187 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Noc_2484 on replicon NC_007484
Organism: Nitrosococcus oceani ATCC 19707



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007484  Noc_2484  transcriptional activator RfaH  100 
 
 		 174 aa  360  6e-99  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0891  transcriptional activator  50.31 
 
 		 167 aa  160  7e-39  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1124  transcriptional activator RfaH  49.69 
 
 		 167 aa  157  7e-38  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0093  transcription antitermination protein nusG  46.88 
 
 		 177 aa  152  2e-36  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2265  NusG antitermination factor  42.86 
 
 		 175 aa  122  3e-27  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3226  transcriptional activator RfaH  41.92 
 
 		 170 aa  117  6e-26  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.493951 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03733  transcriptional activator RfaH  38.27 
 
 		 162 aa  115  3e-25  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4139  transcriptional acivator RfaH  38.27 
 
 		 162 aa  115  3e-25  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4168  transcriptional activator RfaH  38.27 
 
 		 162 aa  115  3e-25  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00131258 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4222  transcriptional activator RfaH  38.27 
 
 		 162 aa  115  3e-25  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00601937 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3953  transcriptional activator RfaH  37.04 
 
 		 163 aa  115  3e-25  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.038453 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4311  transcriptional activator RfaH  38.27 
 
 		 162 aa  115  3e-25  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4064  transcriptional activator RfaH  38.27 
 
 		 162 aa  115  3e-25  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4360  transcriptional activator RfaH  38.27 
 
 		 162 aa  115  3e-25  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.659634  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5280  transcriptional activator RfaH  38.27 
 
 		 162 aa  115  3e-25  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.311175  normal  0.111679 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03682  hypothetical protein  38.27 
 
 		 162 aa  115  3e-25  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0256  transcriptional activator RfaH  37.04 
 
 		 162 aa  114  7.999999999999999e-25  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.108005 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3444  transcriptional activator RfaH  41.32 
 
 		 170 aa  113  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3755  transcriptional activator RfaH  35.8 
 
 		 162 aa  112  2.0000000000000002e-24  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4185  transcriptional activator RfaH  35.19 
 
 		 162 aa  111  5e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.143916  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4304  transcriptional activator RfaH  35.19 
 
 		 162 aa  111  5e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4257  transcriptional activator RfaH  35.19 
 
 		 162 aa  111  5e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4208  transcriptional activator RfaH  35.19 
 
 		 162 aa  111  5e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4364  transcriptional activator RfaH  35.19 
 
 		 162 aa  110  9e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.394669  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0279  transcriptional activator RfaH  34.76 
 
 		 162 aa  107  9.000000000000001e-23  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3937  transcriptional activator RfaH  34.76 
 
 		 161 aa  107  9.000000000000001e-23  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2265  transcriptional activator rfaH, putative  38.55 
 
 		 167 aa  107  1e-22  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000106043  hitchhiker  0.00695369 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3907  transcriptional activator RfaH  34.16 
 
 		 162 aa  106  2e-22  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.519229  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4239  transcriptional activator RfaH  34.57 
 
 		 162 aa  105  4e-22  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3194  transcriptional activator rfaH, putative  36.14 
 
 		 166 aa  104  5e-22  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2894  transcriptional acivator RfaH  35.76 
 
 		 168 aa  105  5e-22  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.0000245267  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2672  transcriptional activator RfaH  36.71 
 
 		 166 aa  104  7e-22  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000489964  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2142  transcription antitermination protein nusG  34.73 
 
 		 182 aa  104  7e-22  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.592011  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1908  transcriptional activator RfaH  34.15 
 
 		 162 aa  103  8e-22  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00305393 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4048  transcriptional activator RfaH  33.54 
 
 		 162 aa  103  8e-22  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2544  NusG antitermination factor  36.14 
 
 		 168 aa  103  1e-21  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1469  transcriptional acivator RfaH  37.42 
 
 		 168 aa  103  2e-21  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000410204  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1374  transcription antitermination protein nusG  35.93 
 
 		 166 aa  102  2e-21  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000000814975  hitchhiker  0.00000420235 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2904  transcriptional acivator RfaH  37.42 
 
 		 168 aa  103  2e-21  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00160957  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01331  transcriptional activator RfaH  34.57 
 
 		 166 aa  102  2e-21  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3036  transcriptional acivator RfaH  37.42 
 
 		 168 aa  103  2e-21  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00758207  normal  0.29399 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004133  transcriptional activator RfaH  34.57 
 
 		 166 aa  101  4e-21  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1398  NusG antitermination factor  34.88 
 
 		 175 aa  100  8e-21  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.0000000128095  normal  0.158725 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1314  transcription antitermination protein nusG  38.22 
 
 		 166 aa  99.8  2e-20  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0397005  normal  0.368263 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1381  transcription antitermination protein nusG  38.22 
 
 		 166 aa  99.8  2e-20  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.111282  normal  0.154927 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1650  transcriptional acivator RfaH  34.09 
 
 		 179 aa  98.2  5e-20  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0204524  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3033  NusG antitermination factor  34.97 
 
 		 179 aa  97.1  1e-19  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.201282  hitchhiker  0.00738104 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1394  transcriptional acivator RfaH  33.9 
 
 		 173 aa  97.1  1e-19  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0133861  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3198  NusG antitermination factor  33.53 
 
 		 184 aa  95.9  2e-19  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.243646 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4091  hypothetical protein  35.8 
 
 		 174 aa  95.1  5e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.177028 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3466  NusG antitermination factor  28.66 
 
