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0368  PAS sensor protein  44.44 
 
 
168 aa  162  2.0000000000000002e-39  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.580475  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_05500  PAS domain S-box  46.11 
 
 
194 aa  161  5.0000000000000005e-39  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.414164  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2233  putative PAS/PAC sensor protein  46.2 
 
 
177 aa  158  3e-38  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.17522 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0963  putative PAS domain signal transduction sensor protein  39.26 
 
 
163 aa  147  8e-35  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.598174  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1223  signal-transduction sensor protein  42.17 
 
 
189 aa  142  2e-33  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.658782  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1012  methyl-accepting chemotaxis protein  38.99 
 
 
171 aa  136  2e-31  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.63093  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2936  putative PAS/PAC sensor protein  37.72 
 
 
201 aa  131  3.9999999999999996e-30  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.178135  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3595  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  44.88 
 
 
515 aa  129  2.0000000000000002e-29  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1888  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  44.52 
 
 
521 aa  128  4.0000000000000003e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.378373  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2525  putative PAS/PAC sensor protein  38.41 
 
 
208 aa  128  4.0000000000000003e-29  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0659487  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2812  putative PAS/PAC sensor protein  45.45 
 
 
166 aa  128  4.0000000000000003e-29  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.494423  decreased coverage  0.000000324615 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1521  putative PAS/PAC sensor protein  39.38 
 
 
228 aa  128  4.0000000000000003e-29  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.950455  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3481  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  44.52 
 
 
521 aa  127  5.0000000000000004e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.41765 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0729  PAS  43.66 
 
 
945 aa  126  1.0000000000000001e-28  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0635035  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3460  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  48.03 
 
 
520 aa  125  2.0000000000000002e-28  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2257  aerotaxis receptor Aer-1  43.84 
 
 
521 aa  124  5e-28  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.215452  normal  0.0215353 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1648  aerotaxis receptor  43.08 
 
 
521 aa  124  5e-28  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0532  putative methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  44.96 
 
 
523 aa  124  5e-28  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.0374128 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3735  PAS  43.08 
 
 
521 aa  124  6e-28  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.065462 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1800  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  44.88 
 
 
521 aa  124  6e-28  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.258308  normal  0.504821 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1522  PAS sensor protein  38.27 
 
 
225 aa  124  6e-28  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.533099  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0659  putative PAS/PAC sensor protein  50 
 
 
164 aa  122  2e-27  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1618  chemotaxis sensory transducer  44.36 
 
 
557 aa  122  2e-27  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.126465 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3109  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  43.31 
 
 
522 aa  121  4e-27  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0223  PAS  45.67 
 
 
1214 aa  120  7e-27  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1871  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  47.79 
 
 
716 aa  120  8e-27  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2648  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  40.41 
 
 
520 aa  120  8e-27  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4027  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  42.11 
 
 
521 aa  120  9e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.664053  normal  0.0821551 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1294  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  44.44 
 
 
575 aa  120  9.999999999999999e-27  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00873235 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6942  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  46.46 
 
 
566 aa  120  9.999999999999999e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.819674  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3813  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  43.31 
 
 
521 aa  119  9.999999999999999e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.629648  normal  0.0156802 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4521  aerotaxis receptor, putative  42.52 
 
 
521 aa  119  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1390  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  42.11 
 
 
534 aa  119  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5601  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  41.43 
 
 
551 aa  118  3e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.510218  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0995  putative methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  44.62 
 
 
517 aa  118  3.9999999999999996e-26  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2113  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  43.7 
 
 
550 aa  117  4.9999999999999996e-26  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2984  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer, Pas/Pac sensor  45.67 
 
 
565 aa  117  9e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1378  putative PAS/PAC sensor protein  33.14 
 
 
200 aa  117  9.999999999999999e-26  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1933  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  43.07 
 
 
598 aa  116  9.999999999999999e-26  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2577  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  41.86 
 
 
524 aa  116  1.9999999999999998e-25  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0389  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  40.43 
 
 
419 aa  115  1.9999999999999998e-25  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06258  hypothetical protein  43.75 
 
 
520 aa  116  1.9999999999999998e-25  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2022  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  47.46 
 
 
748 aa  116  1.9999999999999998e-25  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_24380  aerotaxis receptor Aer  42.74 
 
 
567 aa  115  3e-25  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0650163  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2908  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  44.76 
 
 
561 aa  115  3e-25  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.07018 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1652  putative PAS/PAC sensor protein  43.55 
 
 
127 aa  115  3e-25  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.129926  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3682  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  43.51 
 
 
552 aa  115  3e-25  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.0302709 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1964  putative PAS/PAC sensor protein  39.26 
 
 
229 aa  114  5e-25  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.705516  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0974  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  51 
 
 
532 aa  114  6e-25  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2014  aerotaxis receptor  44.09 
 
 
521 aa  114  7.999999999999999e-25  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1520  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  44.36 
 
 
543 aa  114  8.999999999999998e-25  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.112151 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2372  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  42.42 
 
 
579 aa  113  1.0000000000000001e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2406  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  48.72 
 
 
566 aa  113  1.0000000000000001e-24  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1536  methyl-accepting chemotaxis protein  49.54 
 
 
716 aa  113  1.0000000000000001e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.566253  normal  0.284447 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4269  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  43.31 
 
 
556 aa  112  2.0000000000000002e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1621  methyl-accepting chemotaxis protein  44.53 
 
 
513 aa  112  2.0000000000000002e-24  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.113175  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1902  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  44 
 
 
521 aa  112  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00326538  normal  0.948878 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3406  PAS  43.31 
 
 
521 aa  112  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.387271  normal  0.671486 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3295  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  41.09 
 
 
519 aa  112  2.0000000000000002e-24  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_44300  aerotaxis receptor Aer  42.52 
 
 
521 aa  112  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0602  methyl-accepting chemotaxis protein  38.89 
 
 
536 aa  112  2.0000000000000002e-24  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2920  aerotaxis sensor receptor  42.75 
 
 
549 aa  112  2.0000000000000002e-24  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4064  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  42.52 
 
 
529 aa  112  2.0000000000000002e-24  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3951  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  42.52 
 
 
529 aa  112  2.0000000000000002e-24  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.226395  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1867  chemotaxis sensory transducer  43.31 
 
 
714 aa  112  2.0000000000000002e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.133032 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3559  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  37.59 
 
 
511 aa  112  2.0000000000000002e-24  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1984  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  39.72 
 
 
954 aa  112  3e-24  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0580  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  41.13 
 
 
521 aa  111  4.0000000000000004e-24  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.0413099 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2224  putative PAS/PAC sensor protein  44.25 
 
 
142 aa  111  4.0000000000000004e-24  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.243121  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1532  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  45.16 
 
 
853 aa  111  4.0000000000000004e-24  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.103077 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1385  methyl-accepting chemotaxis protein  39.84 
 
 
520 aa  111  5e-24  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0120  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  39.13 
 
 
519 aa  111  5e-24  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0583  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  43.94 
 
 
524 aa  111  5e-24  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.344402 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3447  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  43.94 
 
 
524 aa  111  5e-24  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0839  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  39.13 
 
 
511 aa  111  6e-24  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>