125 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Glov_3515 on replicon NC_010814
Organism: Geobacter lovleyi SZ



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010814  Glov_3515  restriction modification system DNA specificity domain  100 
 
 		 514 aa  1060    Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0086  restriction modification system DNA specificity protein  33.48 
 
 		 538 aa  203  5e-51  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1204  restriction modification system DNA specificity subunit  32.78 
 
 		 547 aa  188  2e-46  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.340549  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0854  restriction modification system DNA specificity subunit  33.33 
 
 		 595 aa  171  4e-41  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.221182  normal  0.0643125 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1087  restriction modification system DNA specificity subunit  51.27 
 
 		 437 aa  169  9e-41  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0762586  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1492  restriction modification system DNA specificity subunit  29.52 
 
 		 479 aa  160  4e-38  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3272  type I restriction-modification system specificity subunit  29.43 
 
 		 492 aa  151  3e-35  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.425878  normal  0.243207 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3382  restriction modification system DNA specificity subunit  45.3 
 
 		 485 aa  146  8.000000000000001e-34  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3569  restriction modification system DNA specificity domain  38.27 
 
 		 395 aa  142  9.999999999999999e-33  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0185936  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0900  restriction modification system DNA specificity domain protein  27.96 
 
 		 471 aa  139  1e-31  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.963501 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1672  restriction modification system DNA specificity domain protein  25.45 
 
 		 493 aa  125  3e-27  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4189  restriction modification system DNA specificity domain protein  36.71 
 
 		 401 aa  123  7e-27  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1398  restriction modification system DNA specificity subunit  25.06 
 
 		 557 aa  122  9.999999999999999e-27  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2093  restriction modification system DNA specificity subunit  25.51 
 
 		 477 aa  120  4.9999999999999996e-26  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2852  restriction endonuclease S subunits-like protein  35.48 
 
 		 412 aa  117  3e-25  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0584008 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3653  type I restriction enzyme StySPI specificity protein  27.22 
 
 		 460 aa  117  3.9999999999999997e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.234587  normal  0.701676 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0845  restriction modification system DNA specificity domain protein  26.38 
 
 		 495 aa  115  2.0000000000000002e-24  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.31571e-19 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0508  restriction modification system DNA specificity subunit  29.18 
 
 		 511 aa  114  4.0000000000000004e-24  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1991  restriction modification system DNA specificity domain  24.9 
 
 		 490 aa  111  3e-23  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.120232  normal  0.112136 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02063  type I restriction-modification system, S subunit  24.78 
 
 		 501 aa  107  4e-22  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0844  restriction endonuclease S subunits-like protein  35.03 
 
 		 386 aa  107  6e-22  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0735  restriction modification system DNA specificity subunit  24.21 
 
 		 392 aa  106  9e-22  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.142305 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1941  restriction endonuclease S subunits-like  32.52 
 
 		 451 aa  105  2e-21  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0182546  normal  0.0682578 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0387  restriction modification system DNA specificity domain  32.84 
 
 		 435 aa  105  2e-21  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0681662  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4264  type I restriction-modification system, S subunit  26.57 
 
 		 495 aa  103  1e-20  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2277  restriction modification system DNA specificity domain protein  30.84 
 
 		 433 aa  102  2e-20  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.200455  hitchhiker  0.00000677276 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0599  type I restriction-modification system, S subunit  32.2 
 
 		 458 aa  100  7e-20  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013502  Rmar_2893  restriction modification system DNA specificity domain protein  29.96 
 
 		 237 aa  96.3  1e-18  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2869  type I restriction-modification system, S subunit  29.33 
 
 		 448 aa  94.4  4e-18  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0947716  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0987  restriction modification system DNA specificity subunit  34.83 
 
 		 390 aa  94  5e-18  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1452  restriction modification system DNA specificity domain  31.34 
 
 		 392 aa  91.7  3e-17  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0462219  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2960  restriction modification system DNA specificity subunit  26.93 
 
 		 587 aa  88.6  2e-16  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4930  type I restriction enzyme StySJI specificity protein  26.17 
 
