96 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene MADE_01615 on replicon NC_011138
Organism: Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011138  MADE_01615  regulator of pathogenicity factors  100 
 
 		 440 aa  908    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00130056  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00490  regulator of pathogenicity factors  54.96 
 
 		 425 aa  470  1.0000000000000001e-131  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2033  Carbohydrate-selective porin OprB  52.4 
 
 		 417 aa  436  1e-121  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1190  Carbohydrate-selective porin OprB  52.85 
 
 		 501 aa  405  1.0000000000000001e-112  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1331  carbohydrate-selective porin OprB  44.59 
 
 		 510 aa  336  5.999999999999999e-91  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.901069  hitchhiker  0.00588319 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2950  glucose-sensitive porin  29.44 
 
 		 452 aa  182  1e-44  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.393124  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1943  outer membrane porin OprB precursor  30.37 
 
 		 454 aa  179  7e-44  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34960  glucose-sensitive porin  28.99 
 
 		 452 aa  178  1e-43  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000209451  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23030  glucose/carbohydrate outer membrane porin OprB precursor  29.88 
 
 		 454 aa  176  6e-43  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0211738 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4205  carbohydrate-selective porin OprB  28.1 
 
 		 447 aa  167  5e-40  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1019  porin B  28.54 
 
 		 447 aa  166  6.9999999999999995e-40  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1057  carbohydrate-selective porin OprB  28.54 
 
 		 447 aa  166  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.177917  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1017  carbohydrate-selective porin OprB  29.48 
 
 		 447 aa  165  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.134295  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1082  carbohydrate-selective porin OprB  28.89 
 
 		 448 aa  162  8.000000000000001e-39  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0774059  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4576  carbohydrate-selective porin OprB  30.6 
 
 		 453 aa  162  8.000000000000001e-39  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1445  porin B  29.88 
 
 		 444 aa  160  3e-38  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.374886  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4276  carbohydrate-selective porin OprB  29.63 
 
 		 444 aa  159  7e-38  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.308576  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1117  carbohydrate-selective porin OprB  27.09 
 
 		 453 aa  155  1e-36  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00415727  normal  0.584211 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1296  porin B  27.52 
 
 		 453 aa  154  4e-36  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.329329  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4360  carbohydrate-selective porin OprB  29.14 
 
 		 444 aa  153  7e-36  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.081551  normal  0.195321 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2998  Carbohydrate-selective porin OprB  26.4 
 
 		 534 aa  144  4e-33  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0740005 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2771  carbohydrate-selective porin OprB  26.17 
 
 		 534 aa  142  9.999999999999999e-33  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.654501  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2894  Carbohydrate-selective porin OprB  26.68 
 
 		 509 aa  140  4.999999999999999e-32  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.292984 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1735  carbohydrate-selective porin OprB  27.57 
 
 		 449 aa  140  6e-32  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0819299 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1115  Carbohydrate-selective porin OprB  27.71 
 
 		 476 aa  139  1e-31  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.967056  normal  0.588415 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2711  carbohydrate-selective porin OprB  27.11 
 
 		 417 aa  138  2e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.695739  normal  0.810589 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4366  carbohydrate-selective porin OprB  26.91 
 
 		 448 aa  138  2e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.00370105  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2204  carbohydrate-selective porin OprB  26.76 
 
 		 422 aa  137  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.329498  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2351  carbohydrate-selective porin OprB  27.25 
 
 		 422 aa  137  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.348926  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RSp1632  putative porin B precursor outer (glucose porin) transmembrane protein  29.14 
 
 		 456 aa  133  6.999999999999999e-30  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2957  carbohydrate-selective porin OprB  26.8 
 
 		 422 aa  133  7.999999999999999e-30  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.107858  normal  0.40455 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3570  carbohydrate-selective porin OprB  26.45 
 
 		 396 aa  131  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.481926  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4912  Carbohydrate-selective porin OprB  28.43 
 
 		 456 aa  129  8.000000000000001e-29  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  decreased coverage  0.00363735  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3835  Carbohydrate-selective porin OprB  28.43 
 
 		 456 aa  129  8.000000000000001e-29  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.899229 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1247  Carbohydrate-selective porin OprB  27.06 
 
 		 512 aa  120  7e-26  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4227  carbohydrate-selective porin OprB  25.97 
 
 		 498 aa  119  9.999999999999999e-26  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.796044  normal  0.013612 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5436  carbohydrate-selective porin, OprB family  27.16 
 
 		 446 aa  118  1.9999999999999998e-25  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.390026  normal  0.345232 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4200  Carbohydrate-selective porin OprB  27.93 
 
 		 482 aa  115  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4737  Carbohydrate-selective porin OprB  24.76 
 
 		 502 aa  112  1.0000000000000001e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0100904  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1762  Carbohydrate-selective porin OprB  25.98 
 
 		 446 aa  110  6e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.259805  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0997  hypothetical protein  26.28 
 
 		 452 aa  105  1e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0854  Carbohydrate-selective porin OprB  26.28 
 
 		 485 aa  102  1e-20  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.648225 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10870  hypothetical protein  25.18 
 
 		 434 aa  101  3e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00009778  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1384  carbohydrate-selective porin OprB  25.49 
 
 		 490 aa  99.8  1e-19  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00262831 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2969  carbohydrate-selective porin OprB  24.93 
 
 		 480 aa  99.4  1e-19  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2528  Carbohydrate-selective porin OprB  23.1 
 
 		 502 aa  99  1e-19  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.310329 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2869  Carbohydrate-selective porin OprB  24.55 
 
 		 490 aa  99  2e-19  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.206481 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3070  carbohydrate-selective porin OprB  24.32 
 
