More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Coch_1378 on replicon NC_013162
Organism: Capnocytophaga ochracea DSM 7271



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013162  Coch_1378  putative PAS/PAC sensor protein  100 
 
 
200 aa  412  1e-114  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1964  putative PAS/PAC sensor protein  52.27 
 
 
229 aa  207  6e-53  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.705516  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2525  putative PAS/PAC sensor protein  53.07 
 
 
208 aa  205  3e-52  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0659487  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1521  putative PAS/PAC sensor protein  45.36 
 
 
228 aa  196  3e-49  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.950455  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1522  PAS sensor protein  45.69 
 
 
225 aa  195  3e-49  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.533099  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2936  putative PAS/PAC sensor protein  48.57 
 
 
201 aa  189  2e-47  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.178135  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1223  signal-transduction sensor protein  36.27 
 
 
189 aa  152  2.9999999999999998e-36  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.658782  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0158  PAS sensor protein  39.39 
 
 
170 aa  128  7.000000000000001e-29  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00559927  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1071  putative PAS/PAC sensor protein  34.52 
 
 
178 aa  123  2e-27  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1233  methyl-accepting chemotaxis protein  37.04 
 
 
166 aa  122  4e-27  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1393  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  33.14 
 
 
182 aa  122  5e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.959449 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4975  putative PAS/PAC sensor protein  33.33 
 
 
178 aa  120  9.999999999999999e-27  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.161434  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1962  methyl-accepting chemotaxis protein  38.51 
 
 
166 aa  118  6e-26  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4662  putative PAS/PAC sensor protein  33.14 
 
 
168 aa  117  9.999999999999999e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.193201 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4977  putative PAS/PAC sensor protein  31.55 
 
 
177 aa  117  1.9999999999999998e-25  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.13761  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1413  putative PAS/PAC sensor protein  32.14 
 
 
185 aa  116  1.9999999999999998e-25  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.026067  normal 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1012  methyl-accepting chemotaxis protein  37.04 
 
 
171 aa  115  3.9999999999999997e-25  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.63093  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0044  putative PAS/PAC sensor protein  37.75 
 
 
162 aa  112  4.0000000000000004e-24  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4683  putative PAS/PAC sensor protein  32.14 
 
 
173 aa  111  9e-24  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0920  putative PAS/PAC sensor protein  36.81 
 
 
170 aa  108  4.0000000000000004e-23  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0368  PAS sensor protein  36.25 
 
 
168 aa  108  5e-23  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.580475  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3464  transcriptional regulator  33.52 
 
 
174 aa  105  4e-22  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1897  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  43.36 
 
 
1170 aa  100  1e-20  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2378  transcriptional regulator  31.43 
 
 
174 aa  98.2  8e-20  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2812  putative PAS/PAC sensor protein  40.46 
 
 
166 aa  97.1  1e-19  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.494423  decreased coverage  0.000000324615 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1312  putative PAS/PAC sensor protein  30.81 
 
 
174 aa  97.4  1e-19  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.723682  normal  0.171791 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2094  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  37.34 
 
 
511 aa  97.1  2e-19  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4009  PAS  37.1 
 
 
172 aa  97.1  2e-19  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003912  CJE1323  methyl-accepting chemotaxis protein  32.72 
 
 
165 aa  96.3  3e-19  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2406  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  46.94 
 
 
566 aa  96.3  3e-19  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1204  methyl-accepting chemotaxis protein  32.72 
 
 
165 aa  96.3  3e-19  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2292  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  41.67 
 
 
517 aa  95.1  6e-19  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0964  putative PAS domain signal transduction sensor protein  32.32 
 
 
163 aa  94.7  8e-19  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.695373  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0725  putative methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  30.17 
 
 
495 aa  94  1e-18  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0540  methyl-accepting chemotaxis protein  32.52 
 
 
166 aa  93.6  2e-18  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1125  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  35.25 
 
 
532 aa  92.8  3e-18  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0659  putative PAS/PAC sensor protein  36.57 
 
 
164 aa  92.8  3e-18  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3559  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  40.19 
 
 
511 aa  92.4  4e-18  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2577  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  33.55 
 
 
524 aa  92.4  4e-18  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1536  methyl-accepting chemotaxis protein  40.65 
 
 
716 aa  92  5e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.566253  normal  0.284447 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1987  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with PAS/Pac sensor  36.43 
 
 
518 aa  92  5e-18  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.185607  normal  0.0170041 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4792  putative PAS/PAC sensor protein  29.07 
 
 
174 aa  92  5e-18  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1871  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  34.93 
 
 
716 aa  91.7  7e-18  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3399  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  39.13 
 
 
511 aa  91.3  9e-18  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3403  PAS sensor protein  29.24 
 
 
189 aa  90.5  1e-17  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.263742  normal  0.531721 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0223  PAS  42.86 
 
 
1214 aa  90.5  1e-17  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0963  putative PAS domain signal transduction sensor protein  32.89 
 
