More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_1313 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_1313  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 		 306 aa  637    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.459937  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4536  AraC family transcriptional regulator  98.69 
 
 		 334 aa  634    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4411  helix-turn-helix domain-containing protein  99.67 
 
 		 334 aa  639    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.321471  normal  0.2451 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0920  AraC family transcriptional regulator  96.41 
 
 		 334 aa  622  1e-177  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4697  transcriptional regulator  86.93 
 
 		 331 aa  572  1.0000000000000001e-162  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.207414  normal  0.0598838 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4427  transcriptional regulator, AraC family  84.44 
 
 		 336 aa  555  1e-157  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.326492  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4121  helix-turn-helix, AraC type  84.44 
 
 		 334 aa  554  1e-157  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0897  transcriptional regulator  81.31 
 
 		 335 aa  537  9.999999999999999e-153  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.825741  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5008  putative transcriptional regulator  77.05 
 
 		 332 aa  509  1e-143  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.250322  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_57630  AraC family transcriptional regulator  76.43 
 
 		 299 aa  493  9.999999999999999e-139  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.963773 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0104  AraC family transcriptional regulator  41 
 
 		 328 aa  246  2e-64  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2142  AraC family transcriptional regulator  35.55 
 
 		 324 aa  217  2e-55  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1602  transcriptional regulator  37.55 
 
 		 330 aa  214  1.9999999999999998e-54  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2846  AraC family transcriptional regulator  36.48 
 
 		 330 aa  207  1e-52  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0125  transcriptional regulator  35.71 
 
 		 325 aa  206  4e-52  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3778  AraC family transcriptional regulator  34.86 
 
 		 329 aa  203  3e-51  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3787  transcriptional regulator  35.21 
 
 		 321 aa  203  3e-51  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.113221 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0314  AraC family transcriptional regulator  36.21 
 
 		 322 aa  202  5e-51  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1553  transcriptional regulator  36.36 
 
 		 331 aa  196  4.0000000000000005e-49  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.741987 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1003  AraC family transcriptional regulator  31.35 
 
 		 332 aa  194  2e-48  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.194559  hitchhiker  0.0000278765 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2762  transcriptional regulator, AraC family  37.5 
 
 		 332 aa  193  3e-48  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0171097 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01004  Transcriptional regulator containing an amidase domain and an AraC-type DNA-binding HTH domain  33 
 
 		 329 aa  191  2e-47  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0283206  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2221  transcriptional regulator  39.15 
 
 		 330 aa  189  5e-47  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4788  AraC family transcriptional regulator  34.04 
 
 		 344 aa  187  2e-46  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.139915  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3344  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  35.17 
 
 		 327 aa  185  7e-46  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.430093 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0622  transcriptional regulator  35.37 
 
 		 340 aa  185  8e-46  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.553854  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2301  transcriptional regulator  34.03 
 
 		 324 aa  183  3e-45  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.0634001 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3263  transcriptional regulator, AraC family  32.64 
 
 		 326 aa  182  5.0000000000000004e-45  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.380473 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2508  transcriptional regulator  32.8 
 
 		 336 aa  179  4e-44  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.207874  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1599  transcriptional regulator  34.51 
 
 		 361 aa  179  4.999999999999999e-44  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.97604  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2599  AraC family transcriptional regulator  37.93 
 
 		 343 aa  176  6e-43  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3759  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  33.79 
 
 		 326 aa  175  9.999999999999999e-43  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5208  transcriptional regulator, AraC family  35.08 
 
 		 324 aa  174  1.9999999999999998e-42  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.0000934033  normal  1 
 
 
-
 
NC_011885  Cyan7425_0189  transcriptional regulator, AraC family  34.03 
 
 		 360 aa  173  2.9999999999999996e-42  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  n/a    normal  0.166962 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0860  AraC family transcriptional regulator  28.79 
 
 		 348 aa  172  5e-42  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1229  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  32.53 
 
 		 327 aa  172  5.999999999999999e-42  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.134279  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5041  transcriptional regulator  36.59 
 
 		 331 aa  172  5.999999999999999e-42  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00544571 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1778  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  36.36 
 
 		 325 aa  172  6.999999999999999e-42  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.545321  normal  0.0235367 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2426  transcriptional regulator, AraC family  31.14 
 
 		 326 aa  169  8e-41  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.971153  normal  0.0916341 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4083  AraC family transcriptional regulator  39.21 
 
 		 341 aa  167  1e-40  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0474473  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1772  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  31.62 
 
 		 293 aa  166  5e-40  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.0120296 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0442  hypothetical protein  32.87 
 
 		 326 aa  166  5.9999999999999996e-40  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4511  transcriptional regulator, AraC family  32.5 
 
 		 339 aa  166  5.9999999999999996e-40  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.64274 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3975  transcriptional regulator  35.6 
 
 		 337 aa  164  1.0000000000000001e-39  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2573  transcriptional regulator, AraC family with amidase-like domain  34.1 
 
 		 345 aa  164  2.0000000000000002e-39  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4589  AraC family transcriptional regulator  36.59 
 
 		 333 aa  163  3e-39  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3506  AraC family transcriptional regulator  33.55 
 
 		 330 aa  163  3e-39  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.939341  normal  0.0589755 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0564  AraC family transcriptional regulator  34.73 
 
 		 285 aa  163  3e-39  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.682443  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1501  transcriptional regulator  37.01 
 
 		 347 aa  163  3e-39  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4316  transcriptional regulator, AraC family  36.58 
 