 		 455 aa  99  2e-19  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.681986  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2838  carbohydrate-selective porin OprB  24.32 
 
 		 455 aa  99  2e-19  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.258028  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0870  carbohydrate-selective porin OprB  25.62 
 
 		 481 aa  98.6  2e-19  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.309638  hitchhiker  0.00100235 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1380  Carbohydrate-selective porin OprB  25.74 
 
 		 522 aa  98.2  3e-19  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.768391  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2860  carbohydrate-selective porin OprB  24.07 
 
 		 454 aa  97.4  5e-19  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  decreased coverage  0.00385913  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1659  Carbohydrate-selective porin OprB  25.25 
 
 		 490 aa  95.9  1e-18  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.952267 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4831  Carbohydrate-selective porin OprB  22.39 
 
 		 507 aa  89  1e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0156749  normal  0.100608 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4004  carbohydrate-selective porin OprB  24.26 
 
 		 483 aa  89.4  1e-16  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.415789  normal  0.208066 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4236  carbohydrate-selective porin OprB  24.21 
 
 		 492 aa  89  2e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.269576 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4759  carbohydrate-selective porin OprB  24.58 
 
 		 494 aa  87.8  3e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.15964  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0267  carbohydrate porin  25.39 
 
 		 514 aa  86.7  7e-16  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1290  Carbohydrate-selective porin OprB  24.38 
 
 		 492 aa  85.5  0.000000000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1832  carbohydrate porin  22.89 
 
 		 474 aa  85.5  0.000000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.325541  normal  0.378247 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3564  Carbohydrate-selective porin OprB  24.38 
 
 		 486 aa  85.5  0.000000000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3023  carbohydrate porin  24.41 
 
 		 504 aa  83.2  0.000000000000008  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0296  carbohydrate porin  24.41 
 
 		 504 aa  83.2  0.000000000000008  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0309  carbohydrate porin  24.41 
 
 		 504 aa  83.2  0.000000000000008  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2652  carbohydrate porin  24.41 
 
 		 504 aa  83.2  0.000000000000008  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.486905  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2070  carbohydrate porin  24.41 
 
 		 504 aa  83.2  0.000000000000008  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0489  carbohydrate porin  24.41 
 
 		 504 aa  83.2  0.000000000000008  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3354  carbohydrate porin  24.41 
 
 		 504 aa  83.2  0.000000000000008  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3373  carbohydrate-selective porin OprB  24.13 
 
 		 486 aa  83.2  0.000000000000009  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.389462  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1436  Carbohydrate-selective porin OprB  24.13 
 
 		 481 aa  82.8  0.00000000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.624825  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3682  Carbohydrate-selective porin OprB  24.13 
 
 		 486 aa  82.4  0.00000000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1274  carbohydrate-selective porin OprB  24.13 
 
 		 494 aa  82.8  0.00000000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3503  carbohydrate-selective porin OprB  23.83 
 
 		 514 aa  82  0.00000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.488626  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4863  carbohydrate-selective porin OprB  23.83 
 
 		 514 aa  82  0.00000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5422  carbohydrate-selective porin OprB  23.83 
 
 		 493 aa  82  0.00000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.585602  normal  0.389505 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0904  Carbohydrate-selective porin OprB  21.8 
 
 		 481 aa  80.9  0.00000000000004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0673705 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5528  Carbohydrate-selective porin OprB  23.79 
 
 		 459 aa  79.3  0.0000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0703948  hitchhiker  0.0000405618 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0852  carbohydrate-selective porin OprB  23.79 
 
 		 495 aa  78.2  0.0000000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00942997 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3953  carbohydrate-selective porin OprB  22.44 
 
 		 488 aa  77.8  0.0000000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0268403  normal  0.112791 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1821  Carbohydrate-selective porin OprB  23.54 
 
 		 486 aa  77.4  0.0000000000005  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2023  Carbohydrate-selective porin protein  25.08 
 
 		 477 aa  73.9  0.000000000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0980968  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5314  Carbohydrate-selective porin  24.41 
 
 		 459 aa  73.2  0.00000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.385247  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3558  carbohydrate-selective porin OprB  24.02 
 
 		 534 aa  70.9  0.00000000004  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2156  carbohydrate-selective porin OprB  22.17 
 
 		 478 aa  68.9  0.0000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7680  porin B  27.52 
 
 		 464 aa  67  0.0000000006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  unclonable  0.00131365  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3797  Carbohydrate-selective porin OprB  23.56 
 
 		 484 aa  65.9  0.000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.577348 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3489  carbohydrate-selective porin OprB  22.33 
 
 		 493 aa  64.7  0.000000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3871  Carbohydrate-selective porin OprB  23.93 
 
 		 484 aa  64.3  0.000000005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0231495 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5080  Carbohydrate-selective porin  25.07 
 
 		 449 aa  63.2  0.000000009  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.66418  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1063  Carbohydrate-selective porin OprB  21.27 
 
 		 473 aa  61.2  0.00000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.659002 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3053  hypothetical protein  27.04 
 
 		 253 aa  60.5  0.00000006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0310931  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_19511  hypothetical protein  21.79 
 
 		 452 aa  53.1  0.00001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3629  carbohydrate-selective porin OprB  24.63 
 
 		 444 aa  51.6  0.00003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.419401  decreased coverage  0.00176786 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1597  carbohydrate-selective porin OprB  30.38 
 
 		 480 aa  45.8  0.001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0966255  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2522  carbohydrate-selective porin, OprB family  22.06 
 
 		 418 aa  45.4  0.002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0118751  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2150  Carbohydrate-selective porin OprB  22.06 
 
 		 418 aa  45.4  0.002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  decreased coverage  0.000000322479  hitchhiker  0.00030161 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>