 
163 aa  90.9  1e-17  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.598174  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS03711  methyl-accepting chemotaxis transducer transmembrane protein  40.82 
 
 
529 aa  90.1  2e-17  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.784638  normal  0.611118 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2920  aerotaxis sensor receptor  38.69 
 
 
549 aa  89.7  2e-17  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2113  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  48.15 
 
 
550 aa  90.1  2e-17  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0729  PAS  39.82 
 
 
945 aa  90.1  2e-17  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0635035  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2405  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer, Pas/Pac sensor  44.44 
 
 
514 aa  90.1  2e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.0000957151  normal  0.313744 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3908  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  28.49 
 
 
174 aa  90.1  2e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02941  fused signal transducer for aerotaxis sensory component/methyl accepting chemotaxis component  38.13 
 
 
506 aa  89.7  3e-17  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0629  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  38.13 
 
 
506 aa  89.7  3e-17  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3253  aerotaxis receptor  38.13 
 
 
506 aa  89.7  3e-17  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02891  hypothetical protein  38.13 
 
 
506 aa  89.7  3e-17  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1860  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  45.65 
 
 
524 aa  89.7  3e-17  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0839  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  37.31 
 
 
511 aa  89.7  3e-17  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1802  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  42.98 
 
 
515 aa  89  4e-17  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0853497  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2690  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with PAS/Pac sensor  44.57 
 
 
524 aa  89  4e-17  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.487789  normal 
 
 
-
 
NC_003912  CJE1325  methyl-accepting chemotaxis protein  30.49 
 
 
164 aa  89  5e-17  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.0735034  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4907  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  44.44 
 
 
514 aa  88.6  6e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3407  aerotaxis receptor  40.16 
 
 
506 aa  88.6  6e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5363  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  44.44 
 
 
514 aa  88.6  6e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0430629  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0553  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  38.46 
 
 
888 aa  88.6  6e-17  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3403  aerotaxis receptor  37.32 
 
 
506 aa  88.6  6e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3573  aerotaxis receptor  37.32 
 
 
506 aa  88.6  6e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0352648  normal  0.227962 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3003  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  44.44 
 
 
535 aa  88.2  7e-17  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2845  methyl-accepting chemotaxis protein  36.13 
 
 
526 aa  87.8  8e-17  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.208852 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3366  aerotaxis receptor  37.41 
 
 
506 aa  88.2  8e-17  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.775088  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3538  aerotaxis receptor  37.41 
 
 
506 aa  88.2  8e-17  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.840702  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3508  aerotaxis receptor  37.41 
 
 
506 aa  88.2  8e-17  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1618  methyl-accepting chemotaxis protein  36.13 
 
 
526 aa  88.2  8e-17  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3511  aerotaxis receptor  36.62 
 
 
506 aa  87.8  9e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000000402751 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3477  aerotaxis receptor  36.62 
 
 
506 aa  87.8  9e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3219  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  43.18 
 
 
516 aa  87.8  9e-17  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.1353  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1214  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  41.67 
 
 
527 aa  87.4  1e-16  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp1224  aerotaxis sensor receptor transmembrane protein  44.32 
 
 
514 aa  87.4  1e-16  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.229455  normal  0.54431 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0376  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  37.4 
 
 
412 aa  87.4  1e-16  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.439809  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0628  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  37.41 
 
 
506 aa  87.8  1e-16  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4927  methyl-accepting chemotaxis protein/sensory box protein  36.57 
 
 
511 aa  86.7  2e-16  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1630  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  43.75 
 
 
521 aa  86.7  2e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.814601 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1196  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  35.97 
 
 
522 aa  86.7  2e-16  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0268  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  44.32 
 
 
514 aa  87  2e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.723346 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1933  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  37.31 
 
 
598 aa  86.7  2e-16  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1726  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  36.13 
 
 
526 aa  87  2e-16  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4385  aerotaxis receptor  40.34 
 
 
506 aa  87  2e-16  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.472426  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1385  methyl-accepting chemotaxis protein  35.97 
 
 
520 aa  86.3  3e-16  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3735  PAS  48.68 
 
 
521 aa  86.3  3e-16  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.065462 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1363  PAS  36.84 
 
 
544 aa  86.3  3e-16  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000284571 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0927  methyl-accepting chemotaxis protein  36.94 
 
 
623 aa  86.3  3e-16  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1520  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  38.14 
 
 
543 aa  86.3  3e-16  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.112151 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0749  aerotaxis sensor receptor  36.94 
 
 
669 aa  86.3  3e-16  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1618  chemotaxis sensory transducer  43.48 
 
 
557 aa  85.5  4e-16  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.126465 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2987  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  44.57 
 
 
522 aa  85.5  4e-16  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0805  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  37.88 
 
 
511 aa  85.9  4e-16  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3595  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  36.84 
 
 
515 aa  85.9  4e-16  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3527  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  39.5 
 
 
506 aa  85.5  5e-16  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.538358 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1390  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  37.5 
 
 
534 aa  85.5  5e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>