 		 320 aa  163  3e-39  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1705  helix-turn-helix domain-containing protein  31.2 
 
 		 320 aa  162  4.0000000000000004e-39  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.29723  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4869  AraC family transcriptional regulator  30.62 
 
 		 337 aa  160  2e-38  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1857  AraC family transcriptional regulator  35.41 
 
 		 338 aa  160  2e-38  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.18222 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4194  AraC family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 335 aa  160  3e-38  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0109567  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1330  transcriptional regulator, AraC family  29.88 
 
 		 326 aa  160  3e-38  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.521973  normal  0.989615 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1643  transcriptional regulator, AraC family  33.56 
 
 		 351 aa  159  5e-38  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.671722  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2234  AraC family transcriptional regulator  32.89 
 
 		 330 aa  159  6e-38  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.962439 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3712  transcriptional regulator  32.19 
 
 		 336 aa  157  1e-37  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.990015  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1246  AraC family transcriptional regulator  32.9 
 
 		 332 aa  157  2e-37  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.481495  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1918  transcriptional regulator, AraC family  35.22 
 
 		 327 aa  157  2e-37  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1733  transcriptional regulator, AraC family  31.43 
 
 		 322 aa  156  5.0000000000000005e-37  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0720  AraC family transcriptional regulator  32.6 
 
 		 326 aa  155  7e-37  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000016714 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1489  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  31.08 
 
 		 323 aa  153  2.9999999999999998e-36  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.616641 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1182  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  34.27 
 
 		 324 aa  154  2.9999999999999998e-36  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.904069 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2675  transcriptional regulator, AraC family  37 
 
 		 344 aa  152  5.9999999999999996e-36  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.307401  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0072  transcriptional regulator  30.34 
 
 		 347 aa  150  3e-35  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000158985 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2062  transcriptional activator FtrA  32.53 
 
 		 329 aa  150  4e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0068  transcriptional regulator  30 
 
 		 347 aa  150  4e-35  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0711239 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0070  transcriptional regulator  30.34 
 
 		 347 aa  149  5e-35  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.020859 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3556  transcriptional regulator  34.87 
 
 		 319 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.253425 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3785  AraC family transcriptional regulator  29.55 
 
 		 335 aa  147  2.0000000000000003e-34  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3467  AraC family transcriptional regulator  38.15 
 
 		 323 aa  146  4.0000000000000006e-34  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7121  transcriptional activator FtrA  31.3 
 
 		 328 aa  145  6e-34  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0749123  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0974  helix-turn-helix domain-containing protein  35.09 
 
 		 314 aa  145  7.0000000000000006e-34  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.998994  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2641  transcriptional activator FtrA  31.67 
 
 		 322 aa  145  1e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2875  ThiJ/PfpI domain-containing protein  32.95 
 
 		 330 aa  144  1e-33  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.276432  normal  0.168058 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2327  transcriptional regulator  31.37 
 
 		 316 aa  145  1e-33  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.223293  normal  0.02817 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05287  transcriptional activator FtrA  31.5 
 
 		 320 aa  143  5e-33  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0113  transcriptional regulator, AraC family  28.82 
 
 		 354 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1985  transcriptional activator FtrA  33.2 
 
 		 333 aa  141  9.999999999999999e-33  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0670847 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3109  AraC family transcriptional regulator  27.92 
 
 		 320 aa  140  1.9999999999999998e-32  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.59349 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4599  transcriptional regulator, AraC family  30.54 
 
 		 332 aa  138  8.999999999999999e-32  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1692  transcriptional regulator, AraC family  30.92 
 
 		 333 aa  137  2e-31  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2197  AraC family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 314 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0323  AraC family transcriptional regulator  27.93 
 
 		 344 aa  136  4e-31  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0621  DJ-1/PfpI family protein/transcriptional regulator, AraC family  27.93 
 
 		 344 aa  136  4e-31  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.627949  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0861  DJ-1/PfpI family protein/transcriptional regulator, AraC family  27.93 
 
 		 344 aa  136  4e-31  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8035  AraC family transcriptional regulator  29.25 
 
 		 333 aa  136  4e-31  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.511507  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0069  DJ-1/PfpI family protein/transcriptional regulator, AraC family  27.93 
 
 		 344 aa  136  4e-31  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2455  DJ-1/PfpI family protein/transcriptional regulator, AraC family  27.93 
 
 		 344 aa  136  4e-31  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0865  DJ-1/PfpI family protein/transcriptional regulator, AraC family  27.93 
 
 		 344 aa  136  4e-31  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1023  AraC family transcription regulator  27.93 
 
 		 345 aa  136  5e-31  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.243872  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5233  AraC family transcriptional regulator  30.45 
 
 		 349 aa  136  5e-31  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.896357  normal  0.182047 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3593  AraC family transcriptional regulator  31.62 
 
 		 342 aa  135  8e-31  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1234  AraC family transcriptional regulator  32 
 
 		 335 aa  134  1.9999999999999998e-30  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5514  transcriptional regulator, AraC family  28.72 
 
 		 334 aa  134  1.9999999999999998e-30  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.75242  normal  0.0584888 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3699  transcriptional activator FtrA  32.3 
 
 		 324 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.507684  normal  0.317961 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4426  transcriptional activator FtrA  31.75 
 
 		 331 aa  133  3e-30  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2659  AraC family transcriptional regulator  29.45 
 
 		 333 aa  134  3e-30  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4913  transcriptional activator FtrA  32.16 
 
 		 320 aa  133  3e-30  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.860168  normal  0.680733 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>