More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPA7_2003 on replicon NC_009656
Organism: Pseudomonas aeruginosa PA7



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009656  PSPA7_2003  hypothetical protein  100 
 
 		 319 aa  643    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.265323  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23640  hypothetical protein  97.49 
 
 		 319 aa  629  1e-179  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.963568  hitchhiker  0.00882346 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2727  dihydrouridine synthase, DuS  81.03 
 
 		 318 aa  516  1.0000000000000001e-145  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.165844  normal  0.161387 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1544  dihydrouridine synthase DuS  78.3 
 
 		 323 aa  514  1.0000000000000001e-145  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.177604 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1981  NifR3/Smm1 family protein  78.91 
 
 		 323 aa  511  1e-144  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.376229  normal  0.0473795 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3779  dihydrouridine synthase, DuS  78.59 
 
 		 323 aa  510  1e-143  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.605744 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1512  dihydrouridine synthase DuS  77.96 
 
 		 323 aa  505  9.999999999999999e-143  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0251677  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1882  dihydrouridine synthase, DuS  71.79 
 
 		 319 aa  484  1e-135  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2169  dihydrouridine synthase family protein  69.75 
 
 		 317 aa  466  9.999999999999999e-131  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.506844  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1979  dihydrouridine synthase, DuS  69.77 
 
 		 321 aa  457  1e-127  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.160423 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_34320  tRNA-dihydrouridine synthase C  73.65 
 
 		 326 aa  449  1e-125  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3192  dihydrouridine synthase, DuS  56.77 
 
 		 342 aa  341  1e-92  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.742064  normal  0.427148 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1302  dihydrouridine synthase, DuS  57 
 
 		 318 aa  338  5e-92  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.905498  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3425  dihydrouridine synthase, DuS  55.59 
 
 		 344 aa  338  5.9999999999999996e-92  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1057  dihydrouridine synthase, DuS  53.33 
 
 		 325 aa  336  2.9999999999999997e-91  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1255  dihydrouridine synthase, DuS  56.91 
 
 		 323 aa  335  7e-91  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0939064  normal  0.0146388 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1583  dihydrouridine synthase DuS  51.75 
 
 		 326 aa  325  4.0000000000000003e-88  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.018372 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02307  NifR3/Smm1 family protein  50.48 
 
 		 312 aa  325  5e-88  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1635  hypothetical protein  51.88 
 
 		 326 aa  322  4e-87  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.270741 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5201  dihydrouridine synthase DuS  52.52 
 
 		 329 aa  322  4e-87  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2915  dihydrouridine synthase, DuS  51.77 
 
 		 310 aa  321  8e-87  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1912  dihydrouridine synthase DuS  52.46 
 
 		 318 aa  321  9.999999999999999e-87  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.402938  normal  0.0330373 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1998  dihydrouridine synthase DuS  58.33 
 
 		 336 aa  319  3e-86  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.774292  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2886  dihydrouridine synthase, DuS  50.67 
 
 		 319 aa  318  7.999999999999999e-86  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.014767  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2544  dihydrouridine synthase DuS  56.25 
 
 		 338 aa  317  1e-85  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.542055  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3024  dihydrouridine synthase, DuS  50.45 
 
 		 335 aa  315  5e-85  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.167542  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1847  dihydrouridine synthase DuS  51.77 
 
 		 340 aa  315  7e-85  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.323112  normal  0.104761 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0906  NifR3/Smm1 family protein  48.87 
 
 		 310 aa  313  1.9999999999999998e-84  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2338  putative tRNA-dihydrouridine synthase C, DuS  51.43 
 
 		 340 aa  314  1.9999999999999998e-84  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.135158  normal  0.172582 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2006  NifR3/Smm1 family protein  48.25 
 
 		 315 aa  308  1.0000000000000001e-82  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1786  dihydrouridine synthase DuS  46.47 
 
 		 315 aa  306  2.0000000000000002e-82  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000927227 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1351  dihydrouridine synthase, DuS  50.48 
 
 		 324 aa  306  3e-82  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1304  RecR protein  49.37 
 