 		 469 aa  89  2e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1674  restriction modification system DNA specificity domain protein  22.41 
 
 		 477 aa  88.6  3e-16  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009939  Dgeo_3109  restriction modification system DNA specificity subunit  28.64 
 
 		 426 aa  85.5  0.000000000000002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2226  restriction modification system DNA specificity subunit  23.12 
 
 		 451 aa  84  0.000000000000005  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.890862  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3089  restriction modification system DNA specificity domain protein  25.81 
 
 		 520 aa  82.4  0.00000000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.497517  normal  0.376247 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3227  restriction modification system DNA specificity subunit  24 
 
 		 575 aa  82.4  0.00000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5859  putative type I restriction-modification system, S subunit  24.14 
 
 		 584 aa  79.3  0.0000000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3649  restriction modification system DNA specificity domain protein  29.39 
 
 		 464 aa  79  0.0000000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4012  restriction modification system DNA specificity subunit  32.18 
 
 		 436 aa  78.6  0.0000000000003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.848484  normal  0.567977 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3719  restriction modification system DNA specificity subunit  23.05 
 
 		 585 aa  78.2  0.0000000000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1414  restriction modification system DNA specificity domain  24.93 
 
 		 447 aa  78.6  0.0000000000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  decreased coverage  0.00014984  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2744  type I restriction-modification system, S subunit  21.94 
 
 		 532 aa  75.5  0.000000000002  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0181132  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1061  putative type I restriction-modification system, S subunit  23.67 
 
 		 528 aa  75.9  0.000000000002  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2862  restriction modification system DNA specificity subunit  24.93 
 
 		 589 aa  74.3  0.000000000005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2409  restriction modification system DNA specificity subunit  22.43 
 
 		 442 aa  73.6  0.000000000007  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.39474  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1095  restriction modification system DNA specificity subunit  29.03 
 
 		 180 aa  73.2  0.00000000001  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.0307222  normal  0.460019 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1095  restriction modification system DNA specificity subunit  29.03 
 
 		 450 aa  72  0.00000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0959  restriction modification system DNA specificity domain protein  21.06 
 
 		 442 aa  69.3  0.0000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1015  restriction modification system DNA specificity subunit  26.35 
 
 		 575 aa  68.6  0.0000000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1015  hypothetical protein  27.05 
 
 		 477 aa  67.8  0.0000000004  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03610  type I site-specific deoxyribonuclease  27.62 
 
 		 360 aa  66.6  0.0000000009  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1032  restriction modification system DNA specificity subunit  21.93 
 
 		 457 aa  65.9  0.000000002  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.41908  normal  0.322454 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3673  restriction modification system DNA specificity domain protein  25.74 
 
 		 459 aa  63.5  0.000000008  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.372341  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1897  restriction modification system DNA specificity subunit  26.2 
 
 		 611 aa  63.2  0.00000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00184495 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3471  restriction modification system DNA specificity domain protein  28.14 
 
 		 419 aa  63.2  0.00000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0842  type I restriction-modification enzyme, S subunit, putative  22.75 
 
 		 476 aa  62  0.00000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0822  restriction modification system DNA specificity subunit  26.04 
 
 		 577 aa  62.8  0.00000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3940  restriction modification system DNA specificity domain protein  25.31 
 
 		 453 aa  62.4  0.00000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0371  type I restriction-modification system S subunit  24.44 
 
 		 323 aa  61.6  0.00000003  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4880  putative type I restriction-modification system S subunit  23.81 
 
 		 571 aa  60.8  0.00000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.960431 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1237  restriction modification system DNA specificity subunit  28.1 
 
 		 633 aa  59.7  0.0000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3358  restriction modification system DNA specificity subunit  28.51 
 
 		 429 aa  59.3  0.0000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0521612  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_04178  hypothetical protein  26 
 
 		 236 aa  59.3  0.0000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.695524  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3989  restriction modification system DNA specificity domain protein  21.05 
 
 		 456 aa  59.7  0.0000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.0737122 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4252  restriction modification system DNA specificity domain protein  27.53 
 
