59 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene GM21_3768 on replicon NC_012918
Organism: Geobacter sp. M21



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012918  GM21_3768  Carbohydrate-selective porin OprB  100 
 
 		 476 aa  969    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3661  Carbohydrate-selective porin OprB  95.17 
 
 		 476 aa  927    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3271  hypothetical protein  65.06 
 
 		 469 aa  620  1e-176  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0437682  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0779  carbohydrate-selective porin OprB  56.06 
 
 		 467 aa  528  1e-148  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000860096  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2751  carbohydrate-selective porin OprB  31.75 
 
 		 446 aa  134  3.9999999999999996e-30  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.202947  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1112  hypothetical protein  30.96 
 
 		 490 aa  97.4  4e-19  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.503741  normal  0.220663 
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0023  major outer membrane protein  25.88 
 
 		 568 aa  89.4  1e-16  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.500646  normal  0.0378832 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1085  Carbohydrate-selective porin OprB  27.02 
 
 		 405 aa  86.7  9e-16  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  unclonable  0.000000116954  decreased coverage  8.02155e-19 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1195  hypothetical protein  24.83 
 
 		 501 aa  59.7  0.0000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.282348  normal  0.538855 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3012  carbohydrate-selective porin OprB  26.17 
 
 		 414 aa  58.5  0.0000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.339715  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3835  Carbohydrate-selective porin OprB  27.94 
 
 		 456 aa  57.8  0.0000004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.899229 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4912  Carbohydrate-selective porin OprB  27.94 
 
 		 456 aa  57.8  0.0000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  decreased coverage  0.00363735  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4576  carbohydrate-selective porin OprB  22.01 
 
 		 453 aa  54.7  0.000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010683  Rpic_4992  Carbohydrate-selective porin OprB  22.65 
 
 		 498 aa  53.1  0.00001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000230615  hitchhiker  0.00966153 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1131  Carbohydrate-selective porin OprB  23.78 
 
 		 446 aa  53.1  0.00001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.778341 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1117  carbohydrate-selective porin OprB  21.34 
 
 		 453 aa  53.1  0.00001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00415727  normal  0.584211 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7486  OmpA domain-containing protein  22.35 
 
 		 662 aa  52.8  0.00001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.661615  normal  0.200783 
 
 
-
 
NC_003296  RSp1632  putative porin B precursor outer (glucose porin) transmembrane protein  24.34 
 
 		 456 aa  52  0.00002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1039  Carbohydrate-selective porin OprB  23.43 
 
 		 462 aa  51.6  0.00003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.661938 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4205  carbohydrate-selective porin OprB  21.7 
 
 		 447 aa  51.6  0.00003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0567  OmpA-like transmembrane domain-containing protein  21.59 
 
 		 661 aa  51.2  0.00004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.284083 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1017  carbohydrate-selective porin OprB  22.01 
 
 		 447 aa  51.2  0.00004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.134295  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1296  porin B  21.02 
 
 		 453 aa  50.4  0.00006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.329329  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1057  carbohydrate-selective porin OprB  21.7 
 
 		 447 aa  50.4  0.00006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.177917  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2438  hypothetical protein  34 
 
 		 534 aa  50.4  0.00007  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1082  carbohydrate-selective porin OprB  21.45 
 
 		 448 aa  50.4  0.00007  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0774059  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1019  porin B  21.7 
 
 		 447 aa  50.1  0.00008  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0423  carbohydrate-selective porin OprB  21.89 
 
 		 692 aa  49.3  0.0001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2220  hypothetical protein  31.39 
 
 		 536 aa  48.9  0.0002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.0000000188992  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2536  Carbohydrate-selective porin OprB  22.3 
 
 		 498 aa  49.3  0.0002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.761533 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_19511  hypothetical protein  29.75 
 
 		 452 aa  48.9  0.0002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4366  carbohydrate-selective porin OprB  22.62 
 
 		 448 aa  49.3  0.0002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.00370105  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0411  hypothetical protein  23.38 
 
 		 499 aa  48.5  0.0003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0352  carbohydrate-selective porin OprB  20.63 
 
 		 492 aa  48.5  0.0003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0329  carbohydrate-selective porin OprB  22.73 
 
 		 674 aa  48.1  0.0003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3166  Carbohydrate-selective porin OprB  22.7 
 
 		 482 aa  48.1  0.0003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.390986  hitchhiker  0.000000000149961 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4360  carbohydrate-selective porin OprB  21.77 
 
 		 444 aa  47.8  0.0004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.081551  normal  0.195321 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2951  Carbohydrate-selective porin OprB  22.7 
 
 		 482 aa  47.8  0.0004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1665  Carbohydrate-selective porin OprB  22.7 
 
 		 482 aa  47.8  0.0004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1590  Carbohydrate-selective porin OprB  22.41 
 
 		 476 aa  46.6  0.001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1762  Carbohydrate-selective porin OprB  24.18 
 
 		 446 aa  46.2  0.001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.259805  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1445  porin B  21.45 
 
 		 444 aa  46.2  0.001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.374886  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3070  carbohydrate-selective porin OprB  23.24 
 
 		 455 aa  46.2  0.001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.681986  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2860  carbohydrate-selective porin OprB  23.24 
 
 		 454 aa  46.6  0.001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  decreased coverage  0.00385913  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2838  carbohydrate-selective porin OprB  23.24 
 
 		 455 aa  46.2  0.001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.258028  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2969  carbohydrate-selective porin OprB  23.51 
 
 		 480 aa  46.6  0.001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3564  carbohydrate-selective porin OprB  24.32 
 
 		 724 aa  45.4  0.002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1972  Carbohydrate-selective porin OprB  23.1 
 
 		 703 aa  45.4  0.002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0983998 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0473  Carbohydrate-selective porin OprB  20.45 
 
 		 689 aa  45.8  0.002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.693985  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2286  Carbohydrate-selective porin OprB  23.1 
 
 		 703 aa  45.1  0.003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.725177 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3804  carbohydrate-selective porin OprB  23.44 
 
 		 708 aa  45.1  0.003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0335542 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1454  hypothetical protein  24.13 
 
 		 665 aa  44.7  0.004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.236827  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2290  hypothetical protein  25.39 
 
 		 432 aa  44.3  0.005  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1735  carbohydrate-selective porin OprB  22.43 
 
 		 449 aa  43.9  0.006  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0819299 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0823  S-layer domain protein  24.18 
 
 		 578 aa  43.9  0.006  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  decreased coverage  0.000211926  normal  0.0522919 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1923  S-layer domain protein  22.66 
 
 		 527 aa  43.9  0.006  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.0684445  normal  1 
 
 
-
 
NC_013731  Slin_6797  Carbohydrate-selective porin OprB  20.78 
 
 		 458 aa  43.5  0.008  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4276  carbohydrate-selective porin OprB  20.82 
 
 		 444 aa  43.5  0.009  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.308576  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4440  S-layer region-like  24.45 
 
 		 531 aa  43.1  0.01  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.016737  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>