More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_3908 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007958  RPD_3908  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  100 
 
 
174 aa  366  1e-101  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1312  putative PAS/PAC sensor protein  81.61 
 
 
174 aa  308  2e-83  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.723682  normal  0.171791 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4792  putative PAS/PAC sensor protein  79.31 
 
 
174 aa  308  2.9999999999999997e-83  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1393  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  54.65 
 
 
182 aa  213  9.999999999999999e-55  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.959449 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4683  putative PAS/PAC sensor protein  53.85 
 
 
173 aa  211  3.9999999999999995e-54  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1413  putative PAS/PAC sensor protein  55.23 
 
 
185 aa  210  7.999999999999999e-54  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.026067  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2378  transcriptional regulator  54.39 
 
 
174 aa  208  4e-53  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4662  putative PAS/PAC sensor protein  54.49 
 
 
168 aa  202  2e-51  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.193201 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1071  putative PAS/PAC sensor protein  52.94 
 
 
178 aa  197  7.999999999999999e-50  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3403  PAS sensor protein  52.07 
 
 
189 aa  195  2.0000000000000003e-49  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.263742  normal  0.531721 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4977  putative PAS/PAC sensor protein  51.76 
 
 
177 aa  193  8.000000000000001e-49  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.13761  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4975  putative PAS/PAC sensor protein  50.59 
 
 
178 aa  187  7e-47  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.161434  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3464  transcriptional regulator  45.98 
 
 
174 aa  178  4e-44  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4009  PAS  46.75 
 
 
172 aa  173  9.999999999999999e-43  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_05500  PAS domain S-box  47.34 
 
 
194 aa  170  7.999999999999999e-42  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.414164  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0920  putative PAS/PAC sensor protein  48.55 
 
 
170 aa  169  1e-41  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1323  methyl-accepting chemotaxis protein  43.56 
 
 
165 aa  158  3e-38  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1204  methyl-accepting chemotaxis protein  43.56 
 
 
165 aa  158  3e-38  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0368  PAS sensor protein  43.79 
 
 
168 aa  154  6e-37  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.580475  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1233  methyl-accepting chemotaxis protein  45.51 
 
 
166 aa  153  9e-37  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0540  methyl-accepting chemotaxis protein  42.68 
 
 
166 aa  151  5e-36  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1962  methyl-accepting chemotaxis protein  44.23 
 
 
166 aa  150  1e-35  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0044  putative PAS/PAC sensor protein  41.14 
 
 
162 aa  149  2e-35  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1206  methyl-accepting chemotaxis protein  42.24 
 
 
164 aa  147  8e-35  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0964  putative PAS domain signal transduction sensor protein  41.72 
 
 
163 aa  144  4.0000000000000006e-34  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.695373  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1325  methyl-accepting chemotaxis protein  40.99 
 
 
164 aa  144  9e-34  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.0735034  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2233  putative PAS/PAC sensor protein  41.51 
 
 
177 aa  142  3e-33  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.17522 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0158  PAS sensor protein  40.59 
 
 
170 aa  140  7e-33  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00559927  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0963  putative PAS domain signal transduction sensor protein  42.58 
 
 
163 aa  137  7.999999999999999e-32  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.598174  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0659  putative PAS/PAC sensor protein  47.66 
 
 
164 aa  129  3e-29  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1012  methyl-accepting chemotaxis protein  37.27 
 
 
171 aa  127  8.000000000000001e-29  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.63093  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6942  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  45.39 
 
 
566 aa  127  8.000000000000001e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.819674  normal 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1223  signal-transduction sensor protein  38.95 
 
 
189 aa  127  1.0000000000000001e-28  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.658782  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2984  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer, Pas/Pac sensor  44.68 
 
 
565 aa  126  2.0000000000000002e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2812  putative PAS/PAC sensor protein  45.11 
 
 
166 aa  125  3e-28  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.494423  decreased coverage  0.000000324615 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0725  putative methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  39.77 
 
 
495 aa  125  4.0000000000000003e-28  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1648  aerotaxis receptor  44.53 
 
 
521 aa  122  3e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3735  PAS  44.53 
 
 
521 aa  122  3e-27  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.065462 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2920  aerotaxis sensor receptor  45.8 
 
 
549 aa  121  6e-27  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3109  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  40.91 
 
 
522 aa  120  8e-27  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4269  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  45.38 
 
 
556 aa  120  8e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1520  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  44.44 
 
 
543 aa  120  8e-27  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.112151 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3406  PAS  44.35 
 
 
521 aa  119  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.387271  normal  0.671486 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4027  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  43.65 
 
 
521 aa  119  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.664053  normal  0.0821551 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1294  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  44.62 
 
 
575 aa  119  1.9999999999999998e-26  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00873235 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3595  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  39.39 
 
 
515 aa  118  3.9999999999999996e-26  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1800  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  43.65 
 
 
521 aa  118  3.9999999999999996e-26  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.258308  normal  0.504821 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3682  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  45.11 
 
 
552 aa  118  4.9999999999999996e-26  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.0302709 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1888  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  42.75 
 
