119 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_3072 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_3072  hypothetical protein  100 
 
 		 243 aa  479  1e-134  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39210  ABC-2 type transport system permease  88.52 
 
 		 244 aa  428  1e-119  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0705149  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16880  putative permease of ABC transporter  84.84 
 
 		 244 aa  422  1e-117  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1468  ABC transporter permease  82.79 
 
 		 244 aa  413  1e-114  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.413095  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_11610  ABC transporter permease  69.96 
 
 		 244 aa  344  7e-94  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1562  ABC transporter, permease protein  70.9 
 
 		 244 aa  343  1e-93  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0917389  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1398  cytochrome c-type biogenesis protein CcmB  66.67 
 
 		 244 aa  343  1e-93  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1067  hypothetical protein  69.55 
 
 		 244 aa  337  9e-92  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3143  ABC-2 type transporter  67.21 
 
 		 244 aa  330  9e-90  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4184  ABC-2 type transporter  52.89 
 
 		 256 aa  239  2.9999999999999997e-62  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.37094  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2908  putative ABC-2 type transport system permease protein  47.52 
 
 		 247 aa  233  2.0000000000000002e-60  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_08366  ABC transporter, permease protein  37.97 
 
 		 242 aa  152  5.9999999999999996e-36  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  decreased coverage  0.00446835  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2722  hypothetical protein  37.5 
 
 		 241 aa  151  1e-35  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.619181  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1546  ABC transporter permease; gliding motility-associated protein  36.63 
 
 		 242 aa  147  1.0000000000000001e-34  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000287593  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3237  ABC-2 type transporter  38.59 
 
 		 242 aa  145  8.000000000000001e-34  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.0727284 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5379  ABC-type uncharacterized transport system  41.74 
 
 		 998 aa  144  1e-33  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0375  ABC transporter, inner membrane protein  39.83 
 
 		 964 aa  143  3e-33  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0792117  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2141  ABC transporter, inner membrane protein  39.56 
 
 		 972 aa  135  4e-31  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0919791  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0221  hypothetical protein  40.27 
 
 		 240 aa  133  3e-30  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.478655 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6627  gliding motility-associated ABC transporter permease protein GldF  34.91 
 
 		 240 aa  131  9e-30  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.11106 
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0780  putative membrane spanning protein  32.91 
 
 		 244 aa  131  1.0000000000000001e-29  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2069  ABC-2 type transporter  42.92 
 
 		 234 aa  130  2.0000000000000002e-29  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0231  ABC transporter, permease protein  37.9 
 
 		 244 aa  129  5.0000000000000004e-29  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2841  ABC-type uncharacterized transport system involved in gliding motility auxiliary component-like  35.42 
 
 		 977 aa  124  9e-28  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00280772  normal  0.38274 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1769  ABC-2 type transporter  36.56 
 
 		 235 aa  124  1e-27  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.434129  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2811  putative ABC transporter, permease protein  36.86 
 
 		 247 aa  121  9.999999999999999e-27  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000291382  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1754  ABC-type transport system involved in multi-copper enzyme maturation, permease component  34.71 
 
 		 256 aa  120  1.9999999999999998e-26  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.513329  normal  0.144736 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4470  ABC transporter permease; gliding motility- associated protein  38.5 
 
 		 242 aa  119  6e-26  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.230203 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_13000  ABC-2 type transporter  33.87 
 
 		 235 aa  116  3e-25  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2204  ABC-type transport system involved in multi- copper enzyme maturation, permease component  32.75 
 
 		 235 aa  114  1.0000000000000001e-24  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.0000479866  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2707  ABC-type transport system involved in multi-copper enzyme maturation, permease component  32.39 
 
 		 240 aa  110  2.0000000000000002e-23  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.0000000874491  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0982  ABC-2 type transporter  32.65 
 
 		 235 aa  108  7.000000000000001e-23  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2203  ABC-type uncharacterized transport system involved in gliding motility, auxiliary component-like protein  36.75 
 
 		 891 aa  102  4e-21  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.775873  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6080  ABC-2 type transporter  35.41 
 
 		 242 aa  98.2  1e-19  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1946  protein involved in gliding motility GldF  35.54 
 
 		 239 aa  97.1  3e-19  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1356  ABC-type transport system involved in multi-copper enzyme maturation permease component  34.45 
 
 		 748 aa  94.4  1e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0683  ABC transporter, permease protein, putative  30.04 
 
 		 248 aa  91.3  1e-17  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.65169  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2428  putative ABC-2 type transporter permease  31.32 
 
 		 270 aa  91.7  1e-17  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2367  hypothetical protein  26.99 
 
 		 287 aa  90.9  2e-17  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00928576  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0296  ABC-2 type transporter  30.8 
 
 		 234 aa  89.4  4e-17  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0004  hypothetical protein  29.01 
 
 		 260 aa  84.3  0.000000000000002  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.750522  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4390  ABC-2 type transporter  28 
 
 		 260 aa  79.7  0.00000000000004  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0235971 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0088  hypothetical protein  29.75 
 
 		 253 aa  77  0.0000000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.754127  normal  0.283193 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2113  hypothetical protein  26.13 
 
 		 248 aa  76.3  0.0000000000004  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1047  ABC-2 type transporter  28.52 
 
 		 261 aa  76.3  0.0000000000005  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0215536  unclonable  0.00000000290694 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1018  ABC-2 type transporter  28.52 
 
 		 261 aa  75.1  0.0000000000008  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5656  ABC-type uncharacterized transport system  30.77 
 
 		 770 aa  75.1  0.0000000000009  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.319473 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2412  ABC-2 type transporter  31.5 
 
