More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Coch_1964 on replicon NC_013162
Organism: Capnocytophaga ochracea DSM 7271



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013162  Coch_1964  putative PAS/PAC sensor protein  100 
 
 
229 aa  472  1e-132  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.705516  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1521  putative PAS/PAC sensor protein  54.05 
 
 
228 aa  247  1e-64  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.950455  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1522  PAS sensor protein  47.53 
 
 
225 aa  231  7.000000000000001e-60  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.533099  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2525  putative PAS/PAC sensor protein  45.13 
 
 
208 aa  211  5.999999999999999e-54  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0659487  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1378  putative PAS/PAC sensor protein  52.27 
 
 
200 aa  207  1e-52  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2936  putative PAS/PAC sensor protein  50.88 
 
 
201 aa  183  2.0000000000000003e-45  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.178135  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1223  signal-transduction sensor protein  42.77 
 
 
189 aa  155  5.0000000000000005e-37  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.658782  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0158  PAS sensor protein  41.82 
 
 
170 aa  125  4.0000000000000003e-28  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00559927  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1071  putative PAS/PAC sensor protein  33.71 
 
 
178 aa  119  3e-26  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4683  putative PAS/PAC sensor protein  42.11 
 
 
173 aa  118  7e-26  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4975  putative PAS/PAC sensor protein  40.3 
 
 
178 aa  118  9e-26  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.161434  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1393  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  34.91 
 
 
182 aa  116  3e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.959449 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1962  methyl-accepting chemotaxis protein  38.18 
 
 
166 aa  116  3.9999999999999997e-25  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1413  putative PAS/PAC sensor protein  38.41 
 
 
185 aa  115  6e-25  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.026067  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4662  putative PAS/PAC sensor protein  39.26 
 
 
168 aa  114  1.0000000000000001e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.193201 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1233  methyl-accepting chemotaxis protein  36.42 
 
 
166 aa  113  2.0000000000000002e-24  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4977  putative PAS/PAC sensor protein  31.79 
 
 
177 aa  110  2.0000000000000002e-23  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.13761  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2378  transcriptional regulator  37.21 
 
 
174 aa  105  4e-22  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0920  putative PAS/PAC sensor protein  38.41 
 
 
170 aa  105  6e-22  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4009  PAS  36.71 
 
 
172 aa  104  1e-21  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3403  PAS sensor protein  32.18 
 
 
189 aa  103  3e-21  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.263742  normal  0.531721 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0368  PAS sensor protein  38.69 
 
 
168 aa  102  4e-21  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.580475  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1987  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with PAS/Pac sensor  49.44 
 
 
518 aa  100  2e-20  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.185607  normal  0.0170041 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1012  methyl-accepting chemotaxis protein  33.33 
 
 
171 aa  99.8  3e-20  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.63093  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1125  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  34.81 
 
 
532 aa  100  3e-20  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0044  putative PAS/PAC sensor protein  36.36 
 
 
162 aa  98.2  1e-19  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3464  transcriptional regulator  33.53 
 
 
174 aa  97.8  1e-19  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1897  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  48.91 
 
 
1170 aa  97.1  2e-19  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0964  putative PAS domain signal transduction sensor protein  33.33 
 
 
163 aa  96.7  3e-19  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.695373  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3023  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  37.84 
 
 
514 aa  95.5  5e-19  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0659  putative PAS/PAC sensor protein  44.68 
 
 
164 aa  95.5  7e-19  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1312  putative PAS/PAC sensor protein  33.73 
 
 
174 aa  95.1  8e-19  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.723682  normal  0.171791 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3219  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  50 
 
 
516 aa  95.1  8e-19  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.1353  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_05500  PAS domain S-box  29.07 
 
 
194 aa  95.1  9e-19  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.414164  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2987  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  51.32 
 
 
522 aa  94.4  1e-18  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0725  putative methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  33.09 
 
 
495 aa  94.7  1e-18  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2812  putative PAS/PAC sensor protein  39.69 
 
 
166 aa  93.6  2e-18  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.494423  decreased coverage  0.000000324615 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0963  putative PAS domain signal transduction sensor protein  34.67 
 
 
163 aa  94  2e-18  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.598174  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1196  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  47.83 
 
 
522 aa  93.6  2e-18  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2891  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  51.32 
 
 
522 aa  93.6  2e-18  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3908  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  32.78 
 
 
174 aa  93.2  3e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2808  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  51.32 
 
 
522 aa  93.6  3e-18  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2920  aerotaxis sensor receptor  39.86 
 
 
549 aa  92.8  4e-18  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3097  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  44.83 
 
 
522 aa  92.8  4e-18  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1280  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  44.83 
 
 
522 aa  92.4  5e-18  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal  0.160306 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3240  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  44.83 
 
 
533 aa  92.4  5e-18  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3595  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  38.68 
 
