More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Hoch_4420 on replicon NC_013440
Organism: Haliangium ochraceum DSM 14365



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013440  Hoch_4420  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 316 aa  619  1e-176  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.395777  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0031  transcriptional regulator, LysR family  47.93 
 
 		 312 aa  219  7e-56  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0043  transcriptional regulator, LysR family  47.59 
 
 		 312 aa  218  1e-55  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0028  LysR family transcriptional regulator  46.9 
 
 		 313 aa  205  9e-52  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3156  LysR family transcriptional regulator  35.47 
 
 		 294 aa  145  1e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0970291 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1560  LysR family transcriptional regulator  28.81 
 
 		 291 aa  137  2e-31  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01990  transcriptional regulator transcription regulator protein  36.95 
 
 		 302 aa  135  8e-31  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.473925  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3832  LysR family transcriptional regulator  36.86 
 
 		 290 aa  130  4.0000000000000003e-29  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.524021 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7356  LysR family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 305 aa  128  1.0000000000000001e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.195647  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0343  LysR family transcriptional regulator  34.47 
 
 		 313 aa  127  3e-28  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.294854  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0372  transcriptional regulator, LysR family  33.57 
 
 		 313 aa  126  4.0000000000000003e-28  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.103497  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1517  LysR family transcriptional regulator  32.41 
 
 		 332 aa  126  5e-28  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.0000000321062  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3293  LysR family transcriptional regulator  34.69 
 
 		 301 aa  126  5e-28  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.185242  normal  0.285831 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3951  LysR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 319 aa  125  7e-28  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.358181 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3444  LysR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 323 aa  125  8.000000000000001e-28  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.108164 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4317  LysR family transcriptional regulator  29.77 
 
 		 319 aa  125  9e-28  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3476  LysR family transcriptional regulator  30.1 
 
 		 319 aa  125  9e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0142034 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4049  LysR family transcriptional regulator  29.77 
 
 		 319 aa  125  9e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0950657  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3977  transcriptional regulatory protein  30.98 
 
 		 315 aa  124  2e-27  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.121113 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0359  transcriptional regulator, LysR family  33.92 
 
 		 313 aa  124  2e-27  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0121795  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2031  LysR family transcriptional regulator  30.1 
 
 		 319 aa  123  3e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.810813  normal  0.25422 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2010  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 303 aa  124  3e-27  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.199034 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2606  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 295 aa  124  3e-27  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.681878 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1814  transcriptional regulator, LysR family  33.11 
 
 		 303 aa  123  4e-27  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3705  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 300 aa  122  6e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.217893  normal  0.044305 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3421  LysR family transcriptional regulator  25.84 
 
 		 305 aa  122  7e-27  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4540  LysR family transcriptional regulator  30.41 
 
 		 339 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0590293  normal  0.826937 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2474  LysR family transcriptional regulator  31.69 
 
 		 307 aa  120  1.9999999999999998e-26  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.790384  normal  0.197273 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3433  transcriptional regulator LysR family  32.52 
 
 		 297 aa  120  3e-26  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.955105  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2448  LysR family transcriptional regulator  34.13 
 
 		 303 aa  120  3e-26  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.848866  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1039  transcriptional regulator, LysR family  35.44 
 
 		 311 aa  120  3e-26  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1441  LysR family transcriptional regulator  35.44 
 
 		 322 aa  120  3.9999999999999996e-26  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3944  transcriptional regulator, LysR family  35.52 
 
 		 296 aa  119  4.9999999999999996e-26  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4310  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 304 aa  119  7e-26  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.43061 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1371  LysR family transcriptional regulator  29.63 
 
 		 308 aa  119  7e-26  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5824  transcriptional regulator, LysR family  30.2 
 
 		 317 aa  119  7e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.343425 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2367  LysR family transcriptional regulator  34.84 
 
 		 299 aa  119  9e-26  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.47568  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2895  LysR family transcriptional regulator  35.4 
 
 		 313 aa  118  9.999999999999999e-26  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.521914  normal  0.0431936 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0688  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  26.71 
 
 		 315 aa  118  9.999999999999999e-26  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0242  LysR family transcriptional regulator  29.61 
 
 		 318 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2725  LysR family transcriptional regulator  31.8 
 
 		 283 aa  118  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0977  LysR family transcriptional regulator  35.44 
 
 		 311 aa  117  1.9999999999999998e-25  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.465087  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3247  LysR family transcriptional regulator  36.97 
 
 		 301 aa  117  1.9999999999999998e-25  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1833  LysR family transcriptional regulator  31.63 
 
 		 301 aa  117  3e-25  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.386292  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1766  LysR family transcriptional regulator  31.63 
 
 		 308 aa  117  3e-25  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.13211  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6740  transcriptional regulator, LysR family  29.33 
 
 		 317 aa  117  3e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.217872  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0781  transcriptional regulator, LysR family  26.37 
 
 		 314 aa  117  3.9999999999999997e-25  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3798  transcriptional regulator, LysR family  34.62 
 
 		 298 aa  116  5e-25  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.244352 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3911  transcriptional regulator, LysR family  34.62 
 
 		 298 aa  116  5e-25  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7466  LysR family transcriptional regulator  30.69 
 
 		 290 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.146793  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2523  transcriptional regulator, LysR family  32.23 
 