 		 318 aa  305  9.000000000000001e-82  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00113352  normal  0.0322688 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1303  NifR3/Smm1 family protein  45.79 
 
 		 322 aa  304  1.0000000000000001e-81  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.0734085 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2261  dihydrouridine synthase, DuS  47.65 
 
 		 315 aa  303  2.0000000000000002e-81  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.214187  normal  0.298412 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2452  dihydrouridine synthase, DuS  47.94 
 
 		 315 aa  303  2.0000000000000002e-81  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.334795  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2279  dihydrouridine synthase, DuS  45.82 
 
 		 314 aa  301  1e-80  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2242  dihydrouridine synthase, DuS  46.79 
 
 		 309 aa  301  1e-80  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000197491  hitchhiker  0.000869385 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2333  dihydrouridine synthase, DuS  47.62 
 
 		 315 aa  300  1e-80  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.108163  normal  0.0297059 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2309  dihydrouridine synthase, DuS  46.2 
 
 		 317 aa  300  2e-80  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.433323  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1501  dihydrouridine synthase DuS  45.83 
 
 		 319 aa  298  1e-79  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.944581  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2581  dihydrouridine synthase DuS  46.18 
 
 		 317 aa  296  3e-79  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.601403  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1762  dihydrouridine synthase DuS  46.18 
 
 		 317 aa  296  3e-79  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0181198  normal  0.0110218 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2859  dihydrouridine synthase, DuS  46.82 
 
 		 308 aa  296  4e-79  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.748261  hitchhiker  0.0000000322781 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2622  dihydrouridine synthase DuS  46.18 
 
 		 317 aa  295  5e-79  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0113547  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2697  dihydrouridine synthase DuS  46.5 
 
 		 315 aa  295  8e-79  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0155722  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2126  dihydrouridine synthase DuS  54.14 
 
 		 339 aa  292  7e-78  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0242432 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2388  dihydrouridine synthase, DuS  46.82 
 
 		 319 aa  289  4e-77  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0313315  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2414  dihydrouridine synthase, DuS  44.87 
 
 		 314 aa  286  2e-76  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.127595  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2307  dihydrouridine synthase, DuS  47.32 
 
 		 340 aa  285  5.999999999999999e-76  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.936931 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2004  tRNA-dihydrouridine synthase  46.54 
 
 		 350 aa  282  6.000000000000001e-75  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2324  dihydrouridine synthase, DuS  47.78 
 
 		 323 aa  281  7.000000000000001e-75  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.571719 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02933  hypothetical protein  44.55 
 
 		 319 aa  277  2e-73  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2152  tRNA-dihydrouridine synthase C  42.36 
 
 		 315 aa  273  2.0000000000000002e-72  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002975  tRNA-dihydrouridine synthase C  43.56 
 
 		 319 aa  270  2.9999999999999997e-71  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.386043  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1533  tRNA-dihydrouridine synthase C  45.19 
 
 		 310 aa  266  2.9999999999999995e-70  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2287  tRNA-dihydrouridine synthase C  43.45 
 
 		 315 aa  265  5.999999999999999e-70  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0065633 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0691  dihydrouridine synthase, DuS  48.29 
 
 		 340 aa  265  8e-70  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2409  tRNA-dihydrouridine synthase C  43.77 
 
 		 312 aa  265  8.999999999999999e-70  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.021708  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2887  tRNA-dihydrouridine synthase C  42.81 
 
 		 314 aa  264  1e-69  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1355  tRNA-dihydrouridine synthase C  42.81 
 
 		 314 aa  264  1e-69  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.15198  hitchhiker  0.0054814 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2808  tRNA-dihydrouridine synthase C  42.81 
 
 		 312 aa  264  2e-69  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1337  tRNA-dihydrouridine synthase C  43.27 
 
 		 309 aa  264  2e-69  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3266  tRNA-dihydrouridine synthase C  43.45 
 
 		 316 aa  264  2e-69  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.0659452 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02069  tRNA-dihydrouridine synthase C  43.45 
 
 		 315 aa  263  3e-69  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1518  dihydrouridine synthase DuS  43.45 
 
