More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_4683 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011004  Rpal_4683  putative PAS/PAC sensor protein  100 
 
 
173 aa  363  1e-100  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1393  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  85.8 
 
 
182 aa  315  3e-85  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.959449 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1413  putative PAS/PAC sensor protein  86.23 
 
 
185 aa  310  5.999999999999999e-84  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.026067  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4662  putative PAS/PAC sensor protein  80.24 
 
 
168 aa  295  2e-79  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.193201 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1071  putative PAS/PAC sensor protein  65.52 
 
 
178 aa  252  2.0000000000000002e-66  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4975  putative PAS/PAC sensor protein  64.37 
 
 
178 aa  248  4e-65  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.161434  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4977  putative PAS/PAC sensor protein  65.29 
 
 
177 aa  247  6e-65  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.13761  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1312  putative PAS/PAC sensor protein  55.62 
 
 
174 aa  222  2e-57  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.723682  normal  0.171791 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4792  putative PAS/PAC sensor protein  55.29 
 
 
174 aa  218  3.9999999999999997e-56  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2378  transcriptional regulator  57.4 
 
 
174 aa  214  5e-55  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3908  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  53.85 
 
 
174 aa  211  2.9999999999999995e-54  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3464  transcriptional regulator  50.3 
 
 
174 aa  192  2e-48  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4009  PAS  49.13 
 
 
172 aa  188  2.9999999999999997e-47  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3403  PAS sensor protein  47.34 
 
 
189 aa  177  4.999999999999999e-44  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.263742  normal  0.531721 
 
 
-
 
NC_003912  CJE1323  methyl-accepting chemotaxis protein  48.47 
 
 
165 aa  176  1e-43  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1204  methyl-accepting chemotaxis protein  48.47 
 
 
165 aa  176  1e-43  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0920  putative PAS/PAC sensor protein  48.28 
 
 
170 aa  174  4e-43  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_05500  PAS domain S-box  46.2 
 
 
194 aa  170  1e-41  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.414164  normal 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0540  methyl-accepting chemotaxis protein  47.56 
 
 
166 aa  169  2e-41  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0964  putative PAS domain signal transduction sensor protein  50.31 
 
 
163 aa  166  1e-40  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.695373  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1233  methyl-accepting chemotaxis protein  50 
 
 
166 aa  165  2e-40  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1962  methyl-accepting chemotaxis protein  47.85 
 
 
166 aa  165  2e-40  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0368  PAS sensor protein  47.95 
 
 
168 aa  165  2.9999999999999998e-40  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.580475  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1325  methyl-accepting chemotaxis protein  48.47 
 
 
164 aa  165  2.9999999999999998e-40  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.0735034  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1206  methyl-accepting chemotaxis protein  47.85 
 
 
164 aa  163  9e-40  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0044  putative PAS/PAC sensor protein  45.86 
 
 
162 aa  158  3e-38  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2233  putative PAS/PAC sensor protein  46.2 
 
 
177 aa  157  7e-38  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.17522 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0963  putative PAS domain signal transduction sensor protein  43.56 
 
 
163 aa  153  1e-36  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.598174  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0158  PAS sensor protein  44.79 
 
 
170 aa  152  2.9999999999999998e-36  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00559927  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1223  signal-transduction sensor protein  40.94 
 
 
189 aa  140  9.999999999999999e-33  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.658782  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2525  putative PAS/PAC sensor protein  40.24 
 
 
208 aa  138  3.9999999999999997e-32  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0659487  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1012  methyl-accepting chemotaxis protein  40.88 
 
 
171 aa  135  4e-31  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.63093  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2812  putative PAS/PAC sensor protein  48.18 
 
 
166 aa  134  5e-31  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.494423  decreased coverage  0.000000324615 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3595  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  45.52 
 
 
515 aa  134  8e-31  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6942  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  49.62 
 
 
566 aa  132  1.9999999999999998e-30  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.819674  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2936  putative PAS/PAC sensor protein  39.52 
 
 
201 aa  132  1.9999999999999998e-30  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.178135  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1888  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  48.25 
 
 
521 aa  132  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.378373  normal 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1521  putative PAS/PAC sensor protein  39.43 
 
 
228 aa  132  3e-30  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.950455  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0729  PAS  49.62 
 
 
945 aa  132  3e-30  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0635035  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3481  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  48.25 
 
 
521 aa  132  3e-30  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.41765 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2984  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer, Pas/Pac sensor  48.12 
 
 
565 aa  129  2.0000000000000002e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2257  aerotaxis receptor Aer-1  47.55 
 
 
521 aa  129  3e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.215452  normal  0.0215353 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1648  aerotaxis receptor  43.17 
 
 
521 aa  127  6e-29  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4269  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  46.92 
 
 
556 aa  127  7.000000000000001e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1618  chemotaxis sensory transducer  48.53 
 
