More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Oter_0027 on replicon NC_010571
Organism: Opitutus terrae PB90-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010571  Oter_0027  cytochrome c class I  100 
 
 
548 aa  1125    Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.16509  normal  0.0410464 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0511  L-sorbosone dehydrogenase  47.41 
 
 
430 aa  382  1e-105  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2442  NHL repeat containing protein  36.97 
 
 
577 aa  376  1e-103  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0106112  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3348  cytochrome c class I  40 
 
 
587 aa  367  1e-100  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.123322  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3966  Glucose/sorbosone dehydrogenase-like protein  35.97 
 
 
601 aa  358  9.999999999999999e-98  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6140  L-sorbosone dehydrogenase  41.94 
 
 
457 aa  343  5.999999999999999e-93  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.867476  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2145  L-sorbosone dehydrogenase  45.77 
 
 
423 aa  332  8e-90  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3647  L-sorbosone dehydrogenase  42.68 
 
 
434 aa  319  1e-85  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  decreased coverage  0.000551723  normal  0.19553 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0451  L-sorbosone dehydrogenase  41.77 
 
 
427 aa  297  4e-79  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3274  glucose/sorbosone dehydrogenase-like protein  39.47 
 
 
602 aa  272  1e-71  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.603127  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1406  glucose/sorbosone dehydrogenase-like protein  34.69 
 
 
587 aa  268  1e-70  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.748943 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3645  glucose/sorbosone dehydrogenase-like protein  39.09 
 
 
592 aa  265  1e-69  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.683493  hitchhiker  0.00853617 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1973  L-sorbosone dehydrogenase  38.35 
 
 
436 aa  263  4.999999999999999e-69  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.208265  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0907  cytochrome c class I  35.57 
 
 
621 aa  260  5.0000000000000005e-68  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.144396  normal  0.433634 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1904  L-sorbosone dehydrogenase  36.16 
 
 
437 aa  246  6e-64  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.883513  normal  0.169794 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1002  NHL repeat-containing protein  31.2 
 
 
363 aa  154  2.9999999999999998e-36  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00465909 
 
 
-
 
NC_002977  MCA3015  oxidoreductase, putative  29.56 
 
 
396 aa  145  1e-33  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.754871  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1406  L-sorbosone dehydrogenase  30.69 
 
 
448 aa  144  4e-33  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.685553  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4522  glucose sorbosone dehydrogenase  28.92 
 
 
423 aa  140  7e-32  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3234  NHL repeat containing protein  29.74 
 
 
446 aa  138  3.0000000000000003e-31  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2978  putative membrane-bound dehydrogenase  31.04 
 
 
394 aa  137  6.0000000000000005e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.0356498 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0627  glucose sorbosone dehydrogenase  27.03 
 
 
411 aa  136  9.999999999999999e-31  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.308519  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3490  glucose/sorbosone dehydrogenase-like protein  30.29 
 
 
371 aa  133  9e-30  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1510  L-sorbosone dehydrogenase  29.93 
 
 
384 aa  132  1.0000000000000001e-29  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.147388  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2541  putative membrane-bound dehydrogenase oxidoreductase protein  29.82 
 
 
391 aa  132  2.0000000000000002e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2748  putative L-sorbosone dehydrogenase  31.02 
 
 
437 aa  130  6e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.970962  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1005  putative membrane-bound dehydrogenase  29.92 
 
 
394 aa  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.37654 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2003  Glucose/sorbosone dehydrogenase-like protein  28.68 
 
 
436 aa  128  2.0000000000000002e-28  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.528812 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2488  glucose sorbosone dehydrogenase  28.93 
 
 
410 aa  126  1e-27  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.583653  normal  0.172855 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0781  L-sorbosone dehydrogenase  29.41 
 
 
473 aa  124  4e-27  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1015  NHL repeat-containing protein  29.34 
 
 
438 aa  124  4e-27  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.542599  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03080  L-sorbosone dehydrogenase  29.94 
 
 
445 aa  124  4e-27  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3122  L-sorbosone dehydrogenase  30.28 
 
 
418 aa  124  5e-27  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2921  L-sorbosone dehydrogenase  28.46 
 
