212 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mnod_1540 on replicon NC_011894
Organism: Methylobacterium nodulans ORS 2060



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011894  Mnod_1540  putative mRNA 3-end processing factor  100 
 
 		 345 aa  692    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0629  putative mRNA 3-end processing factor  92.35 
 
 		 365 aa  633  1e-180  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.88354  decreased coverage  0.00579405 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3431  putative mRNA 3-end processing factor  84.96 
 
 		 352 aa  589  1e-167  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.194998  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3560  putative mRNA 3-end processing factor  84.37 
 
 		 352 aa  585  1e-166  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.146642  normal  0.26456 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3236  putative mRNA 3-end processing factor  84.07 
 
 		 352 aa  583  1.0000000000000001e-165  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.193513 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3692  putative mRNA 3-end processing factor  83.14 
 
 		 351 aa  570  1e-161  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0871  putative metallo-hydrolase/oxidoreductase  71.21 
 
 		 348 aa  489  1e-137  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0130781  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0794  putative mRNA 3-end processing factor  70.59 
 
 		 349 aa  489  1e-137  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.682803 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4616  putative mRNA 3-end processing factor  70.91 
 
 		 351 aa  481  1e-135  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0750  putative mRNA 3-end processing factor  70.43 
 
 		 356 aa  478  1e-134  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.398364 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0799  putative metallo-hydrolase/oxidoreductase  70.18 
 
 		 348 aa  475  1e-133  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.187593  normal  0.0112138 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0552  hypothetical protein  68.05 
 
 		 347 aa  472  1e-132  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0260  putative mRNA 3-end processing factor  67.88 
 
 		 344 aa  451  1e-125  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00946134 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0031  putative mRNA 3-end processing factor  66.46 
 
 		 334 aa  443  1e-123  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.321442  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0461  hypothetical protein  66.57 
 
 		 390 aa  440  9.999999999999999e-123  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2803  putative mRNA 3-end processing factor  63.91 
 
 		 338 aa  441  9.999999999999999e-123  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.196277 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1471  putative mRNA 3-end processing factor  62.24 
 
 		 348 aa  437  1e-121  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4043  putative mRNA 3-end processing factor  62.65 
 
 		 337 aa  430  1e-119  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1072  putative mRNA 3-end processing factor  62.73 
 
 		 344 aa  426  1e-118  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.0686869 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0913  putative exonuclease protein involved in mRNA processing  61.61 
 
 		 336 aa  416  9.999999999999999e-116  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.228952 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6008  hypothetical protein  62.09 
 
 		 337 aa  416  9.999999999999999e-116  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0801  putative exonuclease protein involved in mRNA processing  62.28 
 
 		 336 aa  412  1e-114  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.157265 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4896  putative mRNA 3-end processing factor  61.33 
 
 		 335 aa  412  1e-114  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0411  putative exonuclease protein involved in mRNA processing  61.21 
 
 		 329 aa  397  1e-109  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.894409 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00669  RNA procession exonuclease-like protein  58.26 
 
 		 338 aa  384  1e-105  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0289  putative mRNA 3-end processing factor  58.95 
 
 		 337 aa  381  1e-104  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.640549 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3978  RNA procession exonuclease-like protein  59.13 
 
 		 371 aa  379  1e-104  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.107304  normal  0.652273 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1612  RNA procession exonuclease-like protein  60.74 
 
 		 354 aa  376  1e-103  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0067  putative mRNA 3-end processing factor  56.04 
 
 		 357 aa  337  1.9999999999999998e-91  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01738  mRNA 3'-end processing factor  50.15 
 
 		 340 aa  279  5e-74  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2959  mRNA 3'-end processing factor  48.47 
 
 		 332 aa  273  3e-72  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.624115  hitchhiker  0.0000489273 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1042  exonuclease  45.57 
 
 		 328 aa  271  1e-71  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.251284  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4860  putative mRNA 3-end processing factor  46.24 
 
