79 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_0628 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009720  Xaut_3299  double-strand break repair protein AddB  46.25 
 
 		 1015 aa  697    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0078  double-strand break repair protein AddB  77.44 
 
 		 1049 aa  1563    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.160312  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0049  hypothetical protein  68.7 
 
 		 1053 aa  1318    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.258638  normal  0.374652 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0057  hypothetical protein  69.34 
 
 		 1049 aa  1386    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0203  hypothetical protein  87.4 
 
 		 1049 aa  1769    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.587798  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0386  hypothetical protein  69.39 
 
 		 1042 aa  1359    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0089  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit B  66.89 
 
 		 1048 aa  1330    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.476876 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0628  hypothetical protein  100 
 
 		 1048 aa  2054    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.397412  normal  0.357504 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0137  double-strand break repair protein AddB  41.3 
 
 		 1001 aa  627  1e-178  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4903  double-strand break repair protein AddB  42.98 
 
 		 1047 aa  625  1e-177  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.402113  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4439  double-strand break repair protein AddB  42.98 
 
 		 1047 aa  621  1e-176  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.522195  normal  0.331635 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4953  double-strand break repair protein AddB  42.71 
 
 		 1045 aa  613  9.999999999999999e-175  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.28213  normal  0.220152 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0491  double-strand break repair protein AddB  42.08 
 
 		 1040 aa  604  1.0000000000000001e-171  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00465819 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1608  double-strand break repair protein AddB  42.52 
 
 		 1037 aa  597  1e-169  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.62778  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1413  double-strand break repair protein AddB  40.73 
 
 		 1043 aa  591  1e-167  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3580  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit B  40.51 
 
 		 1042 aa  572  1.0000000000000001e-162  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.412943  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5094  double-strand break repair protein AddB  41.15 
 
 		 1054 aa  572  1e-161  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.145083 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0818  double-strand break repair protein AddB  39.25 
 
 		 1052 aa  561  1e-158  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2019  double-strand break repair protein AddB  40.02 
 
 		 1052 aa  552  1e-155  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2102  hypothetical protein  39.83 
 
 		 1052 aa  551  1e-155  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3435  hypothetical protein  40.17 
 
 		 1018 aa  530  1e-149  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2174  double-strand break repair protein AddB  37.42 
 
 		 1076 aa  531  1e-149  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.229976  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1356  double-strand break repair protein AddB  35.83 
 
 		 1047 aa  515  1e-144  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3243  double-strand break repair protein AddB  37.16 
 
 		 1059 aa  503  1e-141  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3960  double-strand break repair protein AddB  36.95 
 
 		 1064 aa  488  1e-136  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4287  double-strand break repair protein AddB  37.18 
 
 		 1064 aa  472  1.0000000000000001e-131  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.235496  normal  0.271483 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0055  double-strand break repair protein AddB  35.6 
 
 		 1062 aa  469  9.999999999999999e-131  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4852  double-strand break repair protein AddB  37.31 
 
 		 999 aa  468  9.999999999999999e-131  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.173842  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0085  hypothetical protein  36.52 
 
 		 1016 aa  454  1.0000000000000001e-126  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.604328 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2680  double-strand break repair protein AddB  37.07 
 
 		 991 aa  408  1.0000000000000001e-112  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2845  hypothetical protein  34.12 
 
 		 977 aa  385  1e-105  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.786725 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1296  double-strand break repair protein AddB  35.04 
 
 		 1014 aa  379  1e-103  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.862539  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1525  putative helicase/exonuclease  34.6 
 
 		 997 aa  362  2e-98  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.873687  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2952  exonuclease-like protein  33.71 
 
 		 1000 aa  360  7e-98  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.034558  normal  0.0831314 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0177  putative helicase/exonuclease  34.41 
 
 		 997 aa  356  2e-96  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.169187  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1998  helicase  32.7 
 
 		 993 aa  352  2e-95  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.138335  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4065  hypothetical protein  33.4 
 
 		 986 aa  347  8e-94  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.633062  normal  0.255669 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0158  helicase  34.72 
 
 		 991 aa  343  7e-93  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.233932  normal  0.795485 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3437  double-strand break repair helicase AddB  32.06 
 