 		 300 aa  114  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0766  LysR family transcriptional regulator  26.9 
 
 		 338 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.207763 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3786  LysR family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 302 aa  114  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.788171  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4279  LysR substrate-binding  33.66 
 
 		 334 aa  114  3e-24  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.373841  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1199  LysR family transcriptional regulator  29.79 
 
 		 313 aa  113  3e-24  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2844  transcriptional regulator, LysR family  33.1 
 
 		 300 aa  114  3e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.223887  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1478  LysR family transcriptional regulator  30 
 
 		 287 aa  113  3e-24  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4058  LysR family transcriptional regulator  35 
 
 		 306 aa  113  3e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.103107  normal  0.387119 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2557  LysR family transcriptional regulator  30.58 
 
 		 283 aa  113  4.0000000000000004e-24  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.748722  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01514  transcriptional regulatory protein  26.3 
 
 		 289 aa  113  4.0000000000000004e-24  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5011  transcriptional regulator, LysR family  29.61 
 
 		 306 aa  113  4.0000000000000004e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1335  LysR family transcriptional regulator  31.12 
 
 		 290 aa  113  5e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0722  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 294 aa  112  6e-24  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3188  LysR family transcriptional regulator  34.04 
 
 		 291 aa  112  7.000000000000001e-24  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.708036  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1750  transcriptional regulator, LysR family  28.87 
 
 		 324 aa  112  8.000000000000001e-24  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.286779  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0937  LysR family transcriptional regulator  27.84 
 
 		 332 aa  112  9e-24  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0239089  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3834  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  29.08 
 
 		 295 aa  112  1.0000000000000001e-23  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.381515  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1155  LysR family transcriptional regulator  35.56 
 
 		 304 aa  111  1.0000000000000001e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.0046037  normal  0.529732 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3202  transcriptional regulator, LysR family  32.76 
 
 		 298 aa  112  1.0000000000000001e-23  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2169  transcriptional regulator, LysR family  32.31 
 
 		 294 aa  111  1.0000000000000001e-23  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.394311 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3528  transcriptional regulator, LysR family  31.74 
 
 		 298 aa  112  1.0000000000000001e-23  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0086237 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3318  LysR family transcriptional regulator  31.85 
 
 		 293 aa  111  1.0000000000000001e-23  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0825  LysR family transcriptional regulator  30.54 
 
 		 303 aa  111  2.0000000000000002e-23  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4767  LysR family transcriptional regulator  30.37 
 
 		 286 aa  110  3e-23  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0694  LysR family transcriptional regulator  25.77 
 
 		 329 aa  110  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2863  LysR family transcriptional regulator  29.69 
 
 		 315 aa  110  4.0000000000000004e-23  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.753001 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3700  LysR family transcriptional regulator  34 
 
 		 306 aa  110  4.0000000000000004e-23  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1150  LysR family transcriptional regulator  35.24 
 
 		 300 aa  110  4.0000000000000004e-23  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4668  LysR family transcriptional regulator  34 
 
 		 306 aa  110  4.0000000000000004e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.35051  normal  0.639352 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3258  transcriptional regulator, LysR family  29.31 
 
 		 298 aa  110  5e-23  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1259  LysR family transcriptional regulator  32.81 
 
 		 284 aa  109  7.000000000000001e-23  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4666  LysR family transcriptional regulator  25.91 
 
 		 316 aa  109  7.000000000000001e-23  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.127526  normal  0.172024 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16380  LysR family transcriptional regulator  31.63 
 
 		 301 aa  109  7.000000000000001e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5963  transcriptional regulator, LysR family  30.63 
 
 		 297 aa  108  8.000000000000001e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0185947 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0173  LysR family transcriptional regulator  30.86 
 
 		 298 aa  108  8.000000000000001e-23  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0103543  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3308  transcription regulator protein  32.19 
 
 		 294 aa  108  9.000000000000001e-23  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.31701  normal  0.818104 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2707  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  31.43 
 
 		 295 aa  108  9.000000000000001e-23  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0135797  normal  0.0584976 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5946  transcriptional regulator LysR family  29.57 
 
 		 312 aa  108  9.000000000000001e-23  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4668  LysR family transcriptional regulator  25.91 
 
 		 316 aa  108  1e-22  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.379548 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4514  LysR family transcriptional regulator  35.92 
 
 		 292 aa  108  1e-22  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.973008 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3893  LysR family transcriptional regulator  31.31 
 
 		 301 aa  108  1e-22  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.811179  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4214  transcriptional regulator, LysR family  34.26 
 
 		 304 aa  108  1e-22  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3293  hypothetical protein  28.04 
 
 		 312 aa  108  1e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1089  LysR family transcriptional regulator  27.87 
 
 		 300 aa  108  1e-22  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5348  LysR family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 290 aa  108  1e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.261949 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1067  LysR family transcriptional regulator  31.65 
 
 		 293 aa  108  1e-22  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3661  LysR family transcriptional regulator  37.29 
 
 		 288 aa  108  1e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0821537  normal  0.180517 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4532  LysR family transcriptional regulator  25.91 
 
 		 316 aa  108  1e-22  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.176427  normal  0.951111 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5300  LysR family transcriptional regulator  30.74 
 
 		 349 aa  107  2e-22  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.233752 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1898  LysR family transcriptional regulator  31.08 
 
 		 297 aa  107  2e-22  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>