280 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mext_0003 on replicon NC_010172
Organism: Methylobacterium extorquens PA1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010725  Mpop_0004  DNA replication and repair protein RecF  95.53 
 
 
385 aa  710  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.350342  normal  0.69961 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0003  DNA replication and repair protein RecF  100 
 
 
384 aa  739  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.64703  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0004  DNA replication and repair protein RecF  97.92 
 
 
385 aa  729  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.615543  normal  0.382944 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2240  DNA replication and repair protein RecF  83.06 
 
 
384 aa  592  1e-168  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.123005  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0003  DNA replication and repair protein RecF  79.14 
 
 
382 aa  571  1e-162  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.45272  normal  0.393317 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0003  DNA replication and repair protein RecF  78.88 
 
 
382 aa  567  1e-160  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.241044  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3222  DNA replication and repair protein RecF  58.81 
 
 
398 aa  382  1e-105  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000505165 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0004  recombination protein F  54.69 
 
 
378 aa  367  1e-100  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.949729  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0003  recombination protein F  55.23 
 
 
378 aa  363  2e-99  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.552608  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0003  recombination protein F  54.4 
 
 
379 aa  362  8e-99  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0003  recombination protein F  54.52 
 
 
379 aa  357  1e-97  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0004  recombination protein F  52.83 
 
 
378 aa  353  4e-96  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.914523  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0003  recombination protein F  53.35 
 
 
385 aa  351  1e-95  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.323939 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3146  DNA replication and repair protein RecF  57.03 
 
 
403 aa  348  1e-94  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.522741  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0003  recombination protein F  50.8 
 
 
391 aa  344  1e-93  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.671854  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4092  recombination protein F  50.53 
 
 
374 aa  340  2e-92  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0003  recombination protein F  56.42 
 
 
378 aa  339  5e-92  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.322535  hitchhiker  8.74576e-07 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4412  recombination protein F  50.27 
 
 
374 aa  339  5e-92  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.92335  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0003  recombination protein F  54.3 
 
 
379 aa  333  3e-90  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0714428  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0311  recombination protein F  50 
 
 
374 aa  328  9e-89  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.406883  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3395  recombination protein F  50.8 
 
 
409 aa  317  2e-85  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.714394  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0005  recombination protein F  51.34 
 
 
387 aa  313  2e-84  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0003  recombination protein F  50.13 
 
 
384 aa  313  4e-84  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0005  DNA replication and repair protein RecF  52.67 
 
 
412 aa  308  7e-83  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0464034  hitchhiker  1.05963e-21 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0003  recombination protein F  49.61 
 
 
384 aa  308  1e-82  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.0080717  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1277  recombination protein F  44.65 
 
 
378 aa  276  3e-73  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  1.19843e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1153  recombination protein F  49.73 
 
 
357 aa  264  2e-69  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.409843  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2800  recombination protein F  49.87 
 
 
356 aa  260  2e-68  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.127366 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0003  recombination protein F  45.18 
 
 
357 aa  248  1e-64  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0791811  normal  0.40226 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0003  recombination protein F  44.5 
 
 
375 aa  245  8e-64  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0013  recombination protein F  44.92 
 
 
363 aa  244  2e-63  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0003  recombination protein F  42.78 
 
 
375 aa  241  2e-62  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0004  recombination protein F  44.74 
 
 
363 aa  241  2e-62  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  hitchhiker  3.68793e-06 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1344  recombination protein F  44.39 
 
 
368 aa  240  4e-62  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3375  recombination protein F  39.95 
 
 
361 aa  226  5e-58  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2835  recombination protein F  41.58 
 
 
358 aa  226  5e-58  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0003  DNA replication and repair protein RecF  45.87 
 
 
384 aa  222  8e-57  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  hitchhiker  0.000323741  normal  0.930359 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1707  recombination protein F  45.58 
 
 
369 aa  219  6e-56  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.812314  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0158  recombination protein F  43.65 
 
 
392 aa  218  2e-55  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.43131  normal  0.105898 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0003  recombination protein F  41.94 
 
 
373 aa  190  4e-47  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0582  recombination protein F  41.09 
 
 
379 aa  186  5e-46  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.829059  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0076  recombination protein F  28.28 
 
 
372 aa  164  2e-39  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0045  recombination protein F  27.78 
 
 
372 aa  161  2e-38  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.498392  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD1286  recombination protein F  27.22 
 
 
365 aa  149  1e-34  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0199  putative DNA replication and repair protein RecF  28.89 
 
 
349 aa  127  3e-28  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  hitchhiker  0.00154503  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0004  DNA replication and repair protein RecF  24.24 
 
 
386 aa  124  3e-27  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00780262  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0003  recombination protein F  29.94 
 
 
370 aa  123  5e-27  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.715959  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0004  DNA replication and repair protein RecF  24.52 
 
 
376 aa  119  8e-26  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0003  DNA replication and repair protein RecF  32.68 
 
 
372 aa  118  2e-25  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0003  recombination protein F  29.84 
 
