More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gdia_2342 on replicon NC_011365
Organism: Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011365  Gdia_2342  diguanylate phosphodiesterase  100 
 
 		 257 aa  526  1e-148  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3438  diguanylate phosphodiesterase  53.82 
 
 		 265 aa  254  8e-67  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0236  EAL domain protein  49.03 
 
 		 260 aa  253  2.0000000000000002e-66  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0171  EAL  48.64 
 
 		 260 aa  252  4.0000000000000004e-66  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0264  diguanylate phosphodiesterase  49.42 
 
 		 259 aa  252  4.0000000000000004e-66  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.317431 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3442  diguanylate phosphodiesterase  48.43 
 
 		 254 aa  250  2e-65  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3242  EAL domain-containing protein  53.5 
 
 		 283 aa  249  3e-65  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.526711  normal  0.0750539 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3566  diguanylate phosphodiesterase  53.09 
 
 		 265 aa  246  3e-64  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.333064  normal  0.483567 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0028  diguanylate phosphodiesterase  49.39 
 
 		 255 aa  245  6e-64  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2934  diguanylate phosphodiesterase  53.65 
 
 		 252 aa  244  6.999999999999999e-64  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.780718  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1408  diguanylate phosphodiesterase  49.81 
 
 		 332 aa  240  2e-62  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.939193  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3232  diguanylate phosphodiesterase  47.95 
 
 		 266 aa  236  2e-61  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.72536  normal  0.33635 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0525  diguanylate phosphodiesterase  52.12 
 
 		 251 aa  234  1.0000000000000001e-60  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4934  diguanylate phosphodiesterase  46.72 
 
 		 256 aa  234  1.0000000000000001e-60  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  decreased coverage  0.000539515  normal  0.673945 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0637  hypothetical protein  50 
 
 		 257 aa  231  1e-59  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  hitchhiker  0.00815017  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2830  diguanylate phosphodiesterase  51.06 
 
 		 253 aa  228  1e-58  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.011956  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1247  hypothetical protein  45.08 
 
 		 257 aa  225  5.0000000000000005e-58  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000126257  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2810  diguanylate phosphodiesterase  46.86 
 
 		 257 aa  225  7e-58  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0883  diguanylate phosphodiesterase  47.7 
 
 		 262 aa  224  1e-57  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1902  diguanylate phosphodiesterase  46.12 
 
 		 253 aa  224  1e-57  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.570063 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3107  diguanylate phosphodiesterase  47.72 
 
 		 259 aa  219  1.9999999999999999e-56  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.757565  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1172  diguanylate phosphodiesterase  47.5 
 
 		 258 aa  219  5e-56  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.459391 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1233  diguanylate phosphodiesterase  47.35 
 
 		 258 aa  216  2.9999999999999998e-55  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.924299 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0601  diguanylate phosphodiesterase  43.21 
 
 		 258 aa  216  2.9999999999999998e-55  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0806  signal protein  50.43 
 
 		 257 aa  216  4e-55  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3798  diguanylate phosphodiesterase  44.68 
 
 		 257 aa  214  9e-55  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0545  diguanylate phosphodiesterase  44.68 
 
 		 257 aa  214  9.999999999999999e-55  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0519  diguanylate phosphodiesterase  44.26 
 
 		 257 aa  213  1.9999999999999998e-54  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0541  diguanylate phosphodiesterase  44.49 
 
 		 257 aa  213  1.9999999999999998e-54  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1584  diguanylate phosphodiesterase  47.66 
 
 		 263 aa  213  1.9999999999999998e-54  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0237519  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3825  hypothetical protein  45.15 
 
 		 249 aa  212  5.999999999999999e-54  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.186672  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0914  EAL domain-containing protein  44.49 
 
 		 256 aa  211  1e-53  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0005  diguanylate phosphodiesterase  46.64 
 
 		 259 aa  209  3e-53  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.162907  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1747  diguanylate phosphodiesterase  42.51 
 
 		 291 aa  207  1e-52  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.087315  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2731  putative diguanylate phosphodiesterase  43.53 
 
 		 259 aa  206  2e-52  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2208  diguanylate phosphodiesterase  43.91 
 
 		 254 aa  204  1e-51  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0024  diguanylate phosphodiesterase  40.52 
 
 		 246 aa  196  3e-49  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.481277  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0026  diguanylate phosphodiesterase  40.52 
 
 		 246 aa  196  4.0000000000000005e-49  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1965  diguanylate phosphodiesterase  44.95 
 
 		 248 aa  190  2e-47  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.616941  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0792  diguanylate phosphodiesterase  45.09 
 
 		 224 aa  189  5e-47  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.307783 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0467  EAL domain protein  36.68 
 
 		 351 aa  169  4e-41  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.0116221  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1138  diguanylate phosphodiesterase  43.69 
 
 		 266 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0635  diguanylate phosphodiesterase  39.06 
 
 		 340 aa  163  3e-39  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1073  diguanylate phosphodiesterase  40.64 
 
 		 367 aa  159  4e-38  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3093  cyclic-di-GMP regulatory protein  35.29 
 
 		 239 aa  152  5.9999999999999996e-36  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.0272737 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2663  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.2 
 
 		 753 aa  150  2e-35  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0617  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.79 
 
 		 883 aa  150  2e-35  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00427205 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0706  diguanylate phosphodiesterase  37.67 
 
