More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Hoch_6830 on replicon NC_013440
Organism: Haliangium ochraceum DSM 14365



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013440  Hoch_6830  pseudouridine synthase, RluA family  100 
 
 		 303 aa  600  1.0000000000000001e-171  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0107  pseudouridine synthase, RluA family  37.97 
 
 		 304 aa  169  5e-41  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2104  RluA family pseudouridine synthase  34.74 
 
 		 306 aa  167  2e-40  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1911  pseudouridine synthase, RluA family  38.34 
 
 		 304 aa  166  2.9999999999999998e-40  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2719  RluA family pseudouridine synthase  35.87 
 
 		 332 aa  166  5e-40  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.344852  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0212  RluA family pseudouridine synthase  42.66 
 
 		 298 aa  166  5.9999999999999996e-40  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.935896  normal  0.204158 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3146  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  36.5 
 
 		 343 aa  166  5.9999999999999996e-40  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.19664  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0254  RluA family pseudouridine synthase  39.45 
 
 		 316 aa  164  1.0000000000000001e-39  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00128568  normal  0.0139126 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1818  pseudouridine synthase  34.09 
 
 		 306 aa  164  1.0000000000000001e-39  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.05074  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6848  RluA family pseudouridine synthase  38.72 
 
 		 336 aa  162  9e-39  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2308  pseudouridine synthase, RluA family  38.86 
 
 		 342 aa  161  1e-38  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0234443 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3536  ribosomal large subunit pseudouridine synthase RluD subfamily  34.56 
 
 		 342 aa  161  1e-38  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.618363  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0061  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  36.96 
 
 		 321 aa  161  1e-38  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.102185  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0372  pseudouridine synthase, RluA family  35.12 
 
 		 334 aa  160  2e-38  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.544933  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0282  RluA family pseudouridine synthase  40.25 
 
 		 315 aa  159  6e-38  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.418859  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3196  RluA family pseudouridine synthase  35.06 
 
 		 315 aa  159  8e-38  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5641  RluA family pseudouridine synthase  38.41 
 
 		 334 aa  158  1e-37  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0784245  normal  0.0662389 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7584  pseudouridine synthase, RluA family  37.91 
 
 		 337 aa  158  1e-37  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0816319  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0473  RluA family pseudouridine synthase  35.62 
 
 		 311 aa  157  2e-37  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0458  RluA family pseudouridine synthase  35.29 
 
 		 311 aa  157  2e-37  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2613  RluA family pseudouridine synthase  35.03 
 
 		 343 aa  157  2e-37  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2950  suppressor of ftsH mutation  35.83 
 
 		 326 aa  156  3e-37  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2467  pseudouridine synthase, RluA family  37.65 
 
 		 322 aa  157  3e-37  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.373438  normal  0.235173 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0482  pseudouridine synthase, RluA family  35.89 
 
 		 326 aa  156  4e-37  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.147798  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2406  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  35.31 
 
 		 335 aa  156  5.0000000000000005e-37  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0234677  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1303  pseudouridine synthase, RluA family  38.68 
 
 		 314 aa  156  5.0000000000000005e-37  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1111  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  35.37 
 
 		 343 aa  155  8e-37  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.522532  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0908  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  36.3 
 
 		 303 aa  155  9e-37  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00261324  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0736  RluA family pseudouridine synthase  32.7 
 
 		 319 aa  154  1e-36  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1286  pseudouridylate synthase  34.75 
 
 		 305 aa  155  1e-36  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.00677773  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0454  pseudouridine synthase RluD  34.94 
 
 		 324 aa  154  2e-36  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.256268 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2118  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  36.09 
 
 		 337 aa  154  2e-36  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0218  pseudouridine synthase, RluA family  39.46 
 
 		 301 aa  152  7e-36  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.805878  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2289  pseudouridine synthase, RluA family  36.93 
 
 		 310 aa  152  8e-36  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.677026 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6759  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  35.71 
 
 		 326 aa  151  1e-35  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0207  pseudouridine synthase, RluA family  39.46 
 
 		 302 aa  151  1e-35  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.604096  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1598  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  34.95 
 
 		 334 aa  151  1e-35  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.8835  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1651  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  34.95 
 
 		 347 aa  150  2e-35  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2409  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  38.05 
 
 		 349 aa  150  2e-35  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0949  RluA family pseudouridine synthase  36.86 
 
 		 309 aa  150  2e-35  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0881  RluA family pseudouridine synthase  35.74 
 
 		 320 aa  150  2e-35  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000267472  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0348  RluA family pseudouridine synthase  39.02 
 
 		 346 aa  150  3e-35  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0610  pseudouridine synthase, RluA family  33.22 
 
 		 304 aa  150  3e-35  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0358231  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0947  pseudouridine synthase, RluA family  38.87 
 
 		 345 aa  149  4e-35  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.48756 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1072  RluA family pseudouridine synthase  38.05 
 
 		 349 aa  150  4e-35  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0863187  normal  0.714428 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0473  pseudouridine synthase, RluA family  33.03 
 
 		 322 aa  149  5e-35  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000500273 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1985  RluA family pseudouridine synthase  36.11 
 
 		 377 aa  149  6e-35  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.122684  normal  0.0341634 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2363  pseudouridine synthase, RluA family  33.88 
 
 		 305 aa  149  8e-35  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1041  pseudouridine synthase, RluA family  36.27 
 
 		 304 aa  148  9e-35  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.0000000000866742  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3944  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  33.44 
 
 		 302 aa  148  1.0000000000000001e-34  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000328194  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3937  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  33.44 
 
