More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Msil_2293 on replicon NC_011666
Organism: Methylocella silvestris BL2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011666  Msil_2293  tRNA pseudouridine synthase B  100 
 
 		 299 aa  598  1e-170  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.152736 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1045  tRNA pseudouridine synthase B  76 
 
 		 300 aa  461  1e-129  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.128429  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2609  tRNA pseudouridine synthase B  63.85 
 
 		 354 aa  368  1e-101  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.225984 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3725  tRNA pseudouridine synthase B  62.84 
 
 		 342 aa  367  1e-100  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0838427 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4620  tRNA pseudouridine synthase B  63.51 
 
 		 335 aa  364  1e-99  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.29706  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2817  tRNA pseudouridine synthase B  63.82 
 
 		 341 aa  360  1e-98  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.779888  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2921  tRNA pseudouridine synthase B  63.14 
 
 		 341 aa  358  5e-98  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0697495  normal  0.0719894 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2695  tRNA pseudouridine synthase B  63.14 
 
 		 341 aa  358  6e-98  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0033  tRNA pseudouridine synthase B  59.61 
 
 		 412 aa  352  4e-96  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0229  tRNA pseudouridine synthase B  59.34 
 
 		 368 aa  350  1e-95  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  hitchhiker  0.00860319  normal  0.483452 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0059  tRNA pseudouridine synthase B  59.28 
 
 		 366 aa  347  1e-94  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0482  tRNA pseudouridine synthase B  59.8 
 
 		 387 aa  345  5e-94  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.266724  normal  0.260963 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0603  tRNA pseudouridine synthase B  58.69 
 
 		 351 aa  343  1e-93  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0438  tRNA pseudouridine synthase B  59.67 
 
 		 366 aa  342  4e-93  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0026  tRNA pseudouridine synthase B  58.31 
 
 		 358 aa  338  5e-92  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.148493 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0291  tRNA pseudouridine synthase B  58.47 
 
 		 363 aa  328  5.0000000000000004e-89  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0204129 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3932  tRNA pseudouridine synthase B  53.31 
 
 		 312 aa  298  9e-80  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.138388  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_3048  tRNA pseudouridine synthase B  50.16 
 
 		 318 aa  298  9e-80  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3443  tRNA pseudouridine synthase B  52.27 
 
 		 310 aa  297  1e-79  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0745  tRNA pseudouridine synthase B  50.16 
 
 		 324 aa  292  5e-78  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.555354  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4065  tRNA pseudouridine synthase B  51.61 
 
 		 310 aa  290  3e-77  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0171  tRNA pseudouridine synthase B  50 
 
 		 309 aa  288  6e-77  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.347774  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4385  tRNA pseudouridine synthase B  50.97 
 
 		 310 aa  288  8e-77  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.5296 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2079  tRNA pseudouridine synthase B  48.87 
 
 		 324 aa  283  3.0000000000000004e-75  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  decreased coverage  0.0054544  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2167  tRNA pseudouridine synthase B  48.87 
 
 		 324 aa  283  3.0000000000000004e-75  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3630  tRNA pseudouridine synthase B  52.3 
 
 		 307 aa  280  2e-74  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.326344  normal  0.032374 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0084  tRNA pseudouridine synthase B  48.46 
 
 		 302 aa  275  7e-73  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3042  tRNA pseudouridine synthase B  48.15 
 
 		 304 aa  271  7e-72  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.877322 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1108  tRNA pseudouridine synthase B  48.63 
 
 		 301 aa  267  2e-70  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.610694  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1256  tRNA pseudouridine synthase B  46.1 
 
 		 320 aa  266  2e-70  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2922  tRNA pseudouridine synthase B  48.97 
 
 		 301 aa  262  4.999999999999999e-69  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0680034  normal  0.150523 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2770  tRNA pseudouridine synthase B  48.63 
 
 		 301 aa  260  2e-68  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0039  tRNA pseudouridine synthase B  47.51 
 
 		 310 aa  258  1e-67  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.651075  normal  0.326168 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0441  tRNA pseudouridine synthase B  47.42 
 