 		 169 aa  94.4  7e-19  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3134  NusG antitermination factor  34.36 
 
 		 182 aa  92.8  2e-18  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0511  transcriptional activator RfaH  32.72 
 
 		 165 aa  90.5  1e-17  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2812  transcription antitermination protein nusG  33.92 
 
 		 178 aa  89.4  2e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2844  NusG antitermination factor  33.77 
 
 		 170 aa  86.7  1e-16  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.117724  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0826  transcriptional activator RfaH  31.21 
 
 		 165 aa  85.5  3e-16  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15910  transcriptional activator RfaH  35.17 
 
 		 153 aa  84.3  8e-16  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1705  NusG antitermination factor  31.71 
 
 		 173 aa  81.6  0.000000000000005  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0707648  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3398  NusG antitermination factor  30.77 
 
 		 174 aa  79  0.00000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.191132  normal  0.539584 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3605  NusG antitermination factor  29.24 
 
 		 174 aa  75.1  0.0000000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.358379  hitchhiker  0.000423635 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0546  NGN domain protein  29.65 
 
 		 168 aa  72.4  0.000000000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00381555 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0357  NusG antitermination factor  25.49 
 
 		 154 aa  68.6  0.00000000004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3892  NGN domain protein  26.95 
 
 		 176 aa  67.4  0.0000000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5198  NusG antitermination factor  29.37 
 
 		 170 aa  66.6  0.0000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.296838 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2803  NusG antitermination factor  28.4 
 
 		 207 aa  66.2  0.0000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1699  NusG antitermination factor  29.53 
 
 		 212 aa  65.9  0.0000000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.341221 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2360  NusG antitermination factor  34.48 
 
 		 185 aa  63.5  0.000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00889306  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0965  NusG antitermination factor  24.71 
 
 		 169 aa  63.2  0.000000002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2660  NusG antitermination factor  28.06 
 
 		 161 aa  59.7  0.00000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.192124  normal  0.041125 
 
 
-
 
NC_009704  YpsIP31758_A0058  transcriptional activator  35.05 
 
 		 159 aa  60.1  0.00000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0887  transcription antitermination protein nusG  29.19 
 
 		 182 aa  58.5  0.00000004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.769632  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1511  NusG antitermination factor  24.07 
 
 		 172 aa  58.5  0.00000005  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0386  NusG antitermination factor  23.08 
 
 		 243 aa  57.8  0.00000008  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2594  transcription antitermination protein nusG  24.07 
 
 		 180 aa  56.6  0.0000002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.00000665583  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_09670  transcription antitermination protein nusG  23.76 
 
 		 178 aa  55.8  0.0000003  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  hitchhiker  0.00365981  hitchhiker  0.0000231337 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1589  NusG antitermination factor  22.98 
 
 		 184 aa  55.8  0.0000003  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.262291  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1665  NusG antitermination factor  23.64 
 
 		 170 aa  55.5  0.0000004  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6306  NusG antitermination factor  22.29 
 
 		 160 aa  55.1  0.0000005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.343168 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0438  transcription termination/antitermination factor NusG  25.41 
 
 		 204 aa  55.1  0.0000006  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3498  transcription antitermination protein nusG  26.58 
 
 		 194 aa  53.9  0.000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2719  transcription antitermination protein nusG  23.08 
 
 		 177 aa  53.5  0.000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00403072  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1477  NusG antitermination factor  21.82 
 
 		 187 aa  53.1  0.000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0560518  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0307  NusG antitermination factor  21.39 
 
 		 172 aa  52.4  0.000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0000155754  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2972  transcription antitermination protein NusG  23.43 
 
 		 194 aa  52.4  0.000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.65694 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3319  transcription antitermination protein NusG  23.43 
 
 		 194 aa  52.4  0.000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.243679  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2167  transcription antitermination protein nusG  24 
 
 		 176 aa  52  0.000004  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0599696  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0121  NusG antitermination factor  22.16 
 
 		 188 aa  52  0.000004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.978934  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1068  Transcription antiterminator-like protein  21.91 
 
 		 266 aa  51.6  0.000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.740991 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0149  NusG antitermination factor  22.96 
 
 		 197 aa  51.6  0.000005  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.114969  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0180  transcription antitermination protein nusG  21.43 
 
 		 174 aa  50.8  0.000008  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  unclonable  0.0000000000000727534  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2398  NusG antitermination factor  24.79 
 
 		 196 aa  50.8  0.000009  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.134344  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2347  NusG antitermination factor  22.78 
 
 		 203 aa  50.8  0.000009  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00861255  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0405  NusG antitermination factor  24.24 
 
 		 175 aa  50.1  0.00001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000272103  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0643  NusG antitermination factor  26.11 
 
 		 190 aa  50.4  0.00001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.313093  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2727  transcription antitermination protein NusG  20.79 
 
 		 173 aa  50.4  0.00001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  unclonable  0.00000000231541  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2413  transcription antitermination protein NusG  20.79 
 
 		 173 aa  50.4  0.00001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  unclonable  0.000000000134964  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0273  NusG antitermination factor  21.14 
 
 		 175 aa  50.1  0.00002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00000233733  hitchhiker  0.00819689 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0626  NusG antitermination factor  24.26 
 
 		 196 aa  49.7  0.00002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  unclonable  0.0000000497813  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0164  transcription antitermination protein NusG  21.59 
 
 		 181 aa  49.3  0.00003  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2954  NusG antitermination factor  21.35 
 
 		 198 aa  49.3  0.00003  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.000000249386  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>