More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_1071 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007778  RPB_1071  putative PAS/PAC sensor protein  100 
 
 
178 aa  369  1e-101  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4975  putative PAS/PAC sensor protein  85.39 
 
 
178 aa  320  6e-87  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.161434  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4977  putative PAS/PAC sensor protein  71.26 
 
 
177 aa  281  4.0000000000000003e-75  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.13761  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4683  putative PAS/PAC sensor protein  65.52 
 
 
173 aa  252  2.0000000000000002e-66  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1413  putative PAS/PAC sensor protein  66.07 
 
 
185 aa  248  4e-65  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.026067  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1393  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  64.12 
 
 
182 aa  245  2e-64  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.959449 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4662  putative PAS/PAC sensor protein  62.5 
 
 
168 aa  236  9e-62  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.193201 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1312  putative PAS/PAC sensor protein  53.53 
 
 
174 aa  202  2e-51  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.723682  normal  0.171791 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4792  putative PAS/PAC sensor protein  51.46 
 
 
174 aa  197  5e-50  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3908  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  52.94 
 
 
174 aa  197  9e-50  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2378  transcriptional regulator  52.35 
 
 
174 aa  189  2e-47  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3403  PAS sensor protein  50.59 
 
 
189 aa  185  4e-46  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.263742  normal  0.531721 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4009  PAS  50.57 
 
 
172 aa  178  2.9999999999999997e-44  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0920  putative PAS/PAC sensor protein  48.55 
 
 
170 aa  175  2e-43  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_05500  PAS domain S-box  47.16 
 
 
194 aa  175  3e-43  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.414164  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3464  transcriptional regulator  49.41 
 
 
174 aa  172  1.9999999999999998e-42  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0044  putative PAS/PAC sensor protein  50.31 
 
 
162 aa  169  3e-41  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1233  methyl-accepting chemotaxis protein  47.31 
 
 
166 aa  166  2e-40  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1962  methyl-accepting chemotaxis protein  46.71 
 
 
166 aa  165  2.9999999999999998e-40  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1206  methyl-accepting chemotaxis protein  48.19 
 
 
164 aa  164  5e-40  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1204  methyl-accepting chemotaxis protein  42.6 
 
 
165 aa  161  4.0000000000000004e-39  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1323  methyl-accepting chemotaxis protein  42.6 
 
 
165 aa  161  4.0000000000000004e-39  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1325  methyl-accepting chemotaxis protein  46.99 
 
 
164 aa  160  1e-38  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.0735034  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0368  PAS sensor protein  47.95 
 
 
168 aa  158  3e-38  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.580475  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0540  methyl-accepting chemotaxis protein  42.35 
 
 
166 aa  157  6e-38  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0158  PAS sensor protein  44.97 
 
 
170 aa  156  1e-37  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00559927  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0964  putative PAS domain signal transduction sensor protein  44.05 
 
 
163 aa  154  5.0000000000000005e-37  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.695373  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2233  putative PAS/PAC sensor protein  43.6 
 
 
177 aa  149  2e-35  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.17522 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1521  putative PAS/PAC sensor protein  36.47 
 
 
228 aa  140  9.999999999999999e-33  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.950455  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1012  methyl-accepting chemotaxis protein  39.62 
 
 
171 aa  139  1.9999999999999998e-32  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.63093  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2525  putative PAS/PAC sensor protein  38.12 
 
 
208 aa  137  6e-32  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0659487  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1520  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  48.92 
 
 
543 aa  135  2e-31  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.112151 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1294  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  48.15 
 
 
575 aa  134  5e-31  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00873235 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3460  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  49.19 
 
 
520 aa  134  6.0000000000000005e-31  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1324  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  48.76 
 
 
523 aa  134  7.000000000000001e-31  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.587106  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0963  putative PAS domain signal transduction sensor protein  41.21 
 
 
163 aa  133  9.999999999999999e-31  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.598174  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1648  aerotaxis receptor  47.66 
 
 
521 aa  133  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2984  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer, Pas/Pac sensor  47.83 
 
 
565 aa  132  1.9999999999999998e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0974  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  48.44 
 
 
532 aa  130  7.999999999999999e-30  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0659  putative PAS/PAC sensor protein  49.21 
 
 
164 aa  130  1.0000000000000001e-29  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3735  PAS  46.88 
 
 
521 aa  130  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.065462 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6942  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  48.44 
 
 
566 aa  129  2.0000000000000002e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.819674  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3595  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  44.44 
 
 
515 aa  129  2.0000000000000002e-29  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2936  putative PAS/PAC sensor protein  36.69 
 
 
201 aa  129  2.0000000000000002e-29  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.178135  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1223  signal-transduction sensor protein  39.18 
 
 
189 aa  129  3e-29  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.658782  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2648  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  45.07 
 
 
520 aa  128  3e-29  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1902  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  46.31 
 
 
521 aa  128  5.0000000000000004e-29  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00326538  normal  0.948878 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0532  putative methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  46.92 
 