 
521 aa  117  6e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.378373  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2113  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  42.96 
 
 
550 aa  117  6e-26  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1390  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  43.65 
 
 
534 aa  117  6e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3481  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  43.41 
 
 
521 aa  117  6e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.41765 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4521  aerotaxis receptor, putative  43.65 
 
 
521 aa  117  7e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1902  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  41.94 
 
 
521 aa  117  7.999999999999999e-26  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00326538  normal  0.948878 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2014  aerotaxis receptor  41.27 
 
 
521 aa  117  9.999999999999999e-26  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1630  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  43.55 
 
 
521 aa  117  9.999999999999999e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.814601 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2257  aerotaxis receptor Aer-1  42.75 
 
 
521 aa  116  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.215452  normal  0.0215353 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3460  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  38.51 
 
 
520 aa  115  1.9999999999999998e-25  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1324  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  44.09 
 
 
523 aa  115  3e-25  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.587106  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4658  chemotaxis sensory transducer, Pas/Pac sensor  44.44 
 
 
529 aa  115  3e-25  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2111  aerotaxis receptor Aer-2  41.13 
 
 
521 aa  115  3.9999999999999997e-25  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.0317394 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2390  methyl-accepting chemotaxis protein  37.76 
 
 
580 aa  114  6e-25  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.790589  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2685  methyl-accepting chemotaxis protein  37.76 
 
 
580 aa  114  6e-25  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.394636  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0264  methyl-accepting chemotaxis protein  37.76 
 
 
580 aa  114  6e-25  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2473  methyl-accepting chemotaxis protein  37.76 
 
 
580 aa  114  6e-25  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0974  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  46.67 
 
 
532 aa  114  6e-25  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0760  aerotaxis sensor receptor  37.76 
 
 
583 aa  114  6.9999999999999995e-25  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1653  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  40.32 
 
 
521 aa  114  6.9999999999999995e-25  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.976535  normal  0.292811 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3628  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  40.32 
 
 
521 aa  114  6.9999999999999995e-25  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1618  chemotaxis sensory transducer  44.53 
 
 
557 aa  114  8.999999999999998e-25  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.126465 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0927  methyl-accepting chemotaxis protein  37.76 
 
 
623 aa  114  8.999999999999998e-25  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0749  aerotaxis sensor receptor  37.76 
 
 
669 aa  113  1.0000000000000001e-24  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_44300  aerotaxis receptor Aer  41.32 
 
 
521 aa  113  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_24380  aerotaxis receptor Aer  39.55 
 
 
567 aa  113  1.0000000000000001e-24  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0650163  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3270  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  38.93 
 
 
532 aa  112  2.0000000000000002e-24  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.415489  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0618  methyl-accepting chemotaxis protein  37.76 
 
 
583 aa  113  2.0000000000000002e-24  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2372  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  39.86 
 
 
579 aa  112  2.0000000000000002e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3813  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  42.4 
 
 
521 aa  112  3e-24  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.629648  normal  0.0156802 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1833  chemotaxis sensory transducer, Pas/Pac sensor  41.13 
 
 
521 aa  112  3e-24  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.884809  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0389  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  38.64 
 
 
419 aa  112  4.0000000000000004e-24  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0064  PAS sensor protein  35.09 
 
 
456 aa  111  6e-24  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.106866  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3295  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  42.22 
 
 
519 aa  111  7.000000000000001e-24  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1933  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  42.86 
 
 
598 aa  110  8.000000000000001e-24  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4064  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  36.77 
 
 
529 aa  110  1.0000000000000001e-23  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3951  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  36.77 
 
 
529 aa  110  1.0000000000000001e-23  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.226395  normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3590  glutathionylspermidine synthase  39.38 
 
 
423 aa  110  1.0000000000000001e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0189919  normal  0.320323 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0580  hypothetical protein  41.09 
 
 
407 aa  110  1.0000000000000001e-23  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.376144  hitchhiker  0.000000596414 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3770  aerotaxis receptor Aer  38.84 
 
 
521 aa  109  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2648  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  41.35 
 
 
520 aa  109  2.0000000000000002e-23  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1214  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  40.98 
 
 
527 aa  109  2.0000000000000002e-23  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1652  putative PAS/PAC sensor protein  40.8 
 
 
127 aa  109  2.0000000000000002e-23  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.129926  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5286  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  45.24 
 
 
519 aa  107  8.000000000000001e-23  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.982796  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2936  putative PAS/PAC sensor protein  33.91 
 
 
201 aa  106  1e-22  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.178135  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2577  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  35.97 
 
 
524 aa  106  1e-22  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1522  PAS sensor protein  33.14 
 
 
225 aa  106  2e-22  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.533099  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2908  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  36.17 
 
 
561 aa  105  3e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.07018 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0120  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  43.55 
 
 
519 aa  105  4e-22  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2452  PAS  40.94 
 
 
518 aa  104  5e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.952184  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0262  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  39.69 
 
 
524 aa  104  6e-22  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3127  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  38.4 
 
 
515 aa  103  9e-22  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>