More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_3863 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_3863  peptidase M23B  100 
 
 		 272 aa  560  1e-158  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.826682  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03726  hypothetical lipoprotein NlpD  44.01 
 
 		 289 aa  249  5e-65  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1078  putative lipoprotein NlpD  45.96 
 
 		 283 aa  242  3.9999999999999997e-63  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3294  lipoprotein NlpD  44 
 
 		 327 aa  225  6e-58  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3426  lipoprotein NlpD  44 
 
 		 327 aa  225  7e-58  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0796777  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0959  lipoprotein NlpD  43.62 
 
 		 327 aa  225  7e-58  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002515  membrane protein  41.14 
 
 		 307 aa  221  7e-57  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0871  Peptidase M23  40.33 
 
 		 401 aa  221  9e-57  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0831  lipoprotein NlpD  41.67 
 
 		 328 aa  220  1.9999999999999999e-56  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0680895 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0676  peptidase M23B  41.4 
 
 		 285 aa  218  7e-56  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.208838  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3114  lipoprotein NlpD  42.6 
 
 		 377 aa  217  2e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.378129  normal  0.89385 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3131  lipoprotein NlpD  42.6 
 
 		 377 aa  217  2e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.143103 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1502  lipoprotein B  45.83 
 
 		 290 aa  217  2e-55  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.176009  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3050  lipoprotein NlpD  42.6 
 
 		 377 aa  217  2e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3075  lipoprotein NlpD  42.6 
 
 		 377 aa  217  2e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.567477  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1212  peptidase M23B  41.45 
 
 		 310 aa  216  2.9999999999999998e-55  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3234  lipoprotein NlpD  42.6 
 
 		 377 aa  216  2.9999999999999998e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3506  lipoprotein NlpD  42.6 
 
 		 345 aa  216  4e-55  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02592  predicted outer membrane lipoprotein  40.29 
 
 		 379 aa  215  5e-55  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3132  lipoprotein NlpD  40.29 
 
 		 363 aa  215  5e-55  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3043  lipoprotein NlpD  40.29 
 
 		 379 aa  215  5e-55  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02557  hypothetical protein  40.29 
 
 		 379 aa  215  5e-55  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0970  lipoprotein NlpD  40.29 
 
 		 379 aa  215  5e-55  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.957286  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2880  lipoprotein NlpD  40.29 
 
 		 379 aa  215  5e-55  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.704845  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0946  Peptidase M23  40.29 
 
 		 379 aa  215  7e-55  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0564272  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2867  lipoprotein NlpD  40.29 
 
 		 379 aa  215  7e-55  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3993  lipoprotein NlpD  40.29 
 
 		 363 aa  215  8e-55  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3213  lipoprotein NlpD  39.71 
 
 		 374 aa  214  9.999999999999999e-55  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.160012 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3349  lipoprotein NlpD  43.48 
 
 		 344 aa  213  1.9999999999999998e-54  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0164165  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1192  peptidase M23B  42.81 
 
 		 296 aa  214  1.9999999999999998e-54  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1244  Peptidase M23  40.6 
 
 		 298 aa  212  4.9999999999999996e-54  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000000000297961 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3120  peptidase M23B  40.6 
 
 		 298 aa  212  4.9999999999999996e-54  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0792  peptidase M23B  45.9 
 
 		 257 aa  211  7e-54  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.814248  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3129  peptidase M23B  40.6 
 
 		 298 aa  212  7e-54  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.365869  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3272  peptidase M23B  40.27 
 
 		 298 aa  210  2e-53  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.601855  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03518  hypothetical protein  41.8 
 
 		 307 aa  210  2e-53  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1203  peptidase M23B  39.74 
 
 		 311 aa  209  4e-53  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.0000000304892  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3343  peptidase M23B  42.71 
 
 		 298 aa  208  1e-52  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0875471  unclonable  0.00000001454 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0061  lipoprotein NlpD  40.48 
 
 		 311 aa  207  2e-52  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1043  lipoprotein NlpD  40.85 
 
 		 296 aa  204  1e-51  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.859563 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1059  peptidase M23B  37.75 
 
 		 309 aa  204  2e-51  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2750  peptidase M23B  40.85 
 
 		 294 aa  201  9.999999999999999e-51  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02698  Tetratricopeptide repeat transcriptional regulator  40.74 
 
 		 251 aa  199  3e-50  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.686613  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0827  Peptidase M23  40.74 
 
 		 251 aa  199  3e-50  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3025  M23B family peptidase  40.74 
 
 		 251 aa  199  3e-50  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00328229  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02660  hypothetical protein  40.74 
 
 		 251 aa  199  3e-50  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.649815  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0843  peptidase M23B  40.74 
 
 		 251 aa  199  3.9999999999999996e-50  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.325004  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1123  peptidase M23B  39.65 
 
 		 298 aa  198  6e-50  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1122  peptidase M23B  40.7 
 
 		 298 aa  198  6e-50  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1193  peptidase M23B  40.7 
 
 		 298 aa  198  6e-50  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.8562  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2998  M23B family peptidase  40.37 
 
 		 250 aa  198  7.999999999999999e-50  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.310031 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1297  peptidase M23B  39.8 
 
