More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smal_2224 on replicon NC_011071
Organism: Stenotrophomonas maltophilia R551-3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011071  Smal_2224  putative PAS/PAC sensor protein  100 
 
 
142 aa  296  5e-80  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.243121  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0254  PAS sensor protein  44.44 
 
 
836 aa  125  3e-28  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1924  multi-sensor hybrid histidine kinase  42.15 
 
 
901 aa  122  2e-27  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1800  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  55.56 
 
 
521 aa  122  2e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.258308  normal  0.504821 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1363  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  43.48 
 
 
404 aa  118  1.9999999999999998e-26  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2247  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  53.61 
 
 
511 aa  117  4.9999999999999996e-26  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1202  fused sensor protein/response regulator  44.35 
 
 
934 aa  117  6e-26  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.127641  normal  0.087847 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1648  aerotaxis receptor  55.67 
 
 
521 aa  116  9.999999999999999e-26  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1521  putative PAS/PAC sensor protein  47.22 
 
 
228 aa  115  9.999999999999999e-26  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.950455  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3460  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  48.48 
 
 
520 aa  115  1.9999999999999998e-25  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0376  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  46.15 
 
 
412 aa  115  1.9999999999999998e-25  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.439809  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3735  PAS  53.61 
 
 
521 aa  115  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.065462 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1196  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  51.55 
 
 
522 aa  115  1.9999999999999998e-25  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1621  methyl-accepting chemotaxis protein  50.51 
 
 
513 aa  114  3e-25  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.113175  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0748  PAS sensor protein  41.94 
 
 
647 aa  114  3e-25  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0995  putative methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  44.35 
 
 
517 aa  114  3.9999999999999997e-25  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1867  chemotaxis sensory transducer  49.53 
 
 
714 aa  114  3.9999999999999997e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.133032 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2808  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  46.96 
 
 
522 aa  114  3.9999999999999997e-25  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2987  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  49.54 
 
 
522 aa  114  6e-25  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1203  sensor histidine kinase PAS domain-containing protein  42.86 
 
 
932 aa  114  6e-25  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  decreased coverage  0.00343755  normal  0.259486 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1204  sensor histidine kinase PAS domain-containing protein  44.54 
 
 
931 aa  114  6.9999999999999995e-25  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.271509 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4975  putative PAS/PAC sensor protein  49.49 
 
 
178 aa  113  7.999999999999999e-25  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.161434  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1324  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  45.13 
 
 
523 aa  113  7.999999999999999e-25  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.587106  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1897  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  51.55 
 
 
1170 aa  113  8.999999999999998e-25  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2891  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  48.62 
 
 
522 aa  113  1.0000000000000001e-24  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2690  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with PAS/Pac sensor  49.5 
 
 
524 aa  112  2.0000000000000002e-24  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.487789  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1984  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  49 
 
 
954 aa  112  2.0000000000000002e-24  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1652  putative PAS/PAC sensor protein  47.47 
 
 
127 aa  112  2.0000000000000002e-24  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.129926  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4521  aerotaxis receptor, putative  51.52 
 
 
521 aa  111  3e-24  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1294  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  49.48 
 
 
575 aa  111  3e-24  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00873235 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0392  diguanylate cyclase  45.45 
 
 
768 aa  111  3e-24  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.000907702  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0553  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  50.5 
 
 
888 aa  111  3e-24  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0532  putative methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  46.08 
 
 
523 aa  111  3e-24  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.0374128 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4662  putative PAS/PAC sensor protein  44.25 
 
 
168 aa  111  3e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.193201 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0602  methyl-accepting chemotaxis protein  45.61 
 
 
536 aa  111  3e-24  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1630  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  52.58 
 
 
521 aa  111  3e-24  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.814601 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1921  PAS sensor protein  45.79 
 
 
407 aa  111  4.0000000000000004e-24  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4027  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  50.51 
 
 
521 aa  111  4.0000000000000004e-24  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.664053  normal  0.0821551 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1390  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  51.52 
 
 
534 aa  110  5e-24  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1520  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  48.45 
 
 
543 aa  110  6e-24  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.112151 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3813  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  50.51 
 
 
521 aa  110  6e-24  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.629648  normal  0.0156802 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1071  putative PAS/PAC sensor protein  48 
 
 
178 aa  110  6e-24  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1520  putative PAS/PAC sensor protein  47.96 
 
 
147 aa  110  8.000000000000001e-24  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.000785812  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0389  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  49.48 
 
 
419 aa  109  1.0000000000000001e-23  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2812  putative PAS/PAC sensor protein  44.09 
 
 
166 aa  109  1.0000000000000001e-23  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.494423  decreased coverage  0.000000324615 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1385  methyl-accepting chemotaxis protein  45.54 
 