 
515 aa  92  7e-18  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2113  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  46.99 
 
 
550 aa  91.7  8e-18  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1204  methyl-accepting chemotaxis protein  32.14 
 
 
165 aa  91.7  9e-18  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1323  methyl-accepting chemotaxis protein  32.14 
 
 
165 aa  91.7  9e-18  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1520  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  46.59 
 
 
543 aa  91.7  9e-18  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.112151 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3087  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  44.83 
 
 
522 aa  91.7  9e-18  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1385  methyl-accepting chemotaxis protein  50 
 
 
520 aa  91.3  1e-17  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4792  putative PAS/PAC sensor protein  39.05 
 
 
174 aa  91.3  1e-17  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1618  chemotaxis sensory transducer  44.94 
 
 
557 aa  91.3  1e-17  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.126465 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5601  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  50 
 
 
551 aa  90.1  2e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.510218  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1325  methyl-accepting chemotaxis protein  35.88 
 
 
164 aa  89.7  3e-17  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.0735034  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1324  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  33.33 
 
 
523 aa  90.1  3e-17  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.587106  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0540  methyl-accepting chemotaxis protein  31.95 
 
 
166 aa  89.7  3e-17  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1487  PAS domain-containing protein  47.06 
 
 
158 aa  89.4  4e-17  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.0000133262  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0532  putative methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  44.57 
 
 
523 aa  89  5e-17  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.0374128 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2577  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  42.39 
 
 
524 aa  89  5e-17  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3511  aerotaxis receptor  34.42 
 
 
506 aa  89.4  5e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000000402751 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1871  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  42.39 
 
 
716 aa  89  5e-17  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3477  aerotaxis receptor  34.42 
 
 
506 aa  89.4  5e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3403  aerotaxis receptor  34.42 
 
 
506 aa  89  6e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4927  methyl-accepting chemotaxis protein/sensory box protein  44.32 
 
 
511 aa  89  6e-17  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3573  aerotaxis receptor  34.42 
 
 
506 aa  89  6e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0352648  normal  0.227962 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3682  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  42.86 
 
 
552 aa  89  6e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.0302709 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0974  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  33.33 
 
 
532 aa  88.6  7e-17  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0995  putative methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  42.59 
 
 
517 aa  88.6  8e-17  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1206  methyl-accepting chemotaxis protein  35.11 
 
 
164 aa  87.4  1e-16  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3109  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  38.06 
 
 
522 aa  87.8  1e-16  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3404  methyl-accepting chemotaxis protein  50 
 
 
522 aa  87  2e-16  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2372  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  43.16 
 
 
579 aa  87  2e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2726  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  50 
 
 
538 aa  87  2e-16  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3519  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  47.37 
 
 
514 aa  87  2e-16  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1933  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  40.37 
 
 
598 aa  87.4  2e-16  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1149  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  48.68 
 
 
522 aa  87  2e-16  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.737349  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3407  aerotaxis receptor  33.77 
 
 
506 aa  87.4  2e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0376  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  42.59 
 
 
412 aa  86.3  3e-16  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.439809  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1282  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  50 
 
 
522 aa  86.7  3e-16  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.13527  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3073  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  50 
 
 
522 aa  86.7  3e-16  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000166485 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1150  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  48.68 
 
 
522 aa  86.7  3e-16  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3270  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  32.14 
 
 
532 aa  86.7  3e-16  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.415489  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1317  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  50 
 
 
522 aa  86.3  3e-16  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.0176898 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1238  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  50 
 
 
522 aa  86.7  3e-16  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0615962  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0130  PAS sensor protein  48.65 
 
 
451 aa  85.9  4e-16  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0729  PAS  38.68 
 
 
945 aa  85.9  5e-16  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0635035  normal 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1652  putative PAS/PAC sensor protein  37.07 
 
 
127 aa  85.9  5e-16  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.129926  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2780  aerotaxis sensor receptor  46.05 
 
 
564 aa  85.5  6e-16  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1220  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  48.68 
 
 
522 aa  85.5  6e-16  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1214  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  45.12 
 
 
527 aa  85.5  6e-16  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3406  PAS  39.78 
 
 
521 aa  85.1  7e-16  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.387271  normal  0.671486 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03783  Methyl-accepting chemotaxis protein (PAS/PAC and MSP doamins)  42.86 
 
 
527 aa  85.5  7e-16  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4269  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  47.56 
 
 
556 aa  85.5  7e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1648  aerotaxis receptor  38.32 
 
 
521 aa  85.1  9e-16  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4027  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  40.66 
 
 
521 aa  84.3  0.000000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.664053  normal  0.0821551 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4658  chemotaxis sensory transducer, Pas/Pac sensor  47.37 
 
 
529 aa  84.7  0.000000000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0254  PAS sensor protein  38.79 
 
 
836 aa  84.3  0.000000000000001  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>