 		 311 aa  257  2e-67  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4034  tRNA pseudouridine synthase B  45.67 
 
 		 301 aa  249  3e-65  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2073  tRNA pseudouridine synthase B  44.97 
 
 		 306 aa  246  4e-64  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.427039 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2801  tRNA pseudouridine synthase B  43.37 
 
 		 298 aa  240  2e-62  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.404125  normal  1 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0336  tRNA pseudouridine synthase B  43.05 
 
 		 301 aa  239  5.999999999999999e-62  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.636591  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0728  tRNA pseudouridine synthase B  42.71 
 
 		 296 aa  238  1e-61  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3783  tRNA pseudouridine synthase B  43.52 
 
 		 308 aa  232  4.0000000000000004e-60  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0711171  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2484  tRNA pseudouridine synthase B  44.37 
 
 		 304 aa  218  7.999999999999999e-56  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.468436  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3808  tRNA pseudouridine synthase B  42.76 
 
 		 324 aa  216  4e-55  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0201981 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1005  tRNA pseudouridine synthase B  40.58 
 
 		 307 aa  214  9.999999999999999e-55  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.319279  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0541  tRNA pseudouridine synthase B  43.88 
 
 		 318 aa  212  7e-54  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.578827  normal  0.242004 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0695  tRNA pseudouridine synthase B  41.95 
 
 		 298 aa  209  4e-53  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.392139  normal  0.247417 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0723  tRNA pseudouridine synthase B  38.49 
 
 		 305 aa  204  1e-51  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.806567  normal  0.0309098 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3606  tRNA pseudouridine synthase B  38.49 
 
 		 306 aa  203  2e-51  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.825741  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2118  tRNA pseudouridine synthase B  41.22 
 
 		 308 aa  204  2e-51  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.206379  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5460  tRNA pseudouridine synthase B  45.81 
 
 		 304 aa  204  2e-51  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.525904  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4575  tRNA pseudouridine synthase B  37.83 
 
 		 305 aa  202  6e-51  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0935427  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4710  tRNA pseudouridine synthase B  37.83 
 
 		 305 aa  202  7e-51  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.201435 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62730  tRNA pseudouridine synthase B  45.37 
 
 		 304 aa  201  9.999999999999999e-51  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3072  tRNA pseudouridine synthase B  39.93 
 
 		 307 aa  199  3e-50  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1634  tRNA pseudouridine synthase B  42.08 
 
 		 311 aa  199  3.9999999999999996e-50  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.767781  hitchhiker  0.000962415 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0781  tRNA pseudouridine synthase B  38.16 
 
 		 305 aa  199  5e-50  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00899616  normal  0.133836 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0908  tRNA pseudouridine synthase B  35.05 
 
 		 301 aa  198  1.0000000000000001e-49  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2818  tRNA pseudouridine synthase B  39.4 
 
 		 311 aa  196  3e-49  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0130681  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0557  tRNA pseudouridine synthase B  41.86 
 
 		 293 aa  196  4.0000000000000005e-49  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.492745 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0393  tRNA pseudouridine synthase B  41.86 
 
 		 293 aa  196  4.0000000000000005e-49  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1753  tRNA pseudouridine synthase B  42.32 
 
 		 310 aa  196  4.0000000000000005e-49  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0346238 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1946  tRNA pseudouridine synthase B  45.62 
 
 		 308 aa  196  4.0000000000000005e-49  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0313874 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1424  tRNA pseudouridine synthase B  41.64 
 
 		 310 aa  196  6e-49  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0157045 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1059  tRNA pseudouridine synthase B  42.08 
 
 		 311 aa  195  8.000000000000001e-49  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  hitchhiker  0.00436099  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0173  tRNA pseudouridine synthase B  42.08 
 
 		 321 aa  195  8.000000000000001e-49  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.016553  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1505  tRNA pseudouridine synthase B  42.08 
 
 		 321 aa  195  8.000000000000001e-49  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3724  tRNA pseudouridine synthase B  40.54 
 