 		 988 aa  320  7.999999999999999e-86  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1454  hypothetical protein  35.05 
 
 		 959 aa  294  6e-78  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2795  putative helicase/exonuclease  34.51 
 
 		 980 aa  199  2.0000000000000003e-49  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0820  hypothetical protein  20.67 
 
 		 914 aa  154  7e-36  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.839231  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0912  hypothetical protein  22.28 
 
 		 890 aa  150  1.0000000000000001e-34  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.216262  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0263  hypothetical protein  24.82 
 
 		 911 aa  105  5e-21  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.453707  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2115  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit B  27.32 
 
 		 957 aa  99.8  3e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2132  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V subunit B  26.15 
 
 		 976 aa  90.9  1e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.687537 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1189  hypothetical protein  30.87 
 
 		 962 aa  90.1  2e-16  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1125  hypothetical protein  27.89 
 
 		 947 aa  88.6  6e-16  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.290097 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0034  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit B  28.22 
 
 		 836 aa  82.4  0.00000000000004  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.0563603 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0524  hypothetical protein  25.95 
 
 		 779 aa  77  0.000000000002  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1033  hypothetical protein  28.96 
 
 		 951 aa  75.5  0.000000000005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.187389  normal  0.358259 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1280  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit B  28.34 
 
 		 958 aa  67.4  0.000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_03200  hypothetical protein  19.84 
 
 		 911 aa  67  0.000000002  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.358674  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2171  hypothetical protein  41.57 
 
 		 142 aa  65.1  0.000000006  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.198101  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2324  exonuclease-like protein  30.92 
 
 		 864 aa  63.9  0.00000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.884454  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0088  hypothetical protein  24.73 
 
 		 781 aa  64.3  0.00000001  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.217564  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1829  hypothetical protein  25.57 
 
 		 788 aa  62.4  0.00000005  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.423033  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1475  hypothetical protein  26.07 
 
 		 788 aa  60.8  0.0000001  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.0853402  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1655  hypothetical protein  25.64 
 
 		 788 aa  59.7  0.0000003  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1165  hypothetical protein  28.16 
 
 		 984 aa  59.7  0.0000003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.5757 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0381  hypothetical protein  22.08 
 
 		 794 aa  57.4  0.000001  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.0210586  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0645  ATP-dependent nuclease subunit B-like protein  27.25 
 
 		 989 aa  55.8  0.000005  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0696  hypothetical protein  25.79 
 
 		 919 aa  55.1  0.000006  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2897  hypothetical protein  30.62 
 
 		 846 aa  55.1  0.000007  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1284  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit B  28 
 
 		 915 aa  53.9  0.00001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.155997 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0479  ATP-dependent nuclease subunit B-like  26.11 
 
 		 908 aa  52.4  0.00005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.236866  hitchhiker  0.000840779 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0024  ATP-dependent nuclease subunit B  24.65 
 
 		 1158 aa  52.4  0.00005  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1587  hypothetical protein  23.26 
 
 		 997 aa  51.6  0.00007  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0024  ATP-dependent nuclease, subunit B  24.19 
 
 		 1158 aa  51.2  0.0001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.199779  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0765  hypothetical protein  26.19 
 
 		 1100 aa  51.2  0.0001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.166845 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2194  exonuclease-like protein  28.99 
 
 		 855 aa  50.8  0.0001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.759403  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1306  hypothetical protein  24.2 
 
 		 994 aa  49.7  0.0003  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.791013  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1658  hypothetical protein  23.23 
 
 		 1039 aa  49.7  0.0003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.450453  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0722  hypothetical protein  27.41 
 
 		 930 aa  48.5  0.0007  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.851206  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0978  hypothetical protein  25.3 
 
 		 1000 aa  48.1  0.0008  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.263512  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1682  ATP-dependent exonuclease, subunit B  27.05 
 
 		 1106 aa  48.1  0.0008  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0085  UvrD/REP helicase  22.77 
 
 		 1016 aa  48.1  0.0008  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.60174  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0987  hypothetical protein  26.11 
 
 		 911 aa  47.4  0.001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.0000754464  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_15100  DNA/RNA helicase, superfamily I  25.79 
 
 		 1145 aa  47.4  0.002  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>