More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sked_05500 on replicon NC_013521
Organism: Sanguibacter keddieii DSM 10542



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013521  Sked_05500  PAS domain S-box  100 
 
 
194 aa  393  1e-108  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.414164  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2233  putative PAS/PAC sensor protein  52.3 
 
 
177 aa  195  3e-49  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.17522 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3403  PAS sensor protein  54.44 
 
 
189 aa  192  3e-48  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.263742  normal  0.531721 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1312  putative PAS/PAC sensor protein  48.54 
 
 
174 aa  181  6e-45  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.723682  normal  0.171791 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2378  transcriptional regulator  48.8 
 
 
174 aa  179  2e-44  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4975  putative PAS/PAC sensor protein  48.28 
 
 
178 aa  177  1e-43  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.161434  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1071  putative PAS/PAC sensor protein  47.16 
 
 
178 aa  175  3e-43  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4792  putative PAS/PAC sensor protein  47.34 
 
 
174 aa  172  3.9999999999999995e-42  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1393  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  47.65 
 
 
182 aa  171  5e-42  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.959449 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4683  putative PAS/PAC sensor protein  46.2 
 
 
173 aa  170  1e-41  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3908  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  47.34 
 
 
174 aa  170  1e-41  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4977  putative PAS/PAC sensor protein  47.7 
 
 
177 aa  168  4e-41  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.13761  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4009  PAS  45.56 
 
 
172 aa  168  4e-41  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0158  PAS sensor protein  45.68 
 
 
170 aa  165  4e-40  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00559927  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1413  putative PAS/PAC sensor protein  46.11 
 
 
185 aa  163  2.0000000000000002e-39  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.026067  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4662  putative PAS/PAC sensor protein  46.11 
 
 
168 aa  161  6e-39  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.193201 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0920  putative PAS/PAC sensor protein  42.6 
 
 
170 aa  158  5e-38  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1233  methyl-accepting chemotaxis protein  43.4 
 
 
166 aa  158  5e-38  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3464  transcriptional regulator  40.59 
 
 
174 aa  152  2.9999999999999998e-36  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1962  methyl-accepting chemotaxis protein  45.22 
 
 
166 aa  150  2e-35  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1323  methyl-accepting chemotaxis protein  40.49 
 
 
165 aa  149  4e-35  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1204  methyl-accepting chemotaxis protein  40.49 
 
 
165 aa  149  4e-35  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0540  methyl-accepting chemotaxis protein  42.33 
 
 
166 aa  147  6e-35  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0368  PAS sensor protein  43.95 
 
 
168 aa  144  7.0000000000000006e-34  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.580475  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0044  putative PAS/PAC sensor protein  42.94 
 
 
162 aa  144  9e-34  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1012  methyl-accepting chemotaxis protein  39.38 
 
 
171 aa  139  3e-32  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.63093  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1206  methyl-accepting chemotaxis protein  38.27 
 
 
164 aa  132  3e-30  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1325  methyl-accepting chemotaxis protein  38.27 
 
 
164 aa  131  6.999999999999999e-30  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.0735034  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0964  putative PAS domain signal transduction sensor protein  37.11 
 
 
163 aa  129  3e-29  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.695373  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0963  putative PAS domain signal transduction sensor protein  37.04 
 
 
163 aa  128  5.0000000000000004e-29  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.598174  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1223  signal-transduction sensor protein  39.02 
 
 
189 aa  125  3e-28  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.658782  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1536  methyl-accepting chemotaxis protein  45.11 
 
 
716 aa  121  8e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.566253  normal  0.284447 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1800  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  44 
 
 
521 aa  120  9e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.258308  normal  0.504821 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3109  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  37.42 
 
 
522 aa  120  9e-27  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1522  PAS sensor protein  36.99 
 
 
225 aa  119  1.9999999999999998e-26  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.533099  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1521  putative PAS/PAC sensor protein  33.33 
 
 
228 aa  120  1.9999999999999998e-26  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.950455  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3595  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  39.52 
 
 
515 aa  119  1.9999999999999998e-26  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1871  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  46.51 
 
 
716 aa  119  3e-26  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0729  PAS  50 
 
 
945 aa  118  7e-26  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0635035  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1867  chemotaxis sensory transducer  43.75 
 
 
714 aa  117  9.999999999999999e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.133032 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0725  putative methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  43.36 
 
 
495 aa  113  1.0000000000000001e-24  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2525  putative PAS/PAC sensor protein  35.29 
 
 
208 aa  113  2.0000000000000002e-24  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0659487  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4027  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  42.4 
 
 
521 aa  113  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.664053  normal  0.0821551 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2984  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer, Pas/Pac sensor  45.86 
 
 
565 aa  112  2.0000000000000002e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3813  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  43.2 
 
 
521 aa  112  3e-24  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.629648  normal  0.0156802 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2936  putative PAS/PAC sensor protein  34.3 
 
 
201 aa  112  4.0000000000000004e-24  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.178135  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4521  aerotaxis receptor, putative  43.75 
 