 		 266 aa  73.6  0.000000000003  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.62011  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0584  putative ABC-2 type transport system permease protein  26.69 
 
 		 244 aa  71.6  0.00000000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.757639  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4024  ABC-2 type transporter  37.19 
 
 		 267 aa  68.2  0.0000000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000166425 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4231  putative ABC-2 type transport system permease protein  32.31 
 
 		 270 aa  67.4  0.0000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2944  hypothetical protein  27.8 
 
 		 736 aa  60.8  0.00000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA3077  ABC transporter, permease protein, putative  25.7 
 
 		 251 aa  60.1  0.00000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.326034  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2668  ABC-2 type transporter  26.86 
 
 		 768 aa  60.1  0.00000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.530325  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3052  ABC-type transport system involved in multi-copper enzyme maturation permease component  28.24 
 
 		 767 aa  54.7  0.000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3539  ABC-2 type transporter  28.99 
 
 		 369 aa  52.4  0.000007  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0425  ABC-2 type transporter  27.54 
 
 		 366 aa  51.2  0.00002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0659  ABC-2 type transporter  31.78 
 
 		 271 aa  49.7  0.00004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001402  ABC-type multidrug transport system permease component  29.05 
 
 		 366 aa  49.7  0.00004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp1372  NosY transmembrane protein  29.14 
 
 		 274 aa  49.3  0.00005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2814  ABC transporter, permease protein  31.3 
 
 		 391 aa  48.9  0.00008  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2902  ABC-2 type transporter  31.3 
 
 		 391 aa  48.5  0.00008  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.194373  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1265  ABC-type multidrug transport system, permease component  27.7 
 
 		 365 aa  48.5  0.00009  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000431089  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2646  ABC transporter, permease protein, putative  27.01 
 
 		 250 aa  48.1  0.0001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3689  ABC-2 type transporter  30.34 
 
 		 384 aa  48.1  0.0001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.093618  normal  0.708678 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1327  ABC-2 type transporter  29.57 
 
 		 384 aa  47.8  0.0001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4162  ABC-2 type transporter  31.03 
 
 		 384 aa  48.5  0.0001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.80712  normal  0.28462 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1791  ABC-2 transporter component  30.47 
 
 		 376 aa  47.8  0.0002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.386865  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1135  ABC-2 type transporter  29.41 
 
 		 271 aa  47.4  0.0002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.014071  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0879  inner membrane transport permease YbhS  30.43 
 
 		 376 aa  47.4  0.0002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.585114  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0943  inner membrane transport permease YbhS  30.43 
 
 		 376 aa  47.4  0.0002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.638107  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0964  inner membrane transport permease YbhS  30.43 
 
 		 376 aa  47.4  0.0002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0851  inner membrane transport permease YbhS  30.43 
 
 		 376 aa  47.4  0.0002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0911  inner membrane transport permease YbhS  30.43 
 
 		 376 aa  47.4  0.0002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1056  ABC-2 type transporter  29.41 
 
 		 271 aa  47.4  0.0002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0456  hypothetical protein  26.85 
 
 		 240 aa  47  0.0003  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1746  ABC efflux pump, inner membrane subunit  28.97 
 
 		 384 aa  47  0.0003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0249268  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4363  ABC-2 type transporter  25 
 
 		 367 aa  47  0.0003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06359  hypothetical protein  29.45 
 
 		 366 aa  46.6  0.0004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0715  hypothetical protein  27.17 
 
 		 373 aa  45.8  0.0005  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0697  hypothetical protein  27.17 
 
 		 373 aa  46.2  0.0005  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4913  ABC transporter transmembrane protein  30.83 
 
 		 273 aa  45.8  0.0006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.589533  decreased coverage  0.000401262 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1284  ABC-2 type transporter  28.7 
 
 		 377 aa  45.8  0.0007  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1780  ABC transporter, inner membrane subunit  29.63 
 
 		 385 aa  45.4  0.0008  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0585  ABC-2 type transporter  26.15 
 
 		 371 aa  45.4  0.0008  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000556211 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1422  ABC-2 type transporter  25.85 
 
 		 373 aa  45.4  0.0009  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00760  predicted transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  30.43 
 
 		 377 aa  45.1  0.001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2849  ABC-2 type transporter  30.43 
 
 		 377 aa  45.1  0.001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.478201  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0847  ABC-2 type transporter, permease protein  30.43 
 
 		 377 aa  45.1  0.001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0858  ABC-2 type transporter, permease protein  30.43 
 
 		 377 aa  45.1  0.001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2850  ABC-2 type transporter  30.43 
 
 		 377 aa  45.1  0.001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0149412 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0816  ABC-2 type transporter, permease protein  30.43 
 
 		 377 aa  45.1  0.001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.658285 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2559  ABC-2 type transporter, permease protein  30.43 
 
 		 377 aa  45.1  0.001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0941  ABC-2 type transporter, permease protein  30.43 
 
 		 377 aa  45.1  0.001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.858923  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00777  hypothetical protein  30.43 
 
 		 377 aa  45.1  0.001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2573  ABC-2 type transporter  25.85 
 
 		 373 aa  44.3  0.002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2640  ABC-2 type transporter  25.85 
 
 		 373 aa  44.3  0.002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2056  export ABC transporter permease protein  26.25 
 
 		 379 aa  44.3  0.002  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.00520961  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3197  nitrous oxide maturation protein NosY  27.61 
 
 		 274 aa  43.9  0.002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.606796  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0348  multidrug ABC transporter permease component  28.24 
 
 		 384 aa  43.5  0.003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>