 		 375 aa  266  4e-70  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2916  mRNA 3'-end processing factor  42.11 
 
 		 362 aa  253  3e-66  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0374  putative mRNA 3-end processing factor  42.61 
 
 		 371 aa  251  1e-65  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0305  putative mRNA 3-end processing factor  44.77 
 
 		 366 aa  250  3e-65  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3043  putative mRNA 3-end processing factor  44.82 
 
 		 346 aa  248  1e-64  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0285628  normal  0.582199 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0310  putative mRNA 3-end processing factor  44.48 
 
 		 366 aa  247  2e-64  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.169646 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1460  exonuclease involved in mRNA processing  44.14 
 
 		 328 aa  244  1.9999999999999999e-63  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.562175  normal  0.133127 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1582  RNA procession exonuclease-like protein  44.18 
 
 		 332 aa  243  3e-63  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3896  hypothetical protein  42.15 
 
 		 368 aa  242  7e-63  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.170406  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1077  putative mRNA 3-end processing factor  45.19 
 
 		 383 aa  240  2.9999999999999997e-62  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2414  hypothetical protein  45.19 
 
 		 383 aa  239  5.999999999999999e-62  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2196  RNA procession exonuclease-like protein  43.86 
 
 		 335 aa  235  6e-61  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.260801  hitchhiker  0.00381998 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1106  RNA processing exonuclease  43.98 
 
 		 338 aa  234  1.0000000000000001e-60  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.599734 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5293  putative exonuclease involved in mRNA processing  43.18 
 
 		 382 aa  234  1.0000000000000001e-60  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1146  RNA procession exonuclease-like protein  43.98 
 
 		 338 aa  234  2.0000000000000002e-60  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.39024 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1568  RNA procession exonuclease-like protein  44.57 
 
 		 358 aa  234  2.0000000000000002e-60  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.359999 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4306  RNA procession exonuclease-like protein  44.14 
 
 		 338 aa  232  9e-60  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1314  putative exonuclease involved in mRNA processing  44.25 
 
 		 383 aa  230  2e-59  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0772701  normal  0.174474 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1519  hypothetical protein  43.55 
 
 		 340 aa  230  2e-59  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.244581 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1135  RNA procession exonuclease-like protein  43.15 
 
 		 338 aa  230  2e-59  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.775803  normal  1 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_07841  beta-lactamase fold exonuclease  32.53 
 
 		 328 aa  229  6e-59  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.110589  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2665  putative mRNA 3-end processing factor  42.95 
 
 		 335 aa  229  7e-59  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.14848 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3872  hypothetical protein  40.17 
 
 		 348 aa  228  8e-59  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.187912 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4134  hypothetical protein  40.59 
 
 		 348 aa  228  1e-58  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1212  hypothetical protein  42.27 
 
 		 344 aa  228  2e-58  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.766488 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4681  putative exonuclease involved in mRNA processing  44.15 
 
 		 350 aa  226  3e-58  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.388572  normal  0.0823984 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2587  hypothetical protein  44.02 
 
 		 342 aa  226  6e-58  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00136385 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_08581  RNA processing exonuclease  33.98 
 
 		 330 aa  223  3e-57  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.0814782  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0734  hypothetical protein  32.23 
 
 		 328 aa  220  3e-56  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.536853  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6856  hypothetical protein  37.2 
 
 		 340 aa  219  5e-56  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.166328 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_07841  RNA processing exonuclease  31.66 
 
 		 328 aa  218  1e-55  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.160717  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3335  RNA procession exonuclease  37.3 
 
 		 383 aa  213  2.9999999999999995e-54  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2561  putative mRNA 3-end processing factor  36.72 
 
 		 332 aa  212  9e-54  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3523  RNA procession exonuclease  38.03 
 
 		 349 aa  208  8e-53  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1754  RNA procession exonuclease-like protein  36.2 
 
 		 351 aa  199  5e-50  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1406  RNA procession exonuclease-like protein  34.64 
 