 
523 aa  127  1.0000000000000001e-28  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.0374128 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2812  putative PAS/PAC sensor protein  45.11 
 
 
166 aa  127  1.0000000000000001e-28  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.494423  decreased coverage  0.000000324615 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2452  PAS  44.52 
 
 
518 aa  127  1.0000000000000001e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.952184  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1522  PAS sensor protein  32.94 
 
 
225 aa  127  1.0000000000000001e-28  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.533099  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2113  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  50.4 
 
 
550 aa  126  2.0000000000000002e-28  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4269  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  46.88 
 
 
556 aa  126  2.0000000000000002e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3481  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  46.62 
 
 
521 aa  126  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.41765 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2920  aerotaxis sensor receptor  48.97 
 
 
549 aa  126  2.0000000000000002e-28  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1888  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  46.92 
 
 
521 aa  126  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.378373  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0223  PAS  48.33 
 
 
1214 aa  125  3e-28  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1800  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  48.21 
 
 
521 aa  125  3e-28  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.258308  normal  0.504821 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3109  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  44.44 
 
 
522 aa  125  4.0000000000000003e-28  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2257  aerotaxis receptor Aer-1  46.62 
 
 
521 aa  124  5e-28  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.215452  normal  0.0215353 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4521  aerotaxis receptor, putative  47.66 
 
 
521 aa  125  5e-28  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2577  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  45.76 
 
 
524 aa  124  5e-28  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_44300  aerotaxis receptor Aer  47.2 
 
 
521 aa  124  6e-28  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1390  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  47.66 
 
 
534 aa  124  6e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2014  aerotaxis receptor  42.76 
 
 
521 aa  124  7e-28  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1532  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  46.97 
 
 
853 aa  124  9e-28  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.103077 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1378  putative PAS/PAC sensor protein  34.52 
 
 
200 aa  123  1e-27  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2159  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  45.31 
 
 
523 aa  123  2e-27  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.416992  normal  0.881373 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3295  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  45.93 
 
 
519 aa  123  2e-27  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3770  aerotaxis receptor Aer  47.2 
 
 
521 aa  122  2e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1871  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  44.83 
 
 
716 aa  122  2e-27  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0729  PAS  49.54 
 
 
945 aa  122  3e-27  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0635035  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1653  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  46.43 
 
 
521 aa  122  3e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.976535  normal  0.292811 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4027  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  46.88 
 
 
521 aa  122  3e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.664053  normal  0.0821551 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2111  aerotaxis receptor Aer-2  46.43 
 
 
521 aa  121  4e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.0317394 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1630  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  46.43 
 
 
521 aa  121  4e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.814601 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5601  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  50.91 
 
 
551 aa  122  4e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.510218  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3628  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  45.54 
 
 
521 aa  121  6e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0262  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  46.88 
 
 
524 aa  120  8e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0389  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  42.11 
 
 
419 aa  120  8e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3406  PAS  47.32 
 
 
521 aa  120  9.999999999999999e-27  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.387271  normal  0.671486 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0120  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  46.09 
 
 
519 aa  120  9.999999999999999e-27  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1933  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  44.44 
 
 
598 aa  119  1.9999999999999998e-26  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1964  putative PAS/PAC sensor protein  33.71 
 
 
229 aa  119  1.9999999999999998e-26  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.705516  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0250  methyl-accepting chemotaxis protein  43.75 
 
 
518 aa  119  1.9999999999999998e-26  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_24380  aerotaxis receptor Aer  44.17 
 
 
567 aa  119  3e-26  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0650163  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1987  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with PAS/Pac sensor  43.33 
 
 
518 aa  119  3e-26  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.185607  normal  0.0170041 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1125  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  50.94 
 
 
532 aa  119  3e-26  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1618  chemotaxis sensory transducer  47.5 
 
 
557 aa  118  3.9999999999999996e-26  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.126465 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2372  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  47.58 
 
 
579 aa  118  3.9999999999999996e-26  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1833  chemotaxis sensory transducer, Pas/Pac sensor  46.43 
 
 
521 aa  118  3.9999999999999996e-26  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.884809  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0995  putative methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  46.83 
 
 
517 aa  118  3.9999999999999996e-26  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4451  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  48.62 
 
 
531 aa  118  3.9999999999999996e-26  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2690  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with PAS/Pac sensor  45.31 
 
 
524 aa  118  4.9999999999999996e-26  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.487789  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06258  hypothetical protein  41.84 
 
 
520 aa  118  4.9999999999999996e-26  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4658  chemotaxis sensory transducer, Pas/Pac sensor  48.76 
 
 
529 aa  117  7e-26  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1652  putative PAS/PAC sensor protein  44.07 
 
 
127 aa  117  7e-26  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.129926  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1860  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  51.52 
 
 
524 aa  117  7e-26  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000496  methyl-accepting chemotaxis protein  41.73 
 
 
520 aa  117  9.999999999999999e-26  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0232366  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3447  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  43.75 
 
 
524 aa  117  9.999999999999999e-26  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>