 
372 aa  124  6e-27  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2860  L-sorbosone dehydrogenase  28.46 
 
 
389 aa  124  6e-27  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.597888  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2969  hypothetical protein  28.46 
 
 
355 aa  123  8e-27  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3042  L-sorbosone dehydrogenase, putative  27.5 
 
 
391 aa  122  9.999999999999999e-27  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1660  L-sorbosone dehydrogenase, putative  28.21 
 
 
419 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2392  glucose/sorbosone dehydrogenase-like protein  29.26 
 
 
448 aa  122  1.9999999999999998e-26  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2771  L-sorbosone dehydrogenase  28.33 
 
 
381 aa  122  1.9999999999999998e-26  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.069543  normal  0.0541194 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2067  putative L-sorbosone dehydrogenase (SNDH)  29.41 
 
 
456 aa  122  1.9999999999999998e-26  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1944  L-sorbosone dehydrogenase  29.43 
 
 
433 aa  122  1.9999999999999998e-26  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.358319  normal  0.0404039 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0941  L-sorbosone dehydrogenase, putative  28.72 
 
 
361 aa  121  3e-26  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0785845  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0193  L-sorbosone dehydrogenase, putative  29.9 
 
 
379 aa  121  3.9999999999999996e-26  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.435435  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1954  glucose/sorbosone dehydrogenase-like protein  29.51 
 
 
433 aa  120  4.9999999999999996e-26  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.051744  normal  0.930845 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1726  L-sorbosone dehydrogenase, putative  29.57 
 
 
362 aa  120  6e-26  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.856742 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0747  putative membrane-bound dehydrogenase oxidoreductase protein  29.08 
 
 
377 aa  120  6e-26  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0257  putative glucose/sorbosone dehydrogenase; putative peptide signal  29.81 
 
 
446 aa  120  7e-26  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1108  putative membrane-bound dehydrogenase oxidoreductase protein  28.89 
 
 
371 aa  120  7e-26  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1065  putative membrane-bound dehydrogenase oxidoreductase protein  26.84 
 
 
380 aa  120  7.999999999999999e-26  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5447  putative membrane-bound dehydrogenase oxidoreductase protein  28.17 
 
 
424 aa  120  7.999999999999999e-26  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2920  L-sorbosone dehydrogenase  28.36 
 
 
448 aa  118  1.9999999999999998e-25  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  decreased coverage  0.00641513  normal 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5288  PEBP family protein  25.59 
 
 
617 aa  119  1.9999999999999998e-25  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4189  L-sorbosone dehydrogenase, putative  26.78 
 
 
373 aa  118  3e-25  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.397112 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2980  oxidoreductase, putative  28.01 
 
 
398 aa  118  3e-25  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1425  NHL repeat-containing protein  29.94 
 
 
446 aa  117  3.9999999999999997e-25  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3024  L-sorbosone dehydrogenase  27.95 
 
 
448 aa  117  3.9999999999999997e-25  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.091412  normal  0.367588 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3613  L-sorbosone dehydrogenase  29.33 
 
 
430 aa  117  6e-25  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0129  L-sorbosone dehydrogenase  28.39 
 
 
501 aa  116  7.999999999999999e-25  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2845  L-sorbosone dehydrogenase  30.99 
 
 
439 aa  116  8.999999999999998e-25  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3110  L-sorbosone dehydrogenase  29.09 
 
 
430 aa  116  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2218  NHL repeat-containing protein  28.05 
 
 
430 aa  115  1.0000000000000001e-24  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.493276  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0422  glucose/sorbosone dehydrogenase-like protein  27.96 
 
 
423 aa  116  1.0000000000000001e-24  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1068  glucose/sorbosone dehydrogenase-like protein  27.91 
 
 
379 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0310832  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0948  glucose/sorbosone dehydrogenase-like protein  28.64 
 
 
379 aa  116  1.0000000000000001e-24  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.168955  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10028  L-sorbosone dehydrogenase  27.88 
 
 
421 aa  116  1.0000000000000001e-24  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0709  L-sorbosone dehydrogenase  29.21 
 
 
447 aa  116  1.0000000000000001e-24  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.570753 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0589  glucose/sorbosone dehydrogenase-like  27.91 
 