 
557 aa  127  8.000000000000001e-29  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.126465 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3109  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  45.59 
 
 
522 aa  126  1.0000000000000001e-28  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3735  PAS  44.12 
 
 
521 aa  126  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.065462 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1800  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  43.24 
 
 
521 aa  126  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.258308  normal  0.504821 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2577  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  48.46 
 
 
524 aa  125  3e-28  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0532  putative methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  48.8 
 
 
523 aa  124  5e-28  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.0374128 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0659  putative PAS/PAC sensor protein  47.66 
 
 
164 aa  124  5e-28  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0223  PAS  47.24 
 
 
1214 aa  123  1e-27  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0389  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  42.57 
 
 
419 aa  123  1e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1522  PAS sensor protein  40.74 
 
 
225 aa  123  1e-27  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.533099  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3813  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  44.85 
 
 
521 aa  122  2e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.629648  normal  0.0156802 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1867  chemotaxis sensory transducer  46.76 
 
 
714 aa  122  2e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.133032 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_24380  aerotaxis receptor Aer  43.28 
 
 
567 aa  122  3e-27  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0650163  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2113  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  42.96 
 
 
550 aa  122  3e-27  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1871  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  48.59 
 
 
716 aa  122  3e-27  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4027  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  44.78 
 
 
521 aa  122  3e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.664053  normal  0.0821551 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1902  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  45.89 
 
 
521 aa  121  4e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00326538  normal  0.948878 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4521  aerotaxis receptor, putative  44.78 
 
 
521 aa  121  5e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1520  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  45.19 
 
 
543 aa  121  5e-27  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.112151 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1294  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  44.53 
 
 
575 aa  121  5e-27  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00873235 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1390  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  44.78 
 
 
534 aa  121  6e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4658  chemotaxis sensory transducer, Pas/Pac sensor  47.76 
 
 
529 aa  120  7e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1933  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  44.93 
 
 
598 aa  120  8e-27  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0995  putative methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  47.58 
 
 
517 aa  120  9.999999999999999e-27  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5601  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  47.29 
 
 
551 aa  120  9.999999999999999e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.510218  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2726  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  43.75 
 
 
538 aa  119  1.9999999999999998e-26  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2648  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  40.4 
 
 
520 aa  119  1.9999999999999998e-26  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2920  aerotaxis sensor receptor  45.45 
 
 
549 aa  119  1.9999999999999998e-26  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0974  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  49.18 
 
 
532 aa  119  1.9999999999999998e-26  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2022  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  49.19 
 
 
748 aa  119  1.9999999999999998e-26  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1324  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  43.28 
 
 
523 aa  119  1.9999999999999998e-26  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.587106  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1964  putative PAS/PAC sensor protein  42.11 
 
 
229 aa  119  3e-26  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.705516  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2014  aerotaxis receptor  45.39 
 
 
521 aa  118  3e-26  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2987  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  43.28 
 
 
522 aa  118  3.9999999999999996e-26  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3295  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  42.96 
 
 
519 aa  118  4.9999999999999996e-26  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3406  PAS  41.67 
 
 
521 aa  117  7e-26  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.387271  normal  0.671486 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1984  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  47.79 
 
 
954 aa  117  7e-26  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3460  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  46.02 
 
 
520 aa  117  7e-26  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1385  methyl-accepting chemotaxis protein  44 
 
 
520 aa  117  7.999999999999999e-26  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3519  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  43.7 
 
 
514 aa  117  7.999999999999999e-26  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_44300  aerotaxis receptor Aer  44.44 
 
 
521 aa  117  9.999999999999999e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0120  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  46.15 
 
 
519 aa  117  9.999999999999999e-26  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2808  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  42.11 
 
 
522 aa  116  9.999999999999999e-26  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1214  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  44.44 
 
 
527 aa  116  9.999999999999999e-26  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38670  aerotaxis sesnor; AerP  48.25 
 
 
313 aa  116  1.9999999999999998e-25  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2406  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  49.57 
 
 
566 aa  115  1.9999999999999998e-25  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2372  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  43.94 
 
 
579 aa  116  1.9999999999999998e-25  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1536  methyl-accepting chemotaxis protein  50 
 
 
716 aa  116  1.9999999999999998e-25  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.566253  normal  0.284447 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1532  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  44.78 
 
 
853 aa  115  1.9999999999999998e-25  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.103077 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2891  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  42.11 
 
 
522 aa  116  1.9999999999999998e-25  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0839  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  41.79 
 
 
511 aa  115  3e-25  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0805  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  43.28 
 
 
511 aa  115  3e-25  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3770  aerotaxis receptor Aer  42.86 
 
 
521 aa  114  6e-25  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3951  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  35.71 
 
 
529 aa  114  6e-25  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.226395  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4064  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  35.71 
 
 
529 aa  114  6e-25  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3682  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  46.96 
 
 
552 aa  114  6e-25  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.0302709 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>