 		 313 aa  196  6e-49  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.0847473 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_02275  hypothetical protein  33.72 
 
 		 347 aa  194  2e-48  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0150  exonuclease of the beta-lactamase fold involved in RNA processing-like protein  38.37 
 
 		 355 aa  191  1e-47  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0072  putative mRNA 3'-end processing factor  35.15 
 
 		 330 aa  144  3e-33  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0060  putative mRNA 3'-end processing factor  34.85 
 
 		 330 aa  142  8e-33  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0055  putative mRNA 3'-end processing factor  35.6 
 
 		 330 aa  142  9e-33  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0057  putative mRNA 3'-end processing factor  33.55 
 
 		 330 aa  135  1.9999999999999998e-30  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.251824 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3148  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  26.63 
 
 		 1017 aa  112  9e-24  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.331414  normal  0.459978 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1883  putative mRNA 3-end processing factor  30.15 
 
 		 327 aa  96.7  5e-19  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.115808  normal  1 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1043  putative mRNA 3-end processing factor  31.49 
 
 		 319 aa  95.5  1e-18  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    hitchhiker  0.0008566 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1113  hypothetical protein  25.6 
 
 		 321 aa  94.4  3e-18  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.704257 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1313  beta-lactamase domain-containing protein  31.86 
 
 		 315 aa  85.5  0.000000000000001  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.143027  normal  0.259963 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0973  putative mRNA 3-end processing factor  28.99 
 
 		 314 aa  84.3  0.000000000000003  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  0.289039 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1169  conserved hypothetical protein  26.67 
 
 		 328 aa  79.3  0.00000000000009  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.561924  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2308  hypothetical protein  29.74 
 
 		 339 aa  77.8  0.0000000000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.146289  normal  0.484856 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0149  RNA procession exonuclease-like protein  26.64 
 
 		 327 aa  76.6  0.0000000000005  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  0.0104249 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0788  putative mRNA 3-end processing factor  26.56 
 
 		 317 aa  73.6  0.000000000005  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1852  putative mRNA 3-end processing factor  28.57 
 
 		 337 aa  73.2  0.000000000006  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.681251  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2554  beta-lactamase domain protein  27.25 
 
 		 667 aa  69.7  0.00000000007  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.0000946841  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1132  hypothetical protein  29.5 
 
 		 328 aa  68.2  0.0000000002  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  decreased coverage  0.00888  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1910  beta-lactamase domain protein  26.05 
 
 		 652 aa  67  0.0000000005  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.0000293974  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2687  beta-lactamase domain protein  23.57 
 
 		 591 aa  66.2  0.0000000008  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3493  metallo-beta-lactamase family protein  30.26 
 
 		 468 aa  64.3  0.000000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.828376  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1028  beta-lactamase domain-containing protein  20.85 
 
 		 616 aa  62.4  0.00000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0375  beta-lactamase-like protein  26.89 
 
 		 636 aa  61.2  0.00000002  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  decreased coverage  0.0000359908  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0621  beta-lactamase domain-containing protein  27.27 
 
 		 317 aa  60.5  0.00000004  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1047  beta-lactamase domain-containing protein  20.29 
 
 		 426 aa  60.5  0.00000004  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1361  beta-lactamase domain protein  25.6 
 
 		 422 aa  59.7  0.00000007  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0446  beta-lactamase domain-containing protein  31.01 
 
 		 428 aa  58.2  0.0000002  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.279355  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0193  cleavage and polyadenylation specificity factor  27.31 
 
 		 637 aa  57  0.0000004  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.209182  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3425  metallo-beta-lactamase superfamily protein  25.38 
 
 		 451 aa  57.4  0.0000004  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2691  beta-lactamase domain-containing protein  29.82 
 
 		 452 aa  57.4  0.0000004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.770917  normal  0.585542 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0351  beta-lactamase domain-containing protein  28.51 
 
 		 472 aa  56.6  0.0000007  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.766684  normal  0.755187 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>