 		 356 aa  148  1.0000000000000001e-34  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.578959  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2042  diguanylate phosphodiesterase  37.1 
 
 		 352 aa  141  9.999999999999999e-33  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.281797  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1210  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.2 
 
 		 797 aa  140  9.999999999999999e-33  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.489928 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0828  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  34.08 
 
 		 734 aa  137  1e-31  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.84548  normal  0.140102 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1628  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.64 
 
 		 766 aa  138  1e-31  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2411  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.94 
 
 		 632 aa  137  2e-31  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00893826 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2032  diguanylate phosphodiesterase  31.33 
 
 		 406 aa  133  3e-30  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.252984 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0176  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.02 
 
 		 786 aa  131  9e-30  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.000781405  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0220  hypothetical protein  30.94 
 
 		 360 aa  131  1.0000000000000001e-29  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1949  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.13 
 
 		 773 aa  130  2.0000000000000002e-29  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0058  diguanylate phosphodiesterase  36.36 
 
 		 357 aa  130  3e-29  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2318  diguanylate phosphodiesterase  35.65 
 
 		 371 aa  130  3e-29  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.440144  normal  0.199138 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0220  hypothetical protein  30.49 
 
 		 362 aa  129  4.0000000000000003e-29  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00175  hypothetical protein ycgF  33.33 
 
 		 390 aa  129  5.0000000000000004e-29  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0894  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.18 
 
 		 605 aa  126  4.0000000000000003e-28  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.396651  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1757  diguanylate phosphodiesterase  32.76 
 
 		 418 aa  122  8e-27  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.388257  hitchhiker  0.000204445 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51660  EAL/GGDEF domain-containing protein  34.1 
 
 		 592 aa  119  3.9999999999999996e-26  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2103  cyclic-di-GMP regulatory protein  31.84 
 
 		 409 aa  119  3.9999999999999996e-26  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.444099  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1320  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.72 
 
 		 584 aa  119  6e-26  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00692574  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1514  diguanylate phosphodiesterase  33.49 
 
 		 437 aa  116  3e-25  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000323461  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3527  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.41 
 
 		 581 aa  115  6e-25  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0705  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.53 
 
 		 590 aa  115  6.9999999999999995e-25  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4345  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.77 
 
 		 572 aa  114  2.0000000000000002e-24  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0436  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.34 
 
 		 590 aa  113  2.0000000000000002e-24  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3555  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  33.92 
 
 		 943 aa  113  3e-24  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0503799  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1678  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.26 
 
 		 596 aa  112  4.0000000000000004e-24  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.684126  normal  0.910388 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1510  diguanylate phosphodiesterase  31.39 
 
 		 475 aa  112  6e-24  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3824  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36 
 
 		 877 aa  112  8.000000000000001e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.668765  normal  0.248455 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1310  diguanylate phosphodiesterase  32.27 
 
 		 306 aa  111  9e-24  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.016111  normal  0.292811 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0696  sensory box/GGDEF family protein  34.35 
 
 		 568 aa  111  1.0000000000000001e-23  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.612215  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3886  EAL domain/GGDEF domain protein  32.74 
 
 		 590 aa  111  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.00288669  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0595  sensory box/GGDEF family protein  33.04 
 
 		 567 aa  111  1.0000000000000001e-23  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0539  sensory box, GGDEF family protein  33.04 
 
 		 567 aa  111  1.0000000000000001e-23  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0539  sensory box, GGDEF family protein  33.04 
 
 		 567 aa  111  1.0000000000000001e-23  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0628  sensory box/GGDEF family protein  33.04 
 
 		 567 aa  111  1.0000000000000001e-23  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7654  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  36.09 
 
 		 892 aa  111  1.0000000000000001e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.577778 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0683  sensory box/GGDEF family protein  33.04 
 
 		 567 aa  111  1.0000000000000001e-23  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00619208 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1718  diguanylate phosphodiesterase  32.27 
 
 		 379 aa  110  3e-23  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0187822  normal  0.029577 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0606  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  31.8 
 
 		 593 aa  110  3e-23  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.533599  normal  0.204371 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4673  sensory box/GGDEF family protein  33.48 
 
 		 567 aa  109  4.0000000000000004e-23  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  5.6834899999999996e-21 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1194  hypothetical protein  28.64 
 
 		 284 aa  109  4.0000000000000004e-23  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.603137  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4001  diguanylate phosphodiesterase  32.27 
 
 		 357 aa  108  7.000000000000001e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00838727  normal  0.748991 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3724  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.9 
 
 		 580 aa  108  7.000000000000001e-23  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0883602  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0664  sensory box/GGDEF family protein  33.04 
 
 		 567 aa  108  1e-22  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0757  sensory box/GGDEF family protein  33.04 
 
 		 567 aa  107  1e-22  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3319  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.95 
 
 		 584 aa  108  1e-22  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.777593  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0541  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  33.19 
 
 		 567 aa  108  1e-22  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0555  hypothetical protein  29.49 
 
 		 584 aa  107  2e-22  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3936  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.49 
 
 		 585 aa  107  2e-22  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.573208  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0514  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.49 
 
 		 585 aa  107  2e-22  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00136052  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0555  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.49 
 
 		 583 aa  107  2e-22  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3475  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.49 
 
 		 583 aa  107  2e-22  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3754  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.49 
 
 		 585 aa  107  2e-22  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000868734  normal  0.0557959 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>