 		 315 aa  263  3e-69  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2364  tRNA-dihydrouridine synthase C  43.77 
 
 		 331 aa  263  3e-69  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2274  tRNA-dihydrouridine synthase C  43.45 
 
 		 315 aa  263  3e-69  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1508  tRNA-dihydrouridine synthase C  43.45 
 
 		 315 aa  263  3e-69  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02028  hypothetical protein  43.45 
 
 		 315 aa  263  3e-69  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2320  tRNA-dihydrouridine synthase C  43.77 
 
 		 331 aa  263  4e-69  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2413  tRNA-dihydrouridine synthase C  43.77 
 
 		 312 aa  262  4.999999999999999e-69  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.167319  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2521  tRNA-dihydrouridine synthase C  43.77 
 
 		 312 aa  262  6e-69  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2742  tRNA-dihydrouridine synthase C  44.09 
 
 		 310 aa  261  1e-68  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.212051  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2429  tRNA-dihydrouridine synthase C  43.13 
 
 		 315 aa  261  2e-68  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2928  tRNA-dihydrouridine synthase C  43.91 
 
 		 310 aa  258  7e-68  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2504  tRNA-dihydrouridine synthase C  43.59 
 
 		 311 aa  258  1e-67  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1290  tRNA-dihydrouridine synthase C  42.19 
 
 		 309 aa  253  4.0000000000000004e-66  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.0000404902  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2410  tRNA-dihydrouridine synthase C  42.49 
 
 		 320 aa  250  3e-65  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.148461  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3625  dihydrouridine synthase DuS  37.5 
 
 		 335 aa  234  1.0000000000000001e-60  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000203836  decreased coverage  0.0000000672077 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0624  tRNA-dihydrouridine synthase C  52.53 
 
 		 158 aa  181  2e-44  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.011604  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3447  TIM-barrel protein, nifR3 family  31.98 
 
 		 337 aa  148  1.0000000000000001e-34  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1464  nifR3 family TIM-barrel protein  32.7 
 
 		 362 aa  147  2.0000000000000003e-34  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00679382  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1325  nifR3 family TIM-barrel protein  29.21 
 
 		 334 aa  145  1e-33  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.544118  normal  0.772005 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0172  nifR3 family TIM-barrel protein  33.74 
 
 		 319 aa  142  9.999999999999999e-33  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000224205  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2184  TIM-barrel protein, nifR3 family  35.74 
 
 		 346 aa  139  4.999999999999999e-32  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.067096  normal  0.397805 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0645  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  31.84 
 
 		 350 aa  139  8.999999999999999e-32  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.446085  normal  0.634764 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3612  TIM-barrel protein, nifR3 family  31.73 
 
 		 357 aa  138  1e-31  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.807702  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0276  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  36.96 
 
 		 354 aa  136  5e-31  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.211478 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0154  TIM-barrel protein, nifR3 family  31.66 
 
 		 351 aa  136  5e-31  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.386223  normal  0.0859714 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2288  nifR3 family TIM-barrel protein  35.18 
 
 		 347 aa  135  9.999999999999999e-31  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0506  NIFR3-like protein  33.09 
 
 		 356 aa  133  3e-30  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.973131  normal  0.138015 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0429  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  33.33 
 
 		 381 aa  132  5e-30  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.244047  normal  0.096876 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0030  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  29.78 
 
 		 370 aa  132  5e-30  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.405013  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0864  nifR3 family TIM-barrel protein  31.8 
 
 		 349 aa  132  5e-30  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2246  TIM-barrel protein, nifR3 family  38.31 
 
 		 330 aa  132  6.999999999999999e-30  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.3377  normal  0.126861 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6005  TIM-barrel protein, nifR3 family  37.3 
 
 		 348 aa  132  6.999999999999999e-30  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1926  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  30.31 
 
 		 351 aa  132  7.999999999999999e-30  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0994429  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0025  NifR3 family protein  31.15 
 
 		 320 aa  132  9e-30  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0397  TIM-barrel protein, nifR3 family  32.34 
 
 		 355 aa  132  9e-30  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.561746 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>