 
521 aa  111  5e-24  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1390  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  43.75 
 
 
534 aa  111  6e-24  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1618  chemotaxis sensory transducer  43.26 
 
 
557 aa  111  6e-24  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.126465 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0223  PAS  44.19 
 
 
1214 aa  111  7.000000000000001e-24  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6942  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  45.11 
 
 
566 aa  110  9e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.819674  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0064  PAS sensor protein  44.8 
 
 
456 aa  110  1.0000000000000001e-23  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.106866  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0532  putative methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  41.54 
 
 
523 aa  110  1.0000000000000001e-23  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.0374128 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1902  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  40.97 
 
 
521 aa  110  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00326538  normal  0.948878 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2022  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  45.9 
 
 
748 aa  110  1.0000000000000001e-23  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2113  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  44.92 
 
 
550 aa  109  2.0000000000000002e-23  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3481  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  41.67 
 
 
521 aa  109  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.41765 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0530  methyl-accepting chemotaxis protein  43.44 
 
 
569 aa  110  2.0000000000000002e-23  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.667624  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1888  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  41.67 
 
 
521 aa  110  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.378373  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0389  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  39.06 
 
 
419 aa  110  2.0000000000000002e-23  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2908  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  41.86 
 
 
561 aa  110  2.0000000000000002e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.07018 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1294  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  46.61 
 
 
575 aa  110  2.0000000000000002e-23  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00873235 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2372  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  45.76 
 
 
579 aa  109  3e-23  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1933  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  42.65 
 
 
598 aa  109  3e-23  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2920  aerotaxis sensor receptor  48 
 
 
549 aa  108  4.0000000000000004e-23  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1045  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  41.8 
 
 
564 aa  108  4.0000000000000004e-23  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1648  aerotaxis receptor  41.98 
 
 
521 aa  108  5e-23  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0974  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  46.03 
 
 
532 aa  108  5e-23  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_44300  aerotaxis receptor Aer  42.98 
 
 
521 aa  108  5e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0659  putative PAS/PAC sensor protein  46.77 
 
 
164 aa  108  5e-23  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3735  PAS  41.22 
 
 
521 aa  107  1e-22  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.065462 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3460  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  43.64 
 
 
520 aa  107  1e-22  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2257  aerotaxis receptor Aer-1  40.91 
 
 
521 aa  106  2e-22  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.215452  normal  0.0215353 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0262  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  42.98 
 
 
524 aa  106  2e-22  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1652  putative PAS/PAC sensor protein  38.4 
 
 
127 aa  106  2e-22  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.129926  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1214  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  38.57 
 
 
527 aa  106  2e-22  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2577  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  39.69 
 
 
524 aa  105  4e-22  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3770  aerotaxis receptor Aer  41.32 
 
 
521 aa  104  7e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0580  hypothetical protein  36.02 
 
 
407 aa  104  7e-22  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.376144  hitchhiker  0.000000596414 
 
 
-
 
NC_003296  RS03711  methyl-accepting chemotaxis transducer transmembrane protein  40.88 
 
 
529 aa  104  8e-22  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.784638  normal  0.611118 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1520  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  43.2 
 
 
543 aa  104  9e-22  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.112151 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2726  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  36.92 
 
 
538 aa  104  9e-22  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4451  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  51.55 
 
 
531 aa  103  1e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3406  PAS  37.31 
 
 
521 aa  103  1e-21  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.387271  normal  0.671486 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3682  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  41.35 
 
 
552 aa  103  1e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.0302709 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2111  aerotaxis receptor Aer-2  40.5 
 
 
521 aa  103  2e-21  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.0317394 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2014  aerotaxis receptor  37.31 
 
 
521 aa  103  2e-21  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2812  putative PAS/PAC sensor protein  40.71 
 
 
166 aa  103  2e-21  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.494423  decreased coverage  0.000000324615 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1653  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  40.5 
 
 
521 aa  102  2e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.976535  normal  0.292811 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1324  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  40.16 
 
 
523 aa  103  2e-21  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.587106  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1833  chemotaxis sensory transducer, Pas/Pac sensor  38.89 
 
 
521 aa  102  3e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.884809  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1630  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  40.5 
 
 
521 aa  102  3e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.814601 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3628  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  40.5 
 
 
521 aa  102  3e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0264  methyl-accepting chemotaxis protein  40.77 
 
 
580 aa  102  4e-21  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2390  methyl-accepting chemotaxis protein  40.77 
 
 
580 aa  102  4e-21  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.790589  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2685  methyl-accepting chemotaxis protein  40.77 
 
 
580 aa  102  4e-21  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.394636  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2473  methyl-accepting chemotaxis protein  40.77 
 
 
580 aa  102  4e-21  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0760  aerotaxis sensor receptor  40.77 
 
 
583 aa  102  4e-21  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_24380  aerotaxis receptor Aer  39.71 
 
 
567 aa  102  4e-21  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0650163  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0927  methyl-accepting chemotaxis protein  40.77 
 
 
623 aa  102  5e-21  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>