 
379 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3687  L-sorbosone dehydrogenase  29.5 
 
 
430 aa  115  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.816344  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0874  putative membrane-bound dehydrogenase oxidoreductase protein  28.13 
 
 
357 aa  115  2.0000000000000002e-24  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.159521  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1469  NHL repeat containing protein  27.6 
 
 
439 aa  115  2.0000000000000002e-24  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0780  L-sorbosone dehydrogenase, putative  25.61 
 
 
387 aa  115  3e-24  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.695554  hitchhiker  0.00000105496 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2827  L-sorbosone dehydrogenase  29.47 
 
 
430 aa  115  3e-24  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4182  glucose/sorbosone dehydrogenase-like  28.39 
 
 
379 aa  114  4.0000000000000004e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1027  glucose/sorbosone dehydrogenase-like protein  28.28 
 
 
379 aa  114  5e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_33480  L-sorbosone dehydrogenase  29.86 
 
 
439 aa  114  5e-24  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.334174  normal  0.0461454 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1787  L-sorbosone dehydrogenase  28.78 
 
 
430 aa  114  6e-24  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.409847  hitchhiker  0.00688825 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2235  glucose/sorbosone dehydrogenase-like protein  28.42 
 
 
379 aa  114  6e-24  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0732  L-sorbosone dehydrogenase  28.78 
 
 
452 aa  113  8.000000000000001e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0783  Glucose/sorbosone dehydrogenase-like protein  29.91 
 
 
466 aa  113  9e-24  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.194417 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2505  L-sorbosone dehydrogenase (SNDH)  26.63 
 
 
369 aa  113  9e-24  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.867319  normal  0.0176215 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0932  putative membrane-bound dehydrogenase oxidoreductase protein  27.62 
 
 
357 aa  113  1.0000000000000001e-23  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.0678662 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0944  glucose/sorbosone dehydrogenases-like protein  27.88 
 
 
379 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2796  L-sorbosone dehydrogenase  27.23 
 
 
448 aa  112  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3631  L-sorbosone dehydrogenase  30.42 
 
 
442 aa  112  2.0000000000000002e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.000000516616  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2856  glucose/sorbosone dehydrogenase-like protein  26.84 
 
 
420 aa  112  2.0000000000000002e-23  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.656611  normal  0.0673289 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0550  L-sorbosone dehydrogenase, putative  24.69 
 
 
388 aa  111  3e-23  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.123721 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0395  L-sorbosone dehydrogenase  28.86 
 
 
446 aa  110  5e-23  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.409913 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4756  putative membrane-anchored oxidoreductase  27.67 
 
 
514 aa  110  5e-23  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.931311  normal  0.0309571 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0508  L-sorbosone dehydrogenase (SNDH)  25.88 
 
 
371 aa  110  5e-23  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0760317  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2435  L-sorbosone dehydrogenase (SNDH)  26.99 
 
 
369 aa  110  6e-23  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.216598  hitchhiker  0.00191889 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2302  L-sorbosone dehydrogenase  28.99 
 
 
430 aa  110  8.000000000000001e-23  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.792573  normal  0.586035 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0291  cytochrome c, class I  29.22 
 
 
546 aa  110  9.000000000000001e-23  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.85938 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3557  L-sorbosone dehydrogenase, putative  27.35 
 
 
380 aa  109  1e-22  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.683195  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3219  L-sorbosone dehydrogenase, putative  26.4 
 
 
386 aa  109  1e-22  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00839547  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2660  glucose/sorbosone dehydrogenase-like protein  27.93 
 
 
388 aa  109  1e-22  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5608  putative L-sorbosone dehydrogenase protein  27.09 
 
 
525 aa  108  2e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.759477  hitchhiker  0.00328711 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2546  glucose/sorbosone dehydrogenases  28.21 
 
 
299 aa  108  2e-22  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.454169  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2597  L-sorbosone dehydrogenase (SNDH)  27.11 
 
 
380 aa  108  3e-22  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.733304  hitchhiker  0.000753763 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0535  NHL repeat-containing protein  25.96 
 
 
642 aa  108  3e-22  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  unclonable  0.0000000386483  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>