 		 302 aa  147  2.0000000000000003e-34  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.000000762664  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3906  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  33.44 
 
 		 302 aa  147  2.0000000000000003e-34  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000340417 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3743  RNA pseudouridylate synthase  33.44 
 
 		 302 aa  147  2.0000000000000003e-34  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00315275  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3459  pseudouridine synthase, RluA family  35.03 
 
 		 319 aa  147  2.0000000000000003e-34  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0345  RluA family pseudouridine synthase  35.85 
 
 		 351 aa  147  2.0000000000000003e-34  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2541  RluA family pseudouridine synthase  34.81 
 
 		 302 aa  147  2.0000000000000003e-34  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.15335  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3634  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  33.44 
 
 		 302 aa  147  3e-34  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0043574  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3651  pseudouridylate synthase (pseudouridine synthase)  33.12 
 
 		 302 aa  147  3e-34  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000000169242  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0665  hypothetical protein  33.44 
 
 		 341 aa  147  3e-34  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3435  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  36.91 
 
 		 319 aa  147  3e-34  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0008  pseudouridine synthase, RluA family  34.97 
 
 		 323 aa  147  3e-34  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3396  pseudouridine synthase, RluA family  35.03 
 
 		 319 aa  146  3e-34  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.685542  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0082  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  36.31 
 
 		 322 aa  146  5e-34  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3127  pseudouridine synthase, RluA family  38.05 
 
 		 327 aa  146  5e-34  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3046  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  36.79 
 
 		 332 aa  145  6e-34  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0359  pseudouridine synthase RluD  34.94 
 
 		 426 aa  145  6e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000104546 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1600  pseudouridine synthase, RluA family  34.42 
 
 		 525 aa  145  7.0000000000000006e-34  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.220651  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1604  pseudouridine synthase, RluA family  35.94 
 
 		 331 aa  145  7.0000000000000006e-34  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.357256  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4031  ribosomal large subunit pseudouridine synthase  33.12 
 
 		 302 aa  145  9e-34  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00039208  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3343  pseudouridine synthase, RluA family  35.98 
 
 		 341 aa  145  1e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0105982 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2620  RluA family pseudouridine synthase  31.8 
 
 		 347 aa  145  1e-33  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1281  RluA family pseudouridine synthase  33.33 
 
 		 305 aa  144  2e-33  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.71357  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1256  RluA family pseudouridine synthase  33.33 
 
 		 305 aa  144  2e-33  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2903  RluA family pseudouridine synthase  34.91 
 
 		 323 aa  144  2e-33  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0413037  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0606  pseudouridine synthase RluD  34.3 
 
 		 391 aa  144  2e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.32929  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0989  RluA family pseudouridine synthase  33.77 
 
 		 306 aa  144  2e-33  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  decreased coverage  0.00899774  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1573  RluA family pseudouridine synthase  35.82 
 
 		 349 aa  144  2e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0105453  normal  0.522178 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2164  RluA family pseudouridine synthase  36.07 
 
 		 482 aa  144  2e-33  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.317837  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1237  RluA family pseudouridine synthase  34.06 
 
 		 334 aa  144  3e-33  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.289539  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3719  RluA family pseudouridine synthase  32.57 
 
 		 302 aa  143  3e-33  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00132143  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0195  pseudouridine synthase, RluD  39.46 
 
 		 299 aa  143  3e-33  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0653986  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3086  pseudouridine synthase, RluA family  35.98 
 
 		 341 aa  144  3e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.226558 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0929  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  34.84 
 
 		 303 aa  143  3e-33  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2552  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  36.02 
 
 		 313 aa  143  3e-33  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0920144  normal  0.0397584 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4642  pseudouridine synthase, RluA family  31.49 
 
 		 313 aa  143  3e-33  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.0000189125  normal  0.973939 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1580  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  35.16 
 
 		 308 aa  143  4e-33  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0928054  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3353  RNA pseudouridine synthase family protein  35.03 
 
 		 296 aa  142  5e-33  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0622873  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1390  pseudouridine synthase, RluA family  34.41 
 
 		 348 aa  142  5e-33  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.568078 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_08006  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  33.44 
 
 		 356 aa  142  6e-33  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3993  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  32.69 
 
 		 302 aa  142  7e-33  Bacillus cereus B4264  Bacteria  decreased coverage  0.000288046  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1082  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  34.88 
 
 		 301 aa  142  8e-33  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.463864  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1248  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  33.79 
 
 		 302 aa  142  8e-33  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.000362529  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1005  RluA family pseudouridine synthase  37.69 
 
 		 343 aa  141  9.999999999999999e-33  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1572  RluA family pseudouridine synthase  33.33 
 
 		 420 aa  142  9.999999999999999e-33  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00305296  hitchhiker  0.00710721 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0968  pseudouridine synthase, RluA family  37.69 
 
 		 343 aa  141  9.999999999999999e-33  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.431214 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0763  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  32.35 
 
 		 305 aa  140  1.9999999999999998e-32  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3195  pseudouridine synthase, RluA family  34.29 
 
 		 308 aa  141  1.9999999999999998e-32  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00000221583  hitchhiker  0.000231767 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3427  RluA family pseudouridine synthase  36.15 
 
 		 314 aa  140  1.9999999999999998e-32  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0544491 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1673  RluA family pseudouridine synthase  33.02 
 
 		 306 aa  141  1.9999999999999998e-32  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.529944  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0047  pseudouridine synthase, RluD  33.1 
 
 		 295 aa  140  3e-32  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.816819 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>