 
520 aa  109  1.0000000000000001e-23  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1223  signal-transduction sensor protein  46.9 
 
 
189 aa  109  1.0000000000000001e-23  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.658782  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2984  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer, Pas/Pac sensor  46.94 
 
 
565 aa  109  1.0000000000000001e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3508  aerotaxis receptor  50 
 
 
506 aa  108  2.0000000000000002e-23  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4927  methyl-accepting chemotaxis protein/sensory box protein  46.36 
 
 
511 aa  108  2.0000000000000002e-23  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1522  PAS sensor protein  48.51 
 
 
225 aa  108  2.0000000000000002e-23  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.533099  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0628  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  50 
 
 
506 aa  108  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4142  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  49.07 
 
 
916 aa  108  2.0000000000000002e-23  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1871  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  44.9 
 
 
716 aa  108  2.0000000000000002e-23  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3538  aerotaxis receptor  50 
 
 
506 aa  108  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.840702  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3366  aerotaxis receptor  50 
 
 
506 aa  108  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.775088  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2920  aerotaxis sensor receptor  49.48 
 
 
549 aa  108  2.0000000000000002e-23  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4385  aerotaxis receptor  50 
 
 
506 aa  108  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.472426  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1902  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  51.55 
 
 
521 aa  108  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00326538  normal  0.948878 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_44300  aerotaxis receptor Aer  49.48 
 
 
521 aa  108  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3595  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  49.5 
 
 
515 aa  108  3e-23  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1860  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  46.53 
 
 
524 aa  108  3e-23  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1214  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  50.52 
 
 
527 aa  108  3e-23  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4683  putative PAS/PAC sensor protein  49 
 
 
173 aa  108  4.0000000000000004e-23  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2111  aerotaxis receptor Aer-2  50.52 
 
 
521 aa  107  5e-23  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.0317394 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2452  PAS  48.98 
 
 
518 aa  107  5e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.952184  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1653  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  50.52 
 
 
521 aa  107  5e-23  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.976535  normal  0.292811 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3770  aerotaxis receptor Aer  49.48 
 
 
521 aa  107  5e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1280  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  49.48 
 
 
522 aa  107  5e-23  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal  0.160306 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3097  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  49.48 
 
 
522 aa  107  5e-23  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02941  fused signal transducer for aerotaxis sensory component/methyl accepting chemotaxis component  49.02 
 
 
506 aa  107  6e-23  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0629  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  49.02 
 
 
506 aa  107  6e-23  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2113  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  47.42 
 
 
550 aa  107  6e-23  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02891  hypothetical protein  49.02 
 
 
506 aa  107  6e-23  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3253  aerotaxis receptor  49.02 
 
 
506 aa  107  6e-23  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0262  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  48.45 
 
 
524 aa  107  7.000000000000001e-23  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3219  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  49 
 
 
516 aa  107  7.000000000000001e-23  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.1353  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3628  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  49.48 
 
 
521 aa  106  8.000000000000001e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1487  PAS domain-containing protein  47.47 
 
 
158 aa  106  9.000000000000001e-23  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.0000133262  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3404  methyl-accepting chemotaxis protein  48.04 
 
 
522 aa  106  1e-22  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2372  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  46.39 
 
 
579 aa  105  1e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1618  chemotaxis sensory transducer  49.48 
 
 
557 aa  105  1e-22  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.126465 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1833  chemotaxis sensory transducer, Pas/Pac sensor  51.55 
 
 
521 aa  106  1e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.884809  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4977  putative PAS/PAC sensor protein  45 
 
 
177 aa  106  1e-22  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.13761  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1393  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  48 
 
 
182 aa  106  1e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.959449 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2022  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  47.42 
 
 
748 aa  106  1e-22  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3240  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  48.45 
 
 
533 aa  106  1e-22  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2726  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  48.51 
 
 
538 aa  106  1e-22  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1204  sensory box histidine kinase/response regulator  48.18 
 
 
1177 aa  105  2e-22  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3109  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  46.46 
 
 
522 aa  105  2e-22  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0223  PAS  45.45 
 
 
1214 aa  105  2e-22  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06258  hypothetical protein  47.42 
 
 
520 aa  105  2e-22  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3477  aerotaxis receptor  43.8 
 
 
506 aa  105  2e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3511  aerotaxis receptor  43.8 
 
 
506 aa  105  2e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000000402751 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3407  aerotaxis receptor  43.8 
 
 
506 aa  105  2e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007901  Rfer_4387  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  39.55 
 
 
718 aa  105  2e-22  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6942  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  44.9 
 
 
566 aa  105  2e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.819674  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3087  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  48.45 
 
 
522 aa  105  2e-22  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2577  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  46.46 
 
 
524 aa  105  2e-22  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3403  aerotaxis receptor  43.8 
 
 
506 aa  105  2e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>