 		 462 aa  59.3  0.0000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.132013  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1311  restriction modification system DNA specificity subunit  24.8 
 
 		 578 aa  58.9  0.0000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1060  restriction modification system DNA specificity subunit  28.1 
 
 		 397 aa  58.5  0.0000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.588803  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0355  restriction modification system DNA specificity subunit  25.36 
 
 		 590 aa  58.2  0.0000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0347  type I restriction-modification system, S subunit  23.28 
 
 		 390 aa  58.2  0.0000004  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  hitchhiker  0.00000269296  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0640  restriction modification system DNA specificity subunit  20.55 
 
 		 447 aa  57.4  0.0000005  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1132  restriction modification system DNA specificity subunit  21.58 
 
 		 556 aa  57.4  0.0000005  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.817215  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20210  restriction modification system DNA specificity domain protein  23.39 
 
 		 565 aa  57.8  0.0000005  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.266778  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1859  restriction modification system DNA specificity subunit  25.56 
 
 		 409 aa  57.4  0.0000006  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.777891  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1894  restriction modification system DNA specificity subunit  25.56 
 
 		 409 aa  57.4  0.0000006  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.850685  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1978  restriction modification system DNA specificity subunit  28.64 
 
 		 616 aa  57.4  0.0000006  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1911  hypothetical protein  23.73 
 
 		 453 aa  57.4  0.0000006  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.568524  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4611  restriction modification system DNA specificity subunit  25.44 
 
 		 561 aa  57  0.0000007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.483614  hitchhiker  0.0000795371 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0777  type I restriction modification DNA specificity domain-containing protein  26.73 
 
 		 422 aa  57  0.0000008  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  decreased coverage  0.00318537  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0030  restriction modification system DNA specificity subunit  29.32 
 
 		 435 aa  56.6  0.000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.534213  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0076  type I restriction-modification system subunit S  21.41 
 
 		 464 aa  55.8  0.000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2496  subunit S of type I restriction-modification system  24.25 
 
 		 565 aa  54.7  0.000004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00268922  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2606  restriction modification system DNA specificity subunit  21.11 
 
 		 429 aa  54.7  0.000004  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2421  restriction modification system DNA specificity subunit  28.57 
 
 		 402 aa  54.7  0.000004  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.318068 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02074  HsdS polypeptide, part of CfrA family  34.58 
 
 		 151 aa  54.7  0.000004  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3199  restriction modification system DNA specificity subunit  26.37 
 
 		 400 aa  53.9  0.000006  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.365834  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4742  type I restriction-modification system, S subunit  24.6 
 
 		 576 aa  53.9  0.000007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.266617  hitchhiker  0.00441093 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3267  restriction modification system DNA specificity subunit  24.66 
 
 		 557 aa  53.9  0.000008  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0920403  decreased coverage  0.00535253 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2904  restriction modification system DNA specificity subunit  22.54 
 
 		 425 aa  53.5  0.000009  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1526  restriction endonuclease S subunits-like  27.51 
 
 		 386 aa  53.1  0.00001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1635  restriction modification system DNA specificity domain protein  25 
 
 		 419 aa  52.8  0.00001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0235263  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1536  restriction modification system DNA specificity domain  30.14 
 
 		 364 aa  51.6  0.00003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.856573  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1253  Type I restriction enzyme EcoAI specificity protein  25.32 
 
 		 597 aa  51.2  0.00004  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  decreased coverage  0.00376854  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2652  Restriction endonuclease S subunits-like protein  22.79 
 
 		 413 aa  50.8  0.00005  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.252104  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0501  restriction modification system DNA specificity subunit  22.14 
 
 		 612 aa  51.2  0.00005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.435558 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0268  restriction endonuclease S subunits  27.01 
 
 		 444 aa  50.4  0.00008  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.277222  normal  1 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0607  restriction modification system DNA specificity subunit  22.44 
 
 		 438 aa  49.7  0.0001  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1201  restriction modification system DNA specificity domain protein  32.26 
 
 		 572 aa  49.7  0.0001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0842  hypothetical protein  26.59 
 
 		 446 aa  49.3  0.0002  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.229597  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>