 		 304 aa  197  2.0000000000000003e-49  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.353225  hitchhiker  0.00000000164338 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3433  lipoprotein NlpD  41.9 
 
 		 298 aa  195  6e-49  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0299  peptidase M23B  40.25 
 
 		 249 aa  194  9e-49  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000319427 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3304  peptidase, M23B family  40.07 
 
 		 251 aa  194  1e-48  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3190  M23B family peptidase  40.07 
 
 		 251 aa  194  1e-48  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1252  lipoprotein NlpD  42.31 
 
 		 260 aa  194  1e-48  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.18696  normal  0.0631891 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4155  peptidase, M23B family  40.07 
 
 		 251 aa  194  1e-48  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.0947828 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3021  peptidase M23B  39.68 
 
 		 293 aa  188  7e-47  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000191073 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17470  hypothetical protein  37.23 
 
 		 297 aa  188  8e-47  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3272  hypothetical protein  41.2 
 
 		 250 aa  187  1e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3268  hypothetical protein  41.2 
 
 		 250 aa  188  1e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3373  hypothetical protein  41.2 
 
 		 250 aa  187  1e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.507543  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3206  YgeR  41.2 
 
 		 250 aa  187  1e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.317836 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1176  peptidase M23B  38.59 
 
 		 285 aa  186  3e-46  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.534318  normal  0.430733 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3193  LysM domain/M23 peptidase domain protein  41.2 
 
 		 250 aa  186  4e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.561609  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3306  peptidase M23B  43.23 
 
 		 248 aa  186  5e-46  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1622  peptidase M23B  37.76 
 
 		 262 aa  180  2e-44  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.752531  normal  0.248121 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2522  peptidoglycan-binding LysM:peptidase M23B  39.4 
 
 		 304 aa  181  2e-44  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000138444  normal  0.0361265 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4155  peptidase M23B  38.66 
 
 		 262 aa  180  2e-44  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.647334  normal  0.0748574 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2507  lipoprotein  34.38 
 
 		 330 aa  180  2e-44  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0929  peptidase M23B  44.25 
 
 		 261 aa  179  2.9999999999999997e-44  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1373  peptidoglycan-binding LysM:peptidase M23B  38.15 
 
 		 288 aa  178  7e-44  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.142196  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1564  lipoprotein NlpD, putative  38.15 
 
 		 288 aa  177  1e-43  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4053  peptidase M23B  35.64 
 
 		 285 aa  177  1e-43  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000777294 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38690  lipoprotein NlpD  39.13 
 
 		 284 aa  177  2e-43  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0840  Peptidase M23  59.2 
 
 		 404 aa  176  3e-43  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.250204  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2577  peptidase M23B  41.47 
 
 		 301 aa  176  4e-43  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0480337  hitchhiker  0.00120984 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0330  peptidoglycan-specific endopeptidase, M23 family  37.55 
 
 		 230 aa  171  7.999999999999999e-42  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1845  peptidase M23B  36.59 
 
 		 296 aa  171  1e-41  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.736133  normal  0.104174 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1862  putative lipoprotein NlpD  37.17 
 
 		 230 aa  171  1e-41  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1516  hypothetical protein  37.09 
 
 		 307 aa  171  2e-41  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1307  peptidase M23B  39.47 
 
 		 265 aa  170  3e-41  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.654603 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3059  peptidase M23B  37.45 
 
 		 318 aa  169  7e-41  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.430429  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1452  peptidase M23B  36.13 
 
 		 292 aa  167  2e-40  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.3197  normal  0.212696 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1732  peptidase M23  36.1 
 
 		 295 aa  167  2e-40  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0850817  normal  0.0853785 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1826  peptidase M23B  36.5 
 
 		 264 aa  167  2e-40  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1131  peptidase M23B  39.66 
 
 		 293 aa  166  5e-40  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1836  Peptidase M23  34.92 
 
 		 315 aa  163  2.0000000000000002e-39  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.117063  normal  0.29408 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1435  Peptidase M23  37.39 
 
 		 265 aa  163  2.0000000000000002e-39  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0922892  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6258  peptidase M23B  35.71 
 
 		 296 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0271245  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1821  peptidase M23B  35.71 
 
 		 296 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.361225  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5122  peptidase M23B  35.4 
 
 		 294 aa  163  3e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00948111  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1285  Peptidase M23  38.39 
 
 		 246 aa  162  5.0000000000000005e-39  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.780134  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2780  peptidase M23B  39.06 
 
 		 292 aa  162  7e-39  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.139555  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1759  peptidase M23B  34.53 
 
 		 295 aa  160  2e-38  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.125432  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2351  putative lipoprotein/metalloendopeptidase  34.36 
 
 		 311 aa  160  3e-38  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0718469  normal  0.0896324 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5027  peptidase M23B  41.05 
 
 		 292 aa  159  4e-38  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0837  peptidoglycan-binding protein LysM  38.13 
 
 		 309 aa  159  4e-38  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.239144  normal  0.258287 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2096  peptidoglycan-binding LysM:peptidase M23B  35.04 
 
 		 287 aa  158  9e-38  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>