 
361 aa  116  7e-25  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0661286  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0003  DNA replication and repair protein RecF  32.68 
 
 
372 aa  116  8e-25  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0003  recombination protein F  29.84 
 
 
361 aa  114  3e-24  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0385213  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0003  recombination protein F  28.76 
 
 
361 aa  114  3e-24  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.279219  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2374  DNA replication and repair protein RecF  26.74 
 
 
369 aa  113  4e-24  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0003  recombination protein F  28.34 
 
 
367 aa  112  2e-23  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.801088  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0003  recombination protein F  28.49 
 
 
361 aa  111  2e-23  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0110624  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0003  DNA replication and repair protein RecF  33.33 
 
 
382 aa  110  3e-23  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0004  DNA replication and repair protein RecF  23.3 
 
 
372 aa  109  7e-23  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.370076  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0003  recombination protein F  28.73 
 
 
367 aa  107  3e-22  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0003  DNA replication and repair protein RecF  26.69 
 
 
357 aa  107  4e-22  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  1.67718e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0003  recombination protein F  28.65 
 
 
369 aa  107  4e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0003  DNA replication and repair protein RecF  31.98 
 
 
372 aa  106  6e-22  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00030  recombination protein F  28.65 
 
 
369 aa  106  7e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002620  TC0346  recombination protein F  24.66 
 
 
365 aa  106  7e-22  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.105676  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0003  DNA replication and repair protein RecF  31.64 
 
 
369 aa  106  7e-22  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.979634 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0003  DNA replication and repair protein RecF  27.89 
 
 
367 aa  105  1e-21  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0138  recombination protein F  25.98 
 
 
358 aa  105  1e-21  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0003  DNA replication and repair protein  26.69 
 
 
357 aa  105  1e-21  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0109066  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2436  DNA replication and repair protein RecF  28.92 
 
 
398 aa  104  2e-21  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.532549  normal  0.0198697 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0003  recombination protein F  27.43 
 
 
368 aa  105  2e-21  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000843052  unclonable  5.12174e-12 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4121  recombination protein F  29.02 
 
 
357 aa  104  2e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.976477  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03527  hypothetical protein  29.31 
 
 
357 aa  104  2e-21  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.367538  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3913  recombination protein F  29.31 
 
 
357 aa  104  2e-21  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00221081  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03583  recombination protein F  29.31 
 
 
357 aa  104  2e-21  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.517201  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4225  recombination protein F  29.31 
 
 
357 aa  105  2e-21  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.164466  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5128  recombination protein F  29.31 
 
 
357 aa  104  2e-21  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.010515  normal  0.212432 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4170  recombination protein F  29.02 
 
 
357 aa  104  2e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0248786  normal  0.357156 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0003  recombination protein F  29.31 
 
 
357 aa  104  2e-21  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0566679  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4065  recombination protein F  29.31 
 
 
357 aa  104  2e-21  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0837895  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0003  DNA replication and repair protein RecF  22.41 
 
 
362 aa  105  2e-21  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  1.15018e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4210  recombination protein F  29.31 
 
 
357 aa  104  2e-21  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  8.37842e-06  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0003  DNA replication and repair protein RecF  29.31 
 
 
357 aa  104  2e-21  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.877523  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0003  recombination protein F  28.91 
 
 
367 aa  104  3e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000153172  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4228  recombination protein F  29.02 
 
 
357 aa  103  4e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4064  recombination protein F  29.02 
 
 
357 aa  103  4e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.146428  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0003  DNA replication and repair protein RecF  30.03 
 
 
357 aa  103  5e-21  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.795799 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0005  recombination protein F  28 
 
 
367 aa  103  7e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4048  recombination protein F  29.02 
 
 
357 aa  102  9e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.331316  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0003  recombination protein F  28.93 
 
 
357 aa  102  1e-20  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  7.48335e-05  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0003  recombination protein F  27.73 
 
 
367 aa  102  1e-20  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.510695  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0003  DNA replication and repair protein RecF  28.65 
 
 
360 aa  102  1e-20  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0698954  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0003  DNA replication and repair protein RecF  25.78 
 
 
364 aa  101  2e-20  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0053  DNA replication and repair protein RecF  32.35 
 
 
347 aa  101  2e-20  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0003  recombination protein F  25.99 
 
 
364 aa  100  3e-20  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0003  RecF protein  27.62 
 
 
367 aa  100  4e-20  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0312936  normal  0.12892 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0003  DNA replication and repair protein RecF  28.89 
 
 
382 aa  100  4e-20  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0003  recombination protein F  27.47 
 
 
367 aa  99.8  7e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.113705  normal  0.121048 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0534  DNA replication and repair protein RecF  22.14 
 
 
367 aa  98.6  1e-19  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.921957  hitchhiker  2.41058e-09 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0012  recombination protein F  27.47 
 
 
367 aa  99.4  1e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  2.50595e-05 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0004  DNA replication and repair protein RecF  27.09 
 
 
373 aa  98.2  2e-19  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.346024  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>