 		 319 aa  195  9e-49  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1022  tRNA pseudouridine synthase B  42.69 
 
 		 310 aa  194  2e-48  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1384  tRNA pseudouridine synthase B  41.64 
 
 		 310 aa  193  2e-48  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1502  tRNA pseudouridine synthase B  42.69 
 
 		 310 aa  194  2e-48  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.424281  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4178  tRNA pseudouridine synthase B  37.5 
 
 		 305 aa  193  3e-48  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.224491  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1727  tRNA pseudouridine synthase B  39.07 
 
 		 309 aa  193  3e-48  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.577271  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4488  tRNA pseudouridine synthase B  37.17 
 
 		 305 aa  192  4e-48  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.140717  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1009  tRNA pseudouridine synthase B  45.21 
 
 		 317 aa  192  6e-48  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1091  tRNA pseudouridine synthase B  41.86 
 
 		 303 aa  192  6e-48  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.0150332  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1225  tRNA pseudouridine synthase B  43.23 
 
 		 302 aa  192  7e-48  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.886706  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2450  tRNA pseudouridine synthase B  39.2 
 
 		 299 aa  192  7e-48  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.226071  normal  0.847147 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0479  tRNA pseudouridine synthase B  45.07 
 
 		 291 aa  192  8e-48  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0101  tRNA pseudouridine synthase B  43.78 
 
 		 235 aa  191  9e-48  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.374766  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0993  tRNA pseudouridine synthase B  41.96 
 
 		 302 aa  191  1e-47  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.423513  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1917  tRNA pseudouridine synthase B  41.96 
 
 		 302 aa  191  1e-47  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.274314  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1764  tRNA pseudouridine synthase B  41.96 
 
 		 302 aa  191  1e-47  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.701485  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2029  tRNA pseudouridine synthase B  40.98 
 
 		 314 aa  191  1e-47  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0245667  normal  0.0911973 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0491  tRNA pseudouridine synthase B  44.14 
 
 		 314 aa  191  1e-47  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.164014  normal  0.0135399 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3605  tRNA pseudouridine synthase B  44.59 
 
 		 314 aa  191  2e-47  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0918  tRNA pseudouridine synthase B  46.15 
 
 		 314 aa  191  2e-47  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1093  tRNA pseudouridine synthase B  44.75 
 
 		 317 aa  190  2e-47  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0247742 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1478  tRNA pseudouridine synthase B  42.26 
 
 		 310 aa  190  2e-47  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1291  tRNA pseudouridine synthase B  37.83 
 
 		 314 aa  189  2.9999999999999997e-47  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.227253  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1742  tRNA pseudouridine synthase B  41.57 
 
 		 302 aa  189  4e-47  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  decreased coverage  0.00438072  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2562  tRNA pseudouridine synthase B  44.7 
 
 		 311 aa  189  5.999999999999999e-47  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0616361  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0963  tRNA pseudouridine synthase B  46.12 
 
 		 315 aa  189  5.999999999999999e-47  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0397132  normal  0.0378785 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2832  tRNA pseudouridine synthase B  45.02 
 
 		 318 aa  188  7e-47  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.478015  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03033  tRNA pseudouridine synthase B  44.14 
 
 		 314 aa  188  8e-47  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.975802  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0539  tRNA pseudouridine synthase B  44.14 
 
 		 314 aa  188  8e-47  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3358  tRNA pseudouridine synthase B  44.14 
 
 		 314 aa  188  8e-47  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.928747  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02984  hypothetical protein  44.14 
 
 		 314 aa  188  8e-47  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0532  tRNA pseudouridine synthase B  44.14 
 
 		 314 aa  188  8e-47  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000405191 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1032  tRNA pseudouridine synthase B  44.29 
 
 		 317 aa  188  8e-47  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.358719  hitchhiker  0.0000301922 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3462  tRNA pseudouridine synthase B  44.14 
 
 		 314 aa  188  8e-47  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.266438 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3579  tRNA pseudouridine synthase B  45.93 
 
 		 314 aa  188  9e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.911389  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>